Peu après, Ki-Adi Mundi s'entretint avec Mace Windu au sujet su rôle qu'auraient à jouer les Jedi dans cette nouvelle guerre. Tous deux débattirent de la manière la plus efficace pour lutter contre la menace séparatiste. Par la suite, Mace Windu monta un commando de Jedi, constitué de Kit Fisto, Rissa Mano et Prosset Dibs afin de contrarier les plans des séparatistes sur la planète Hissrich.
La mission fut un succès mais révéla un fait encore plus grave que l'avancée de leurs ennemis : des Jedi ne pouvaient accepter le rôle de généraux que prenaient l'Ordre. Prosset Dibs s'était rebellé contre Windu et exprima son dégoût pour ces méthodes. L'Ordre Jedi allait connaître des heures particulièrement sombres...
En -21 un attentat eut lieu au Temple Jedi, qui causa de nombreuses morts, tant chez les Jedi et les employés du Temple que chez les clones. Ki-Adi et ses collègues du Conseil Jedi décidèrent de confier l'enquête à Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, absents du Temple lors de l'explosion, estimant qu'ils sauraient faire preuve d'impartialité.
Eeth Koth assista avec le reste du conseil aux funérailles des cinq Jedi tués dans l'attentat.
L'examen des enregistrements de l'explosion révéla que la bombe était en réalité le corps même d'un des membres de l'équipe de maintenance : Jackar Bowmani. Sa femme Letta Turmond lui avait fait ingérer des nano-droïdes explosifs.
Néanmoins, Turmond révéla avoir obéi aux ordre d'un Jedi, et Ahsoka Tano, présente dans la cellule de Turmond quand elle mourut d'un Étouffement par la Force, fut suspectée d'être à l'origine de l'attentat. Pourchassée par l'armée, la padawan parvint à s'échapper et se cacha dans les bas-fonds de Coruscant. Anakin était convaincu de l'innocence de sa padawan et le Conseil l'envoya lui et Plo Koon à la recherche de sa padawan.
Ils retrouvèrent Ahsoka et la ramenèrent au Temple : Yoda insistait pour qu'elle reçoive un procès équitable, conformément à la tradition Jedi. Mais le Sénat suspectait l'Ordre de partialité, et voulait que le Conseil l'expulse de l'Ordre, afin qu'elle soit jugée par un tribunal militaire pour acte de haute trahison envers la République. S'opposer au Conseil risquait de passer pour un acte de rébellion : Ahsoka passa devant la chambre des Jugements et fut expulsée de l'Ordre.
Devant la cour militaire, Ahsoka fut défendue par Padmé Amidala. Elle aurait néanmoins été jugée coupable et exécutée si Anakin n'avait réussi à démasquer la vraie coupable : Barriss Offee. Le Conseil offrit à Ahsoka de réintégrer l'Ordre, mais elle refusa.
Plus tard, Ki-Adi-Mundi fut envoyé sur le monde de Mygeeto. Là, le Maître Jedi mena avec le commandant clone Bacara les troupes de la République contre les engins de guerres ennemis, même si cela ne l'empêchait jamais de participer aux réunions du Conseil par liaison holographique. Ainsi, après avoir appris avec contentement la fin de la Bataille de Coruscant, la mort du Comte Dooku et la libération du Chancelier des griffes du Général Grievous, le Céréen fut forcé d'accepter l'entrée au Conseil d'Anakin Skywalker, acquiesça quant au départ de Yoda pour aider les Wookiees sur Kashyyyk et proposa enfin l'envoi du Maître Obi-Wan Kenobi sur Utapau pour venir à bout de Grievous. Parmi ce déluge d’informations, il apprit également que l’ancienne Padawan Ahsoka Tano avait réussi à capturer Dark Maul sur Mandalore et qu’elle s’apprêtait à livrer le prisonnier au Conseil Jedi sur Coruscant. Malheureusement, quand Palpatine s'avéra être en réalité le Sith Dark Sidious et qu'il fit d'Anakin Skywalker son nouvel apprenti en prenant le contrôle de la République, tout devint sombre pour Ki-Adi et les autres Jedi.
Alors que sur Mygeeto, le Céréen s'apprêtait à charger une nouvelle fois l'ennemi avec Bacarra et les autres soldats, ceux-ci exécutèrent alors l'Ordre 66, ouvrant le feu sur leur Général. Pris pour cible par ses propres troupes, ce dernier tenta alors tant bien que mal de sauver sa vie, mais s'il réussit à abattre quelques clones, les nombreux tirs reçus de plein fouet mirent fin à l'existence du Maitre Jedi Ki-Adi-Mundi.