L'invasion Vong se prépare et alors que les troupes républicaines quittent la bataille d'Helska, Jaina est intégrée à l'escadron Rogue par Gavin Darklighter à l'âge de seulement seize ans.
Peu de temps après, Jaina se trouvait au Praxeum Jedi en compagnie d'Anakin, Jacen et Lowbacca lorsque Luke revint de la planète Artorias en compagnie d'un jeune homme sensible à la Force : Finn Galfridian. Ce dernier démarra sa formation aux voies de la Force et fit la connaissance des jeunes Jedi. Très vite, Jaina se rapprocha du jeune homme et n'hésita pas à l'embrasser. Par la suite, Jaina partit en mission sur Nar Shaddaa, accompagné par ses deux frères mais aussi par Lowbacca, Finn et... Sa mère ! L'objectif était de prendre contact avec un contrebandier qui possédait des informations essentielles sur des Yuuzhan Vong infiltrés au sein de la Nouvelle République sous un déguisement. La mission fut un succès et ils purent rapporter au temple Jedi un holocron contenant les précieuses informations.
Il s’avéra que, parmi les agents ennemis infiltrés figurait Dulac, un proche du père de Finn, Caled. Malgré l’interdiction de Luke, Finn décida de se rendre sur sa planète natale, Artorias afin de prévenir son père, resté en compagnie de Dulac, du danger qu’il courait. Jacen et Jaina accompagnèrent le jeune homme, arguant qu’ils avaient plus d’expérience que lui et qu’il aurait certainement besoin de son aide !
Arrivés dans le système d’Artorias, ils furent accueillis par des Grutchins, des insectes Yuuzhan Vong capables de survivre dans l’espace et de percer les coques des vaisseaux. Jaina prit les commandes du navire et confia son sabre laser à Finn. Ce dernier, équipé d'une combinaison de survie sortit dans le vide sidéral, armé du sabre de la jeune femme pour affronter ces monstres. Le trio de jeunes Jedi réussit finalement à atteindre tant bien que mal le refuge du roi Caled Galfridian… Mais il était déjà trop tard ! Alors que le monarque s’entretenait en privé avec Dulac, celui-ci aspergea Caled de poison. Jaina et Jacen firent irruption dans la pièce et éliminèrent ensemble le Yuuzhan Vong. Hélas, ils ne purent sauver le père de leur ami et assistèrent aux funérailles de Caled Galfridian.
Devenue Rogue Onze, elle participe aux batailles de Dantooine et d'Ithor en compagnie de son astromech Sparky. A l'occasion de cette dernière bataille, Jaina Solo perd sa coéquipière Anni Capstan et rencontre le jeune et téméraire pilote Chiss Jag Fel.
Au cours de la bataille de Kalarba, elle est abattue et gravement blessée aux yeux. Devenue temporairement aveugle, elle rejoint son père sur Duro où elle s'oppose violemment à sa mère. Pourtant, quand le Maître de Guerre Tsavong Lah semble proche de tuer Leia, elle n'hésitera pas à l'aider à s'en sortir.
Duro sonne le début de la traque des Jedi. Sa situation étant devenue délicate, la jeune Solo n'est pas réintégrée aux Rogues une fois guérie. Souhaitant aider son oncle à unifier le mouvement Jedi, elle rencontre Kyp Durron, qui se joue d'elle pour contacter l'armée - entre autre Wedge Antilles et Gavin Darklighter - afin de détruire un vaisseau monde en gestation dans l'orbite de Sernpidal.
C'est après ce fiasco qu'elle se joint au groupe de Jedi envoyé sur Myrkr en compagnie de ses deux frères, Jacen et Anakin. Traquée par Nom Anor, rencontrant les pires difficultés, Jaina ne peut insister qu'impuissante à la mort de son jeune frère Anakin. Elle a du mal à le supporter et semble glisser dangereusement vers le côté obscur. Elle récupère le corps de son jeune frère avant de constater, une nouvelle fois sans pouvoir intervenir, la mort présumée de son jumeau Jacen. Les survivants du groupe peuvent quitter la planète leur tâche accomplie, mais la jeune femme est au bord du gouffre.
Ils débarquent dans l'amas de Hapès, où Jaina retrouve sa famille ainsi que Kyp Durron et Jag Fel. Le Jedi se rapproche d'elle et elle devient petit à petit son apprentie. Elle exprime aussi difficilement ses sentiments envers le beau pilote Chiss. Après l'épreuve de l'enterrement d'Anakin, elle déjoue les manœuvres de l'ancienne reine mère Ta'a Chume pour faire d'elle la nouvelle femme du prince Isolder.
Elle quitte Hapès avec Kyp, qui va l'aider à trouver des réponses et revenir progressivement vers le bon côté de la Force. Elle participe ensuite à la défense de Borleias, où elle prend les rênes de l'escadron Soleils Jumeaux après sa promotion en tant que major. L'intérêt que portent les Vongs aux jumeaux, qui représentent des êtres élus des dieux dans leur société, fait d'elle une cible privilégiée. Elle l’utilise à bonne escient pour piéger les Vongs qui commencent à la prendre pour Yun-Harla, la déesse de la tromperie. Elle se réconcilie également avec sa mère Leia avant son départ vers la base secrète Eclipse, plaque tournante de l'action des Jedi et de leurs alliés dans la galaxie.
Elle est au centre de la bataille d'Ebaq 9, d'où elle sort indemne malgré la charge désespérée du Maître de Guerre Tsavong Lah qui perdra la vie face à la lame de Jaina. Après ce fait de guerre, elle sera promue colonel. Elle sera chargée avec Jag et Tahiri Veila d’une mission de protection de ses parents lors d’un voyage diplomatique de l’Alliance Galactique sur différentes planètes, dont Galantos, Bakura et Esfandia, où ils mettront fin aux plans des Yuuzhan Vong sur chacun de ces mondes. Au cours de ses voyages, Jaina aidera son amie Tahiri dans sa lutte de personnalité contre sa moitié Yuuzhan Vong, Riina Kwaad.
Après ces voyages diplomatiques, Jaina reprend le service actif dans l’escadron Soleil Jumeaux et participe entre autres aux secondes Batailles de Fondor et de Bilbringi. Elle passe ensuite quelques heures de loisirs en compagnie de Jag sur les plages de Mon Calamari, avant la phase finale de la guerre.
Jaina est affectée à la défense de Mon Calamari lors de la grande invasion que les Yuuzhan Vong lancent dessus et qui doit être le dernier obstacle à leur domination suprême. Mais les extragalactiques n’envisagent pas le retour de Zonama Sekot dans les cieux de Yuuzhan’tar. A la suite de ça, l’invasion de Mon Calamari est annulée et toutes les forces Yuuzhan Vong se replient sur Coruscant. Jaina, ses parents et de nombreux autres Jedi arrivent sur Zonama Sekot, où la première retrouve avec joie son frère Jacen, son oncle Luke et sa tante Mara.
Deux années après la chute de son frère, Jaina assista au Sommet de l'Unification entre les Vestiges de l'Empire et l'Alliance Galactique, puis Jagged Fel lui proposa de créer une école Jedi au sein de l'Empire, mais la jeune femme se montra très réticente à cette idée. Suite au Sommet, les Jedi furent accusés en masse des actions dévastatrices de Jacen et Luke fut contraint à l'exil avec Ben. Jaina prit conscience que l'opinion publique allait désormais voir l'Ordre d'un mauvais œil, surtout après les dégâts causés à la capitale lors de la poursuite d'un Valin Horn soudainement devenu fou, à laquelle elle participa activement. Jaina assista alors à la première réunion avec le nouveau Grand Maître Kenth Hamner où elle apprit que tous les Jedi seraient accompagnés d'observateurs du gouvernement, ce qui était loin de la réjouir. Le choc fut grand pour elle lorsqu'elle s'aperçut que son observateur personnel était le jeune Dab Hantaq, le sosie de feu son frère Anakin. Elle assista au jugement de Valin Horn et dut accepter sans réagir sa condamnation au gel par carbonite, puis créa un groupe secret avec d'autres Jedi, Darkmeld, pour agir sans la surveillance des observateurs, et ils se rendirent alors compte que Seff Hellin était également devenu fou. Suite à sa tentative de libérer Valin Horn, le groupe décida de capturer Hellin et Jaina réussit fuir la surveillance de Dab suffisamment longtemps pour y parvenir. Jaina n'informa cependant pas le Conseil de cette action, mais Cilghal découvrit rapidement la situation et Jaina accepta de l'intégrer au groupe.
Poursuivant sa relation avec Jagged Fel, ils furent de plus en plus harcelés par la presse et notamment le très acharné journaliste Javis Tyrr, ce qui ne manqua pas de déranger les actions de Darkmeld ainsi que la tranquillité du couple. Mais les Jedi furent au moins libérés de la charge des observateurs grâce à l'aide de leur ami avocat Nawara. Quelques jours plus tard, Jaina accompagna ses parents et Allana à la foire au bétail du Centre des Congrès et des Expositions où ils souhaitaient trouver un animal de compagnie pour la petite fille. L'une des Jedi qui les accompagnait, Natua Wan, fut soudainement prise de folie et transforma l'endroit en champ de bataille, sous la caméra discrète de Javis Tyrr, mais Jaina parvint à capturer Wan et la ramena au Temple. Cette débâcle déclencha de nouvelles tensions entre Daala et les Jedi, et Jaina fut alors confinée au Temple pour sa participation dans ces actions et contrainte à des travaux publics. Mais après un travail difficile, elle retrouva Jag qui la demanda alors en mariage, pour le plus grand bonheur de la Jedi.
Suite à la crise de folie de Bazel Warv et Saav'etu, Jaina et Jag parvinrent à les capturer près du Temple Jedi, et avec l'aide de ses parents ils réussirent à les soustraire aux forces de la Sécurité de l’Alliance Galactique arrivés sur les lieux. La Jedi quitta ensuite la scène dans le speeder diplomatique de Jag, lui évitant d'avoir de nouveaux ennuis avec l'AG. Peu après avoir appris par Jag que Daala souhaitait engager des Mandaloriens pour assiéger le Temple, elle dénicha un droide espion de Tyrr dans le véhicule et le détruisit rapidement, récupérant au passage les enregistrements. Ses parents lui rendirent alors visite pour l'informer des plans de Daala, mais elle laissa échapper sa connaissance de l'information, ce qui ne manqua pas de provoquer la colère de son père envers le jeune couple. Fel découvrit l'implication du Moff Lecersen grâce à l'enregistrement, et malgré son comportement pro-Jedi, des derniers se montrèrent très réticents à lui faire confiance et le Conseil lui interdit de revenir au Temple, demandant à Jaina de revoir ses priorités. Jaina participa ensuite à une opération de diversion publique avec quelques Maîtres afin de révéler la vérité sur l'établissement où avaient été enfermés les enfants Horn, qui se faisait passer pour un bâtiment de stockage, s'assurant de voir l'intérieur en emmenant des journalistes avec elle. Malgré le bien-fondé de cette action, il ne s'agissait en réalité que de détourner l'attention de Daala pour permettre à ses parents d'emmener les Jedi fous du Temple hors de la planète.
Après avoir appris par Cilghal que Luke et Ben avaient été attaqués par un groupe de Sith, Jaina insista pour participer à la réunion du Conseil, où Hamner refusa de mener une action sérieuse contre cette menace au vu du manque d'informations. Jaina s'assura toutefois une place dans la force d'intervention StealthX si elle venait à être lancée.
Suite à une nouvelle psychose chez Sothais Saar, elle s'apprêta à l'emmener hors de portée de l'AG dans les Brumes Transitoires, comme les autres cas, mais ce fut à ce moment que les Mandaloriens débutèrent le siège du Temple Jedi. Jaina, avec l'aide du Jedi Kell Tainer, réussit à repousser la première attaque souterraine des mercenaires et en élimina quelques-uns sans trop de dommages, mais la force d'intervention désormais présente autour du Temple rendait tout départ impossible. Suite au retour de ses parents de Dathomir, elle s'occupa d'Allana et de sa nexu blessée, puis laissa le Conseil et les Solo régler la situation avec Daala.
Un peu plus tard, tandis qu'elle dînait avec Jag, ses parents et Allana au restaurant Pangalactus, ils furent soudainement victimes d'une attaque bien organisée, mais la Jedi réussit à se débarrasser des droides YVH qui prenaient part à l'assaut, et soupçonna l'implication de Lecersen.
Préoccupée par le sort de Tahiri, elle réussit à convaincre Jag de lui trouver un bon avocat en la personne de Eramuth Bwua'tu, mais fut rappelée par le Conseil au cours du procès pour apprendre que Daala menaçait la famille Solo. Ne pouvant agir avec la vigueur habituelle des Solo, elle dut se résoudre à demander l'aide de Jag afin qu'il offre un soutien militaire ou une distraction de Daala, mais le Chef d'Etat ne pouvait pas s'impliquer trop personnellement dans l'affaire. Jaina décida alors de rompre ses fiançailles et de partir seule dans son StealthX en dépit des ordres reçus, afin de rallier Klatooine où elle espérait retrouver les Skywalker exilés.
Elle tomba sur Lando Calrissian, venu avec un remorqueur d'astéroïdes pour aider Luke à traverser la Gueule, et ils durent avant tout résoudre la crise causée par les Sith sur la planète. Ces derniers ayant commis le crime ultime en profanant la Fontaine des Anciens Hutts, Jaina et Lando furent appelés comme témoins neutres afin d'arbitrer la querelle, et réussirent à calmer la situation. Elle partit finalement pour La Gueule avec Lando et affronta la sphère de méditation Sith, Vaisseau, en orbite de la planète d'Abeloth, tandis que les Skywalker, à la surface, affrontaient l'entité maléfique apparemment responsable de l'état des Jedi fous. Au terme d'un combat difficile qui endommagea gravement son chasseur, elle rejoignit Lando à bord du Chien de Pierre pour reprendre la direction de Coruscant, sur les ordres de Luke. Durant le trajet, il apparut qu'un droide de sabotage était monté à bord du remorqueur et les avait fait sortir de l'hyperespace en plein cœur d'une flottille de pirates Sith. Après s'être débarrassés du passager clandestin, ils repoussèrent les Sith grâce à la dextérité de la jeune femme dans son StealthX. Ils parvinrent à sauter de nouveau dans l'hyperespace pour rallier Coruscant, où Jaina informa le Conseil des derniers évènements, et constata également avec plaisir la guérison des Jedi fous. Avec ses parents et Lando, elle rencontra alors le sénateur Wuul afin qu'il aide à légitimer les Jedi avec un projet de loi, et Jaina dut alors aller demander à Jag de faire diversion auprès de Daala, malgré le ton difficile de leur dernière discussion. En dépit de la levée du siège du Temple et de la guérison des Jedi, l'AG refusait toujours de rendre les enfants Horn, et suite à la répression des révoltes esclaves dans la Bordure Extérieure par les Mandaloriens de Daala, Jaina décida de libérer les Horn par la force.
Après une mise au point avec Jag sur les derniers évènements, elle participa à la mission de sauvetage avec quelques autres Jedi ainsi que ses parents, et ils lancèrent un assaut direct sur la prison de la SAG pour libérer les Jedi Horn, découvrant au passage la collection effrayante de prisonniers congelés de Daala. Ils rentrèrent enfin au Temple où ils apprirent la mort de Kenth Hamner des mains de Saba Sebatyne, ce qui avait rendu possible le départ de la flotte StealthX avec le soutien de l'Aventurier Errant, permettant ainsi de protéger les Skywalker de la flotte Sith à Pydyr. Lorsque Saba prit la décision de destituer Daala afin de protéger l'Ordre Jedi, Jaina décida de prendre part activement à l'opération. Elle s'infiltra alors au cœur même du Sénat avec Saba et ils prirent le pouvoir aux yeux de tous tandis que ses parents arrêtaient Daala, puis elle assista à la mise en place d'un triumvirat comprenant Saba, Haydnat Treen et Wynn Dorvan.
Suite aux funérailles de Kenth Hamner, Jaina retourna aux commandes de son StealthX et rallia Nam Chorios avec la flottille Jedi pour combattre les Sith qui cherchaient toujours à compliquer la vie des Skywalker dans leur recherche d'Abeloth. Après avoir secouru Luke Skywalker, elle décida de l'accompagner dans sa traque d'Abeloth, qui semblait avoir trouvé refuge au sein de la Tribu Perdue des Sith. Jaina lança alors la piste de Vaisseau, lié à la fois à Abeloth et aux Sith, et demanda à Natua Wan de leur dresser une liste de planètes Sith où leurs cibles auraient pu trouver refuge, et divisa la flotte Jedi pour aller enquêter.
Embarquant à bord de l'Ombre de Jade, Jaina rallia Korriban avec les Skywalker et Vestara Khai, car en dépit de ses doutes envers la jeune Sith, la Jedi comprenait la nécessité de l'emmener avec eux. Une fois arrivés, ils se lancèrent dans l'exploration de la Vallée des Seigneurs Noirs, l'endroit où le Côté Obscur était le plus concentré, mais la quête s'avéré vaine. Ils y furent également attaqués par une meute de Tuk'ata, mais ces derniers furent repoussés par Vestara Khai qui leur parla en langage Sith, et ils décidèrent de quitter la planète en apprenant par la jeune Sith que la Tribu Perdue ne se trouvait pas sur Korriban.
Le groupe se rendit alors sur Dromund Kaas, ancienne capitale de l'Empire Sith, qui partageait beaucoup de similitudes avec la civilisation Keshiri. Ils y trouvèrent un groupe de Sith dirigés par Gavar Khai, et au terme d'un bref et intense combat, ils réussirent à vaincre leurs ennemis. Jaina rassura la jeune Vestara qui venait de tuer son père, ayant déjà vécu l'expérience de tuer un membre de sa famille, et cette dernière révéla qu'elle avait senti la domination d'Abeloth chez son père. Ils décidèrent alors de rentrer sur Coruscant pour récupérer, et Jaina donna quelques conseils à Luke au sujet de sa relation père-fils et du comportement à adopter devant l'attirance de Ben pour la jeune Sith, ayant été habituée très jeune à avoir des relations difficiles avec son entourage. Une fois rentrés au Temple, Jaina apprit par Natua que Vaisseau pourrait se trouver sur la planète volcanique d'Upekzar, et invita la Jedi à accompagner la flotte Jedi, en remerciement de son travail assidu. Elle passa ensuite un peu de temps avec Jag, et assista à la révélation publique de Luke sur l'Holonet au sujet du départ de l'Ordre Jedi de Coruscant et son retrait de la politique galactique. Jaina décida alors de suivre les Jedi tandis que Jag retournait dans l'Espace Impérial, mais sans mettre fin à leur relation. Le couple se rendit chez Han et Leia où ils furent informés de la conspiration de Daala et des Moffs renégats à l'encontre de Jag, et rencontrèrent la récemment évadée de prison Tahiri Veila, qui se plaça au service de l'impérial pour l'aider à combattre Daala. Jaina rentra finalement au Temple Jedi pour accompagner la flotte Jedi sur Upekzar où Luke espérait mettre un terme à la menace représentée par Abeloth. Elle apprit juste avant de partir que la SAG avait arrêté Leia et que Luke avait délibérément offert Coruscant à la Tribu Perdue, mais laissa son père gérer la situation en attendant leur retour pour combattre les Sith.
Jaina arriva ainsi sur Upekzar et se mit à explorer la planète avec les autres Jedi, suivant le groupe de Luke vers la plus grande source d'énergie obscure. Ils finirent par tomber sur la Keshiri Tola Annax qui avait été consumée par Abeloth, et ils se rendirent compte qu'il s'agissait d'un piège. Les Jedi prirent alors la fuite tandis que la Sith explosait en libérant une puissante énergie obscure qui balaya la planète et réveilla au passage les volcans éteints de la planète. Jaina fut sauvée de justesse par l'arrivée des vaisseaux de la flotte en orbite, mais un grand nombre de Jedi perdit la vie à cause des volcans et de l'énergie du côté Obscur. Comprenant qu'Abeloth avait guidé les Sith, ils rentrèrent sur Coruscant pour mener le combat final contre leurs ennemis, qui avaient pris le contrôle de tous les organes importants du gouvernement de l'Alliance Galactique.
Jaina participa alors activement au plan d'élimination des Sith proposé par Luke, faisant partie d'une des nombreuses équipes d'assassinat Jedi infiltrées sur Coruscant. Après avoir envoyé un ultimatum aux Sith, les Jedi attaquèrent simultanément des dizaines de Sith à travers la capitale, et Jaina tenta d'éliminer Tela Rovas, nouvelle juge de la Cour de Justice. Mais la Sith se réfugia parmi les autres juges civils, empêchant la Jedi de s'en prendre à elle. Les membres de la Tribu Perdue se retranchèrent alors dans le Temple Jedi qu'ils avaient investi, et les Jedi organisèrent un assaut massif avec l'aide des forces armées de Nek Bwua'tu. Jaina accompagna notamment Ben et Vestara au cœur du Temple où ils tombèrent dans une embuscade, et le Sabre des Jedi élimina la menace, malgré la capture de la jeune Keshiri. Jaina réussit à convaincre Ben de ne pas se lancer à la poursuite de sa bien-aimée, et continua de s'enfoncer plus avant dans le Temple, au même titre que les autres équipes Jedi. Après plusieurs jours de combats intenses et difficiles au cours desquels Jaina poussa aux extrêmes limites de son corps et de la Force, les Jedi réussirent à remporter la bataille du Temple Jedi en dépit des importants ravages causés par Abeloth et le lourd tribut payé par l'Ordre, et la jeune femme fut nommée Maître par son oncle. Suite à son rétablissement, elle prit part à une réunion du Conseil où elle apprit la capture de Ben par Abeloth, et il fut décidé de mettre un terme à cette menace par tous les moyens possibles, surtout après avoir lié l'entité à la légendaire Famille de Mortis.
Jaina accompagna alors Luke dans la Gueule et le surveilla tandis qu'il prenait part au combat ultime contre l'entité obscure au-delà des ombres, dont il sortit victorieux. Elle descendit ensuite sur la planète où ils retrouvèrent Ben et Vestara, qui avaient également combattu leur propre version d'Abeloth, où elle informa le jeune Jedi de la trahison de la Keshiri qui avait tenté d'éliminer les Solo et Allana. Malgré la tentative des Jedi de la capturer, elle réussit à leur échapper et Jaina décida de ramener les deux Skywalker à Coruscant pour y être soignés.
A leur retour, un nouveau gouvernement se mit en place sous l'égide de Wynn Dorvan, et les Jedi installèrent leur nouvelle base sur Shedu Maad, laissant Coruscant aux politiciens. Dans le même temps, la bataille pour l'Empire avait été remportée par Fel et ses alliés, mais ce dernier plaça Vitor Reige sur le trône impérial, lui offrant une nouvelle liberté. Jaina put ainsi se marier avec Jag au cours d'une cérémonie éblouissante, entourée de sa famille et de ses amis. Ils partirent ensuite en lune de miel sur Sakuub où après une dernière aventure dangereuse, ils purent enfin profiter de leur vie de jeunes mariés, le regard tourné vers un avenir radieux.