Durant le conflit clonique, il fut rappelé auprès de son vieil ami, Obi-Wan Kenobi pour une mission particulière. Le criminel, Ziro le Hutt s’étant échappé de prison, les deux Jedi firent une nouvelle fois équipe afin de le remettre aux autorités de la République. Ils se rendirent sur Nal Hutta et rencontrèrent le Conseil des Hutts, de qui Ziro était le prisonnier depuis que Cad Bane le leur avait livré. Mais Ziro réussit à s’échapper une nouvelle fois suite à l’intervention de sa petite amie Sy Nootles et le Conseil des Hutts mit une nouvelle fois Cad Bane sur sa piste pour le capturer. De leur côté, Vos et Kenobi suivaient également la trace de Ziro grâce aux indices trouvés par Quinlan lorsqu’il utilisa son pouvoir de psychométrie sur un objet que le Hutt avait eut entre les mains. Après un passage chez Mama la Hutt, la recherche du Hutt se poursuivit sur Teth. Sur place les Jedi retrouvèrent le corps sans vie du Hutt, tué quelques instants auparavant par sa petite amie. Il s’ensuivit un combat entre Cad Bane et les Jedi que ces derniers souhaitaient appréhender. Bane réussit à s’enfuire juste à temps, aidé par son droïde, le fidèle Todo 360.

Durant les mois qui suivirent, Vos mena de nombreuses missions sous couverture pour le compte de la République. L’une d’elles consistait à se faire passer pour un client régulier de Sheb Valaad, un marchand douteux de Coruscant. L’homme procurait en effet à Vos des objets très rares, et le Jedi utilisait son don de psychométrie pour connaître la provenance des objets, et connaître la façon dont Sheb les avaient obtenus. La mission touchait à son terme et Vos se préparait à arrêter le malfaiteur, lorsque son ami Jedi Akar-Deshu se présenta au magasin. Vos n’eut d’autre choix que d’accélérer les choses et, après un bref combat contre les gardes de Valaad, il assomma ce dernier et le remit aux Jedi. Akar était venu pour l’informer que le Conseil requerrait sa présence pour lui assigner une autre mission.

Vos se rendit donc au Conseil Jedi et visionna un hologramme montrant les terribles attaques Séparatistes menées par le Comte Dooku contre les civils de la planète Mahranee. Les Maîtres en étaient arrivés à une situation extrême : tuer le Comte Dooku. Vos était le candidat naturellement désigné pour cette mission, étant adepte des missions secrètes. Pour mettre toutes les chances de son côté, Yoda proposa qu’il soit accompagné par Asajj Ventress, l’ancienne apprentie de Dooku qui avait déjà tenté d’éliminer le Sith à deux reprises. Malgré ses propres réticences et les mises en garde d’Obi-Wan Kenobi, Vos accepta la mission. Il devait retrouver Ventress, gagner sa confiance et l’amener à donner des informations sur Dooku sans qu’elle ne connaisse le véritable but de la mission de Vos.

Il se rendit donc au niveau 1313, dans les bas-fonds de Coruscant, et retrouva le groupe de chasseurs de primes de Boba Fett dans un bar. Sans dévoiler son identité, il leur demanda où il pouvait retrouver Ventress. La demande énerva Boba, car Asajj avait la fâcheuse habitude de doubler les chasseurs de primes sur plusieurs missions. Il le renseigna néanmoins, lui indiquant que Ventress se trouvait actuellement sur Pantora, à la recherche d’un Volpai nommé Moregi.

Vos n’eut aucun mal à trouver Ventress sur Pantora. Il s’interposa entre elle et sa proie, ce qui outra Asajj. Celle-ci frappa alors Vos, ce qui permit à Moregi de s’échapper. Une course-poursuite débuta alors, durant laquelle Vos et Ventress rattrapèrent Moregi, avant que celui-ci ne prenne la fuite à bord d’un speeder. Dans l’action, Vos avait sauvé la Dathomirienne d’une chute qui lui aurait été fatale. Cependant, Ventress était énervée par la fuite de sa proie et partit, ordonnant à Vos de ne pas le suivre.

Bien évidemment, le Jedi alla à l’encontre de cet ordre, et rejoignit Ventress dans un bar. Il proposa à la chasseuse de primes de devenir son partenaire. Celle-ci refusa, mais Vos l’aida néanmoins en utilisant son don de psychométrie sur un objet perdu par Moregi pour le retrouver. Ensemble, ils partirent au domicile de ce dernier. Le Volpai leur dit alors qu’il souhaitait avant tout protéger sa famille, puis il prit la fuite. Au terme d’une nouvelle course poursuite durant laquelle Vos sauva encore la vie de Ventress, ils finirent par capturer le rénégat, qui essaya bien de négocier une dernière fois, sans succès. Ventress accepta finalement le partenariat avec Vos, et ils partirent pour d’autres missions.

Ventress était cependant déçue par les qualités physiques de Vos, et décida de lui faire subir un entraînement corsé. Les semaines qui suivirent furent donc, pour Vos, l’occasion de parfaire ses talents de combattant, sans utiliser la Force, bien entendu, car il ne souhaitait pas que sa partenaire ne découvre sa véritable identité. Les deux compagnons se rapprochèrent, sans toutefois dévoiler à l’autre leur passé. De temps à autre, Vos retournait également sur Coruscant pour faire son rapport à Obi-Wan Kenobi.

L’une des missions mena le duo sur Oba Diah. Ils y rencontrèrent le chef du syndicat des Pykes, Marg Krim, dont la femme et les deux enfants avaient été enlevés par le Soleil Noir, qui souhaitait s’approprier les affaires des Pykes. Bien qu’elle soit différente des autres missions, Vos et Ventress l’acceptèrent et mirent le cap sur Mustafar, siège du Soleil Noir.

Là, ils découvrirent la localisation des enfants de Krim, et réussirent à les secourir. Cependant, leur mère, Tezzka, n’était pas avec eux. Elle se trouvait au même endroit que Ziton Moj. Ventress s’y rendit donc en se faisant passer pour une envoyée de Marg Krim, qui souhaitait voir la femme de celui-ci avant de négocier. Lorsque Tezzka fut là, Vos arriva dans la pièce, et lui et Ventress éliminèrent les gardes de Moj. Ils réussirent à s’enfuir avec Tezzka, et ramenèrent toute sa famille à Marg Krim. Ce dernier doubla la récompense qu’il leur avait promise, puis Vos et Ventress s’en allèrent. Au moment de quitter le système de Mustafar, ils croisèrent des vaisseaux du Soleil Noir. Le syndicat était revenu punir Marg Krim et tuer sa famille.

Vos et Ventress préfèrent s’en aller, abasourdis par un tel dénouement. Vos décida alors d’être pleinement honnête avec Ventress, et il lui avoua sa nature de Jedi.  A la surprise de Vos, Asajj lui répondit qu’elle le savait, étant donné la façon dont il survivait aux combats.

Grâce à Sumdin, un agent de la chasseuse de primes, les deux comparses apprirent que Dooku se trouvait sur la planète Raxus, où il allait être se voir remis un prix d’honneur lors d’un gala pour ses actions durant la Guerre des Clones. A leur arrivée, Sumdin leur donna des pass afin de pouvoir entrer au gala, puis Ventress le tua pour ne pas laisser de traces, au grand étonnement de Dooku.

Vos et Ventress écoutèrent Dooku prononcer son discours, puis se séparèrent, ayant repéré le Général Grievous. Le Kiffar partit s’occuper du cyborg, et réussit à l’enfermer, après un rude combat, afin qu’il n’intervienne pas pour aider Dooku. Il partit donc aider Ventress qui se trouvait aux prises avec le Comte. Ventress et Vos eurent l’avantage au début du combat, mais Dooku réussit à repousser Asajj, qui se retrouva aux prises avec Grievous, qui s’était finalement libéré. Dooku eut ensuite tout le loisir de mettre Vos hors d’état de nuire et le capturer, Grievous ayant finalement réussi à se libérer et s’occupant de Ventress.

Pendant les jours qui suivirent, Dooku tortura Vos sur Serenno, lui faisant comprendre qu’il ferait un excellent allié du Côté Obscur, et essaya de le briser par tous les moyens. Dooku lui apprit notamment que, contrairement à ce que Ventress lui avait dit, c’était bien elle qui avait tué son ancien Maître, Tholme. Pour le prouver, Dooku emprisonna Vos avec le sabre de Tholme, afin que le Jedi utilise son don de psychométrie pour connaître la vérité.

Quelques jours plus tard, Quinlan vit Ventress arriver dans sa cellule sur Serenno, où il était emprisonné, pour le libérer. Mais le Kiffar avait utilisé son don de psychométrie sur le sabre laser de son maître, et avait appris la vérité : Asajj avait tué Tholme. La Dathomirienne ne put que fuir devant l’énervement de son amant. Vos sortit de sa cellule et s’aperçut que Dooku avait été capturé par le groupe de chasseur de primes de Boba Fett, et décida de le libérer, au grand désespoir d’Asajj. Dooku avait réussi son pari : attirer le Jedi du Côté Obscur de la Force.

Durant les mois qui suivirent, Quinlan Vos assista Dooku, sous le pseudonyme d'Amiral Enigma, permettant ainsi aux Séparatistes de remporter de nombreuses victoires grâce aux renseignements fournis par l'ex-Jedi. Un jour, alors que la flotte Séparatiste se trouvait en orbite de la planète Taris, Vos vit arriver Obi-Wan Kenobi, Asajj Ventress et Anakin Skywalker à son secours. Il était encore très affaibli des tortures subies par Dooku, et n'eut aucun mal à faire croire aux Jedi que l'amiral Enigma n'avait jamais existé. Seule Ventress ne crut pas à ses paroles et voulut le tuer, mais Kenobi s'interposa. Ils devraient régler leurs différends plus tard, car les droides séparatistes arrivaient. Ils s'enfuirent donc, et Vos fut amené devant le Conseil Jedi, qui se félicita de son retour.

Durant le mois qui suivit, Vos poursuivit sa lente guérison des tortures infligées par Dooku, et se voyait confier de petites missions par le Conseil. L'une d'elle consista en l'infiltration et le dépouillement d'une base de ravitaillement séparatiste située sur un astéroide. Vos effectua cette mission en compagnie d'Obi-Wan, Anakin et Akar-Deshu. Leur arrivée sur l'astéroide se déroula sans accroc, n'ayant qu'à éliminer quelques chasseurs ennemis. A l'intérieur de l'astéroide, ils découvrirent comme prévu de nombreuses caisses de ravitaillement. Vos partit explorer l'astéroide, pendant que les autres assistaient au chargement des caisses de ravitaillement. Il les prévint alors qu'il avait découvert des bombes prêtes à exploser, et ordonna donc à tout le monde de fuir.

Quelques jours plus tard, Obi-Wan, Anakin et Quinlan partirent pour une autre mission, sur Vanqor cette fois-ci, afin de détruire un poste d'écoute s'éparatiste. Sur place, ils ne trouvèrent personne. En l'explorant, Vos utilisa son don de psychométrie et s'aperçut que les Séparatistes avaient évacué les lieux peu de temps auparavant. 

Après ces deux missions, Asajj retrouva ses sentiments pour Vos, persuadée finalement qu'il était revenu du côté lumineux.

Quinlan fut plus tard convoqué par le Conseil Jedi, qui lui confia à nouveau la mission de tuer Dooku, en étant toujours accompagné par le Asajj Ventress. Ce que le Conseil ne dit pas, c'est qu'il s'agissait d'un véritable test car Yoda avait décelé une grande noirceur en lui. Ainsi, lorsqu'il se rendit en orbite de la planète Christophsis, om se trouvait Dooku, il fut suivit en secret par Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker. Asajj le déposa à bord du vaisseau de Dooku, et Vos partit l'affronter. Il eut rapidement le dessus, mais refusa de le tuer. Au lieu de cela, il déclara vouloir devenir le nouvel apprenti de Dark Sidious, le mystérieux Sith qui dirigeait Dooku. Ce dernier le railla, assurant que c'était impossible, puis proposa à Vos qu'ils deviennent alliés et renversent Sidious ensemble.

Au moment où Quinlan donnait son accord, Obi-Wan et Anakin sortirent de leur cachette et, prenant par surprise les deux hommes, les capturèrent. Dooku et Vos furent amenés sur le pont du Vigilance, puis confiés aux deux Jedi Kav Bayons et Akar-Deshu, l'ami de toujours de Vos qui ne comprenait pas comment il en était arrivé là. Cependant, Vos réussit à voler le sabre laser de Desh, à libérer Dooku et à s'enfuir en compagnie du leader Séparatiste. Desh et Bayons se lancèrent à sa poursuite, et lorsque le Mahranee voulut utiliser son épine venimeuse sur Vos, ce dernier le repoussa, tuant Bayons sur le coup, puis achevant Desh, condamné par le poison.

Dooku et Vos fuirent à bord du Banshee, le vaisseau de Ventress, et le Kiffar promit de tout expliquer à son amante concernant la présence de Dooku. Mais ils ne purent fuir bien longtemps, car le Banshee fut touché par leurs poursuivants, Kenobi et Skywalker, et dut s'écraser à la surface de Christophsis. Les trois occupants parvinrent à s'extraire de l'épave, même Dooku, blessé, et prirent la direction d'une tour de communication séparatiste se trouvant pas loin.

Arrivés sur place, Dooku contacta Sidious par holo et lui présenta Vos comme son nouvel assistant. Il demanda également à Sidious d'envoyer des renforts sur les lieux, car les forces de la République arrivaient et étaient plus nombreuses. En effet, le combat démarra rapidement entre les droides et les clones. Dooku fut assomé par un tir républicain, et Vos et Ventress se réfugièrent à l'intérieur d'une chambre forte. Lorsque le Comte reprit connaissance, il voulut tuer Dooku grâce à des éclairs de Force, mais Ventress s'interposa, se sacrifiant à la place du Kiffar. Alors que Vos allait se lamenter sur le corps de la chasseuse de primes, Obi-Wan et Anakin arrivèrent pour s'occuper de Dooku, mais ce dernier prit la fuite, les renforts séparatistes étant arrivés.

C'est donc un Quinlan Vos dévasté par la mort de Ventress qui se rendit sur Coruscant devant le Conseil Jedi. Il leur expliqua que son véritable objectif, dès le début de sa mission, avait été de se rapprocher de Dark Sidious et de l'éliminer, afin de mettre un terme à la guerre une bonne fois pour toutes. Par la suite, Vos retourna sur Dathomir en compagnie de Kenobi, et il rendit à la planète le corps de Ventress.

Kiffar d'origine, Quinlan Vos était connu pour ses capacités psychométriques, un trait commun à son espèce amplifié chez lui par sa maitrise de la Force, et pour son aptitude à pouvoir parfois échapper à la perception des gens, même celle de ses pairs. Mais plus que ça, Vos resta dans les mémoires comme un Maître Jedi atypique, au parcours pour le moins compliqué.

Fils de Pethros et Quian Vos, Quinlan fut découvert alors qu'il n'était encore qu'un enfant par le Maître Tholme, grâce à son taux élevé de midichloriens. Sa tante Tinte s'opposant à ce que l'enfant parte pour Coruscant, car voulant faire de lui un des Gardiens de Kiffu, le Jedi ne put néanmoins commencer l'entrainement du garçon que sur sa planète natale, à la demande du Sheyf Kurlin Vos. Au cours de ces années de formation intensive à la maîtrise de la Force, si une tragédie toucha très vite le jeune Vos avec la mort de ses parents, il ne lui fallut malheureusement que peu de temps pour en affronter une autre. Alors qu'il se remettait lentement de la perte qu'il avait subi, encouragé par sa tante, Quinlan utilisa en effet ses dons psychométriques sur un insigne ayant appartenu à sa mère, mais la sensation qu'il éprouva ce jour-là l'effraya et le marqua à tout jamais, lui qui vit dans toute son exactitude la façon dont ses Gardiens de parents avaient été tués par des Anzati, et ce comme s'il avait été à la place de sa mère. Profondément traumatisé par cette expérience, le garçon se réfugia alors dans les bras de Tholme pendant trois jours, ce qui conduit finalement le Jedi à s'en aller avec son élève sur Coruscant, avec l'autorisation des clans de Kiffu, là où le Kiffar devint définitivement son Padawan.

Quarante-cinq ans avant la Bataille de Yavin, alors qu'il était envoyé sur Ryloth avec son Maitre pour une énième mission depuis son entrée au Temple, Vos fut attiré par une petite Twi'lek nommée Aayla Secura, avec laquelle il se sentait étrangement en phase. Lorsque la Force l'avertit qu'Aayla était en danger, il se précipita ainsi immédiatement pour la sauver, pour tomber nez à nez avec un wampa. Au cours du combat, alors qu'il était sur le point de se faire tuer, Secura réussit, grâce à la Force, à redonner son sabre à Quinlan, et celui-ci éventra la bête. Finalement, quand son Maître vint à son secours, le Kiffar lui montra alors Aayla et lui déclara que l'enfant avait une affinité avec la Force, une affinité qui les avait tout de suite lié, et qui permit à la petite Twi'lek d'être emmenée au Temple pour y être formée.

Durant le Conflit Hyperspatial de Stark, Quinlan et Tholme furent envoyés sur Thyferra pour enquêter sur la pénurie de bacta et découvrirent que celle-ci était causée par la Fédération du Commerce et par les autorités de la planète. Mais traqués, ils rejoignirent Plo Koon et d'autres Jedi sur Troiken. Là, le Kel Dor les informa alors de la mort du Maître Tyvokka, un décès qui perturba Vos et qui le fit s'isoler dans les caves de Troiken, avant qu'il ne soit retrouvé par Obi-Wan Kenobi, l'apprenti de Qui-Gon Jinn, à qui il raconta comment il avait vécu psychiquement la mort de ses parents. Poursuivis par des insectes prédateurs, ils n'eurent finalement la vie sauve que grâce à leurs Maîtres, et c'est à ce moment que commença leur amitié. Peu après, tandis que leurs confrères de Coruscant s'apprêtaient à mener l'attaque finale contre les forces de Iaco Stark, Vos et son Maître furent chargés de s'infiltrer dans un vaisseau ennemi, pour permettre à Jinn et Kenobi de transmettre le patch contre le virus informatique touchant les vaisseaux Républicains, une action décisive qui permit aux Jedi de triompher.

Quelques jours plus tard, Tholme étant parti seul en mission, Vos dut accompagner Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi au cours d'un de leurs voyages sur Ragoon-6. Seulement, leur séjour ne fut pas de tout repos car le Padawan Kiffar faillit se noyer en s'exerçant avec son ami Kenobi. Heureusement sauvé par les deux autres Jedi, il décida alors d'oublier cet incident et de ne jamais plus en parler.

Trente-huit ans avant la Bataille de Yavin, sa formation ayant porté ses fruits, c'est à l'âge de 19 ans que Quinlan, ou Quin comme on vint à le surnommer, fut nommé Chevalier et qu'il prit Aayla Secura comme Padawan, débutant par là un partenariat qui s'avéra des plus efficaces. Ensemble, ils furent ainsi chargés de nombreuses missions, comme sauver la princesse de Xoman Free des mains de pirates, venir à bout d'une ancienne énigme sur Solibus IV, ou vaincre un monstre à trois têtes sur Ogden Mineure, des missions dont ils s'acquittèrent toujours avec succès.

Quelques semaines avant l'élection de Palpatine au rang de Chancelier Suprême, sans se douter qu'il s'agissait de la mission qui changerait leurs vies, Quinlan et Aayla commencèrent à enquêter sur un nouvelle drogue appelée glitteryll, un mélange de ryll Rylothéen et de glitterstim de Kessel. Si leurs investigations les menèrent sur Tatooine, où Vos croisa le Maître Qui-Gon Jinn sans pouvoir cependant lui parler ou l'aider, Kiffu, Nar Shaddaa, où il rencontra Mace Windu, et sur Ryloth, lorsqu'ils s'approchèrent trop près de la vérité, les deux Jedi furent en effet piégés par Pol Secura, le chef du clan Secura, qui leur effaça la mémoire et abandonna ensuite Vos sur Nar Shaddaa, là où il se réveilla sans aucun souvenir, poursuivi par des chasseurs de primes, mais maîtrisant toujours la Force.

Aidé par un Dévaronien nommé Vilmarh Grahrk, il récupéra alors son sabre ainsi que celui de son apprentie, et, grâce à ses capacités psychométriques, eut des flashs de sa dernière mission, des images qui le poussèrent à retrouver Aayla. Après une altercation avec Bib Fortuna, Quinlan revint ainsi sur Kiffu, où sa tante, dirigeant désormais les Gardiens Kiffar, lui conseilla d'aller sur Ryloth, le prévenant par la même occasion des ténèbres qu'il gardait en lui. Une fois sur la planète natale des Twi'lek, il fit la connaissance d'Asanté Vos, membre de son clan, et tenta avec elle de retrouver des traces de son séjour, sans se douter qu'elle était en fait complice de Pol Secura. Lorsque la jeune femme se fit tuer, après avoir tenté de le tuer lui, c'est finalement en tant que membre du harem du leader Twi'lek que Quinlan retrouva sa Padawan, elle-aussi amnésique, un sort qui rendit le Jedi fou de rage et lui fit utiliser le Coté Obscur pour torturer Pol, afin d'obtenir l'identité de l'instigateur de l'opération glitteryll.

Quatre ans plus tard, quand les Séparatistes commencèrent leurs actions, bien conscients que les décisions les plus importantes se prenaient souvent dans l'ombre, Quinlan et Tholme furent ceux qui mirent en place un réseau d'espions destiné à leur rapporter ce qui se passait au sein du mouvement dissident. Malheureusement, si ces agents infiltrés les renseignèrent au mieux pendant près de vingt-quatre mois, aucun d'entre-eux n'eut vent des évènements qui se tramaient sur Géonosis et ne put donc prévoir le massacre des Jedi qui s'y déroula, un massacre qui marqua le début de la Guerre des Clones et qui choqua Vos.

Un mois après le début de ce conflit, quand Tholme prit contact avec lui, Quinlan ne répondit pas à son appel, mais en entendant parler d'un Kiffar appelée Korto Vos sur la station spatiale connue sous le nom de 'la Roue', le Conseil envoya Aayla Secura à sa recherche, pensant naturellement que ce Korto était en réalité le Jedi qu'ils connaissaient tous. S'il fut vite retrouvé par son ancienne Padawan, le Maître Vos lui demanda pourtant de repartir sur-le-champ, principalement parce qu'il s'estimait responsable de ce qui s'était passé sur Géonosis de par l'échec de son réseau, un échec qui aurait pu coûter sa vie à la Twi'lek. Réconforté par celle-ci, le Kiffar n'en dut pas moins interrompre leurs retrouvailles lorsque Tookarti, un Chadra-Fan à son service, vint le prévenir qu'une autre des ses acolytes, une voleuse nommée Khaleen Hentz, était menacée par un dianoga, sur lequel se précipitèrent aussitôt les deux Jedi. Sauvée des tentacules de la créature, la jeune femme confia alors à son patron le fruit de sa dernière mission, un disque qu'elle avait volé au Falleen Zenex, contenant le nom de la prochaine cible des Séparatistes: Kamino.

Sachant que la République perdrait l'avantage qu'elle avait sur ses ennemis grâce à ces informations si le disque était envoyé sur Coruscant, comme Aayla en eut l'idée, Vos n'eut donc d'autres choix que de copier le message enregistré par Nute Gunray et laisser Hentz le rendre à son propriétaire. Malheureusement, Zenex étant plus fourbe qu'il ne le paraissait déjà, la restitution ne se passa pas comme prévu, et, lorsqu'il usa de ses phéromones pour pousser la voleuse au suicide, Quinlan fut forcé de sortir de sa cachette pour éviter un sacrifice inutile et sauver celle qui éprouvait secrètement des sentiments pour lui, avant que Secura ne finisse par tuer le Falleen dans l'altercation qui suivit. Le truand mort, c'est finalement le Kiffar qui se chargea de rendre le disque aux Séparatistes par le biais du propre contact de Zenex, et ce en se faisant passer pour lui grâce à la Force, pour ensuite demander à son ancienne apprentie de retourner à Coruscant avec la copie, tandis que lui resterait sur la station spatiale avec Khaleen, tentant de faire avancer les choses en faveur de la République sans pourtant assumer le rang de Général.

Etant donné qu'il était celui qui avait découvert la menace qui pesait sur Kamino, à la demande du Conseil et sous la forme d'un hologramme, Quinlan assista tout de même au briefing tactique tenu par Obi-Wan Kenobi et Oppo Rancisis sur la planète océanique avant que les Séparatistes n'y lancent leur offensive, un briefing à l'issue duquel il discuta avec son ami Kenobi de la relation qu'il avait avec son Padawan Anakin Skywalker.

Un mois plus tard, après la Bataille de Lianna, le Kiffar quitta l'endroit où il s'était réfugié avec ses agents pour se rendre sur la petite planète de l'Hégémonie de Tion, où il assista à la crémation du Maître Cei Vookto, mort au combat. Là, au cours d'un duel d'entraînement contre Mace Windu, censé réévaluer ses compétences au sabre-laser après des semaines passées à jouer du blaster, il en profita alors pour faire son rapport sur les Jedi dissidents qui attendaient le Korunnai sur la lune de Ruul. S'il se défendait plutôt bien contre son aîné, Windu cessa pourtant l'exercice lorsque Vos utilisa une manoeuvre connue sous le nom de Vaapad, qui lui avait été enseignée par Sora Bulq après son amnésie, une technique que Tholme et Yoda lui conseillèrent de ne plus utiliser car connivente avec le Coté Obscur, un domaine dont il était déjà trop proche.

Par la suite, alors que la Guerre des Clones durait depuis cinq mois, Quinlan s'infiltra sur la planète Brentaal IV à la demande de son ancien maître, mais ce fut pour être capturé peu après son arrivée et emprisonné dans une forteresse. Venue reprendre la planète, Shaak Ti le libéra alors de sa cellule, et lui apprit que les Jedi avaient reçu un message de sa part, disant que la voie était libre sur Brentaal IV, ce qui était faux. N'ayant envoyé aucun message, Vos en déduisit donc immédiatement qu'il y avait donc un traître dans son équipe. Sur ordre de sa consoeur, le Kiffar fit ensuite équipe avec un soldat clone et un ancien garde sénatorial du nom de Sagoro Autem pour détruire les boucliers de la forteresse, une mission qu'il réussit et qui permit la victoire de la République. En ayant fini sur Brentaal IV, Vos rejoignit Khaleen et Tookarti, pour continuer à travailler dans l'ombre pour le bien de la République.

Un mois après, Quinlan se fit arrêter sur Nar Shaddaa par le Maître Jedi Agen Kolar, qui déclara que Tookarti l'avait accusé de la trahison concernant Brentaal IV. Sur la route, le speeder de Kolar fut frappé par celui de Khaleen, qui récupéra Vos et lui avoua son amour pour lui. Le Kiffar l'embrassa alors sur la joue et sauta à terre pour affronter le Zabrak, et finalement se réfugier dans une cantina, au dehors de laquelle son adversaire fut repoussé par les troupes du Hutt nommé Aruk. Il se précipita ensuite dans un spatio-port, où il retrouva Tookarti qui lui avoua travailler en fait pour le Comte Dooku. Le Chandra-Fan tenta alors d'assassiner le Kiffar, mais celui-ci le tua avant. Agen Kolar rapporta peu après à Yoda, Mace Windu, Ki-Adi-Mundi et Tholme que Quinlan était bien devenu un traître, sans savoir que tout faisait partie d'un plan pour que Vos s'infiltre dans les hauts niveaux de la Confederation.

Après avoir enregistré un hologramme concernant sa défection destiné à Aayla Secura, Quinlan se rendit ainsi sur Antar 4 pour s'entretenir avec le Comte Dooku, non sans affronter deux Jedi Noirs, Kadrian Sey et Tol Skorr, auparavant. Utilisant ses capacités psychométriques pour lire à travers un holoprojecteur, il découvrit alors que Dooku était en relation avec la Sheyf de Kiffar, Tinte Vos, et à l'arrivée de l'ancien Jedi, s'engagea dans un duel. Subissant les brimades de son adversaire et encouragé par Sora Bulq, qui avait depuis embrassé le Coté Obscur, Vos utilisa le Vaapad pour en finir, mais Dooku le défit sans efforts, et l'accepta finalement dans ses rangs. Accompagné de ses autres acolytes, ils partirent alors sur Tibrin où, après le meurtre du leader des Ishi-Tib, Dooku demanda à Vos de lui ramener la tête du Sénateur Zurros. Mais le Jedi découvrit que Khaleen, la femme qui l'aimait, était également sur Tibrin, envoyée par Tholme, et le Kiffar céda finalement à ses sentiments pour elle en l'embrassant. Il revint sur Antar 4 six jours plus tard, ramenant avec lui une mèche de cheveux de Zurros pour montrer qu'effrayer le Falleen était préférable à la mort, un acte que respecta Dooku.

Au même moment, et à son grand desespoir, Vos dut également laisser Shylar, une Jedi avec laquelle il avait secrètement entretenu une relation alors qu'ils étaient Padawans, se faire torturer par le Comte et ses sbires. Sa mission l'amena ensuite à combattre les membres de son propre clan sur Kiffu, mais il ne put se résoudre à voir sa tante se faire abattre. Il tua alors Kadrian Sey, et s'enfuit avec Tinte, un geste qui révèla à Dooku ses vraies motivations. Ce dernier le retrouva avant que Vos ne puisse faire quoique ce soit, et après un combat, il l'encouragea à lire à travers Tinte, pour découvrir ce qu'elle cachait en elle à propos du Kiffar. Celui-ci accepta, et grâce à ses dons amplifiés par la Force, il découvrit que la Sheyf était responsable de la mort de ses parents. Enragé, il n'écouta pas les explications de sa tante et, reprenant son sabre des mains de Dooku, il la tua lui-même, s'enfonçant un peu plus vers le Coté Obscur.

Près de dix mois plus tard, après avoir récupéré sur Korriban l'Holocron de Dark Andeddu et retrouvé Khaleen sur Bakura, Quinlan se vit assigner une nouvelle mission par Dooku, tuer le Sith contrôlant le Sénat. Toujours tourmenté par sa culpabilité concernant la mort de Tinte Vos, le Kiffar se rendit alors sur Coruscant en se faisant passer pour le General Zac'ryah Vos, son sabre-laser désormais équipé du cristal rouge de Dark Andeddu. Après avoir conversé avec Bail Organa et Mon Mothma, il rencontra le Chancelier Palpatine, le Sénateur Viento à ses côtés. Croyant que ce dernier était le Sith, il se rendit à ses appartements, et le tua avant que K'Kruhk, le protecteur Jedi de Viento, ne puisse faire quoique ce soit. Le Whiphid et lui s'affrontèrent finalement sur le toit d'un transport, mais Vos ne tua pas l'autre Jedi et se sauva. Retrouvant Khaleen, Tol Skorr et Dooku dans un entrepot de Coruscant, il demanda des explications au Comte, car Viento n'était pas un Seigneur Sith. L'ancien Jedi lui déclara alors que Viento l'avait trahi, et qu'il avait envoyé Vos le tuer pour voir s'il pouvait avoir confiance en lui, étant donné qu'il n'avait pas totalement rejoint le Coté Obscur, même s'il se persuadait de ne pas y être du tout.

Quelques semaines plus tard, sachant qu'il s'agissait d'un nouveau test, Vos se rendit sur Ryloth où, après avoir délivré un message du Comte Dooku à Kh'aris Fenn, il tua le Twi'lek pour désobeissance envers le Sith, pour finalement laisser l'enregistrement du meurtre dans la base de Fenn en guise d'avertissement envers ceux qui trahiraient le Comte, une video que découvrirent Agen Kolar, Kit Fisto, Mace Windu et Saesee Tiin.

Près de deux ans après la Bataille de Géonosis, Quinlan fut envoyé par Dooku sur Honoghr, afin de récupérer un bloc de données portant sur une arme bio-chimique. Sur la planète natale des Noghris, il retrouva alors son ancienne Padawan, accompagnée par le commandeur Bly, et après lui avoir juré qu'il travaillait toujours pour la République, il lui proposa de l'aider à trouver ce qu'ils cherchaient tous les deux. Mettant à profit ses dons innés pour la psychométrie, il réussit à subtiliser les données, pour finalement trahir sa parole et tenter de les reprendre des mains d'Aayla. Même s'il lui expliqua qu'elle devait lui donner le bloc pour que Dooku continue à lui faire confiance, et pour qu'il trouve ainsi le second Sith afin de mettre un terme à la Guerre des Clones, Vos ne put éviter le combat contre son amie et, cédant à la colère, la menaça de mort. Les paroles de Secura quant à ce qu'il était devenu réussirent pourtant à le troubler, mais le Kiffar dut s'enfuir lorsque Bly tenta de le tuer.

Six mois plus tard, suite à son échec sur Honoghr, Quinlan semblait avoir perdu la confiance du Comte, qui lança les Jedi Noirs Asajj Ventress et Tol Skorr à sa poursuite. Coincé dans les soutes du vaisseau d'exploration Titavian IV, et tentant désespérement de se débarrasser des drones-tueurs de Ventress, le Kiffar fut alors rejoint par son ami Obi-Wan Kenobi, qui, malgré le statut de Vos, ne put s'empècher de l'aider. Croyant qu'ils s'en étaient sortis, après avoir failli se noyer, ce qui leur ramena en mémoire ce qui s'était passé sur Ragoon-6 dans leur jeunesse, les deux hommes furent toutefois retrouvés par leurs adversaires, qui exploitèrent toutes leurs ressources pour les mettre hors d'état de nuire. Blessé par Tol Skorr, Quinlan réussit pourtant à s'enfuir avec l'aide d'Obi-Wan, pour finalement revenir sortir le Maître Jedi des griffes d'Asajj Ventress.

Emmené dans le système de Rendili, où les Républicains tentaient de neutraliser les forces locales, le Kiffar fut tout de suite mis aux arrêts par Saesee Tiin, qui ne cessait de le traiter de renégat. Mais quand le combat entre les deux flottes démarra, Quinlan parvint à s'échapper, prit un chasseur Jedi et aida Obi-Wan à libérer le Maître Plo Koon. Victorieux, les Républicains regagnèrent alors la capitale, et Vos fut conduit devant le Conseil Jedi, où il exprima tous ses remords quant à ce qu'il avait fait sous les ordres de Dooku, et donna des informations sur les prochaines actions Séparatistes. Croyant en sa bonne foi, les membres de l'assemblée, par l'intermédiaire d'Oppo Rancisis, lui souhaitèrent donc un bon retour parmi eux. Hélas, Vos n'était pas vraiment ce qu'il semblait être, et quelques heures plus tard, il envoya un message à Khaleen pour lui annoncer le bon fonctionnement d'un des plans du Comte.

Suite à cet aveu, la relation entre les deux personnages évolua. Vos confia à Ventress la véritable nature de sa mission, et la chasseuse de primes décida alors de passer son entraînement à un niveau supérieur en l’amenant sur Dathomir. Là, elle lui raconta une partie de son histoire, et lui confia que c’était Dooku qui avait tué son maître, Tholme. Ce que Vos ne sut pas, c’est que Ventress lui mentait afin que le Jedi accumule de la haine envers le Comte. Les deux se rapprochèrent alors encore davantage, jusqu’à finir par s’embrasser.

Vos vécut les jours qui suivirent de façon paradoxale, entre un amour naissant d’un côté et un entraînement plutôt rude de l’autre, car Vos devait se rapprocher du Côté Obscur. Lors d’une des séances, Vos dut prendre le contrôle de l’esprit d’un serpent et lui ordonner de mourir. Vos réussit la première partie de l’épreuve, mais ne réussit pas à tuer l’animal. En revanche, ce dernier le mordit, et Quinlan fut empoisonné. Ventress lui assura que le venin n’était pas mortel, mais elle ne fit rien pour le guérir, car la souffrance qu’il ressentirait serait un atout contre Dooku.

Vos guérit finalement, puis dut passer une dernière épreuve : réveiller le Dormeur, une créature qui vivait dans les lacs souterrains de Dathomir, puis le tuer. Le Jedi réussit la mission, malgré un temps d’hésitation lorsqu’il se rendit compte que la créature n’était pas dangereuse et souhaitait seulement continuer de dormir. Ventress jugea alors que Vos pouvait tenter d’accomplir sa vraie mission : tuer Dooku.

En réalité, s'il avait rejoint l'Ordre tout en travaillant toujours secrètement pour les Séparatistes, Quinlan Vos ne poursuivait pourtant qu'un seul et même but depuis le début: découvrir l'identité du second Seigneur Sith et stopper ses agissements, une obsession capable de le mener jusqu'aux limites de la raison. Pour cela, il profita ainsi de son retour sur Coruscant pour s'infiltrer dans le cimetière sénatorial avec Khaleen, ceci afin d'utiliser ses dons psychométriques sur le cercueil de carbonite du Sénateur Viento. Etant donné que celui qu'il avait tué près d'un an auparavant avait planifié l'assassinat de l'ancien Chancelier Valorum, le Kiffar était en effet sûr d'obtenir des informations quant au véritable commanditaire, qui devait très certainement être le second Sith, en lisant à travers le corps sans vie de Viento, qui n'était plus qu'un objet après tout. Malgré les plaintes de sa compagne, Quinlan mit donc à profit sa spécialité, plongeant profondément dans les méandres de la Force, mais s'il ne trouva pas d'images d'un quelconque Seigneur Noir, il put néanmoins voir que Viento avait été en contact avec un assassin Anzati appelée Saljé Tasha, un nom qu'il obtint après une petite visite chez son vieil ami Dexter Jettster.

Ayant laissé courir le bruit que Khaleen cherchait à rencontrer Tasha, c'est finalement dans les bas-fonds de la capitale que le Jedi retrouva l'Anzati, à laquelle il intima l'ordre de lui révéler le nom de la personne qui l'avait engagé pour tuer Valorum, une information qu'il était déterminé à obtenir qu'elle le veuille ou non. Saljé n'étant toutefois pas prête à coopérer, Quinlan dut alors engager le combat contre ce redoutable adversaire, mais se retrouva vite mis en difficulté par les gantelets en cortosis de l'humanoïde qui stoppaient l'effet de sa lame. Furieux qu'elle puisse également le comparer à elle, après quelques passes d'arme, Vos parvint tout de même à lui arracher ses gants avec la Force, et se décida dès lors à lui soutirer ce qu'il désirait à l'aide de ses talents de Kiffar. En plongeant dans son esprit comme il pouvait le faire depuis qu'il connaissait Dooku, il eut ainsi connaissance de tout ce que l'Anzati avait du faire pour tuer Valorum et se couvrir, mais surtout du fait que c'était Sora Bulq qui l'avait approché, et qu'en conséquence il devait être le second Sith. S'il détenait enfin ce qu'il pensait être la vérité, tout faillit cependant se terminer pour lui lorsque Saljé Tasha s'apprêta à absorber sa 'soupe', mais ce fut sans compter l'intervention providentielle de Khaleen Hentz, qui repoussa l'assassin avant d'aider son compagnon à reprendre pied.

Bien que ce soit incohérent pour la jeune femme, Quinlan était donc désormais certain d'avoir trouvé en Sora Bulq le Sith qu'il cherchait depuis pratiquement deux ans, et était maintenant prêt à aller au bout de sa mission en le poursuivant pour l'éliminer, seul moyen pour lui de justifier tout ce qu'il avait commis de répressible. A son retour sur son vaisseau, le Skorp-Ion, Vos planifia alors ce qui allait être l'opération la plus importante de sa vie, qu'il était disposé à accomplir sans l'aval du Conseil, mais un appel de comlink le prévenant qu'il était demandé par le Maître Rancisis interrompit ses préparations et le força à retourner au Temple, non sans avoir exigé de Khaleen qu'elle apprête leur vaisseau pour un départ immédiat. Là, le Kiffar apprit par un hologramme et de la bouche de son aîné que, sur Saleucami, Tholme avait affronté Sora Bulq, lequel avait supervisé la création et l'entraînement d'une armée de clones Morgukai formés par des assassins Anzati, la raison pour laquelle il s'était si souvent rendu sur Anzat comme Vos en avait informé le Conseil à sa réintégration. Voyant là sa chance, Quinlan se proposa naturellement pour porter secours à son ancien Maître, mais se vit exaucé au-delà de ses espérances lorsqu'Oppo Rancisis lui annonca qu'il le ferait, mais accompagné de plusieurs autres Jedi, de trois bataillons de soldats clones, et du Thisspiasan lui-même. Le Chancelier Palpatine ayant jugé cette armée comme étant une menace pour le moins importante, il avait en effet été décidé d'assièger Saleucami pour empècher le deferlement des Morgukai sur les autres champs de bataille, malgré les colonies diverses qui y étaient installées.

Pendant près de cinq mois, en tant que second du Maître Oppo Rancisis sur Saleucami, le Général Quinlan Vos mena donc les troupes de la République sur le terrain, lançant de grandes offensives contre les droïdes Séparatistes et l'armée Morgukai avec des Jedi comme A'Sharad Hett, K'Kruhk, Jeisel ou Ausar Auset, tandis que Rancisis planifiait ses stratégies en se servant de l'ancienne technique appelée Méditation de Combat. Si Aayla Secura faisait aussi partie du groupe dépéché par l'Ordre, le Kiffar évitait toutefois tout contact avec elle au cours de ces longues semaines d'affrontements acharnés, à cause de ce qu'il lui avait fait sur Honoghr. C'est ainsi qu'il s'éclipsait des champs de bataille dès qu'il le pouvait, une fois les assauts stoppés et ses rapports faits à Oppo, soit pour retrouver Khaleen dans leurs quartiers, rentrer ses pensées dans un holocron que lui avait confié le Thisspiasan, ou encore renseigner les Séparatistes, sa couverture devant toujours tenir pour qu'il puisse approcher Bulq et le tuer le moment venu.

Trois semaines avant la Bataille de Coruscant, après avoir guerroyé une énième fois en voyant Ausar Auset rejoindre les Jedi tombés sur Saleucami, détruit le générateur du bouclier protégeant les environs du principal bastion Séparatiste avec le Chevalier Jeisel, malgré le peu de confiance qu'elle lui accordait et selon les prévisions de Maître Rancisis, et s'être enfin emparé de cet espace vital, Vos adressa pourtant la parole à son ancienne apprentie, bien qu'y étant quelque peu obligé. Une fois son rapport fait à Rancisis, Quinlan fut en effet chargé de coordonner les prochaines opérations avec Aayla, mais celle-ci aborda plutôt ce qu'il s'était passé sur Honoghr, ce à quoi le Kiffar répondit avec de sincères regrets quant à ce qu'il avait fait et failli faire, même s'il ne put se résoudre à rester plus longtemps lorsque la Twi'lek lui répéta sa promesse d'être là pour l'aider si jamais il succombait au Coté Obscur. De retour dans ses quartiers, il apprit alors de Khaleen qu'il devait rencontrer Sora Bulq le lendemain, en utilisant comme diversion un nouvel assaut Morgukai dans la cité qu'ils occupaient, une rencontre qu'il pensa être le moment tant attendu pour s'occuper du Jedi Noir mais qui ne manqua pas d'inquiéter sa compagne, qu'il s'empressa aussitôt de réconforter.


Au petit matin, comme il avait été prévu, une nouvelle bataille éclata donc aux abords des quartiers Républicains, offrant à Quinlan et Aayla une occasion de combattre de nouveau côte à côte et de retrouver un peu de leur complicité d'antan, jusqu'à ce que le Maître Jedi ne se lance à la poursuite de Tol Skorr, ou ce qui en donna l'air. Si les deux hommes se détestaient cordialement et échangèrent quelques coups féroces, Vos dut en effet suivre le Jedi Noir pour accéder au quartier-général Séparatiste et à Sora Bulq, qu'il ne combattit pourtant pas. Alors qu'il avait déjà sa main discrètement posée sur son arme, le Comte Dooku, via une liaison holographique, lui avoua en effet que personne n'avait encore pu trouver Tholme et faire cesser les actes de sabotages qu'il commettait à l'encontre de leurs installations depuis cinq mois, ce qui valut à Quinlan d'être chargé de traquer et d'éliminer l'autre Jedi.

Pensant d'emblée que c'était une excellente façon de retrouver Tholme pour obtenir son aide, le Kiffar objecta tout de même pour la forme en disant que cela mettrait à mal sa position au sein des Jedi, mais lorsque Dooku lui reprocha de n'avoir pu obtenir les plans d'Oppo Rancisis, il ne put que démarrer sa nouvelle mission et repousser ainsi la mort de Bulq, auquel il devait désormais obéir comme le Comte le lui avait demandé. Usant du lien qu'il avait conservé avec son ancien Maître, et qui lui avait permis de sentir qu'il était toujours en vie, il ne lui fallut que peu de temps pour retrouver le vieil humain dans les larges cavernes souterraines et lui révéler ce qu'il avait appris, à savoir que Sora Bulq était un Sith. Tholme ne le croyant pas, Vos tenta alors de le convaincre de cette vérité et du fait que tuer le Weequay était la seule chose qui comptait et le seul moyen de tout justifier, dont le meurtre de sa tante Tinte, mais ce fut en vain, car son ainé tenait pour sa part à lui faire comprendre que rien d'autre n'importait si ce n'était lui et sa position vis à vis de la Force.

Persuadé qu'il devait tout faire pour accomplir sa mission, Quinlan ne vit donc pas d'autres moyens d'engager le combat contre celui qui l'avait formé, quitte à le tuer s'il le fallait, si cela était nécessaire pour qu'il sauve la Galaxie. Sur les corniches rocheuses surplombant les rivières de lave, il lança sans relâche sa lame verte contre celle de Tholme, frappant avec une froide determination, jusqu'à ce que l'arme de son adversaire soit mise hors d'usage au contact de son bracelet de cortosis. Son ancien Maître à terre, Vos lui proposa alors une dernière fois de se joindre à lui pour faire de nouveau régner la paix s'il ne voulait pas mourir, en argüant qu'il devait faire ce qu'il devait et non ce qu'il voulait lorsque Tholme lui déclara qu'il n'allait pas le tuer malgré la colère qui l'habitait, comme il n'avait pas tué Aayla Secura sur Honoghr. Si le Maître Jedi disparut ce jour-là, ce ne fut toutefois pas de la lame de son ancien Padawan mais plutôt de la chute d'un immense rocher à l'endroit où il se trouvait, chute qui le précipita jusque dans les coulées de lave en fusion, ou du moins ce qu'il sembla.

Sans un regard pour son mentor, mais l'âme pourtant pleine de regrets, le Kiffar s'en retourna finalement dans le camp Républicain en traversant les champs de bataille dévastés, où il trouva ses camarades, déjà au courant de la disparition de Tholme grâce à Aayla, penchés sur le corps d'Oppo Rancisis, lequel gisait sans vie sur le sol de ses quartiers. Accusé en premier lieu, et à tort, par Jeisel pour la mort du Thisspiasan, qui avait en fait été assassiné par Sora Bulq, Quinlan vit alors là une occasion d'apporter la touche finale à son plan visant à restaurer la paix dans la Galaxie et à détruire les Sith, plan qui nécessitait de mentir à ses confrères et probablement quelques malheureux sacrifices. Affirmant être capable de consulter les stratégies qu'avait monté Rancisis grâce à ses pouvoirs psychométriques, il fit ainsi semblant de mettre en pratique ses talents si particuliers, mais la tactique qu'il exposa aux Jedi était en réalité celle qu'il avait lui-même concocté, une tactique qui tendait à occuper l'attention des Séparatistes sur le front tandis qu'il s'infiltrerait dans leur base pour en détruire le générateur de bouclier.

Si ce plan fut considéré comme vraiment risqué par ses pairs, il fut néanmoins collégialement adopté, et l'assaut débuta donc à l'aube, après une cérémonie nocturne honorant Oppo Rancisis, brulé sous les étoiles, et les autres membres de l'Ordre tombés sur Saleucami. Tandis que la bataille faisait rage à la surface, Khaleen Hentz étant introuvable, c'est avec Aayla Secura que Vos s'enfonça dans les souterrains pour accéder aux cylindres d'alimentation du quartier-général ennemi, qu'ils piégèrent afin que le magma circulant à l'intérieur soit libéré au moment de l'explosion et ravage tout sur son passage. Une fois les charges toutes installées, ou presque, le Kiffar surprit toutefois son ancienne Padawan en lui demandant de remonter sans lui dès qu'elle en aurait fini avec le sabotage, car il devait maintenant résoudre une dernière chose, une chose dont lui seul pouvait venir à bout.

Alors que le Comte Dooku discutait de l'offensive avec ses acolytes via un hologramme, Quinlan fit ainsi une entrée fracassante au milieu de leur réunion improvisée en annonçant que, contrairement à ce qu'ils pensaient, la République était sûre de gagner, sauf s'il en décidait autrement. Prétendant vouloir gagner une bonne fois pour toutes la confiance de Dooku, et ce en faisant en sorte que Bok, le Morgukai qu'il avait affronté sur Kintan bien des années auparavant et dont il avait décapité le père, soit envoyé pour stopper Secura afin que les Séparatistes triomphent, le Maître Jedi ne s'attendait pourtant pas à ce qu'un ultime test lui soit proposé, un test de taille dont l'objet n'était nul autre que la vie de sa bien-aimée. Préalablement capturée, une fois que Khaleen eut été jetée à ses pieds par Tol Skorr, le Comte révéla en effet à Vos que la jeune femme avait été son espionne depuis qu'il l'avait rencontré, qu'elle avait utilisé tous les moyens mis à sa disposition pour gagner sa confiance, dont prétendre être amoureuse de lui, et qu'il lui fallait donc la tuer s'il voulait être reconnu comme totalement fidèle au Coté Obscur.

Frappé et énervé par ses révélations soudaines, en lisant dans les yeux et dans l'âme de Khaleen, le Kiffar comprit cependant que, comme elle ne cessait de lui jurer, Dooku avait menti quant à leur relation et qu'elle l'aimait vraiment, au point de porter en elle leur enfant, ce dont elle ne lui avait encore rien dit. Cette information stupéfiante et pour le moins inattendue étant désormais bien ancrée en lui, tout comme les sentiments qu'elle lui avait renouvelé, Quinlan ne put alors se résoudre à tuer celle qu'il aimait pour le bien de sa mission, et, après l'avoir embrassé, il la délivra finalement de ses chaînes, en affirmant au Sith, sabre allumé au poing, qu'il en avait assez de ses jeux et que sa véritable nature était celle d'un Jedi, comme il en avait toujours été.

Évidemment, en prononçant ces paroles, Vos savait très bien qu'il allait maintenant devoir se confronter à Bulq, Skorr et les assassins Anzati s'il voulait sauver sa vie et celle de Khaleen, une vie qu'il ne pouvait conserver qu'en cédant au Coté Obscur selon le Weequay, pour qui cela faisait bien longtemps déjà qu'il avait basculé dans l'ombre. Une surprise n'arrivant jamais seule, Quinlan n'affronta pourtant pas seul cette épreuve, car une aide providentielle arriva juste à temps en la personne de Tholme, lequel avait en fait simulé sa propre mort en se coupant de la Force de peur d'avoir à tuer son ancien élève ou d'être lui-même tué, cela pour voir ensuite si celui-ci allait choisir de rester fidèle à la lumière ou s'il allait succomber définitivement aux ténèbres, auquel cas il n'aurait pas quitté la base Séparatiste.

Bok ayant entre-temps confirmé la traîtrise du Kiffar en déclarant qu'Aayla n'était pas là où il le lui avait indiqué, les deux Jedi commencèrent donc à combattre ensemble les Anzati, avant de se lancer sur des adversaires beaucoup plus dangereux et retors. Enfermé dans la salle, tandis que Tholme s'occupait de Sora Bulq et Khaleen des derniers assassins humanoïdes, le Maître Vos chargea ainsi le Jedi Noir Tol Skorr, certainement l'un de ses pires ennemis, conscient qu'il devait faire vite s'il ne voulait pas périr lors de l'explosion du bâtiment tout entier, son générateur de bouclier ayant été démoli par les sabotages d'Aayla Secura, laquelle faisait désormais face à Bok dans les souterrains. Sur l'une des passerelles suspendues au dessus des coulées de lave qui avaient été relâchées, s'il combattait Skorr avec un profond désir de lui ôter la vie, Quinlan ne s'attendait pourtant pas à ce que son adversaire évoque son obsession secrète concernant le second Sith qu'il voulait trouver et tuer, une obsession dont Dooku et Bulq avaient deviné l'existence et dont ils s'étaient servis, en faisant notamment tout pour qu'il croie que le Weequay était ce fameux Seigneur Noir qui n'avait en fait jamais existé, ceci afin de l'amener aux portes du Coté Obscur. Ne pouvant accepter ces dires, ne pouvant accepter qu'on se soit joué de lui et qu'il puisse ressembler à Tol, Quinlan hurla évidemment au Jedi Noir de se taire, mais, voyant qu'il ne s'arrêtait pas, il le projeta finalement avec la Force et de toute sa rage dans le magma environnant, juste à temps pour stopper la lame de Sora Bulq avant que Tholme ne se fasse tué.

Sachant qu'il détenait enfin l'occasion dont il rêvait depuis des mois, depuis qu'il avait infiltré la garde de Dooku, Quinlan Vos donna alors tout ce qu'il avait en lui pour gagner ce duel à mort contre celui qui était pour lui le Seigneur Noir des Sith responsable de tout, convaincu qu'en l'éliminant il mettrait un terme à la guerre, qu'il sauverait la Galaxie et qu'il se sauverait lui-même. En entendant Dooku et Bulq le pousser à embrasser le Coté Obscur pour survivre, tandis que Tholme l'implorait de le repousser, le Jedi comprit pourtant que ce n'était pas après la mort du Weequay qu'il allait pouvoir trouver la rédemption mais plutôt pendant le combat lui-même, le combat le plus important de sa vie: celui qu'il menait face à la part de ténèbres qui demeurait en lui. Dans son esprit, bien que répondant toujours physiquement aux attaques du Jedi Noir, ce fut ainsi son double maléfique qu'il affronta, son propre Coté Obscur qu'il n'avait cessé de renier et dont il lui fallait maintenant se débarrasser seul, car il était celui qui l'avait créé, comme il le dit à Aayla lorsque celle-ci entra mentalement en lui pour l'aider à vaincre cet ennemi implacable.

S'il chercha d'abord à se purger de ses démons sans elle, Secura lui fit toutefois entendre raison en lui demandant de ne pas combattre sa part d'ombre, de l'accepter et de se concentrer plutôt sur la lumière qui restait plus forte que tout, et en cela la Twi'lek accomplit la promesse qu'elle lui avait faite bien des années auparavant, celle d'être là pour le sauver au moment le plus critique. La vérité le frappant tel un sabre-laser en plein coeur, libéré de sa culpabilité, Quinlan retrouva alors en un instant sa symbiose avec la Force, celle qu'il avait perdu sur le chemin tortueux qui l'avait mené jusque là, et c'est cette symbiose qui, comme avec Volfe Karkko autrefois, lui permit de surpasser l'obscurité en lui et de frapper Sora Bulq au moment le plus opportun, tranchant le Jedi Noir à la poitrine et le tuant d'un revers de lame.

Le Weequay mort, comme l'étaient les autres acolytes de Dooku, les opérations Séparatistes sur Saleucami prirent donc fin aussi brusquement qu'elles avaient commencées, de la même façon que le siège planétaire avec la destruction de leur bastion par la flotte Républicaine en orbite, destruction à laquelle Quinlan, Khaleen, Aayla et Tholme purent échapper à temps grâce aux raccourcis connus par ce dernier. Une fois au dehors, ayant enfin pris conscience de l'étendue de ses manipulations et de ses erreurs, c'est alors devant le soleil couchant que Vos prit le temps de s'excuser auprès de ses camarades pour la stratégie qui avait été employée afin que la République remporte le siège de Saleucami, une stratégie née d'un mensonge mais qui leur avait néanmoins permis d'obtenir la victoire, comme le lui fit remarquer Jeisel, laquelle était même prête à lui refaire confiance. Rassuré qu'on ne lui en tienne pas rigueur, et heureux de se sentir de nouveau totalement Jedi, le Kiffar savait pourtant qu'il allait désormais lui falloir assumer une place de Général, en commençant par aller quérir ses futures troupes sur Boz Pity, même s'il savait que cette place ne serait que temporaire.

Après avoir remercié son ancienne Padawan et son ancien Maître pour ce qu'ils avaient fait pour lui, Quinlan leur confia en effet qu'il avait pris la décision de quitter l'Ordre dès la Guerre des Clones terminée, d'une part parce qu'il ne serait pas tranquille tant que les ténèbres en lui ne seraient pas suffisamment contrôlées, et d'autre part parce qu'il voulait fonder une famille avec Khaleen et leur bébé, un lien sacré pour son peuple qu'il était décidé à respecter. Malgré tout, étant encore un Jedi, il restait toujours à Quinlan Vos un devoir à accomplir, une mission à poursuivre jusqu'au terme du conflit, même s'il ne partit pas de Saleucami sans avoir demandé à Khaleen de s'établir dans un endroit tranquille avec le Skorp-Ion et lui avoir promis, en la prenant dans ses bras, de revenir pour elle, si telle était la volonté de la Force.

Le destin voulu que Vos termine ces derniers jours au service des Jedi et de la République sur Kashyyyk. C’est là, aidé par maître Luminara Unduli et du commandant Faie que Quinlan compris ce que les séparatistes étaient venus faire là. Ils recherchaient d’anciennes routes hyper spatiales uniquement connu des Wookies. Ces routes donneraient un avantage stratégique certain à qui les découvrirait. Quinlan prit connaissance de l’existence de ses routes après avoir aidé Elder Gumbaeki à libérer ses frères Wookie des esclavagistes Trandoshan. Ces routes étaient détenues par la guilde de Clatuvaac qui en aucun cas transmettrait ses informations à des étrangés, ce qui failli finir mal avec le commandant Faie qui voyait là une opposition à la République.

Le destin mis à nouveau sur la route de Vos Vilmarh Grahrk qui était accompagné de Chak, un jeune wookie détenant certaines routes cachées. Cependant Vos n’eut pas le temps de fouiller plus avant. L’ordre 66 fut donner et Faie dirigea sa force de frappe contre les Jedi. Yoda qui venait de rejoindre la planète réussit à se débarrasser du commandant Gree, mais Luminara Unduli perdit la vie. Quinlan se réveilla dans la jungle couvert de blessures. Ses troupes s’étaient retournées contre lui. Faie lança l’escouade Démon à sa recherche. Vos les piégea un à un et finit par tuer Faie après plusieurs heures de chasse à l’homme.

Quinlan ne doit sa vie qu’a Villie qui le sauva en l’emmenant loin des nouvelles troupes impériales. Il retrouva Khaleen quelques mois plus tard dans une grotte de Kashyyyk en présence de maître Tholme et de Tra’sa, c’est là qu’il vit pour la première fois son fils portant le nom de Korto Vos. On ne sait pas ce qu’il advint de Quinlan Vos mis à part qu’il survécut à la grande Purge. La légende veut que le jeune Han Solo ait croisé un étrange ermite correspondant à sa description sur Socorro, mais cela ne pu jamais être vérifié.