La 501ème Légion était une division militaires de soldats clone d’élite durant la guerre des clones. A cette époque, elle était placée sous le commandement du Capitaine Rex et du Général Jedi Anakin Skywalker. Dès le début de ce terrible conflit, la 501ème participa à de nombreux affrontement face aux forces séparatistes : ses membres s’illustrèrent notamment lors de la bataille de Christophsis puis de Teth pour récupérer le fils de Jabba le Hutt.
Un an après le début du conflit, la 501ème fut de nouveau déployée sur Geonosis pour reprendre le contrôle de la planète. La forte résistance des autochtones enraya l’attaque aérienne et les soldats durent atterrir en catastrophe. Anakin, Ahsoka Tano et Rex furent alors obligés de détruire la Barrière de l'est pour retrouver le 212ème Bataillon d'Attaque de Obi-Wan Kenobi et les hommes de Ki-Adi-Mundi. La 501ème participa ensuite aux côtés de la 41ème légion d'élite à l’offensive contre la Forgerie de droïdes de Geonosis que les Padawans Ahsoka et Barriss Offee finirent par détruire. Les hommes de la 501ème coopérèrent ensuite de nouveau avec le 212ème Bataillon d’Attaque pour délivrer la Jedi Luminara Unduli des mains de la reine Karina la Grande et capturer Poggle le bref qui s’était réfugié dans les Catacombes de Geonosis.
La 501ème Légion prit également part à la défense de Kamino et la bataille d’Umbarra au cours de laquelle elle fut confrontée à la trahison du Jedi Pong Krell.
À la fin de la guerre, la 501ème est menée sur Yerbana par Anakin Skywalker. Grâce à l'intervention ingénieuse du Général, la bataille se solde par une défaite séparatiste. Par la suite, Anakin et la 501ème sont rapatriés afin d’assurer le sauvetage du Chancelier Palpatine sur Coruscant. Néanmoins, une division de la 501ème, la 332ème Compagnie est confiée au Commandant Rex et à l’ancienne Padawan Ahsoka Tano afin d’arrêter le Seigneur Sith Dark Maul sur Mandalore.
Palpatine se révèlera finalement être Dark Sidious, l’homme maléfique qui tirait les ficelles de la guerre. Il parvint à faire chuter Anakin Skywalker du côté obscur de la Force et en fit son disciple. L'Empire Galactique est proclamé et la 501ème légion devient le premier cadeau de l'Empereur à son nouvel apprenti : Dark Vador. La première mission commune de ces combattants aguerris aux côtés de leur nouveau maître est la pacification totale du Temple Jedi. Padawans, Chevaliers et Maîtres périssent par dizaines sous leurs coups de blasters tirés par les soldats d’élite de la 501ème.
Après la fin de la guerre, la production de clones fut stoppée et la 501ème Légion fut complétée par des combattants talentueux, sélectionnés à travers tout l’Empire puis soumis à un intense programme d’entraînement.
La 501ème légion resta durant les années qui suivirent sous le commandement de Dark Vador. Près de vingt ans après la chute de la République Galactique, en l’an 0, les Stormtroopers de la 501ème accompagnèrent leur leader Sith à bord du Tantive IV, le vaisseau de la Princesse Leia Organa afin d’y récupérer les plans volés de l’Etoile de la Mort.