Mara naquît en 17 avant la Bataille de Yavin durant une période au cours de laquelle l'Empereur et son apprenti Dark Vador fouillaient la galaxie pour éliminer les membres de l'Ancienne République et de l'Ordre Jedi.

Mara fut découverte et enlevée à ses parents puis amenée sur Coruscant par l'Empereur Palpatine alors qu'elle n'était encore qu'une jeune enfant, un évènement qui constitua son premier souvenir. Devenu pour elle une figure quasi-paternelle, le Sith commença alors à lui enseigner la maîtrise de la Force, sans toutefois la laisser s'adonner au Coté Obscur, pour ne pas faire naître en elle un désir de pouvoir. Pour que Jade soit à même d'exécuter les tâches pour lesquelles il la destinait, Palpatine la confia également aux meilleurs maîtres d'armes qu'il avait sous sa coupe, l'initia aux diverses techniques d'espionnage, et développa avec elle un lien psychique pour qu'elle puisse l'entendre partout où elle se trouvait.

Cette formation s'étendit jusqu'à la fin de son adolescence, époque à laquelle l'Empereur lui demanda de s'infiltrer dans les quartiers du Grand Moff Tarkin, une épreuve que la jeune fille accomplit avec succès et qui amena son Maître à lui conférer le titre de Main de l'Empereur. A partir de ce jour, Mara devint l'un des agents personnels de Palpatine, le reflet de sa volonté, l'une des personnes en qui il pouvait placer sa confiance, là où les autres membres de sa cour pensaient qu'elle était une de ses concubines. Seuls quelques impériaux haut-placés tels Dark Vador et le Grand Amiral Thrawn connaissaient d'ailleurs sa véritable nature, l'anonymat étant un des avantages de Jade. 

En tant que Main de l'Empereur, elle ne connaissait pas l'existence d'autres Mains. Elle effectua de nombreuses missions sur de nombreux mondes, éliminant des agents impériaux corrompus et beaucoup trop ambitieux, espionnant des hauts-dignitaires, ou encore en dénichant des cellules rebelles. C'est aussi dans le cadre de sa fonction que Mara retrouva le Maître Jedi connue sous le nom de Femme Obscure sur la planète Cophigrim V, même si cette fois, c'est le Seigneur Sith Dark Vador qui termina le travail, comme il savait si bien le faire.

En tant que préférée de Palpatine, elle eut droit à certaines faveurs comme le fait de posséder son propre droïde pour l'aider dans ses missions, son propre vaisseau et ses quartiers personnels sur Coruscant.

Durant l'Ordre 66 elle était chargée de récupérer des informations sur les Jedi en cavale pour que Vador aille ensuite les éliminer.
Durant la période se situant entre la Bataille de Yavin et la Bataille de Hoth, Jade avait pour mission d'espionner Vador et de faire remonter toutes ses actions à l'Empereur.

Au bout d'un moment, Mara commença à ressentir une certaine jalousie à l'encontre de Vador. Elle détecta un changement dans le comportement de l'apprenti de Palpatine lorsqu'il devint de plus en plus obsédé par le jeune Luke Skywalker. Elle se surprit même à espérer qu'il trahisse l'Empereur pour qu'elle puisse s'en prendre ouvertement à lui et le tuer, libérant ainsi la place tant convoitée auprès de l'Empereur.

En marge de ses activités d'espionne pour le compte de Palpatine, elle travailla également pour Vador, toujours à la demande de l'Empereur. Durant l’an 1 après la Bataille de Yavin, elle fut chargée de récupérer des informations sur les droides C-3PO et R2-D2. Plus tard cette même année, elle participa à la fête du Jour de l'Empire durant laquelle elle vint au secours d'officiers impériaux prisonniers d'une base rebelle sur Corellia.

Mara infiltra une réception donnée par le Moff Glovstoak et découvrit que ce dernier semblait se livrer à des détournements de fonds visant à acquérir des oeuvres d'art onéreuses. Elle fit son rapport à Palpatine qui l'autorisa à pousser d'avantage les investigations. Celles-ci la conduisirent jusqu'à un groupe de pirates, les BloodScars. Sa mission la mena à se mettre en grand danger, rencontrant traître et alliers au cours de son périple. C'est ainsi qu'elle rencontra un groupe de cinq stormtroopers déserteurs qui combattait également les pirates, bien qu'ayant déserté leur unité ils gardaient néanmoins leur allégeance à un Empire qu'ils avaient juré de protéger. Ce groupe se faisait appeler la Main du Jugement et enquêtait sur les actions des pirates. Les cinq troopers étaient également alliés avec Luke Skywalker, Han Solo et Chewbacca qui avaient eux pour but de secourir la Princesse Leia piégée suite à une mission diplomatique avortée. Tout ce petit monde se retrouva au centre d'une bataille bien que Mara et les Rebelles ne se croisèrent pas. Lorsque les pirates furent défaits et que Vador arriva sur place, Mara prit la défense de la Main du Jugement qu'elle présenta comme ses propres troupes puis elle les laissa partir leur demandant simplement d'abandonner leur nom, avançant qu'elle était la seule Main de l'Empire. 

Quelques mois avant la Bataille d'Endor, Mara se trouvait dans la chambre de Palpatine lorsque Dark Vador lui présenta Lumiya, une jeune femme à moitié cyborg et sensible à la Force, dans le but d'une faire une autre Main. Elle cacha sa présence dans la Force et vit Palpatine accepter la nouvelle recrue.

Peu après la Bataille de Yavin, à la demande de son Maître, la Main de l'Empereur étudia les dossiers de certains membres de l'Alliance Rebelle, comme les pilotes du futur Escadron Rogue, l'Alderaanienne nommée Winter, et plus particulièrement celui du jeune Jedi Luke Skywalker. Toutes ces recherches amenèrent ainsi Palpatine à lui demander secrètement de traquer et tuer Skywalker, et ce après que Vader n'ait pas réussi à le convertir au Coté Obscur de la Force sur la planète Bespin.

Sans poser de questions, Mara Jade se lança donc sur les traces du Rebelle et le retrouva sur Tatooine, alors que Luke projetait de libérer son ami Han Solo des mains de Jabba le Hutt. Pour accomplir sa mission, la jeune femme infiltra le palais du parrain de la pègre, en prenant l'identité d'une danseuse nommée Arica. Mais lorsque Skywalker se présenta devant Jabba, Jade ne put le tuer, stoppée dans son élan par l'un des agents du Hutt, et elle ne parvint pas non plus à convaincre le seigneur du crime de l'emmener avec elle au Puits de Carkoon. Sa mission étant un échec, elle en prévint alors l'Empereur, non sans se jurer de terminer un jour ou l'autre ce qu'elle n'avait pas réussi à accomplir.

Bien que déçu, Palpatine confia immédiatement une autre mission à Mara: l'élimination de Dequc, un prétendant à la succession du Prince Xizor, qui voulait créer sa propre organisation criminelle sur les cendres du Soleil Noir. Toujours obéissante, la jeune femme se rendit donc sur la planète Svivren, et, en se servant de la garnison impériale locale, réussit à assassiner froidement le leader de la Nébuleuse Noire. Toutefois, pour Jade, la façon dont elle avait conclu cette affaire fut trop simple à son goût, et, de retour sur Coruscant, elle comprit que celui qu'elle avait tué n'était pas Dequc. Mais avant de faire quoique ce soit, elle dut faire face à l'un des plus grands chocs de sa vie. Dans son esprit, Mara ressentit et assista en effet à la mort de son Maître, ou plutôt à ce qu'il voulait lui en faire voir. Ainsi, comme si elle était présente sur l'Etoile de la Mort, la jeune femme vit Dark Vador et Luke Skywalker s'allier et lever leurs armes contre Palpatine, qui mourut en lui transmettant un ultime commandement: 'Vous allez tuer Luke Skywalker.'   

Lorsqu'elle réalisa que son pire cauchemar s'était réalisé, la Main de l'Empereur tomba alors inconsciente, pour être immédiatement capturée par Ysanne Isard. Connaissant le véritable rôle de Jade au sein de l'Empire, la directrice des Renseignements Impériaux savait en effet que la protégée de feu Palpatine pouvait la gêner dans sa course à la succession de l'Empereur, et pour cela, elle la fit emprisonner dans une des prisons les mieux gardées de Coruscant. Pourtant, même un tel endroit ne pouvait stopper un agent tel que Mara, qui ne tarda pas à s'échapper et à quitter la Cité Impériale.

Considérée comme une fugitive, Mara Jade voyagea ensuite de monde en monde, tel Kintoni, où elle croisa l'ex-officier de l'Empire et désormais Général de la Nouvelle République Crix Madine, alors qu'elle mettait fin aux jours d'un gouverneur impérial enclin à la corruption. Peu après, c'est sur la planète Phorliss qu'elle trouva refuge, et qu'elle se fit engager sous le pseudonyme de Chiara Lorn comme serveuse dans la cantina du Houk Gorb Drig. Cependant, lorsque ce dernier se fit assassiner par des agents de la Nébuleuse Noire, le passé de Mara revint au galop, et elle décida donc de venger son ami, même si sa maîtrise de la Force n'avait cessé de diminuer depuis la mort de l'Empereur. Grâce à l'entraînement qui lui avait été prodigué lors de ses jeunes années, Jade retrouva ainsi le véritable Dequc sur Qiaxx, et l'élimina pour de bon, mettant par la même occasion un terme à une mission trop longtemps oubliée.

Jade désormais sans les ressources de l'Empire et le soutient de l'Empereur dut se débrouiller seule. Elle eut plusieurs travails lui permettant de survivre mais bien loin du faste et du luxe qu'elle avait connu à la belle époque impériale. C'est en tant que chasseuse de primes qu'elle évoluait désormais malgré la Force en elle qui avait très nettement diminué depuis la mort de Palpatine.

Suite à la mort de Dequc et à l'effondrement de la Nébuleuse Noire, Mara fit halte sur la planète Caprioril, où elle travailla pour un gang de swoop-bike sous le nom de Merellis. Cette fausse identité ne suffit pourtant pas à tromper la Jedi Noire Lumiya, qui la traquait pour le compte d'Ysanne Isard, et qu'elle réussit à semer après un combat acharné. De nombreuses semaines d'errance s'écoulèrent alors, jusqu'à ce que Jade s'arrête sur Varonat, où elle trouva un travail de mécanicienne avec Celina Marniss pour pseudonyme.  

Puis, quatre ans et demi après la Bataille d'Endor, lorsqu'elle sauva Talon Karrde du courroux du seigneur du crime local, c'est tout naturellement que le contrebandier lui offrit une place au sein de son organisation, une place que que la jeune femme accepta après lui avoir révèlé son véritable nom. Devenue le bras droit de Karrde au bout de seulement six mois, Mara Jade commençait juste à se trouver un avenir lorsque son passé revint à la charge.

Alors que la guerre entre le Grand Amiral Thrawn et la Nouvelle République commençait à faire rage, l'ancienne Main de l'Empereur trouva en effet sur son chemin l'homme qu'elle avait tant haï, l'homme qui lui avait tout pris : Luke Skywalker. Guidée par la Force, elle découvrit ainsi le X-Wing du Jedi dérivant dans l'espace, et une fois qu'elle l'eut fait prisonnier, le ramena sur Myrkr, planète servant de quartier général à Talon Karrde. La présence du héros de la Nouvelle République n'aidant pas, dans l'esprit de Jade revint également le dernier commandement de l'Empereur: 'Vous allez tuer Luke Skywalker.' Toutefois, Mara résista aux ordres de son ancien Maître et n'exécuta pas de suite le jeune homme, l'aidant plutôt, et ce à son grand dam, à échapper aux forces de Thrawn alors que Karrde traitait avec le Grand Amiral.

Quelques semaines plus tard, pour que l'impérial cesse de harceler le contrebandier et son organisation, la jeune femme alla le voir en personne, et promit de lui révéler la localisation de la mythique Flotte Katana. Mais à sa grande surprise, même s'il sembla accepter le marché, c'est Thrawn qui lui fit la plus troublante des révélations, à savoir qu'elle n'avait jamais été l'unique Main de l'Empereur, et qu'il existait plusieurs autres agents de sa trempe. Choquée, Mara Jade revint alors vers Talon, mais s'aperçut bien vite que le Grand Amiral s'était joué d'elle lorsqu'il emprisonna le contrebandier. Pour délivrer son ami, Mara n'eut alors d'autre solution que de faire appel à Luke Skywalker. Pour cela, elle fit à nouveau abstraction des ordres de feu Palpatine, et se rendit sur Jomark, où elle libéra le Jedi de la néfaste influence du Jedi fou Joruus C'Baoth. Ensemble, ils réussirent ainsi à sauver Karrde des griffes de ses anciens alliés, et Mara aida peu après la flotte de la Nouvelle République lorsque Thrawn tenta de s'emparer de la Flotte Katana.

Blessée lors de la bataille spatiale, Jade fut alors ramenée sur Coruscant, où, après avoir été soignée, elle sauva les enfants de Leia Organa et Han Solo, Jacen et Jaina, d'une tentative d'enlèvement commanditée par Thrawn. Malgré ça, ayant toujours des doutes sur les motivations d'un ex-agent impérial, le gouvernement de la Nouvelle République la plaça aux arrêts. Cependant, il ne fallut pas longtemps à Luke et ses amis pour la délivrer et l'emmener avec eux sur Wayland, afin qu'elle les aide à détruire les complexes de clonage alimentant les armées du Grand Amiral Thrawn. Au cours de leur périple dans les forêts de la planète, alors que sa résistance aux dernières exigences de l'Empereur se faisait de plus en plus difficile, Mara commença pourtant à se lier d'amitié avec Luke Skywalker, qui lui ré-enseigna à maîtriser la Force et lui apprit la vérité au sujet de la mort de son Maître. Même si elle commençait à comprendre que le Sith n'avait cessé de lui mentir, Jade n'en dit toutefois rien, et continua à suivre Luke dans sa quête de paix et de justice.

Après avoir pénétré dans le Mont Tantiss, ancien repère secret de Palpatine, elle se retrouva ainsi face au clone de l'ancien Maître Jedi Jorus C'Baoth, et à l'une de ses créations: Luuke Skywalker, le propre clone du héros de la Nouvelle République, dupliqué à partir de la main qu'il avait perdu six ans plus tôt sur Bespin lors de son combat contre Darth Vader. A travers ce clone, Jade trouva alors le moyen détourné de se libérer de l'ultime commandement de l'Empereur, ce qu'elle fit en tuant Luuke. Puis, malgré sa puissance nettement supérieure, ce fut au tour de Joruus C'Baoth de subir le châtiment de Mara Jade, qui mit par la même occasion un terme à une sérieuse menace pour la Galaxie, Thrawn ayant entre-temps été tué par son garde du corps, un guerrier Noghri.

Sauvée par le véritable Luke Skywalker, à son retour sur Coruscant, Mara reçut de la part de son nouvel ami l'ancien sabre-laser de son père Anakin, son ancien sabre qu'il avait perdu sur Bespin mais retrouvé sur Wayland, un cadeau sincère pour celle qu'il espérait voir devenir sa première apprentie. Néanmoins, même si elle était désormais libérée de la seule emprise que Palpatine avait encore sur elle, la jeune femme refusa poliment l'offre du Jedi, et préféra garder son indépendance. Quelques semaines plus tard, Jade devint amie avec un autre individu sensible à la Force, Kyle Katarn, qui, tout comme elle, avait décliné la proposition de Skywalker. Conscients qu'ils ne pouvaient pourtant pas rester avec une maîtrise incomplète de la Force, les deux humains tombèrent alors d'accord sur le fait qu'ils devaient s'entraider pour avancer dans leur formation. C'est également à cette époque que Mara se décida à se construire un nouveau sabre-laser, à la lame violette cette fois-ci, comme celui qu'elle avait perdu peu après la Bataille d'Endor.

En 10 ap BY, Mara et Katarn était sur le front lors de la Bataille d’Altyr V, où se trouvait une base de la Nouvelle République, en mauvaise posture face aux Vestiges de l'Empire. Alors que Katarn était parti en mission d'investigation, Mara partit en mission pour le compte de la République. Son rôle était de négocier avec Ka'Pa le Hutt pour qu'il accepte de venir en aide à la Nouvelle République. Sa mission, bien qu'elle ne fût pas de tout repos, fut néanmoins un succès.
Plus tard, pour sa seconde mission à la solde de la République, elle fut assignée à la protection d'un Holocron durant son transport sur un navire Corellien. Malheureusement le vaisseau fut attaqué et l'holocron volé par des pirates. Mara dut mettre toutes ses compétences à disposition pour retrouver l'holocron et le ramener à bon port.

Après cette affaire, Mara put enfin rejoindre son Maître sur Dromund Kaas. Elle traversa les marais de la planète en affrontant ses dangers au passage et finit par arriver dans le Temple de la Force Obscure. Elle retrouva Katarn mais celui-ci était complètement submergé par le côté obscur. Ils s'affrontèrent et Katarn prit la fuite plus profondément dans les catacombes du Temple. Mara le suivit et au moment de s'affronter une dernière fois, elle éteignit son sabre et se rendit. Katarn, sous le coup de ses pulsions, contrarié par de la culpabilité et ses émotions finit par retrouver le chemin du côté lumineux.

Dix ans après la Bataille de Yavin, lorsque l'Empereur revint d'entre les morts pour plonger la Nouvelle République dans la dévastation, Mara Jade refusa de revenir vers lui et aida plutôt le régime légitime à le combattre, en faisant équipe avec Kyle Katarn. Son amitié avec Katarn faillit pourtant la mener à sa perte, car lorsque ce dernier fut attiré par l'énergie obscure irradiant le temple Sith de Dromund Kaas, la jeune femme fit tout ce qui était possible pour le faire revenir vers le Coté Clair de la Force, y compris se placer sous la lame de son sabre-laser. Heureusement pour elle, Kyle ne pouvant la tuer, il réussit à se libérer de l'emprise du Coté Obscur, et les deux s'enfuirent de la planète marécageuse. Un tel incident avait pourtant ébranlé les convictions des deux amis, qui cherchèrent alors de l'aide du côté de Luke Skywalker. 

Par la suite, Kyle Katarn devint l'un des premiers étudiants dans l'Académie Jedi de Luke, Mara voulut cependant rester libre de ses mouvements, et ne visita donc Yavin 4 qu'occasionnellement, travaillant en même temps pour l'Alliance des Contrebandiers de Talon Karrde.

Après la première défaite de l'Amirale impériale Daala face à la Nouvelle République, c'est avec Lando Calrissian que Mara devint amie, lorsque l'entrepreneur Corellien obtint d'elle qu'elle devienne sa partenaire dans l'administration des mines d'épice de Kessel. Toutefois, si elle était son amie et son associée, Lando désirait aussi d'elle qu'elle devienne bien plus, mais malgré tous ses efforts, Mara ne céda jamais à ses avances, et leur relation ne resta qu'au stade de la franche camaraderie.

A la demande de Talon Karrde, Jade et Calrissian firent également équipe pour retrouver son ancien patron et associé: Jorj Car'das, même si le contrebandier ne laissa pas partir Mara avant de lui avoir offert un yacht stellaire pour services rendus, après qu'elle ait sauvé la fille d'un industriel des griffes d'un esclavagiste. Désormais en possession de son premier vaisseau, qu'elle baptisa le Feu de Jade, l'ancienne Main de l'Empereur se lança alors sur les traces de Car'das avec Lando, une quête qui les occupa pendant de longs mois jusqu'à ce qu'ils le retrouvent sur le monde d'Exocron. Une fois qu'elle eut informé Karrde de leurs découvertes, Mara Jade reprit ses activités habituelles au sein de l'Alliance des Contrebandiers, avec son cher Feu de Jade comme base d'opérations, gagnant ainsi en expérience et en autorité.

En 11 ap BY, Mara se rendit surYavin IV dans le Praxeum Jedi pour maîtriser d'avantage la Force. Lorsqu'elle arriva, les Jedi étaient encore sous le coup de la mort de Gantoris et les actes violents de Kyp Durron, éléments qui intervinrent en raison de la présence de l'esprit d'Exar Kun, un ancien Sith. Les relations entre Jade et Horn ne furent pas des plus douces dès le départ mais il réussirent à mettre leurs différents de côté et évoluer ensemble sous la bienveillance de Kam Solusar. Plus tard Exar Kun prit le contrôle de Durron et attaqua les Jedi. Elle quitta l'Académie peu de temps après mais elle y revint lorsqu'elle apprit qu'Exar Kun avait plongé Luke dans le coma. Avec l'aide de Corran Horn, elle porta un coup fatal à l'esprit de Kun qui se déplaça sur un autre apprenti pour s'en prendre une nouvelle fois à Luke. Finalement les efforts de l'ensemble des étudiants du Praxeum vinrent à bout du Sith. Mara ramena Horn au Temple afin qu'il y soit soigné suite à ses blessures lors de l'attaque porté avec Mara. Une fois la crise passée, Mara quitta pour un bon moment la planète.

Alors à la tête de l'Alliance des Chasseurs de Primes, Mara fit à nouveau équipe avec Lando pour l'aider à chasser l'administrateur de Kessel. Juste après, alors que Han Solo les avait rejoints, ils firent face à un bâtiment qu'il ne pensait pas voir, une Etoile Noire ou du moins un prototype de celle-ci. Entrant en action, celle-ci détruisit la lune de Kessel. Jade et son Alliance prirent alors les airs et attaquèrent le vaisseau mais en vain. Aux côtés du Faucon Millenium de Solo, elle le poursuivit ensuite mais il réussit à s'échapper. Plus tard, Jade et Calrissian réussirent à s'infiltrer à bord du vaisseau retrouvé et y poser des bombes. Malheureusement, une partie d'entre elles furent découvertes avant leur explosion et celles qui atteignirent leu objectif ne suffirent pas à le détruire. Finalement, Kyp Durron, libéré de l'influence d'Exar Kun, se jeta dans le conflit et dirigea le vaisseau dans un puits gravitationnel, détruisant l'engin sur le coup.

Peu après, les Solo contactèrent Jade afin qu'elle leur fournisse des informations sur Belsavis, la planète où ils se trouvaient pour une mission. Sur place, les Solo découvrirent la présence de la Main de l'Empereur et pensèrent qu'il s'agissait de Mara. Dans le même temps, Leia venait de se faire enlever et Han affrontait des gardes visiblement fous. N'ayant jamais été sur cette planète avant, Mara finit par comprendre que Palpatine lui avait menti et qu'il y avait eut plusieurs Mains. Elle se rendit sur place et rencontra Luke en chemin qui venait de participer à la destruction de l'Oeil de Palpatine. Sur Belsavis, ils finirent par tuer les gardes et libérer Leia.

Alors que Jade était de passage sur Yavin 4 pour reporter des informations à Luke, elle lui avoua qu'elle éprouvait du plaisir à le revoir. Il l'invita à rester pour le dîner où elle rencontra Callista Ming. Les deux femmes s'accueillirent froidement, Jade demandant à Ming si elle était sa nouvelle compagne et Callista lui répondu en lui demandant si elle était intéressée par Luke. Jade répondit simplement qu'elle n'avait eu que l'envie de le tuer. Les deux femmes en restèrent là, dans une ambiance quelque peu tendue.

Jade continua à travailler par intermittence avec Lando Calrissian durant quelques temps. Alors qu'elle était à bord du Wild Karrde avec Talon, Lando reprit avec elle pour lui parler de l'attentat à la bombe survenu au Sénat. Dans le même temps, elle avait déjà accepté de partir en mission pour récupérer des Ysalamiri pour Han Solo. Ce dernier était à la recherche de Kueller, être sensible à la Force et responsable de l'attentat du Sénat qui avait pour but d'atteindre Skywalker. Tous menèrent à bien leur mission jusqu'à se retrouver face à leur ennemi. Jade aida le Faucon à repousser les forces de Kueller puis avec l'aide de Han et Chewbacca, elle apporta les Ysalamiri auprès de Luke et Leia qui se battait contre Kueller. Le timing fut parfait pour sauver le duo de Jedi d'une mort certaine et mettre Kueller hors d'état de nuire.

Lorsqu'elle remplaça Karrde, parti en mission solitaire, à bord de Wild Karrde, elle ne se douta pas qu'elle allait subir de telles conséquences. En effet, le vaisseau fut capturé par Ja Bardin, un riche industriel dont la sœur Sansia avait été faite prisonnière et servait d'esclave à un certain Chay Praysh. Bardrin menaça alors Mara, qui n'eut pas d'autre choix que de se rendre sur Torpris pour sauver Sansia. A ce moment de l'opération, elle n'avait aucun moyen de contacter Karrde et ne pouvait rien faire d'autre que d'obéir au risque de voir le reste de l'équipage se faire exécuter par Bardrin. Mara pénétra au sein de Palais prétextant qu'elle avait un cadeau à remettre à Praysh. Manque de chance, son sabre laser fut repéré rapidement et elle en fut délestée avant d'être mise hors d'état. Elle se retrouva alors emprisonnée avec Sansia.

Grâce à son talent et son imagination, Mara réussit à organiser leur évasion mais elles furent arrêtées en chemin et conduites devant Praysh. Mara réussit contre toute attente à récupérer son sabre laser à ce moment et défaire les gardes, leur permettant ainsi de prendre la fuite pour de bon. Arrivée chez Bardin, elle fut surprise de constater que non seulement Karrde était de retour mais qu'il avait en plus repris la situation en main. Il était d'ailleurs sur le point de lancer une opération de sauvetage pour la ramener. Jade et Sansia firent la lumière sur l'origine de leur enlèvement et les agissements hors la loi de Praysh et de Bardrin. En récompense pour son aide, Mara reçu un vaisseau de Sansia qu'elle renomma le Feu de Jade.        

Cela ne l'empêchait pourtant pas d'aider ses amis de la Nouvelle République quand ils en avaient besoin, comme pendant la crise du système Corellien, où elle sauva Leia Organa Solo et participa à la bataille contre Thrackan Sal-Solo, la Triade de Saccoria et la Ligue Humaine.         

Tout parti d'un message codé que Jade intercepta. Ce message était destiné à Leia Solo et seule cette dernière pouvant le décrypter. Jade se rendit donc sur Corellia où elle retrouva les Solo. Ils purent lire le message et apprirent que certains groupent extrémistes étaient prêts à mettre au point l'insurrection de la planète. Mara et Leia furent capturées juste après par la ligue de Humains. Après quelques soucis de confiance entre les deux femmes, elle finirent par s'accorder et travailler ensemble. Elles purent donc s'échapper et se dirigèrent vers Sonia pour échapper à la Ligue Humaine et retrouvèrent en chemin Han. Sur place, ils dissuadèrent les Seloniens d'utiliser des armes trop puissantes qui auraient pour effet de tuer plus que les extrémistes. Dans le même temps, Luke les rejoignit. Ensemble le groupe put mettre un terme aux agissements des extrémistes et de Thrackan.         
         
Peu de temps après ces évènements, Mara fut prise par la crise du Document de Caamas. Lorsqu'elle arriva sur Wayland avec Karrde dans le but d'engager des Noghris pour l'organisation de ce dernier, ils apprirent de Cakhmaim qu’un Devaronien, Lak Jit, avait trouvé sur place des documents prouvant l'implication de Bothans dans la destruction de la planète par Palpatine.         
Juste après, poussée par une perturbation de la Force, elle partit à la rescousse de Luke, prisonnier des Pirates Cavrilhu. Luke était en mission secrète à bord de leur vaisseau suite à des informations indiquant que les pirates utilisaient des clones, lorsqu'il fut découvert et fait prisonnier. Le sauvetage s'effectua dans une explosion de la base des pirates. Juste après celle-ci, Mara eut l'occasion de voir un vaisseau Chiss qui semblait être en train d'inspecter les lieux, mais il repartit dans l'hyperespace. Par la suite, lorsqu'elle fut de retour auprès de Karrde, ils eurent l'occasion de croiser fugacement la route d'un autre vaisseau Chiss qui se dirigeait vers la planète Nirauan. Ils décidèrent de partir pour enquêter.

Un an après, alors que des rumeurs sur le retour du Grand Amiral Thrawn parcouraient la Galaxie, Mara fut attirée par de mystérieux messages vers la planète Nirauan, à la limite des Régions Inconnues, mais lorsqu'elle y fut portée disparue, seul Luke Skywalker put la retrouver. Ensemble, ils découvrirent alors que la planète était un avant-poste Chiss, l'espèce de Thrawn, qui abritait un immense complexe militaire appelé la Main de Thrawn. Mais leur périple sur Nirauan fut aussi l'occasion pour eux d'approfondir leur relation, et de voir naître des sentiments qu'ils ne soupçonnaient pas encore. Avant toute chose, ils durent toutefois infiltrer la forteresse, échapper à des Chiss menés par le Baron impérial Soontir Fel, et, après avoir réalisé la menace que représenterait le complexe si les impériaux s'en emparaient, Jade fit le plus grand des sacrifices en lançant son bien le plus précieux, le Feu de Jade contre la Main de Thrawn. Une fois le vaisseau détruit et la forteresse grandement endommagée, Mara et Luke retournèrent alors à l'intérieur du bâtiment, et y trouvèrent un clone mort du Grand Amiral Thrawn, avant de se faire attaquer par des sentinelles. Cette situation dangereuse permit pourtant à l'ancienne Main de l'Empereur de partager toutes les pensées du Maître Jedi à travers la Force, comme Luke le fit avec les siennes, et lorsque Skywalker lui avoua finalement qu'il l'aimait et la demanda en mariage, Mara accepta, ses sentiments pour lui étant tout aussi forts.

De retour sur Coruscant, en plus de s'être échappés de Nirauan et d'avoir assisté à la signature du Traité de Paix entre la Nouvelle République et les Vestiges de l'Empire, Mara et Luke annoncèrent alors l'heureuse nouvelle à leurs amis, et c'est ainsi qu'ils se marièrent quelques semaines plus tard, lors d'une cérémonie Jedi présidée par Kam Solusar. Toutefois, l'union d'un Maître Jedi et d'un ex-agent de l'Empire étant d'une symbolique très forte pour la paix nouvellement acquise, à l'initiative de Leia Organa Solo, le couple dut également se marier au cours d'une immense cérémonie dans les Jardins de la Réflexion de Coruscant, et ce même si cet évènement fut perturbé par des indépendantistes impériaux. En épousant Luke Skywalker, Mara Jade opéra alors un sérieux tournant dans sa vie, et devint Mara Jade Skywalker, faisant ainsi son entrée dans l'une des plus célèbres familles de la Galaxie.           
      
En 22 ap BY, Jade quitta officiellement Karrde et son équipe pour se consacrer à l'Ordre Jedi et son mariage. Elle dut néanmoins s'acquitter d'une dernière tâche en se débarrassant du chasseur de primes Jerf Huxley. Juste après, les Skywalker furent invités par les Chiss pour représenter les Jedi pour assister au retour de l'expédition Vol Vers l'Infini. Des représentants des Vestiges de l'Empire se joignirent également à eux. Plus tard ils furent également abordés par un groupe appelé les Geroons qui se joignit également à eux. Dans le même temps des scènes étranges de sabotage semblaient avoir lieux ce qui mit en alerte les Jedi. Plus le groupe se rapprochait du Vol Vers l'Infini, plus les attaques et les dangers devenaient fréquents.           
Arrivé sur le vaisseau, ils furent trahis par ses occupants ainsi que par les Geroons qui s'avérèrent être des Vagaaris. Ces derniers prirent possession du vaisseau Chiss et se révélèrent être plus nombreux qu'à l'origine. Finalement, les Chiss, les Vestiges de l'Empire, les Jedi et les survivants du Vol Vers l'Infini s'associèrent pour défaire les Vagaaris.

Suite à ces évènements, Jade sentit qu'elle était à sa place au sein de l'Ordre Jedi et qu'elle ne se voyait plus du tout parmi les membres des Vestiges de l'Empire.            

Peu de temps après, Mara prit Jaina Solo, sa nièce, en tant que padawan.

Peu avant le début de l’invasion Yuuzhan Vong, Mara servit de garde du corps à un diplomate lors du sommet à Monor II. Lors de cette réunion, Nom Anor, un espion Yuuzhan Vong présent dans cette galaxie depuis des années, empoisonna secrètement tous les participants avec des spores Coomb, un agent biochimique mortel. Tous périrent au fur et à mesure, mais Mara, grâce à la Force, parvint à ralentir sa dégénérescence, mais sans la stopper complètement. Pour autant, elle continua à être active dans le Nouvel Ordre Jedi et la Nouvelle République, notamment en prenant comme apprenti Jaina Solo, et en accompagnant sa belle-sœur Leia sur Rhommamool pour des discutions avec Nom Anor, qui semait des graines de destruction dans toute la galaxie pour faciliter l’arrivée de ses chefs. Peu après, Mara et Luke accompagnèrent Han, Leia et leurs enfants sur l’avant-poste de Lando sur Dubrillion, officiellement pour découvrir les activités Jedi secrètes du secteur, officieusement pour que Mara prenne un peu de repos.

Mais ce repos fut de courte durée quand un appel de détresse fut détecté de la base scientifique ExGal 4 sur Belkadan. Luke et Mara partirent enquêter et y trouvèrent un écosystème détruit, et tous les scientifiques tués. Le responsable, un guerrier Yuuzhan Vong nommé Yomin Carr, défia Mara. N’ayant jamais affronté de Yuuzhan Vong avant, ce fut un rude combat que Mara emporta à l’arrachée. Après avoir découvert les informations sur cette race d’envahisseurs extragalactique, Mara participa à la Bataille d’Helska IV, où les Forces Prétoriennes Vong furent défaites. Mais Mara garda la sensation que sa maladie était d’une façon ou d’une autre liée aux Yuuzhan Vong.

L’invasion avait commencé, et malgré sa maladie qui devenait de pire en pire, Mara insista pour être en première ligne des combats. Elle et Anakin partirent pour Dantooine, que l’on soupçonnait d’être la prochaine sur la longue liste d’invasions des Yuuzhan Vong. Cela s’avéra vrai par la suite, et lors de la bataille, Luke insista pour que Mara rejoigne Leia aux camps de réfugiés, ce qu’elle fit sans protester pour une fois. Mais même là, les Yuuzhan Vong étaient présents, dissimulés sous leur grimages ooglith. Aussi Mara s’en chargea-t-elle avec sa belle-sœur.

Quelque temps plus tard, sur Ithor, qui allait être bientôt le terrain d’un combat majeur, Mara avoua à son mari son incertitude et sa peine de ne peut-être pouvoir jamais avoir d’enfants. Luke la rassura en disant que cela n’avait guère d’importance, que les enfants d’Han et Leia étaient un peu comme les leurs, même si au fond de lui, il n’en pensait pas moins.

Après le chaos semé par les Vong sur Ithor, la maladie de Mara entra dans une phase critique. Elle ne put, en raison de son affaiblissement croissant, assister à la cérémonie commémorative tenue en l’honneur de Chewbacca sur Kashyyyk. Luke commença à perdre espoir pour sa femme quand Elan, une prêtresse Yuuzhan Vong, et sa familière Vergere, demandèrent asile aux Jedi en leur offrant des informations sur les Yuuzhan Vong, notamment sur l’utilisation d’un virus mortel qui était prêt à être utilisé. Luke vit là une source probable de renseignements sur la maladie de Mara et sur un éventuel moyen de la guérir. Mais la défection d’Elan n’était qu’une supercherie orchestrée par l’ennemi pour tuer le plus de Jedi possible avec un poison caché dans les poumons de la prêtresse. Le complot échoua grâce à l’incompétence des Brigades de la Paix et à l’intervention de Han Solo, et Elan mourut par ses propres toxines. Cependant, la mystérieuse Vergere survécut, et donna à Han un flacon de ses propres larmes, en disant qu’elles devaient parvenir aux Jedi de toute urgence. Il apparut que les larmes de Vergere étaient un antidote à la maladie de Mara. Bien que la maladie ne disparut pas totalement, Mara, avec l’aide des larmes, parvint à la combattre efficacement et commença à se remettre doucement.

Après une autre mission avec son neveu Anakin visant à démasquer un espion Yuuzhan Vong sur Coruscant, Mara eut la surprise de découvrir qu’elle était enceinte. Sa joie fut gâchée par sa crainte de mettre un monde un enfant déficient à cause de sa maladie. Sur Duro, alors qu’elle cherchait des renseignements sur une jeune Jedi disparue, Mara découvrit enfin la vérité sur sa maladie quand elle en rencontra le responsable, Nom Anor, alors déguisé en scientifique pour accélérer la chute de cette planète. Mara voulut punir le responsable de ses souffrances, mais le Yuuzhan Vong prit la fuite, non sans avoir placé des pièges pour couvrir sa retraite. Duro fut prise peu de temps après malgré les efforts des Jedi. Durant la fuite, Mara eut une vision de la Force, lui disant que l’enfant qu’elle portait était un garçon.  

Les Yuuzhan Vong lancèrent bientôt la chasse aux Jedi. En parallèle, le gouvernement de Fey’lya lançait la stigmatisation de l’Ordre Jedi. Alors que Luke et Mara prenaient du bon temps sur les plages artificielles de Coruscant, Kenth Hamner, un Jedi proche de l’armée, informa le couple que le président Fey’lya avait placé un mandat d’arrêt contre eux, en réponse à l’intervention illégale des Jedi dans le système Yavin. À ce moment, Mara tomba inconsciente. Après diagnostic d’un droïde médical, il s’avéra que les larmes de Vergere synthétiques qu’elle avait prises pour traiter sa maladie mettaient en danger l’enfant qu’elle portait. Luke contacta la guérisseuse Jedi Cilghal ainsi que le professeur Ism Oolos, mais ils ne purent découvrir ce qui différenciait les larmes synthétiques des vraies. Mara décida d’arrêter de prendre des larmes, pour ne pas mettre la vie de son fils en danger. Mais sa maladie revint, bien plus violente qu’auparavant. Alors qu’elle était à l’agonie sur l’Aventurier Errant, Luke se connecta à son esprit et à celui de leur fils, et ensemble, avec la Force, ils parvinrent à purger complètement la maladie du corps de Mara. Peu après, l’enfant vint au monde, et, se rappelant avoir entendu la voix d’Obi-Wan tandis que Luke soignait Mara, les époux décidèrent de le nommer Ben.  

Tandis que les Yuuzhan Vong se rapprochaient peu à peu de Coruscant, Luke et Mara confièrent Ben à Han et Leia tandis qu’ils se battaient dans l’espace. Peu avant le début de la bataille, la mort d’Anakin, le cadet des Solo, se fit ressentir dans la Force, et Mara songea à son propre fils, resté sur la planète assiégée avec des parents endeuillés. L’invasion des Yuuzhan Vong ne put être stoppée. Durant leur fuite hors de Coruscant, Han et Leia furent séparés de Ben, qui manqua de se faire enlever par la traîtresse Viqi Shesh. Luke et Mara quittèrent le champ de bataille pour récupérer leur fils, mais ce fut Lando qui arriva avant eux. Tous se rejoignirent sur Hapes, où Mara récupéra son fils. Après les funérailles d’Anakin, Mara et Luke partirent pour Borleias, qui venait juste d’être reprise par les forces de la Nouvelle République.

Sur Coruscant, qui commençait à être terraformée par les envahisseurs, Mara et les autres durent affronter à la fois les Yuuzhan Vong, Viqi Shesh et Lord Nyax, un Jedi Noir mutant et cybernétique. Ce fut Tahiri qui vainquit Nyax, et Shesh se suicida pour éviter d’être tuée par les Vong qu’elle venait de trahir. Mara s’en contenta, bien qu’elle eût souhaité la faire payer pour sa tentative d’enlèvement contre Ben. Quand ils revinrent sur Borleias, la planète était sur le point de subir un ultime assaut des Yuuzhan Vong, et Luke et Mara dirigèrent leur propre escadron lors de la bataille. La Nouvelle République prit la fuite, mais non sans avoir porter un coup meurtrier aux Yuuzhan Vong en tuant le commandant ennemi Czulkang Lah.

La Nouvelle République prit comme capitale provisoire la planète Mon Calamari. Luke et Mara convainquirent Cal Omas, le meilleur soutien politique des Jedi, à se présenter à l’élection du nouveau Chef d’Etat, et firent tout pour assurer sa victoire. Mara déjoua elle-même une tentative d’assassinat de Yuuzhan Vong infiltrés contre le futur président. Avec son élection fut crée le Haut Conseil, où Luke et Mara siégeaient en tant que Maître Jedi. Eux et les autres Jedi présent s’opposèrent vivement à l’utilisation de l’arme biologique Alpha Rouge, pour éviter un génocide total des Yuuzhan Vong. Hélas, Omas se prononça en faveur de son utilisation, mais finalement, l’arme fut sabotée par Vergere. Grâce à ce nouveau délai, Luke et Mara cherchèrent un plan définitif pour pousser Omas à abandonner cette idée. La seule solution était une victoire écrasante et décisive contre les Yuuzhan Vong. Pour cela, Luke et Mara rappelèrent le légendaire Amiral Ackbar de sa retraite. La célèbre bataille d’Ebaq 9 fut de son fait, et se solda par la victoire de la Nouvelle République et par la mort du Maître de Guerre Tsavong Lah. Après cela, Omas promit aux Jedi qu’Alpha Rouge ne serait plus utilisé qu’en tout dernier recours.   

Après cela, Luke proposa à Omas des voyages diplomatiques vers les Vestige Impérieux et chez les Chiss, mais son but véritable était de découvrir la planète vivante Zonama Sekot pour la convaincre de se joindre au conflit. Luke partit avec Mara, Jacen, Danni Quee, Saba Sebatyne, Tekli et R2 dans l’Ombre de Jade. Leur premier arrêt fut Bastion, la capitale impériale. Mais ils arrivèrent en plein milieu d’une bataille contre les Yuuzhan Vong, et les Jedi prêtèrent main forte à l’Amiral Gilad Pellaeon. Ce dernier s’en tira avec de graves blessures, et ne dut sa vie qu’à la médecine de Jacen et Tekli. Après avoir aidé les Vestiges une fois de plus lors de la bataille de Borosk, puis déjoué une tentative d’assassinat d’un Moff contre l’Amiral, les Jedi repartirent avec l’amitié de Pellaeon et sa promesse que les Vestiges rejoindront bientôt l’Alliance Galactique. En remerciement, Pellaeon assigna à Luke et son groupe une frégate impériale, le Faiseur de Veuves, commandée par le capitaine Yage, pour les escorter dans leur voyage.   

Sur Csilla, joyau de la civilisation Chiss, le groupe Jedi rencontra Soontir Fel, ainsi que son épouse Syal et leur fille, Wyn. Tandis qu’ils faisaient des recherches à la bibliothèque sur l’emplacement de Zonama Sekot, il y eu un complot des rivaux de Fel et la jeune Wynssa fut enlevée, mais bien vite récupérée par Jacen. Ce geste leur valu la reconnaissance du Baron. Peu après, Jacen découvrit que Zonama Sekot était une planète qui pouvait se déplacer, et sa localisation actuelle, dans le système de Klasse Ephemora. Ils trouvèrent la planète vivante, en train de repousser un assaut des Yuuzhan Vong. Mais alors qu’ils s’approchèrent, tous reçut un choc de Force si puissant qu’il plongea tout le monde dans l’inconscience pendant un temps. Ils rencontrèrent la Magister Jabitha, seule capable de communiquer avec Sekot, et les colons de Zonama, les Ferroans. Leur demande d’aide fut d’abords rejetée, mais après que Sekot ait mis le groupe à l’épreuve en faisant enlever Danni pour voir s’ils allaient user de manières agressives pour la récupérer, Sekot accepta d’aider les Jedi et l’Alliance Galactique contre les Yuuzhan Vong. 
  
Mais peu après, Nom Anor, arrivé sur la planète avec Tahiri, Corran, Harrar et Nen Yim, empoisonna Sekot en sabotant son réacteur hyperdrive, et pour éviter la destruction, Sekot n’eut d’autre choix que de plonger dans l’hyperespace le temps qu’elle récupère toutes ses fonctionnalités. Ceci fait, Zonama Sekot sortit de l’hyperespace, juste au-dessus de Coruscant. Luke et Mara retrouvèrent leurs proches et leurs amis quand tout le monde arriva sur Zonama pour la bataille finale. Luke, Mara, Jacen, Jaina, Tahiri et les époux Solo, accompagnés d’Harrar, descendirent sur la capitale pour mettre fin aux agissements de Shimrra. En pleine révolte des Humiliés, Mara retrouva son vieil adversaire Nom Anor, qu’elle poursuivit longuement avant de le rattraper et de le vaincre. Anor pensa que sa vie était finie, avec tout le mal qu’il avait fait à Mara, mais cette dernière décida de ne pas le tuer, mais lui fit bien comprendre que rien de ce qu’il pourrait faire le rachèterait jamais à ses yeux. Nom Anor escorta le groupe jusqu’à la Citadelle de Shimrra, où Luke, Jacen et Jaina affrontèrent le Seigneur Suprême, puis son familier Onimi, véritable cerveau de l’invasion Yuuzhan Vong. Luke fut mortellement blessé dans la bataille, et Jacen se servit des larmes de Mara pour le sauver, comme Vergere l’avait fait pour elle.   

L’Empire Yuuzhan Vong brisé, la guerre prit fin, et Mara put enfin retrouver son fils. Puis après des vacances bien méritées, le couple Skywalker s’établit sur Ossus, où ils fondèrent la nouvelle Académie Jedi. Puis elle passa les années suivantes entre l’enseignement à l’Académie, les Conseils dans le nouveau Temple Jedi de Coruscant, et à l’éducation de Ben. 

Cinq ans après la guerre, un ambassadeur Chiss se présenta à Omas et aux Jedi, affirmant que plusieurs Jedi, dont Jaina, avaient pris part à un conflit de territoire entre les Chiss et une race insectoïde nommée les Killiks. Souhaitant éclaircir ce mystère, Luke, Mara et Ben partirent pour les régions inconnues, sur la planète Yoggoy, où ils retrouvèrent un Jedi qu’ils pensaient mort, Raynar Thul, devenu UnuThul, le cerveau du Nid Unu. UnuThul avait usé d’un appel de détresse dans la Force pour appeler à lui ses anciens camarades Jedi de la mission Myrkr afin qu’ils les aident, lui et les Killiks, contre les Chiss qui menaçaient jour après jour leur territoire. Mais Luke et Mara découvrirent bien vite la face cachée de cette histoire; tous les Nids Killiks étaient secrètement dirigés par le mystérieux Nid Obscur, les Gorog, lui-même dirigé par les Jedi Noirs Lomi Plo et Welk, qui s’écrasèrent sur Yoggoy avec Raynar après leur fuite de Myrkr.

Mara découvrit avec horreur qu’un Gorog s’était lié d’amitié avec Ben, et que ce dernier commençait à devenir lui-même un Affilié. Perturbée, car Ben semblait s’être vraiment attaché à cet assassin Killik, Mara hésita à le tuer, mais décida finalement que Ben devrait faire face aux dures réalités de la vie, quand bien même il devrait la détester. Mais le Gorog parvint à s’enfuir, en compagnie de la Jedi Alema Rar, totalement assimilée par le Nid Obscur. Durant la bataille de Kr, Mara se trouva face à face de l’insecte, et après l’avoir remercié de n’avoir rien fait à son fils, elle le tua au cours d’un rapide combat. Luke tua Welk et le Nid Obscur fut apparemment détruit, bien que Lomi Plo et Alema fussent en fuite. UnuThul accepta de déplacer son Nid sur une autre planète pour vivre en paix avec les Chiss. Mara fut heureuse de confier son fils à Jacen pour qu’il lui refasse confiance en lui et le débarrasse de cette peur de la Force qui le tourmenté.

Mais les ennuis n’étaient pas finis, car le Nid Obscur vivait toujours. UnuThul leur apprit que Mara était la véritable cible des Gorog, car, étant Main de l’Empereur, elle avait assassiné un homme nommé Daxar Ies. Sa femme et sa fille avaient fui et s’étaient retrouvées en territoire Killik, où elles devinrent des Affiliées. Leur haine et leur rancœur contre Mara se répandirent dans tout le lien psychique de la Ruche, et ce fut ainsi que le Nid Obscur fut créé. Alema Rar sema encore plus le doute et la crainte dans l’esprit de Luke quand elle suggéra que Mara avait aussi peut-être assassiné la mère de Luke et Leia. Mais cette version des faits s’en trouvera faussé quand les Jedi découvrirent que c’est bel et bien Lomi Plo qui avait fondé le Nid Obscur quand elle s’était liée avec la Ruche Killik.

Totalement sous le contrôle des Gorog, UnuThul déclencha une guerre contre les Chiss, nommée la Guerre de l’Essaim. Mara fut l’une des Jedi qui approuva le plan d’assassiner UnuThul. Elle demanda des comptes à Jacen quand elle et Luke découvrirent que le puissant Jedi avait utilisé ses pouvoirs pour modifier la mémoire de Ben. Jacen improvisa comme excuse qu’il a fait ça pour le protéger, car ils avaient été témoins d’une tuerie d’Ewok sur Endor. Ce qui était faux, en réalité; Jacen l’avait fait pour effacer de l’esprit de Ben ses souvenirs d’Allana, la fille de Jacen et de Tenel Ka. Mais les époux Skywalker ne captèrent pas le mensonge, et remercièrent même Jacen.

Au cours de la bataille de Sarm, Luke, Mara et Jacen furent confrontés à la reine invisible du Nid Obscur, l’ancienne Sœur de la Nuit Lomi Plo. Mara et Jacen furent gravement blessés, et Luke ne put venir à bout de Lomi Plo à cause de ses sentiments de craintes et de doutes. Plus tard, Jacen utilisa la Force pour faire vivre à Luke la mort de Mara, afin de démontrer sa faiblesse et sa vulnérabilité. Luke savait qu’il ne pourrait faire face à Lomi Plo qu’avec un esprit et un cœur sans faille. Après avoir découvert les hologrammes cachés de R2-D2 sur la mort de sa mère Padmé par la faute de son père Anakin Skywalker, Luke fut certain que Mara n’avait rien à voir là-dedans, et retrouva toute sa détermination, enrobée de colère contre le Nid Obscur qui lui avait fait douté de Mara, ce qui lui permit de venir à bout de la reine invisible et de capturer UnuThul.

Quatre ans plus tard, une guerre débuta entre l’Alliance Galactique et la Fédération Corellienne. Mara dut supporter que son fils, maintenant âgé de treize ans, suive un Jacen de plus en plus froid et distant dans des missions de plus en plus périlleuses. Toutefois, contrairement à Luke qui commençait à nourrir des soupçons sur Jacen, Mara ne lui retira pas sa confiance, sachant qu’il était le meilleur professeur pour Ben, et mettant le comportement étrange de son neveu sur le compte d‘un amour secret. Mais les soupçons de Luke étaient fondés, car à cette époque, Jacen s’était secrètement engagé pour devenir un Sith auprès de la Sombre Dame Noire Lumiya, et comptait faire de Ben son apprenti.

Cal Omas, le Chef d’Etat de l’Alliance Galactique, proposa à Mara de diriger une organisation paramilitaire nommée Garde d’Alliance Galactique ; une police secrète qui devait protéger la capitale et capturer tous les opposants au régime. Mara refusa, et ce fut Jacen qui prit le poste. Cela ne plut que très moyennement au couple Skywalker, ainsi qu’au reste des Jedi, car Jacen amenait Ben avec lui dans ses missions d’arrestation.

Finalement, les soupçons de Luke se vérifièrent quand le couple Skywalker découvrit que leur vieil ennemie Lumiya était de retour, et possédait des liens avec la GAG. Ils décidèrent de retirer la garde de Ben à Jacen, et se mirent en traque de Lumiya. Mais Ben continua secrètement de travailler pour Jacen, et Mara mit son neveu en garde, mais ce dernier fit fi de ses menaces. Quand Jacen fomenta un complot contre Cal Omas et s’appropria le pouvoir, et que Mara fut certaine que Jacen était de mèche avec Lumiya, elle décida d’éliminer son neveu pour assurer la sécurité de Ben.

Sans mettre personne au courant, elle le traqua jusqu’à Hapes puis jusqu’à Kavan, où ils s’affrontèrent dans un duel épique dans les galeries de la planète. Mais alors que Mara était sur le point de l’emporter, Jacen usa de ses illusions de Force pour faire apparaître l’image de Ben à sa place, ce qui fit hésiter Mara. Cette courte hésitation causa sa perte. Jacen venait de la toucher avec une de ses fléchettes empoisonnées. Avant qu’elle ne meure, Mara déclara tout son mépris au futur Seigneur Sith et sa conviction que Luke l’arrêterait, pour l’avenir de Ben. Au lieu de ne faire qu’un avec la Force, Mara décida de conserver son corps corporel, pour que Luke puisse déterminer son assassin. Elle choisit de quitter son corps lors de son éloge funèbre, juste au moment ou Jacen, maintenant Dark Caedus, arriva à la cérémonie, pour désigner son meurtrier. Mais Luke comprit de travers, pensant que Mara venait de trouver la paix que quand Luke et Jacen eut réglé leur différent.  

Auparavant, pensant que Lumiya était la responsable, Luke la traqua et la tua, avant que Ben ne lui donne la preuve que ce n’était pas Lumiya qui avait tué sa mère. Ben soupçonna Jacen, même si ce dernier affirmait qu’Alema était la responsable. Le jeune Jedi se lança dans une enquête visant à prouver la culpabilité de son cousin. Quand il retourna sur les lieux, à Kavan, le fantôme de Force de Mara se présenta à lui, et lui montra au sol un cheveu. Ben comprit le message, et décida d’inspecter le StealthX de Jacen, et découvrit bel et bien un cheveu de sa mère décédée. Plus tard, cette preuve fut corroborée à l’aveu que Caedus fit à au capitaine Shevu, un membre de la GAG et ami de Ben, que ce dernier enregistra. Luke avait la tragique vérité devant lui, et décida qu’il fallait éliminer Caedus une fois pour toute. Mais par crainte de se laisser aller du côté obscur, il confia cette tâche à Jaina, et finalement, le Seigneur Noir fut défait, et l’esprit de Mara put reposer en paix.