Qui-Gon Jinn était un Maître Jedi, formé par Dooku, durant les dernières années de la République Galactique. Membre éminent reconnut pour son caractère entêté, il avait prit pour Padawan le jeune Obi-Wan Kenobi. Ainsi, en -33, ils accompagnèrent tous deux Yoda sur une planète reculée, où ils découvrirent Lo, un jeune garçon promis à étudier la Force. Yoda ayant affaire ailleurs, Qui-Gon et Obi-Wan furent chargés de l'amener sur Coruscant.

Par la suite, 26 Padawans Jedi furent enlevés par le Seigneur de guerre Guattako et menés sur Oosalon. Mace Windu parvint à infiltrer la cachette du terroriste et envoya sa localisation par la Force aux autres Maîtres Jedi à la recherche des apprentis. Qui-Gon Jinn répondit présent mais lorsqu’il arriva sur les lieux, Guattako avait été tué et les enfants déjà libérés.

Peu après, Qui-Gon et Obi-Wan furent dépêchés sur Bri’n afin de mener à bien des négociations : depuis peu, une guerre civile avait éclaté, opposant les fidèles de la Prêtresse Th'er au Clan du Métal. Hélas, les discussions avec le leader du Clan du Métal échouèrent, obligeant Qui-Gon Jinn ainsi que la Prêtresse à prendre la fuite. Si cette dernière accusa le Jedi d’avoir fait preuve de lâcheté en prenant ainsi la fuite, il argua que l’important était sa sécurité : tant qu’elle était en vie, les membres du Clan du Métal ne pourraient pas s’en prendre aux arbres.

Toutefois, les paroles de la Prêtresse avaient interpelé Qui-Gon bien plus qu’il ne l’aurait pensé, l’amenant à se questionner sur le rôle véritable des Jedi : étaient-ils de simples guerriers à la solde du Sénat Galactique ? Sur les conseils de Yoda, il s’ouvrit alors à la Force et, se laissant guider par ce pouvoir mystique, se retrouva sur une mystérieuse planète. C’était un monde regorgeant de vie... Pourtant il put également percevoir l’attirance du Côté Obscur. Qui-Gon utilisa la Force pour se tirer des griffes du Mal qui l’oppressaient et, tant bien que mal, retourna sur Coruscant. Ce bref (mais intense !) voyage lui avait permit d'être rassuré quand au fait qu’il avait prit la bonne décision en quittant Bri’n, refusant ainsi de prendre les armes et de massacrer le Clan du Métal. Les Jedi étaient avant tout pacifiques et défenseurs de la paix. Ils ne pouvaient avoir recours à la violence qu'en ultime solution. Aussi, il reprit la lutte contre le Clan du Métal, servant désormais de conseiller pour la Prêtresse Th'er.

Durant de nombreuses années, le Maître Jedi Qui-Gon Jinn et son Padawan Obi-Wan Kenobi déjouèrent bon nombre de conflits.

Un jour en -32, Mace Windu envoya Qui-Gon régler une affaire commerciale dans le système de Naboo. Lui et Obi-Wan tombèrent dans un piège tendu par les dirigeants de la Fédération du Commerce et furent contraints de s’enfuir. Ils échouèrent dans une zone déserte de la planète Naboo où ils firent la rencontre d’un Gungan, Jar Jar Binks. Grâce à celui-ci, ils atteignirent la ville de Theed où se trouvait le Palais Royal de la reine des Naboos, Padmé Amidala. Ils libérèrent cette dernière et avec quelques membres de son escorte personnelle, ils prirent la fuite en direction de Coruscant. Malheureusement, une avarie contraignit le vaisseau à s’arrêter sur la planète Tatooine afin d’y acheter de nouvelles pièces de machinerie.

Sur Tatooine, dans la ville de Mos Espa, Qui-Gon, accompagné de Jar-Jar et une suivante de la Reine, fit la connaissance d’un jeune esclave très réceptif à la Force, Anakin Skywalker. Celui-ci les accueillit chez lui alors qu’une tempête de sable les empêchait de retourner à leur vaisseau. Ne pouvant acheter les pièces nécessaires, Jinn cherchait une solution lorsqu’Anakin lui proposa de concourir à une course de Pod et d’acheter les pièces manquantes à son Maître pour qu’ils puissent repartir. Anakin remporta la victoire ce qui permit de réparer le vaisseau. Au passage Qui-Gon s’était arrangé pour faire libérer le jeune homme si prometteur, en revanche, il ne put rien faire pour faire libérer la mère de l’enfant. Ayant obtenu sa libération, le Maître Jedi décida de l’emmener sur Coruscant afin de le soumettre au Conseil Jedi. Sur le chemin du retour vers le vaisseau, Qui-Gon fut attaqué par un mystérieux combattant rappelant l’Ordre Sith qui était censé avoir disparu depuis un millénaire. 

Sur la planète-capitale, Qui-Gon présenta Skywalker au Conseil et fit part de son assaillant. Le garçon fut rejeté par le Conseil mais Qui-Gon et Obi-Wan furent chargés de reconduire la Reine de Naboo, Amidala, sur sa planète. Bien qu’il fut interdit à Jinn d’enseigner le savoir Jedi au jeune Anakin, il lui dit de rester auprès de lui et d’observer attentivement ce qu’il faisait. Jinn n’avait pas encore dit son dernier mot.

De retour sur Naboo, les deux Jedi furent de nouveau confrontés au combattant de Tatooine, Dark Maul. Un combat âpre, long et de haute intensité se déroula, et le Sith réussissait parfaitement à contenir les assauts du Maître et de son Padawan. Finalement, Qui-Gon se retrouva seul en face à face durant un court moment, et le Seigneur Noir des Sith prit rapidement le dessus, puis le tua. Obi-Wan se retrouva donc seul et finit par terrasser le Sith, notamment grâce au Sabre de son Maître sans vie. 

Avant de ne faire qu’un avec la Force, Qui-Gon émit le souhait qu’Obi-Wan prenne Anakin Skywalker comme apprenti : malgré les mises en garde de Yoda, le Conseil accorda cette requête. Le défunt Maître fut incinéré dans la chapelle du Palais Royal de Naboo et son sabre laser confié à Obi-Wan.

Une fois mort, Jinn conserva son identité dans la Force grâce à ce qu’il avait appris d’un Shaman de Whills. Il communiqua ainsi plusieurs fois avec Yoda à travers la Force. 

En l'an -20 notamment, il se manifesta à Yoda, alors en train de méditer au Temple Jedi, en faisant léviter des meubles puis en lui parlant. Incertain de la réalité de la voix, Yoda subit un examen médical après avoir discuté avec les membres du Conseil Jedi. Il subit un rituel de déprivation, lors duquel il entendit à nouveau la voix de Qui-Gon, ce dernier lui demandant de se rendre sur Dagobah. Là-bas, Qui-Gon se manifesta à nouveau sous la forme de lucioles de lumière, expliquant à Yoda la différence entre la Force Vivante et la Force Cosmique. Le Maître Jedi pénétra ensuite dans une grotte, et eut la vision d'un Ordre Jedi détruit et de Sith triomphants. Il sévanouit en ressortant de la grotte mais Qui-Gon le réveilla, et l'assura que le futur était toujours en mouvement. Il demanda ensuite à Yoda de voyager au centre de la galaxie afin de rencontrer cinq prêtresses et apprendre comment préserver sa conscience après la mort.

En -19, Yoda apprit à Obi-Wan Kenobi, lorsqu’ils durent s’exiler après la prise de pouvoir de Palpatine, qu'il pouvait parler à Qui-Gon à travers la force, et le forma à cette technique.

Les origines lointaines de Qui-Gon Jinn sont pour la plupart inconnues. Il naquit 92 années avant la Bataille de Yavin.

Durant ces jeunes années au Temple, il se lia d’amitié avec une jeune apprentie Noorienne du nom de Tahl. Il était également ami avec une jeune Humaine appelée Clee Thara.

Aux environs de 82 av BY, Qui-Gon participa au tournoi de Jedi dont le but était d’encourager les jeunes apprentis à montrer l’étendue de leurs capacités avec la chance à la clef d’être choisi comme padawan par un chevalier Jedi. Dooku, chevalier Jedi, fut impressionné par les capacités au sabre laser de ce dernier et le choisit.

Dooku et Jinn vécurent de nombreuse aventures ensemble à travers la galaxie. L’une de leur première mission fut l’accompagnement du Sénateur Blix Annon lors d’une mission diplomatique. Pendant le voyage, le vaisseau fut attaqué par des pirates dont le leader était Lorian Nod, un ancien Jedi et accessoirement ancien ami proche de Dooku. Durant la bataille, Dooku fut pris par la rage et le désir de gagner son combat. Lorsqu’il fut évident pour Jinn que son Maître ne distinguait plus le mal du bien et qu’il était capable de tuer Lorian défait et sans défense, il trouva les mots pour le ramener vers le droit chemin.

Selon certains, Qui-Gon aurait hérité des idéaux de son maître, refusant de se soumettre aux directives qui lui semblaient futiles. Durant son apprentissage Dooku remarqua la compassion de son apprenti pour toutes les formes de vie. Il le mit également en garde contre les trahisons et les déceptions.

Alors qu’il venait de passer au rang de Chevalier Jedi, au même moment que son amie Tahl, le Conseil lui conseilla de prendre un apprenti à ses côtés. Ne se sentant pas encore prêt, il déclina l’offre et parcourut la galaxie durant plusieurs années, en remplissant des missions pour le compte du Conseil. C’est à cette époque qu’il rencontra sur la planète Telos IV un jeune homme puissant dans la Force, du nom de Xanatos. Ce dernier était le fils de Crion, l’homme le plus riche de la planète. Bien qu’il fut plus âgé que l’âge requis pour intégrer le Temple et que son père y soit réticent, Jinn l’emmena au Temple pour qu’il y suive l’entraînement des Jedi.

Pendant les deux années où Xanatos suivit les enseignements du Temple, Qui-Gon prit Feemor sous son aile. Il le fit évoluer au rang de Chevalier et Qui-Gon gagna lui-même le rang de Maître, à l’âge de 33 ans. Xanatos devint ensuite son Padawan.

Lors de sa formation, Xanatos se révéla être très arrogant vis-à-vis des autres élèves, revendiquant ses origines hautaines. Cela ne l’empêcha pas d’être un élève très appliqué qui écoutait son Maître avec attention et qui avait un désir ardent de connaître la Force en profondeur. Yoda décida de lui faire passer une dernière épreuve, Qui-Gon et Xatanos furent envoyés sur Telos où Crion était devenu un tyran, dirigeant le peuple avec dureté.

En effet, une guerre civile menaçait d’éclater sur cette planète suite à l’assassinat de la prêtresse Liora. Qui-Gon et Xanatos furent accompagnés par Tahl ainsi que la jeune Padawan Orykan Tamarik. Toutefois, Xanatos voyait la venue d’Orykan d’un mauvais œil : il craignait en effet qu’elle  le remplace en tant que Padawan de Qui-Gon...

A leur arrivée sur Telos IV, les Jedi durent lutter contre des insurgés. Ces rebelles luttaient contre le pouvoir en place et voulaient ainsi renverser le gouvernement corrompu établi par le gouverneur Crion, père de Xanatos. Cet incident n’empêcha pas pour autant les Jedi de commencer leur enquête. En se rendant à l’endroit où la prêtresse avait été assassinée, Orykan réalisa une prouesse étonnante. En se fondant dans la Force, elle put ressentir l’empreinte maléfique qu’avait laissée le meurtre… Empreinte que Qui-Gon Jinn et encore moins Xanatos étaient capables de sentir. Il fallait se rendre à l’évidence : seul un Jedi avait put cacher la trace de son crime d’une telle manière ! Alors que l’enquête se poursuivait et les attaques menées par l’insurrection se multipliaient à travers la capitale, Tahl fut rappelée par le Conseil. Elle se vit ainsi affecter sur Landor. En revanche, Orykan ne fut pas autorisée à l’accompagner, la  mission sur Landor étant jugée trop dangereuse… Cependant, avant de partir,  

Les jours qui suivirent furent décisifs pour l'avenir de Telos IV. La guerre civile atteignit son paroxysme et Nason fut tuée au cours des affrontements, rendant Xanatos ivre de rage. Il fut révélé que c’était Crion qui avait tout manigancé. Il voulait en effet se débarrasser d’une petite cellule rebelle qui contestait son autorité. Il avait ainsi monté le reste des télosiens contre ces insurgés en leur faisant porter la responsabilité de la mort de la prêtresse. Il avait été aidé par Dairoki, un ancien Jedi. Ivre de rage, le peuple de Telos IV prit d’assaut le palais du gouverneur. Qui-Gon Jinn rendit visite à Crion, pour le prier de faire machine arrière et de répondre de ses crimes mais ce dernier refusa et défia le Jedi dans un duel au corps à corps. Qui-Gon n’eut pas d’autres choix que de tuer Crion qui déjà s’en prenait à la jeune Orykan. Le père de Xanatos chuta dans un bassin décoratif ardent, se consumant instantanément. L’apprenti, impuissant, assista à la mort de son père. Avant de disparaître, il jura de se venger de son maître, sombrant ainsi définitivement du Côté Obscur.

De retour sur Coruscant, Jinn se sentit responsable de la façon dont son Padawan avait tourné et décida de ne plus reprendre un autre apprenti. Tahl tenta bien de le faire revenir sur sa décision mais les évènements de Telos était encore trop présents.

Qui-Gon reprit alors ses missions en solo durant quelque temps, travaillant ponctuellement sur des missions avec d’autres Jedi, dont Tahl. C’est notamment avec elle qu’il supervisa les premières élections démocratiques de la Nouvelle Apsolon.

Durant neuf années, Qui-Gon refusa de prendre un autre apprenti suite à sa mésaventure avec Xanatos. Alors que Yoda le poussait à prendre un autre padawan, Jinn accepta de regarder un tournoi qui opposait des étudiants relativement âgés. Parmis ces étudiants, il y avait Obi-Wan Kenobi, que Jin ne manqua pas de remarquer, et Bruck Chun. Juste après leur démonstration, Jinn dut quitter la planète pour une mission sur la planète Bandomeer, à la demande du Chancelier Suprême.

Dans le vaisseau qui conduisait Jinn sur Bandomeer se trouvait également Kenobi qui se rendait sur la planète pour intégrer le Corps Agricole. En chemin, les deux Jedi durent intervenir pour aider un groupe d'Arconas contre une organisation criminelle. 

Arrivée sur la planète, Jinn reçut un message de Xanatos lui révélant que la planète n'avait pas besoin d'une aide Jedi mais qu'il était néanmoins à l'origine de sa venue sur place. Depuis quelque temps, il était à la tête d'opérations minières autour de la planète et terrorisait les habitants sur place. Kenobi fut autorisé par Jinn à ne pas se rendre au sein du Corps Agricole afin qu'il puisse l'assister dans la situation présente. Ils se rendirent alors tous les deux, en tant que représentant de la planète, à un rendez-vous avec Xanatos. Le rendez-vous évolua en combat, Xanatos ayant le désir de se venger de son ancien Maître et de le tuer. Bien que Xanatos s'enfuit, Jinn eut néanmoins la surprise de revoir à nouveau Kenobi en action, ce qui finit de le convaincre. Jinn le prit donc officiellement comme padawan. 

Ensemble, les deux Jedi enchaînèrent les missions et se rendirent sur de nombreux mondes et participèrent à de nombreux conflits. Durant la guerre de Melida/Daan, Kenobi quitta brièvement l'Ordre avant de revenir vers Jinn. Ils eurent l'occasion de rencontrer Xanatos à plusieurs reprises. Il s'allia même à Bruck Chun et tentèrent du tuer Maître Yoda au sein même du Temple. Ils pourchassèrent Xanatos jusqu'à Telos où il fut défait et où ce dernier choisit de se suicider plutôt que de se rendre.

L'un des plus importants conflits que le duo rencontra fut celui de la Guerre de Stark, conflit lié à une étrange pénurie de bacta . Ils combattirent aux côtés de Jedi tels que Plo Koon, Tholme et son Padawan Quinlan Vos ou encore Tyvolka. Ce fut également pour eux l'occasion de rencontrer pour la première fois la Fédération du Commerce.

Qui-Gon et son padawan développèrent une relation Maître/élève très forte et emplie de respect l'un pour l'autre. Ils parcoururent la galaxie ensemble, et affrontèrent de nombreux ennemis, tel que Dooku qu'il emprisonnèrent une fois de plus suite à sa défaite sur Junction V.  Durant la Guerre Civile Mandalorienne, le duo fut envoyé sur Mandalore pour protéger la jeune Duchesse Satyne Krize. Ils y restèrent une année, ce qui laissa tout le temps à la Duchesse et au jeune Kenobi de développer des sentiments amoureux l'un pour l'autre. Pourtant, les Jedi furent appelés à d'autres missions et quittèrent le système laissant Krize à son destin.   

Ils voyagèrent également sur Kegan où ils découvrirent le potentiel de la jeune Olana Chion dont l'entrée dans l'Ordre ne fut pas de tout repos et ils jouèrent les médiateurs durant le conflit qui opposa la planète Rutan à sa lune Senali.

En 43 av BY, le Jedi et son padawan travaillèrent à résoudre le mystère d'une série de meurtres dont les cadavres étaient entièrement vidés de leur sang. Leurs investigations les menèrent jusqu'au scientifique Jenna Zan Arbor et son acolyte, la chasseuse de primes, Ona Nobis. Jinn se fit capturer par Nobis et conduit auprès d'Arbor. Là, il subit des tortures durant des expériences sur son sang gérées par la scientifique. Son but était d'étudier le sang des Jedi afin de découvrir le secret de la Force pour que des individus normaux puissent ensuite l'utiliser.    

Kenobi, aidé par Adi Gallia et Siri Tachi infiltrèrent le laboratoire de Zan et libérèrent Jinn. Zan Arbor fut emprisonnée et Ona Nobis périt suite à son affrontement avec Kenobi. 

En 42 av BBY, Obi-Wan et son Maître furent confrontés au spectre d'un ancien ennemi. Vox Chun, le père de l'ancien padawan Bruck Chun, engagea un avocat afin de poursuivre les deux Jedi pour avoir causé la mort de Bruck. Cette épreuve fut particulièrement difficile pour l'élève de Jinn, jusqu'à ce que les poursuites furent finalement abandonnées.

A partir de –41, quelques tensions s'installèrent dans la relation entre Qui-Gon et Tahl. Cette dernière venait de prendre Bant Eerin, amie de Kenobi, comme padawan et Jinn lui donna des conseils que Tahl n'apprécia pas. Ces tensions étaient en réalité dues à leurs sentiments l'un envers l'autre, ce qui avait tendance à les troubler et perturber leurs émotions. Ils finirent par reprendre la maîtrise d'eux-mêmes mettant en avant leur conviction pour l'Ordre Jedi et le respect de son Code.
     
Un peu plus tard, alors qu'il était sur la planète Ragoon VI en compagnie de son padawan, Jinn eut des visions de Tahl en danger, voire au bord de l'agonie. Jinn demanda au Conseil de le missionner avec Tahl sur la prochaine mission de celle-ci sur New Apsolon. Elle refusa son aide et partit en mission seule, laissant même sa padawan au Temple. Trois semaines passèrent durant lesquelles elle ne donna pas signe de vie. Contre l'avis du Conseil Jinn et Kenobi partirent à sa recherche sur New Apsolon. Elle fut retrouvée saine et sauve et les deux Maîtres s'avouèrent enfin leurs sentiments respectifs mais néanmoins communs. Ils s'accordèrent cependant sur le fait que la mission était prioritaire et décidèrent de reparler de leurs sentiments après la résolution de celle-ci.     

Malheureusement, Tahl fut enlevée juste après par un habitant de la planète appelé Balog. Tahl avait été droguée par son agresseur et bien que Jinn tenta de la guérir à travers la Force, une fois qu'il l'eut retrouvée, elle ne put surmonter l'agression et mourut. Jinn se sentit responsable de sa mort et repensa à son ancien padawan Xanatos. Ces évènements le plongèrent dans une grande tristesse et dépression qui le conduisirent dangereusement vers le Côté Obscur. Malgré le réconfort que tenta de lui apporter Kenobi, Jinn n'avait qu'un but en tête, se venger de Balog. Alors qu'il allait le tuer, une voix le fit stopper et Jinn se calma tant bien que mal avant de reprendre définitivement ses esprits. Balog fut emprisonné et Jinn remercia son padawan pour son intervention lequel avoua n'y être pour rien. C'est à ce moment que Jinn comprit qu'il s'agissait de la voix de Tahl. De retour sur Coruscant, il offrit à son amie des funérailles descentes.

Jinn et Kenobi passèrent quelque temps sur la lune de Kashyyyk, Alaris Prime, avec Chewbacca et Attichitcuk dans le but d'établir une colonie. Plus tard, ils les aideront à en déloger la Fédération du Commerce. Après ces évènements, Jinn était indéniablement changé. Jocasta Nu succéda à Tahl aux archives du Temple et Kit Fisto la remplaça en tant que Maître de Eerin. Malgré sa peine, Jinn continua ses missions avec son padawan. Lors d'une mission les deux hommes furent accompagnés par Adi Gallia et sa padawan Siri Tachi. Les deux Maîtres furent un moment éloignés de leurs padawans qui se surprirent à la découverte de sentiments l'un envers l'autre. Jinn qui ne manqua pas de le remarquer mit en garde Kenobi en lui rappelant sa propre réaction suite à la mort de Tahl. Les missions suivantes leur fit croiser la route de la chasseuse de primes Aurra Sing notamment.

En -38, Qui-Gon Jinn, accompagné de son jeune apprenti Obi-Wan Kenobi furent envoyés sur Yorn Skot. Cette planète était gouvernée par Clode Rhoden, un magnat du gaz Tibanna refusant de reconnaître une quelconque influence politique extérieure. Les deux Jedi furent envoyé pour sauver un luxueux vaisseau de croisière : l'Aurorient Express. Ils sautèrent de leur vaisseau pour atteindre l'Aurorient Express car ce dernier ne répondait plus aux appels alors qu'il descendait dangereusement dans l'atmosphère.      

Arrivant sur la coque du vaisseau, les jedi rencontrèrent des droïdes de sécurité et durent rentrer par une baie vitrée. Qui-Gon utilia la force pour convaincre les passagers qu'il n'y avait rien à craindre et qu'il souhaitait rencontrer le capitaine du vaisseau. Les deux Jedi prévinrent le capitaine des problèmes que présentaient les vaisseaux, et fut très surpris d'apprendre cela, car tous les instruments indiquaient de bonnes valeurs de navigation. Ils menèrent leur enquête à travers le vaisseau, rencontrant les responsables des différentes affaires sur le vaisseau : Bouyardy, Purser Waverton, le passager Saul Moegantz et le responsable de chargement Podlong Foahl. Il se trouva que d'autres droïdes de sécurité se trouvaient dans le vaisseau et que deux bombes étaient cachées. Beaucoup d'entre eux étaient corrompus, dont Waverton, de mèche avec des pirates, et qui était à l'origine d'une des deux bombes, placée sur le vaisseau de luxe.      

Finalement, les senseurs étaient inactifs et quand ils furent réactivés, ils indiquèrent que le vaisseau plongeait dans l'atomsphère et était programmé pour rentrer en collission avec une station minière au sol. Les traces de la première bombe furent retrouvées dans la cabine de la femme de Clode Rhoden. Mais cette dernière avait disparu, et le vaisseau fut évacué de tous ses occupants. Lorsque les Jedi vinrent chercher le capitaine pour finir l'évacuation, ils rencontrèrent Clode Rhoden, qui était à bord. Il annonça aux Jedi qu'il avait placé une bombe (la seconde) dans la cabine du pod de sauvetage de sa femme, reprogrammé pour aller s'écraser sur la station minière.

Après s'être débarrasé d'un droïde en cortosis (résistant aux lames des sabres lasers) que Rhoden avait spécialement conçu, Qui-Gon l'obligea à se rendre. Tout l'équipage et les deux Jedi furent évacués avec les occupants sur une frégate de secours par la suite. Malheureusement pour Rhoden, sa femme avait changé de pod au dernier moment, et ne fut donc pas tuée comme prévu. Pendant ce temps-là, la deuxième bombe explosa, celle de Waverton, et le vaisseau de luxe partit en fumée.

L'année d'après, Qui-Gon et son padawan durent protéger la Baronne Omnino, de la planète Vena. Cette dernière vint sur Coruscant pour rejoindre la République, mais il y eut des complications. En effet, son fils devait la rejoindre mais son vaisseau cessa d'émettre un quelconque signe vital. Qui-Gon se rendit sur le vaisseau avec Obi-Wan, et furent attaqués par un Savrip, espèce native de la planète Ord Mantell. Tout l'équipage avait été tué, dont le frère de la baronne, Sando Omnino.       

Leur enquête débuta donc sur cette planète. Le vaisseau fut aperçu pour la dernière fois vers la ferme d'Orin Bold. Sa fille, Nella Bold, expliqua que l'endroit était dirigé par le baron Taxer Sundown, qui avait pris le contrôle de plusieurs ferme et régnait d'une main de fer. Les habitants pensaient que le baron était un Jedi, car ses soldats utilisaient des sabres lasers d'entraînement et il arrivait à diriger les esprits des habitants. En fait, il utilisait un système installé autour de son crâne afin de maîtriser les esprits faibles. Durant leur enquête, Nella fut enlevée mais sauvée in extremis par les Savrip. Ces derniers avaient appris à parler le langage humain et étaient en fait une espèce intelligente. Qui-Gon comprit cela, et il les aida à renverser Taxer Sundown, qui les chassait pour ensuite les manger.       

Finalement, la baronne Omnino était de mèche avec le baron Taxer Sundown, et utilisait également l'appareil permettant de maîtriser les esprits faibles. Qui-Gon tua la baronne afin de sauver le chancelier Valorum, sous la menace de ses propres gardes du Sénat eux aussi maîtrisés mentalement par la baronne. Les Savrips retrouvèrent leur liberté et la paix revint sur Ord Mantell.

Un an avant le blocus de Naboo, la République connut ses premiers troubles, notamment la menace des Yinchorri, qui attaquèrent plusieurs systèmes. Yinchorr venait de rejoindre la République et profita des ressources qui en découlèrent pour s'attaquer aux systèmes voisins. Alertés par cette menace grandissante et la mort de deux Jedi, Naeshahn et son padawan Ebor Taulk, le Conseil Jedi décida d'agir rapidement. Plusieurs membres du Jedi participèrent à cette mission, qui consistait à aller sur les trois planètes du système Yinchorri : Yinchorr, Yitheeth et Yibikkoror. Qui-Gon Jinn fut accompagné par son padawan Obi-Wan Kenobi, mais également Mace Windu et Saesee Tiin. Grâce aux talents de pilotes de maître Tiin, l'équipage se posa sans trop de difficultés sur la planète. Cependant, ils furent vite encerclés et pris aux pièges par les Yinchorri, munis de leur bouclier en Cortosis. Rapidement, ils furent rejoints par les autres Jedi qui n'avaient rien trouvé sur les planètes voisines. Il y eut plusieurs morts du côté des Jedi, mais la menace Yinchorri fut stopée.

Durant de nombreuses années, le Maître Jedi Qui-Gon Jinn et son Padawan Obi-Wan Kenobi déjouèrent bon nombre de conflits.

Un jour en -32, Mace Windu envoya Qui-Gon régler une affaire commerciale dans le système de Naboo. Lui et Obi-Wan tombèrent dans un piège tendu par les dirigeants de la Fédération du Commerce et furent contraints de s’enfuir. Ils échouèrent dans une zone déserte de la planète Naboo où ils firent la rencontre d’un Gungan, Jar Jar Binks. Grâce à celui-ci, ils atteignirent la ville de Theed où se trouvait le Palais Royal de la reine des Naboos, Padmé Amidala. Ils libérèrent cette dernière et avec quelques membres de son escorte personnelle, ils prirent la fuite en direction de Coruscant. Malheureusement, une avarie contraignit le vaisseau à s’arrêter sur la planète Tatooine afin d’y acheter de nouvelles pièces de machinerie.

Sur Tatooine, dans la ville de Mos Espa, Qui-Gon, accompagné de Jar-Jar et une suivante de la Reine, fit la connaissance d’un jeune esclave très réceptif à la Force, Anakin Skywalker. Celui-ci les accueillit chez lui alors qu’une tempête de sable les empêchait de retourner à leur vaisseau. Ne pouvant acheter les pièces nécessaires, Jinn cherchait une solution lorsqu’Anakin lui proposa de concourir à une course de Pod et d’acheter les pièces manquantes à son Maître pour qu’ils puissent repartir. Anakin remporta la victoire ce qui permit de réparer le vaisseau. Au passage Qui-Gon s’était arrangé pour faire libérer le jeune homme si prometteur, en revanche, il ne put rien faire pour faire libérer la mère de l’enfant. Ayant obtenu sa libération, le Maître Jedi décida de l’emmener sur Coruscant afin de le soumettre au Conseil Jedi. Sur le chemin du retour vers le vaisseau, Qui-Gon fut attaqué par un mystérieux combattant rappelant l’Ordre Sith qui était censé avoir disparu depuis un millénaire. 

Sur la planète-capitale, Qui-Gon présenta Skywalker au Conseil et fit part de son assaillant. Le garçon fut rejeté par le Conseil mais Qui-Gon et Obi-Wan furent chargés de reconduire la Reine de Naboo, Amidala, sur sa planète. Bien qu’il fut interdit à Jinn d’enseigner le savoir Jedi au jeune Anakin, il lui dit de rester auprès de lui et d’observer attentivement ce qu’il faisait. Jinn n’avait pas encore dit son dernier mot.

De retour sur Naboo, les deux Jedi furent de nouveau confrontés au combattant de Tatooine, Dark Maul. Un combat âpre, long et de haute intensité se déroula, et le Sith réussissait parfaitement à contenir les assauts du Maître et de son Padawan. Finalement, Qui-Gon se retrouva seul en face à face durant un court moment, et le Seigneur Noir des Sith prit rapidement le dessus, puis le tua. Obi-Wan se retrouva donc seul et finit par terrasser le Sith, notamment grâce au Sabre de son Maître sans vie. 

Avant de ne faire qu’un avec la Force, Qui-Gon émit le souhait qu’Obi-Wan prenne Anakin Skywalker comme apprenti : malgré les mises en garde de Yoda, le Conseil accorda cette requête. Le défunt Maître fut incinéré dans la chapelle du Palais Royal de Naboo et son sabre laser confié à Obi-Wan.

La mort de Jinn toucha de nombreux membres de l’Ordre. S’il en est un qui fut particulièrement impacté par sa mort, c’est le Comte Dooku, Maître Jedi qui format Jinn. Sa désillusion de l’Ordre Jedi et de la République le conduisirent vers le côté obscur. C’est ainsi qu’il devint Dark Tyranus, apprenti de Dark Sidious.