22 ans avant la Bataille de Yavin, la terrible Guerre des Clones éclata et presque aussitôt, la riche Christophsis fut prise dans la tourmente ! La planète fut annexée dés le début de la guerre par l’armée de la Confédération des Systèmes Indépendants menée par le général Whorm Loathsom pour rallier la riche planète à leur cause. Les dirigeants abandonnèrent la population qui ne put se défendre devant la puissante armée séparatiste.
Le sénateur Bail Organa mena alors une mission humanitaire sur la planète mais il fut rapidement encerclé par les forces séparatistes. Le Jedi Anakin Skywalker fut envoyé pour le secourir mais le blocus autour de Christophsis déployé par l’amiral Trench et son droïde tactique TI-99 était impitoyable. Heureusement, la flotte de Obi-Wan Kenobi rejoignit celle d’Anakin avec en renfort le prototype d’un Vaisseau furtif républicain. Anakin parvint grâce à ce vaisseau invisible à forcer le blocus et la Grande Armée de la République put se poser sur la planète.
Utilisant Cristal City comme base, la République fut vite confrontée à l’ennemi au milieu des villes de Christophsis. La bataille fut difficile et éprouvante, mais l’armée clone finit par remporter la victoire grâce à une opération commando derrière les lignes ennemies d’Anakin Skywalker et de sa toute nouvelle Padawan Ahsoka Tano. Néanmoins, le coût de cette victoire fut très important, plusieurs cités ayant été réduites en ruines par les combats.
Cela dit, l’intérêt des séparatistes pour la planète ne faiblit pas. Plus tard dans la guerre, le Conseil Jedi apprit qu’ils étaient revenus dans le système, entamant l’extraction de minerai. Amidala, Rex, Gree et deux autres Jedi furent dépêchés sur place et purent mettre un terme une nouvelle fois aux agissements des séparatistes. Ces derniers prévoyaient d’utiliser les cristaux de Chrisophsis, qui pouvaient servir aux sabres laser, pour alimenter leur toute nouvelle super arme : le Dévastation. Heureusement, le commando mené par Amidala put transmettre ces informations à la République qui détruisit cette nouvelle arme avant son entrée en fonction.
Vers la fin de la Guerre, le Comte Dooku se trouvait en orbite de Christophsis, et le Conseil Jedi envoya Asajj Ventress et Quinlan Vos le tuer. Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi les suivirent à distance, et abordèrent le vaisseau amiral Séparatiste. Ils virent Vos dévoiler au Comte son envie de devenir l'apprenti de Palpatine, et ils arrêtèrent alors les deux hommes, les menant à bord du Vigilance, le vaisseau de la République qui avait rejoint Christophsis. Mais Vos et Dooku s'échappèrent, et rejoignirent Ventress à bord de son vaisseau, le Banshee, avant de fuir. Anakin et Obi-Wan les prirent en chasse, et après un tir dissusasif, les forcèrent à sécraser sur la planète. Ils suivirent les fuyards jusqu'à une tour Séparatiste, et une bataille entre les clones de la République et les forces Séparatistes s'engagea. Malheureusement, les ennemis reçurent des renforts, et Dooku s'enfuit.
Après la Guerre des Clones, Christophsis devint loyale au nouvel Empire de Palpatine. Même si les chefs de la planète semblaient peu disposés à se plier à ce nouvel ordre, ils le firent de manière conforme. Du temps de la Nouvelle République et des gouvernements qu’ils lui ont succédé, Christophsis resta, comme quasiment toute la Bordure Extérieure, complètement indépendante.