CT-7567, qui devint rapidement le capitaine Rex, fut assigné avec ses hommes à la Bordure Extérieure, la zone de guerre la plus dangereuse. Il prit ainsi le commandement de la compagnie Torrent, membre de la fameuse 501ème Légion. Sa capacité d’adaptation, son agressivité en combat et son franc-parler en fit un soldat respecté, écouté aussi bien par les clones que les Jedi et un allié de poids pour le Général Skywalker.
Aussi doué avec un blaster qu’à mains nues, Rex s’illustra avec son groupe peu après Géonosis au cours de la bataille de Christophsis où il s’attaqua à des Tri-droïdes menaçant leurs positions. Par la suite, privé de commandement Jedi, son bataillon tint ses lignes de défense malgré le féroce assaut séparatiste. Ceci permit au général Skywalker de désactiver le bouclier protégeant l’avancée des forces ennemies avant qu’elles ne parviennent à l’artillerie républicaine. Sans défense, les forces séparatistes furent mises en pièces et la République remporta la victoire.
Juste avant la bataille, Rex déjoua un complot. Le plan des forces républicaines était simple : embuscade depuis de hauts bâtiments sur les lignes ennemies. Mais les droïdes les surprirent, les attaquèrent à revers, causant de lourdes pertes et les forçant à une retraite rapide. De retour dans leur base, Rex et Cody, avec les généraux Skywalker et Kenobi, s’interrogèrent sur leur échec, avançant qu’un traître sévissait au sein même de leur armée. Kenobi ordonna alors à Rex et Cody de mener l’enquête dans le secret ici alors que lui-même et Skywalker prospecteraient derrière les lignes ennemies.
Les deux brillants officiers avancèrent vite. Ils parvinrent à déterminer non sans surprise que le traître était l'un de leurs frères clones et Rex conclut même qu’il était un membre de l’escouade de Slick. L’interrogatoire qui s’en suivit fut éprouvant pour ces clones pour qui la trahison de l’un des leurs ne pouvait être possible. Hélas, ce fut pire que prévu car le traître se révéla être Slick lui même. Une poursuite puis une recherche complète de la base fut lancée mais Slick avait un coup d’avance. Il fit exploser ses mines, détruisant l’armurerie et endommageant gravement les blindés. Ceci visiblement était prévu et faisait partie d’un plan des Séparatistes pour affaiblir les forces républicaines. Rex et Cody, tout d’abord désarçonnés par le fait de poursuivre un des leurs, parvinrent finalement à piéger Slick, le prenant à son propre jeu. La violente bagarre qui s’ensuivit, finit par tourner à l’avantage de Cody et Rex qui fut blessé à la jambe. Slick donna ses explications au final assez paradoxales, il aimait ses frères et luttait pour eux mais les avait mis en danger, ne pouvant plus être l’esclave des Jedi et aspirant à la « liberté ». Cody et Rex ne montrèrent aucune pitié pour celui qui, d’après eux, avait trahi tous ses frères clones et il fut jeté en prison. Hélas, pendant ce temps, les Séparatistes avançaient leurs forces, promettant une bataille éprouvante.
Par la suite, Rex suivit sans trêve Anakin Skywalker sur Teth en mission de sauvetage du fils de Jabba le Hutt. Sur place, l’opposition Séparatiste fut terrible, exterminant quasiment l’intégralité de son bataillon et Rex fut même capturé et torturé par Assajj Ventress en quête de Skywalker. Néanmoins, il parvint à renverser la situation, créant une poche de résistance qui tint héroïquement bon jusqu’à l’arrivée des renforts menés par le Général Kenobi.
Rex ensuite fut assigné avec ses troupes à une mission sur Naboo. Accompagnant la Padawan Ahsoka Tano, il participa à l’attaque d’un laboratoire secret contenant le virus Sombre Bleu que les Séparatistes désiraient utiliser dans leur effort de guerre. Couvrant la Padawan, Rex se trouva une nouvelle fois en première ligne, sous le feu nourri des droïdes ennemis. Son sang froid et sa vaillance lui permirent de se sortir de cette situation difficile, aidant ses chefs à se rendre maîtres de la situation.
Hélas, celle-ci dégénéra lorsque le virus fut finalement relâché dans le laboratoire. Du panneau de commande, Rex et Tano sécurisèrent toutes les sorties, s’enfermant avec le virus mortel. Menés par une Ahsoka Tano confiante et courageuse malgré leur situation, Rex et son escouade se mirent à la recherche des derniers droïdes du laboratoire avant qu’ils ne sortent, libérant le virus. Leur mission accomplie, vint le temps difficile de l’attente, et avec elle, les morts dues au virus. Rex, affaibli, garda sa fierté devant le regard plein de pitié de la sénatrice Amidala, affirmant qu’ils étaient des soldats et que ceci était leur dû. Skywalker et Kenobi finirent par arriver avec un antidote, sauvant le reste de l’escouade. Malgré les symptômes et la fatigue, Rex garda les pieds sur terre à la sortie de cette crise, refusant d’entraîner le délégué Binks au maniement du blaster.
Rex et les clones de la 501ème légion furent ensuite envoyés sur Mimban en compagnie du Général Laan Tik et du représentant du Sénat Jar Jar Binks. L'affrontement avec les droides Séparatistes fut rude, causant la mort de Laan Tik. Rex ordonna alors à Jesse de mettre Jar Jar en sécurité, puis ordonna la retraite, ne souhaitant pas gâcher d'autres vies inutilement pour essayer de désactiver le générateur de bouclier qui protégeait la planète et empêchait une offensive majeure de la République.
Rex, altruiste, décida alors de partir seul en direction du générateur. Il fut alors rejoint par Jar Jar Binks, qui avait échappé à Jesse. Le clone donna un blaster au Gungan et ensemble, ils poursuivirent la mission.
Peu après, le capitaine Rex participa à la campagne républicaine pour libérer Ryloth des Séparatistes. Il n’eut qu’un rôle mineur, conseiller tactique ou secondant les commandants Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, notamment lors de l’évacuation du croiseur Venator Defendeur peu avant leur assaut contre le blocus séparatiste.
Alors que la guerre s’enlisait, Rex enchaina les batailles jusqu'à ce que le Conseil Jedi décide de lancer une vaste offensive sur Geonosis afin de détruire une bonne fois pour toutes les usines droïdes et capturer Poggle le Bref. Skywalker et Tano avaient été mobilisés avec leurs forces et le fidèle Rex repartit au combat à la tête de ses hommes. Hélas, les Géonosiens s’étaient très bien préparés à leur assaut et les forces républicaines, à bord de canonnières, subirent de très lourds dégâts. Celle de Rex, transportant également Tano et Skywalker, fut touchée quelques secondes à peine après son décollage. Le crash fut inévitable mais le solide capitaine sut réagir avec calme et célérité pour sortir rapidement de la carcasse : il ouvrit le feu sur l’ennemi, protégeant ses hommes. Montrant l’exemple, il mena ses soldats et suivit son général au milieu du chaos qui voulait rejoindre les forces de Kenobi.
Hélas, le contingent se heurta à une forteresse droïde protégeant l’entrée d’un canyon, sans moyen de la contourner. Skywalker ordonna à Rex de le couvrir, lui et sa Padawan, pendant qu'ils infiltraient la forteresse pour la détruire. Une véritable pluie de rafales de blasters s’abattit sur le capitaine et ses hommes mais leur engagement ne faiblit pas : une nouvelle fois, Rex s’exécuta avec une efficacité remarquable et malgré des pertes sévères. Il parvint même, une fois la forteresse affaiblie, à grimper à son sommet pour prêter main forte à Skywalker et Tano. Les droïdes éliminés, les deux Jedi placèrent leurs explosifs et sautèrent de la forteresse, une quarantaine de mètres plus bas, après y avoir « jeté » le pauvre capitaine clone qui ne s’y attendait visiblement pas. Les Jedi le rattrapèrent à quelques mètres du sol, Rex s’en sortant avec une belle frayeur, tandis que la forteresse s'effondrait derrière eux. Il ne reprocha pas cette mésaventure à Skywalker, comprenant que le Jedi n’avait pas eut le choix et qu’il avait maîtrisé, a posteriori, la situation.
Rex et ses soldats purent enfin progresser sans encombres et établir le contact avec les forces de Mundi dans un premier temps, puis enfin avec celles de Kenobi qui se trouvaient non loin du point de rupture. Leur arrivée permit de repousser les forces ennemies. Le générateur de bouclier protégeant les usines tomba peu après alors que Rex et le général Skywalker préparaient leur assaut.
Ils furent rejoints par Luminara Unduli et sa padawan Barriss Offee. L’ordre de marche ne tarda pas à arriver pour Rex et, aux cotés de Skywalker, il avança avec l’armée vers les usines droïdes. L’affrontement inévitable finit par éclater, et comme à leur habitude, Rex et ses hommes réagirent en parfaits soldats, abattant leurs ennemis et repoussant même une attaque à revers. Le capitaine commanda le tir de l’artillerie des TR-TT sur les nouveaux supertanks ennemis mais ces derniers étaient trop puissants et Skywaker lui ordonna de battre en retraite. Rex fut d'abord choqué de devoir abandonner le combat : il accepta lorsqu'il sut qu’il s’agissait d’un plan de son général pour attirer les supertanks dans un piège.
L’opération fut un succès, cette terrible menace réduite à néant. Peu après, l’usine disparut dans une explosion gigantesque qui souleva un énorme nuage de poussière. Mais le moment n’était pas aux réjouissances car les auteurs de l’explosion, les padawans Ahsoka Tano et Barriss Offee, avaient été piégées et se retrouvaient coincées sous des milliers de tonnes de gravats. Rex organisa au mieux les soldats pour la fouille du site : elles purent ainsi être sauvées lorsque Skywalker reçut un signal de sa padawan.
Suite à la campagne de Ringo Vinda, Rex et la 501ème légion retournèrent sur Coruscant. Dans l’intervalle, Tup décéda à la suite d’une tumeur au cerveau qui venait d’être extraite. Fives, qui avait désobéi aux ordres avait découvert que la tumeur était en réalité un implant cérébral que les kaminoans avaient implanté dans tous les clones à l’état embryonnaire. De plus, l’implant de Tup avait connu un dysfonctionnement expliquant son comportement. Fives débarqua sur Coruscant afin d’expliquer la situation au chef de la République, le chancelier Palpatine. Mais Fives fut accusé par la suite de trahison et de tentative d’assassinat à l’encontre de Palpatine. Il dut prendre la fuite dans les bas fonds de Coruscant.
Le soldat ARC, désormais traqué parvint à prendre contact en secret avec Anakin Skywalker et Rex et leur fixa un rendez-vous dans un entrepôt désaffecté. La rencontre eut lieu, cependant, Fives, peu confiant, enferma ses compagnons dans un rayon énergétique pour éviter, au cas où, qu’ils ne l’arrêtent. Là il put enfin révéler ce qu’il savait au capitaine Rex et à Skywalker. Ces derniers avaient du mal à croire aux allégations du clone. C’est à ce moment que le commandant Fox et un contingent de troupes responsables de la sécurité sur ce monde surpeuplé fit irruption. Se sentant trahi, Fives voulut tirer sur les nouveaux venus, mais Fox ouvrit le feu en premier. Skywalker et Rex furent libérés du rayon. Ce dernier, désespéré ne put que regarder son compagnon de longue date mourir dans ses bras. Il ne savait pas, en revanche, que Fives avait découvert l’origine de l’ordre 66 qui causera plus tard la perte des Jedi.
Peu de temps avant la fin de la Guerre des Clones, Rex se trouvait sur Anaxes, dans une base retranchée, alors que la République tentait de reprendre la planète des mains des Séparatistes. Il partit en mission avec Jesse, Kix, Cody et les clones de l'escouade Bad Batch pour récupérer un algorithme dans une base Séparatiste, lequel informait ces deniers des agissements de la République. La mission fut un demi-succès, puisque Rex ne récupéra pas l'algorithme, mais apprit quelque chose qui le troubla grandement : les informations étaient en fait émises par le soldat clone Echo, que tout le monde croyait mort. L'escouade Bad Batch et Rex revinrent à la base et apprirent la nouvelle à Anakin Skywalker. Le Jedi rejoignit donc Rex et la Bad Batch, qui mirent le cap sur Skako Minor pour délivrer leur ami.
Arrivés sur place, le groupe fit appel à des natifs Poletec pour trouver leur chemin. Bien que les autochtones ne souhaitaient pas prendre part au conflit, ils acceptèrent de les guider jusqu'à la cité de Purkell, où se trouvait Echo. L'infiltration fut une réussite, malgré la présence de nombreux droides, et ils retrouvèrent le clone disparu. Alors qu'ils semblaient pris au piège par Tambor dans la pièce où ils avaient trouvé Echo, ce dernier leur indiqua un conduit d'aération par lequel ils s'enfuirent. Une fois à l'extérieur, Tech émit un sifflement particulier pour appeler des keeradaks, et ces derniers leur servirent de monture pour échapper aux droides Séparatistes.
Ils atterrirent au village Poletec qu'ils avaient visité précédemment, et informèrent les autochtones que les troupes Séparatistes allaient débarquer. Ils se préparèrent donc au combat. La lutte fut féroce, de nombreux natifs moururent, mais grâce aux talents des clones de l'escouade Bad Batch, aux aptitudes de combat de Rex, et aux pouvoirs d'Anakin les forces ennemies furent mises en déroute.
De retour sur Anaxes, Rex participa à la réunion stratégique qui vit Echo leur faire part de son idée pour vaincre les Séparatistes : lui, Anakin et la Bad Batch s'infiltreraient à bord du vaisseau de l'Amiral Trench pendant que Mace Windu, Obi-Wan Kenobi et d'autres clones s'occuperaient d'un complexe sur la planète. Rex partit donc avec le premier groupe. Arrivés à bord du vaisseau, Rex observa Echo et Tech se brancher sur le système séparatiste pour les piéger en désactivant tous leurs droïdes présents dans le complexe attaqué par Windu et Kenobi, pendant qu'Anakin retrouvait Trench et le tuait d'un coup de sabre laser.
La République avait gagné la bataille d'Anaxes.
Rex participa ensuite à la bataille de Yerbana où Anakin démontra à nouveau tout son génie tactique. À la fin de cette campagne victorieuse il apprit que l’ancienne Padawan Ahsoka Tano venait discuter avec Obi-Wan et Anakin sur l’opportunité d’aider la Mandalorienne Bo-Katan Kryze à envahir sa planète natale afin de capturer Maul. Il demanda alors à ses hommes de dessiner sur leurs casques la tête de la Togruta pour lui souhaiter la bienvenue et lui montrer tout le respect que les clones avaient pour elle.
Mais Obi-Wan et Anakin eurent l’ordre de revenir sur Coruscant dans les plus bref délais afin de contrer l’offensive surprise du général Greivous sur la capitale de la République. Il fut alors décidé en urgence de promouvoir Rex commandant pour qu’il puisse diriger seul la 332ème Compagnie affectée au siège de Mandalore, pendant que Skywalker, Kenobi et Cody partaient avec le reste de la 501ème légion protéger le chancelier Palpatine.
Rex dirigea donc l’attaque sur Mandalore aux côtés de Ahsoka Tano et en collaboration avec Bo-Katan. Celle-ci parvint facilement à reprendre la capitale Sundari et à démettre le premier ministre Almec. Malheureusement, Maul restait introuvable et les forces de son allié Gar Saxon s’étaient réfugiées dans les égouts de la ville, obligeant les clones à continuer de patrouiller dans le rues de Sundari pour rétablir l’ordre et maintenir la paix. Ahsoka parvint finalement à retrouver le Zabrak dans le sous-sol de la capitale et Rex la rejoignit au plus vite pour le capturer, mais l’ancien Sith put à nouveau à se sauver en emmenant Jesse comme prisonnier. Maul voulu alors convaincre l’ancienne Padawan de le rejoindre dans son combat contre Dark Sidious et le les Jedi et pour cela il relâcha Jesse que Rex récupéra afin de le soigner des sévices qu’il avait endurés.
Mais Gar Saxon mena une contre-offensive sur Sundari et Rex dirigea ses troupes pour garder le contrôle de la capitale. Une fois ce dernier soubresaut de résistance maté, il aperçut au loin son amie en train combattre Maul au sabre laser. Il demanda donc de se faire conduire auprès d’Ahoska et il arriva à temps pour capturer l’ancien apprenti Sith. Grâce à Rex, Mandalore était maintenant sous contrôle de Bo-Katan et Dark Maul allait pouvoir être interrogé par le Conseil Jedi afin de connaître enfin la vérité sur le mystérieux Seigneur Sith qui manipulait la destinée de la galaxie depuis le déclenchement la Guerre des clones.
Maul fut alors officiellement remis à Rex par Ursa Wren après qu’il ait été enfermé dans un Caisson Mandalorien. Une fois en route vers Coruscant sur un Destroyer Stellaire Venator, Ahsoka et lui eurent une conversation sur les conséquences de la guerre et la tragédie d’exister uniquement à cause d’elle. Rex fut ensuite appelé pour recevoir de nouvelles instructions et il laissa la Torguta seule perdue dans ses pensées.
Les nouvelles consignes reçues par Rex furent très claires : les Jedi avaient trahi la République et l’Ordre 66 avait été déclenché pour qu’ils soient tous exécutés. Ahsoka entra alors dans la pièce pour l’avertir qu’elle avait sentie Anakin tuer Mace Windu afin de protéger le chancelier Palpatine. Rex tenta tant de bien que mal de résister à sa Puce de contrôle pour ne pas abattre immédiatement son amie et il parvint à lui conseiller de faire des recherches sur le clone Cinqs afin de comprendre ce qui allait se passer. Ces quelques instants de résistance permirent à la Togruta d’échapper aux premières salves de blasters mais Rex finit par céder à la puce et envoya Jesse et les autres clones à bord du Venator à sa poursuite. Il ordonna également l’exécution de Maul mais Ahsoka libéra le Zabrak de son caisson pour s’en servir comme diversion, ce qu’il fit à la perfection en détruisant l’hyperpropulsion du croiseur et en provoquant ainsi sa dérive inexorable vers une lune inconnue.
Rex fut ensuite retenu par les droïdes R7-A7, CH-33P et RG-G1 qui travaillaient pour l’ancienne Padawan et celle-ci parvint à l’assommer pour l’amener inconscient jusqu’au centre médical du vaisseau afin de lui enlever la puce et lui redonner son libre-arbitre. Une fois revenu à la raison, Rex informa Ahsoka que chaque clone de la Grande Armée de la République avait désormais pour mission de tuer tous les Jedi. Ils devaient donc s’enfuir au plus vite du Venator et se cacher de ses frères.
Pour duper Jesse et voler une navette, Rex se présenta devant son ancien camarade avec Ahsoka comme prisonnière. Il tenta de le raisonner en voulant lui expliquer que la Togruta avait quitté l’Ordre Jedi et qu’elle ne pouvait donc être considérée comme un traîtresse à la République mais Jesse se conforma à l’Ordre 66. Rex fut même également considéré comme un traître pour s’être associé avec une Jedi et les clones cherchèrent à le tuer lui aussi. Malheureusement, tout ce désordre permit à Maul de voler la dernière navette restante et de quitter le Venator au plus vite.
Finalement, Rex trouva un Y-Wing dans lequel lui et Ahoska purent s’enfuir sous le feu constant de leurs anciens camarades qui tentaient avec acharnement de les tuer. Les clones n’eurent de leur côté pas le temps d’évacuer le croiseur républicain avant qu’il ne s’écrase sur la lune et tous moururent dans le crash. Rex et Ahsoka décidèrent alors d’enterrer Jesse et tous les clones pour honorer leur mémoire et leur dévouement à la République. Ils quittèrent ensuite la lune pour se faire passer pour mort et ne pas être poursuivis par les hommes du nouvel Empire.
Par la suite, Rex se rendit, accompagné par Gregor et Wolffe, deux autres clones avec qui il avait noué des liens d'amitié, sur Seelos, planète désertique reculée et inintéressante aux yeux de l'Empire. En l'an -4, il reçut la visite de rebelles menés par un Jedi nommé Kanan Jarrus. Ce dernier annonça qu'il était envoyé par Ahsoka Tano, nom qui parla immédiatement au clone. Cependant, la rencontre fut houleuse puisque Wolffe dégaina son blaster et tira sur le Jedi, prétextant qu'il était venu pour se venger des clones et de ce qu'ils avaient fait lors de l'Ordre 66. Rex calma le jeu en indiquant qu'ils avaient tous trois retirés leur puce inhibitrice et qu'ils n'avaient pas participé à cet événement.
Par la suite, l'équipage du ghost participa à la capture d'un joopa, une créature permettant au clone de survivre plusieurs mois grâce à sa chair. Tous travaillèrent main dans la main et réussirent à maîtriser l'imposante créature. Cependant, Wolffe avait secrètement contacter l'Empire afin de leur annoncer qu'un Jedi les avait rejoint. Une droïde sonde fut envoyé sur la planète et l'Empire arriva peu de temps après.
Un assaut au sol fut ordonné par Kallus et rapidement, trois TB-TT furent déployés, véhicules bien plus puissants que le vieux RT-TT des clones et datant de la Guerre. Cependant, l'expérience de Rex au combat et l'aide de Kanan et son équipage permit au groupe de survivre et de vaincre les impériaux. Le RT-TT fut mis hors d'usage et Rex accepta la proposition des rebelles : Les rejoindre afin de combattre l'Empire aux côtés d'Ahsoka.
Les retrouvailles avec l'ancienne padawan d'Anakin Skywalker furent très chaleureuses et le clone fut très ému de la retrouver après tout ce temps. Il remplit sa part du contrat en fournissant aux rebelles les coordonnées de plusieurs bases républicaines abandonnées depuis la fin de la Guerre des Clones et pouvant leur permettre d'établir une base.
Rex entreprit alors d'apprendre un certain nombre de choses au jeune Ezra, pour qui il s'était pris d'affection. Jarrus ne voyait cependant pas d'un très bon œil cette forme d'ingérence dans la formation de son élève, ce qui créa des tentions avec le clone. Lors d'un exercice de lévitation, notamment, Rex, s'inspirant du modèle que lui avait offert Anakin, rappela à Ezra qu'un bon guerrier ne se fiait pas uniquement à la Force, mais aussi à ses yeux et à son esprit. Kanan réagit contre cette intervention en déclarant que ce dont Ezra avait surtout besoin, c'était de discipline. Rex lui fit alors remarquer qu'un soldat était particulièrement bien placé pour inculquer la discipline, impliquant que le jedi lui-même manquait de discipline. Comme Ezra profita d'une mission sur pour s'éclipser, la compétition de discipline finit en partie de dejarik, que Rex perdit à dessein pour donner une leçon de discipline à Kanan.
Ezra, Sabine, Zeb et Chopper revinrent néanmoins de leur mission avec des nouvelles qui suffirent à calmer les tensions entre le clone et le jedi : deux nouveaux Inquisiteurs avaient fait leur apparition, bien déterminés à traquer le groupe, ainsi qu'Ahsoka Tano, qu'ils savaient liée au rebelles. La rivalité entre le jedi et le soldat continua toutefois à s'exprimer, notamment lorsque les entraînements au blaster que Rex proposait à Ezra entraient en concurrence avec ses entraînements jedi. Ezra supportait mal d'être soumis à cette double pression, et en vint à remettre en question ces deux formations, et jusque son appartenance à l'équipe. Sa rencontre avec Hondo Ohnaka permit cependant au jeune garçon de réaliser qu'il était bien à sa place parmi l'équipage du Ghost… et aussi de mettre la main sur des générateurs qui permirent aux rebelles de remédier à la crise énergétique que connaissait la planète Rinn.
Par la suite, Rex participa à la bataille autour du blocus d'Ibaar. Ses talents d'artilleur lui permirent de tenir en respect plusieurs chasseurs TIE lancés par Kallus. Le blocus fut finalement forcé et les rebelles purent livrer de la nourriture aux habitants de la planète.
Plusieurs mois passèrent suite à la perte d'Ahsoka, mais la vie continua pour les rebelles qui continuèrent de harceler les impériaux, et Rex était plus que motivé à l'idée de faire payer l'Empire pour tous ses crimes. Un jour, suite au retour du Ghost qui venait de libérer Hondo Ohnaka d'une prison impériale, Rex assista à un briefing avec le commandant et les membres d'équipage du vaisseau pour déterminer la valeur des informations détenues par Hondo. Ils y apprirent qu'une casse de vaisseaux impériales sur la planète Yarma avait en réserve des dizaines d'anciens chasseurs de combat datant de la République, qui pourraient se révéler être de formidables atouts pour les rebelles. Rex n'hésita pas à vanter les mérites de ces chasseurs Y-Wings auprès des autres, qui doutaient de la fiabilité de si vieux vaisseaux. Devant la possibilité de créer un escadron de bombardiers capables de prendre d'assaut les cibles stratégiques comme les usines impériales, les rebelles n'hésitèrent pas. Il fut tout d'abord décidé d'effectuer une mission de reconnaissance, et suite à la nomination d'Ezra au grade de lieutenant-commandant, Rex fut placé sous ses ordres pour cette mission. Il embarqua à bord du Phantom et se laissa guider vers le lieu de leur mission.
Ne pouvant se rendre directement à Yarma, ils passèrent par la voie hyperspatiale de Sereeda, sur le territoire de la Guilde Minière, mais un accrochage avec les forces en présence mit en péril leur mission, la Guilde étant alliée à l'Empire. Ils se hâtèrent toutefois de sauter en hyperespace pour rallier Yarma avant qu'il ne soit trop tard. Malheureusement, l'Empire avait déjà réagi et commencé à détruire les chasseurs qu'ils étaient venus chercher. A la surprise générale, Ezra décida alors de lancer une mission de récupération, outrepassant l'objectif de reconnaissance de départ, et les autres n'eurent d'autre choix que d'accepter en dépit de leurs réticences. Après avoir passé la sécurité aérienne des droides de démantèlement non sans difficulté pour Rex, ils arrimèrent le Phantom à la station impériale et débarquèrent sur l'installation pour entamer la récupération. Ils y découvrirent des ouvriers Ugnaughts, amis de celui de la prison impériale, qu'ils parvinrent à convaincre grâce à Hondo de les aider à stopper le cycle de destruction et libérer les vaisseaux. Cependant, tandis qu'ils préparaient les chasseurs, les officiers impériaux leur compliquèrent la vie en déclenchant les pinces magnétiques et bloquer les vaisseaux. Lorsqu'ils apprirent que le système était contrôle uniquement depuis la tour principale, Rex fut choisi pour suivre Ezra dans la tour tandis que les autres terminaient la préparation. Cependant, lorsque Zeb et Sabine furent mis en danger par l'un des droide de démantèlement survivants, il n'hésita pas et se porta à leur secours, laissant Ezra continuer seul. Heureusement, Ezra parvint à désactiver les pinces, mais en provoquant la chute de la station, et Rex fut contraint de récupérer un Y-Wing pour prendre la fuite sans attendre, à l'instar des autres rebelles. Ils mirent alors le cap vers les étoiles, mais furent surpris lorsqu'ils constatèrent que leurs vaisseaux n'étaient pas équipés d'hyperpropulsion, et durent affronter les forces impériales tout juste arrivées dans le système. Cependant, des vaisseaux capitaux rebelles firent également leur apparition juste à temps et ils purent se poser à l'intérieur avant de prendre la fuite, retournant vers la sécurité d'Atollon.
Peu après, l'identité de Fulcrum menaçait d'être découverte par le Grand Amiral Thrawn. Pour sauver leur sympathisant qui n'était autre que Kallus, les rebelles décidèrent d'envoyer une équipe de sauvetage sur place. Alors que Ezra Bridger, AP-5 et Chopper s'infiltraient directement sur le vaisseau impérial de Kallus, Rex voyageait à bord d'une navette impériale volée, en compagnie du Jedi Kanan Jarrus. Tout deux portaient alors une tenue de stormtrooper. Ils disposaient d'un code d'accès pour monter à bord du croiseur de Kallus. Mais lorsque ce dernier dut se rendre sur le Chimaera, vaisseau personnel de Thrawn, Rex comprit qu'il leur faudrait un nouveau code d'accès. Il demanda alors à Chopper de le lui fournir. Une fois que le droïde rebelle eût transmis le code nécessaire, Rex et Kanan sortirent d'hyperespace à proximité du Chimaera. Le clone et le Jedi en profitèrent alors pour enfiler leurs casques et descendre de leur navette dans le hangar du vaisseau qu'ils venaient d’infiltrer. Cependant, une fois sur place ils furent accueillis par le Gouverneur Pryce, qui avait des doutes sur l'identité des deux hommes.
Lorsqu'elle qu'elle décida de les mettre aux arrêts, leur demandant d'enlever leurs casques, Kanan tenta un tour Jedi pour l'empêcher d'agir. Sentant venir le piège, le Gouverneur ordonna au stormtrooper qui l'accompagnait de tirer sur le Jedi avec un rayon paralysant. Le clone engagea aussitôt le combat en abattant le stormtrooper, puis affronta Pryce au corps-à-corps. Alors que cette dernière venait de récupérer un blaster et s'apprêtait à l'abattre, le lieutenant Lyste, convaincu de la trahison de Pryce, la paralysa d'un tir de blaster. Cette action permit à Rex et Kanan de s'échapper en compagnie de Ezra et des deux droïdes. Kallus refusa de les accompagner, préférant mettre en scène la trahison de Lyste pour se couvrir, et ainsi rester sur place.
Alors que les rebelles préparaient leur attaque sur Lothal, les événements passés avec Maul refirent surface. C'est en effet en pleine nuit qu'Ezra fût réveillé par la voix de l'holocron d'Obi-Wan Kenobi, à bord du Ghost. Alors qu'il pensait le Jedi en danger sur Tatooïne en voyant l'holocron Sith allumé, il fût rejoint par Kanan et lui révéla le retour du Sith. Les deux Jedi rejoignirent aussitôt Hera, Rex et Sato pour aborder le problème. Ezra souhaitait intervenir mais Rex déclara que Bail Organa avait malheureusement confirmé la mort du maître Jedi.
Lorsque les impériaux découvrirent la localisation de la base rebelle sur Atollon, Rex et Zeb réparèrent le générateur de bouclier permettant aux rebelles de se protéger des attaques au sol des Impériaux. Malgré l’absence de Sabine qui avait construit ce générateur, Zeb et Rex n’eurent aucun problème à le faire fonctionner. Les deux rebelles allèrent ensuite miner la zone donnant accès à la base pour détruire les véhicules impériaux qui seraient tentés de s’en rapprocher. Ils réussirent à détruire une première vague, mais des AT-AT arrivèrent et l’artillerie rebelle était bien trop faible pour faire face à ces quadrupèdes. Zeb, Rex et les quelques rebelles qui les accompagnaient durent alors se replier. Kanan arriva et réussit à détruire un AT-AT avec son Sabre Laser. Rex suivit les dirigeants Rebelles qui s’apprêtaient à rentrer dans le Ghost, quand l’amiral Thrawn arriva avec ses Shadow Troopers. Heureusement, Bendu survint et déchaina une énorme tempête sur les rebelles et les impériaux. Par cette diversion, les Rebelles purent s’échapper de la planète mais non sans mal. Ezra réussit à appeler des renforts inespérés et il put détruire l’Interdicteur. L’équipage du Ghost prit soin, avant de partir, de récupérer leur informateur Fulcrum qui s’était fait démasquer par Thrawn. Les rebelles purent s’enfuir sains et saufs. Rex était aux commandes du Ghost pendant le débriefing des dirigeants rebelles. Il partit en direction de Yavin IV où un nouveau chapitre pouvait commencer.
Une fois la mission du système Jalindi accomplie, l’équipage du Ghost reçu une nouvelle mission : infiltrer la planète Lothal malgré le blocus en place. Kallus et Rex les accompagnèrent, mais lorsque les rebelles décidèrent de passer le blocus impérial à bord du Broken Horn, Hera confia son vaisseau à Rex. L’ancien agent impérial resta avec le clone, et s’amusait de se trouver aux commandes du vaisseau qu’il avait jadis tant pourchassé, croyant que Hera s'était adressée à lui.
Rex participa à l'opération de libération de Lothal, secondé par ses fidèles frères d'arme Gregor et Wolffe, lesquels avaient répondu présent à l'appel d'Hera. A bord du Ghost, ils parvinrent à franchir le blocus spatial et arrivèrent juste à temps pour surprendre les forces impériales qui avaient pris d'assaut le QG des rebelles. Désemparée par ces renforts soudains, la Gouverneure Pryce dû s'avouer vaincue et fut faite prisonnière.
Suite à cette escarmouche, toute l'équipe s'activa à mettre au point un plan pour défaire l'Empire une fois pour toute. Rex et Gregor participèrent à l'infiltration du quartier général impérial et livrèrent une nouvelle bataille dans la salle des machines, pour tenter de réactiver le bouclier qui protégeait la cité des bombardements ennemis.
Si l'opération fut finalement un succès, elle devint également une tragédie personnelle pour Rex, lorsque son compagnon fut touché par un tir et mourrut dans ses bras.
The Clone Wars
Dark Disciple, de Christie Golden
Star Wars Rebels
Ahsoka
Marvel: Age of Republic - Special