Deux ans avant la Guerre des Clones, lorsque les Séparatistes firent leur apparition,
Tholme et
Quinlan Vos montèrent un réseau d'espions au sein de ce nouveau mouvement. Toutefois, même s'il ne put prévoir la sanglante Bataille de Geonosis, grâce à ce reseau, Tholme découvrit quelques jours plus tard que le Comte
Dooku était en route vers sa base de
Bakura. Avec son ami
Sora Bulq, le Jedi intercepta donc son ancien confrère sur la planète, et se lança dans un combat à deux contre un. Les deux membres de l'Ordre ne purent cependant battre le disciple de Darth Sidious, qui foudroya Bulq avant d'essayer de rallier Tholme à sa cause, non sans le féliciter d'honorer les traditions de duel au sabre-laser. Préfèrant mourir que de s'adonner au Coté Obscur, ce dernier fut alors grièvement blessé, et perdit l'usage de son oeil gauche, pour être finalement enseveli sous un tas de roches. Laissé pour mort, Tholme réussit pourtant à se libérer, même si cela lui prit plusieurs jours, et eut la surprise de voir que Sora Bulq avait échappé à la vindicte de Dooku. Sauvé par le
Weequay, le Maître Jedi revint alors sur
Coruscant, sans se douter que Bulq avait en réalité rejoint le Comte.
Trois mois après le début du conflit entre la République et la
Confédération, Tholme assista à la crémation du Maître
Cei Vookto sur la planète
Lianna, et rapporta avec Quinlan la situation des Jedi dissidents basés sur
Ruul à
Mace Windu.
Puis, encore trois mois plus tard, le Maître Jedi assista au rapport fait par
Agen Kolar, affirmant que Quinlan Vos avait rejoint les Séparatistes. Une trahison qui faisait en fait partie d'un plan monté quelques semaines plus tôt pour permettre au
Kiffar d'infiltrer les 'proches' de Dooku et d'avertir les Jedi de ses actions, ce que Tholme était l'un des rares à savoir.
Un peu plus d'un mois après, Tholme fut envoyé sur
Devaron avec d'autres Jedi, afin d'y mettre fin aux attaques de pillards Séparatistes à l'encontre de vaisseaux de la République, le long de la Voie Commerciale Corellienne. Débarquant sur la planète avec son ancienne apprentie et la Femme Obscure, Tholme tint le rôle de Miles Croft, l'aide de Tuulaa Doneeta, jouée par Secura. Après avoir rencontré la Senatrice Vien'Sai'Malloc, le Maître Jedi, accompagné de la Femme Obscure, se mit à chercher la base des pillards. Mais alors qu'ils rentraient dans une cave, les deux Maîtres furent piégés par
Aurra Sing et survécurent de peu à une explosion. Coincés sous les décombres, Tholme et
An'ya Kuro se retirèrent alors volontairement de la Force pour se faire passer pour morts, et ainsi permettre à Aayla de se concentrer sur son combat contre Sing, et furent finalement sauvés par
T'ra Saa et
Kit Fisto, qui avaient mis fin aux actions des pillards. Néanmoins, leurs blessures étant quand même importantes, les deux Jedi n'échappèrent pas à un plongeon dans une cuve de bacta.
De retour sur Coruscant, Tholme rendit visite à
Khaleen Hentz, l'associée de Quinlan, toujours emprisonnée, et lui avoua que Vos était en fait un agent double. Devant la surprise de la jeune femme, le Maître Jedi lui demanda alors de servir de contact entre le Kiffar et lui, car elle était la seule qui ne le trahirait pas, étant donné les sentiments qu'elle avait pour lui. Après l'avoir libéré de sa prison et l'avoir envoyé auprès de Quinlan, Tholme retrouva ainsi la voleuse sur Ord Ibanna, où elle l'informa des négociations entre Dooku et Tinte Vos, et lui donna des nouvelles du Kiffar.
Néanmoins, seize mois après la Bataille de
Géonosis, une mauvaise surprise attendit Tholme, les rumeurs accusant Quinlan Vos de l'assassinat du Sénateur Viento. Alors que
Yoda et
Mace Windu exprimaient leur sentiment d'échec concernant la mission de Vos, Tholme s'opposa pourtant à eux, en leur déclarant que son ancien apprenti faisait ce qu'il était necessaire de faire pour protèger sa couverture, et que le fait de ne pas avoir tué le Chevalier
K'Kruhk prouvait qu'il n'avait pas embrassé le Coté Obscur.
Un mois plus tard, il apprit que celle qu'il aimait, T'ra Saa, avait été gravement blessée sur
Null, et se rendit à son chevet sur
New Holstice. Devant la cuve bacta où se trouvait la
Neti, Tholme exprima ses propres doutes concernant ses actions, et quand
Aayla Secura vint le voir, il lui avoua la vérité concernant la trahison de Quinlan Vos, lui déclarant en même temps qu'il devait trouver le Kiffar pour voir s'il avait réellement rejoint Dooku.
Trente mois après Geonosis, même s'il n'avait pas retrouvé son ancien élève, Tholme le revit lorsque Vos fut ramené au Temple par
Obi-Wan Kenobi. Alors en mission sur Euceron, le Maître Jedi assista par communication holographique au jugement de Quinlan par les membres du Conseil, jugement qui se conclua par son retour au sein de l'Ordre. Vos étant réintégré, il fut alors une source d'informations pour le Conseil et pour Tholme. Ainsi, celui-ci apprit que quelque chose impliquant Sora Bulq se tramait sur
Anzat, et connaissant les relations qu'entretenait le Kiffar vis à vis des
Anzati, Tholme décida donc de s'en occuper lui-même.
Avant de se rendre sur
Anzat,
Tholme fit d'abord escale sur la planète
New Holstice, où, sous les yeux attentifs de ses amies
Luminara Unduli et
T'ra Saa, lui fut enfin posée une prothèse cybernétique à la jambe droite, jambe qui avait été brisée lors de son duel contre
Dooku, plus de deux ans et demi auparavant. Sachant qu'il faisait ça pour revenir au maximum de ses capacités, Saa lui demanda alors pourquoi il voulait enquêter en personne, ce à quoi le Jedi lui répondit qu'il n'avait gardé ses mains que trop propres tout au long du conflit. Accompagné d'Aayla Secura, Tholme se rendit donc peu après sur Anzat, une planète loin de lui être inconnue, et prit contact avec une de ses connaissances:
Akku Seii, un maître-assassin
Anzati qui lui avait enseigné plusieurs techniques pour traquer un dénommé Katichak, bien des années auparavant. Même s'il était lié par le secret, après que le Jedi se soit battu contre ses élèves, Seii lui fit comprendre que
Sora Bulq avait engagé un grand nombre d'assassins Anzati, et ce pour entraîner des guerriers Morgukai sortis de nulle part, comme l'avait découvert Secura. Ces éléments en main, Tholme décida alors de continuer son enquête en suivant seul le
Weequay jusque sur
Saleucami, sa nouvelle base d'opérations.
Une fois sur l'aride planète, il eut tout d'abord l'agréble surprise d'y retrouver le Maître
Zao. Ensemble, ils discutèrent de la guerre dans laquelle la Galaxie était plongée, et, toujours fidèle à lui-même, le Veknoid repartit là où la Force l'appelait, non sans avoir auparavant appris à son ami où Bulq se cachait. Une fois les renseignements en sa possession, même si personne ne pouvait l'aider sur Saleucami, Tholme s'enfonça alors dans les profondeurs de la planète et y découvrit la base Séparatiste, qui contenait un immense complexe de clonage servant à créer de nouveaux Morgukai. Sachant que ces centaines de guerriers dupliqués ne pouvaient qu'être une menace pour la République, le Jedi contacta immédiatement Aayla, en mission sur
Trigalis, pour la prévenir, mais avant de lui avoir tout dit, il fut interrompu par deux Morgukai, puis par Sora Bulq. En combattant son ancien camarade, il apprit alors la vérité sur ce qu'il s'était passé sur
Bakura, plus de deux ans et demi auparavant, et jusqu'à quel point il avait été trompé. Mais lorsque Sora clama qu'il était enfin temps pour lui de mourir, Tholme décida plutôt d'arrêter le duel, et il réussit à profiter de son environnement pour pouvoir s'enfuir, et ensuite se mettre à faire ce pour quoi il était le plus doué: enquêter, espionner l'ennemi et saboter ses installations.
Pendant près de cinq mois, cloîtré dans les cavernes souterraines de Saleucami, le Jedi ne cessa donc de nuire aux partisans de Dooku, alors qu'à la surface la bataille faisait rage entre les forces de la République et les Séparatistes. Ses longs moments de solitude lui permettaient également de méditer et de ressentir à travers la Force la présence de ses deux anciens Padawans, venus sur Saleucami: celle calme et rayonnante d'Aayla Secura et celle de
Quinlan Vos, qui ne manquait pas de l'inquièter car de plus en plus proche des ténèbres, une appréhension qui alla en grandissant lorsque celui-ci finit par le retrouver. Les dégats causés par Tholme étant venus à bout de la patience de Sora Bulq et du Comte Dooku, ce dernier avait en effet ordonné au
Kiffar, qui jouait toujours un rôle dans les plans Séparatistes, de traquer et de tuer son mentor. Alors qu'il était plongé dans une profonde méditation qui le placait aux côtés de T'ra Saa, c'est donc sous la forme d'un orage dévastateur que le Maître Jedi ressentit l'arrivée de Quinlan, qui n'était pourtant pas venu pour le tuer, mais pour s'adjoindre son aide pour éliminer celui qu'il pensait être le second Sith: Sora Bulq. Sachant que le Weequay n'était en rien un Seigneur Noir, Tholme tenta alors de raisonner Vos et de lui prouver que lui-seul était important, Quinlan ayant déclaré que la mort de Bulq pouvait tout justifier, y compris le fait qu'il ait tué sa propre tante. Malheureusement pour l'aîné des deux Maîtres Jedi, ses propos ne firent pas changer d'avis son ancien élève, bien décidé à utiliser tous les moyens necessaires pour atteindre son seul but, même si cela signifiait tuer Tholme, comme il le montra en chargeant son ancien Maître.
Tout en se défendant contre les redoutables attaques de Vos, Tholme se mit alors à se blâmer pour s'être persuadé que son disciple pouvait infiltrer le camp de Dooku sans être attiré par les ténèbres qui sommeillaient en lui, et ne manqua pas de lui déclarer que son erreur avait surement été d'entamer sa formation. A maintes reprises, il conjura Quinlan de ne pas cèder au Coté Obscur, mais cela n'empêcha pourtant pas le Kiffar de le mettre à terre, après avoir utilisé son bracelet de cortosis pour désactiver son sabre-laser, en lui donnant pour seul choix de se joindre à lui pour sauver la Galaxie ou de mourir. Pour Tholme, un tel choix était cependant inacceptable, comme l'était l'idée de tuer Quinlan ou de croire que Vos pouvait le tuer lui, et c'est donc pour cela qu'il se fit passer pour mort, en se laissant tomber du haut d'un précipice et en se retirant de la Force.
Etant donné que tous croyaient qu'il avait rejoint la Force, aussi bien du côté Républicain que Séparatiste, le Maître Jedi en profita alors pour prendre la place d'un des assassins Anzati entourant Sora Bulq, pour voir ce qui allait advenir de son ancien Padawan lors de sa prochaine rencontre avec le Jedi Noir, et pour pouvoir en finir avec lui si jamais il succombait pour de bon au Coté Obscur. Heureusement, lorsque Quinlan revint dans le quartier-général des Séparatistes en cachant ses véritables intentions, à savoir tuer Bulq, il refusa le dernier test que voulait lui faire passer Dooku: sacrifier son amie
Khaleen Hentz, et s'affirma ainsi comme un véritable Jedi malgré ses actes passés. Découvrant le capuchon de sa bure, c'est alors à ce moment-là que Tholme fit sa réapparition, en expliquant à Quinlan pourquoi il s'était fait passer pour mort et en affirmant qu'il avait été prêt à laisser son ancien apprenti tuer Khaleen si cela avait été son choix, choix qu'il aurait vite pris soin de corriger.
Arme à la main, les deux Jedi, ainsi que la jeune Hentz, cherchèrent immédiatement à fuir, pour être finalement contraints à l'affrontement lorsque Sora Bulq utilisa un de ses sabres pour les coincer. Vos s'occupant de
Tol Skorr, c'est donc tout naturellement Tholme qui dut se battre contre le Weequay, mais s'il avait réussi à se sortir de leur premier duel, cette fois-ci il ne put résister à la hargne du Jedi Noir, qui le mit rapidement à la merci de sa lame. Providentielle, l'intervention de Quinlan Vos lui permit cependant de rester en vie, mais à ce moment-là, comme auparavant, le Maître Jedi s'inquièta plus de l'état de son protégé que de sa propre existence. En effet, le Kiffar ayant enfin l'occasion d'accomplir ce qu'il pensait être la concrétisation de tout ce qu'il avait pu entreprendre, il risquait à tout moment de céder à sa colère pour vaincre Sora Bulq, une tragédie que Tholme tenta d'éviter en lui demandant de renier l'obscurité enfouie en lui, et ce malgré les brimades du Comte Dooku. Les encouragements verbaux ne fonctionnant pas, ce n'est pourtant qu'en se joignant à l'esprit de Quinlan avec
Aayla Secura que Tholme put l'aider à gagner son véritable combat, à triompher de son Coté Obscur pour qu'il triomphe ensuite de Sora Bulq.
Le Weequay enfin mort, conscients que la base Séparatiste était sur le point d'être détruite par la flotte Républicaine, Aayla, Quinlan et Khaleen se mirent alors rapidement en quête d'une sortie, guidés par Tholme, qui ne consentit pas à partir avant de déclarer à l'hologramme de Dooku qu'il perdrait quoi qu'il fasse et de détruire son projecteur holographique. Finalement, une fois dehors, ils se rendirent compte que le siège de Saleucami était arrivé à son terme, mais plus que le succès Républicain, c'est la victoire de son ancien apprenti sur ses propres démons qui enchanta le très respecté Maître Jedi. Sa surprise en fut ainsi d'autant plus grande lorsque Vos annonca qu'il allait quitter l'Ordre à la fin de la Guerre, pour ne plus exposer ses amis à la part d'ombre qui demeurait en lui, et surtout pour vivre avec Khaleen et le bébé qu'elle portait en elle, un enfant dont il était le père. Bien que surpris par ces nouvelles, Tholme n'en respecta pourtant pas moins la volonté de Quinlan en ne cherchant pas à le dissuader, et il profita même de l'occasion pour déclarer à Khaleen Hentz qu'il ne fallait pas prendre à la légère la parole de Jedi du Kiffar s'il lui promettait de revenir. Puis, le soleil se couchant sur Saleucami, le Maître Tholme passa ses derniers moments sur la planète avec Quinlan et Aayla, avant d'être envoyé auprès d'une équipe médicale MedStar, certainement sur la demande de sa bien-aimée T'ra Saa.