Partageant par la suite la vie des jeunes Jedi, Lowbacca servit le nouvel Ordre partout là ou il lui fut demandé de le faire, en assurant les missions quotidiennes qui lui furent confiées. Arriva alors un événement qui allait bouleverser le sort de la galaxie toute entière: l'invasion menée par les terribles Yuuzhan Vong, dont Chewbacca fut victime sur Sernpidal. Profondément attristé par la mort de son oncle, le jeune Jedi Wookiee et Lumpawaroo, le fils du héros disparu, voulurent bien évidemment le remplacer afin d’honorer la dette de vie du compagnon de Han Solo. Mais lorsque ce dernier refusa, Lowbacca décida alors de veiller sur les enfants Solo.
Peu de temps après le début de la guerre contre les Yuuzhan Vong, Lowbacca se trouvait sur Yavin IV avec Jaina, Jacen et Anakin Solo lorsque Luke Skywalker revint de la planète Artorias, récemment tombée aux mains de l'ennemi, en compagnie du jeune Prince Finn Galfridian. Ce dernier, sensible à la Force, commença alors son entraînement au Praxeum et très vite se lia d'amitié avec Lowbacca. D'ailleurs, peu de temps après, Lowie partit sur Nar Shaddaa avec la famille Solo et
L’avancée des Vongs fut fulgurante, et les Jedi, débordés, tentèrent de faire face. Etant donné que l'ennemi avait créé un animal monstrueux nommé voxyn, qui chassait spécifiquement les Jedi avec une effrayante efficacité, ceux-ci, à l’instigation d’Anakin Solo notamment, décidèrent de tenter une opération commando afin de détruire le nid de ces créatures, et Lowie fut bien entendu volontaire pour la mission. Un groupe comprenant les trois enfants Solo, le jeune Wookie, et bien d’autres membres du nouvel Ordre se mit donc en route pour Myrkr, et grâce à une ruse subtile, ils réussirent a s’introduire dans le vaisseau-monde Yuuzhan Vong qui orbitait autour de la planète et abritait le centre de clonage des voxyns. Lowie, démontrant encore ses formidables aptitudes de guerrier, y combattit alors acharnement les assauts des Vongs pour mener la mission à son terme, mais acculés, les Jedi durent se replier. Afin de protéger ses camarades des attaques, Lowbacca risqua même sa vie pour récupérer des masques a oxygènes, mais tombé inconscient suite à des piqûres répétées d'insectes flitnats, il ne survécut que grâce à ses amis, qui l’évacuèrent sans tarder. Malheureusement la mission tourna au carnage. Piégés dans l’immense vaisseau, les Jedi succombèrent un à un, même s'ils réussirent à détruire la majorité des voxyns, et Anakin Solo fut l'un de ceux qui tombèrent. Toutefois, en partie grâce au Wookie rétablit, un groupe restreint réussit à s’échapper dans une corvette volée à l’ennemi.
Sous le commandement de Jaina Solo, les survivants gagnèrent le Consortium de Hapes, où les talents de bricoleur de Lowie furent mis à contribution pour travailler sur le vaisseau Vong à la technologie si particulière. Alors que son amie, défaite par la tristesse et proche de sombrer dans Coté Obscur, passait par maintes épreuves, le natif de Kashyyyk continua pourtant à travailler sur l’appareil, et finit par constater que chaque vaisseau Vong disposait d’une signature gravifique propre permettant de l’identifier parmi les autres, une découverte utilisée par la suite par les Jedi pour combattre leurs ennemis.
Après cela, toujours aux côtés de ses amis, Lowbacca continua le combat et reprit du service sous les ordres de Jaina dans l’escadron des 'Soleils Jumeaux', avec lequel il participa à nombre de combats spatiaux, comme par exemple la défense de Borleias. Trois ans après le début de l'invasion, après avoir été élevé au rang de Chevalier comme la plupart de ses camarades lors d'une grande cérémonie sur Mon Calamari, le jeune Wookie prit part au piège que les restes de la Nouvelle République tendirent aux Yuuzhan Vong, en leur faisant miroiter la possibilité de détruire la base secrète des Jedi. Evidement, pour cela, il fallait des membres de l'Ordre pour servir d’appât, et Lowbacca fut de ceux-ci. C'est ainsi que la bataille dans le secteur d’Ebaq 9 se poursuivit dans un astéroïde, où Tsavong Lah, le Maître de Guerre Yuuzhan Vong en personne, y engagea ses ennemis jurés. Là, il blessa grièvement Lowie, mais ce dernier fut finalement sauvé par son amie Jaina lorsque celle-ci parvint à tuer Lah.
Une fois soigné, devenu un Chevalier Jedi des plus expérimentés, Lowbacca continua d’épauler ses alliés, et la lutte contre les Vong se poursuivit, comme en orbite de Bilbringi, où il combattit aux côtés de Jaina Solo et Alema Rar. Vers la fin de la guerre, il commanda son propre escadron, puis vola à bord d'un vaisseau de Zonama Sekot lors de la libération de Coruscant.
Les années qui suivirent les guerres Yuuzhan Vong ne furent pas de tout repos pour la République. Ils reçurent la précieuse aide des Jedi qui s’investirent de toute part afin de redresser une galaxie traumatisée par les milliards de morts et d’innombrables pertes matérielles.
Lowbacca forma avec Jaina Solo et Tesar Sebatyne un trio de jeunes prodiges, arpentant différents mondes pour apporter une quelconque aide. En 35 ABY, ils perçurent un écho dans la Force provenant du défunt Raynar Thul qui s’était sacrifié durant la mission Myrkr. Ils se rendirent dans l’Espace Sauvage puis dans les Régions Inconnues où ils découvrirent avec horreur que leur ancien ami était vivant, mais avait littéralement changé d’identité en succombant aux phéromones Killik, devenant ainsi un affilié. Grâce à la Force, Raynar rendit les Killik bien plus autonomes et développés qu’ils ne l’étaient, puis devint après quelques mois Unu Thul, le roi et guide spirituel d’une colonie insectoïde. Les trois Jedi succombèrent inconsciemment à leur tour aux phéromones Killik, devenant à leur tour des affiliés, sans toutefois changer d’apparence physique. Face à ce décuplement et aux voyages des Nids Killik hors de leurs frontières, les Chiss menèrent plusieurs offensives secrètes pour ne pas s’attirer les foudres de la République, mais se retrouvèrent vite débordés face à l’avancée adverse et au nombre toujours croissant de colons. Lowbacca participa à quelques raids du coté Killik avant de se faire capturer par les soldats de Csilla qui le firent prisonnier dans une prison secrète. Il fut libéré quelques mois plus tard par Jagged Fel, après que la trêve de Qoribu n’eut lieu grâce aux accords entre l’Alliance Galactique, les Chiss et les Killik.
Un an plus tard, la guerre de l’essaim éclata après l’étranglement de Murgo qui vit le Nid Obscur de Lomi Plo prendre possession de l’Amiral Ackbar. Lors de ce conflit, Lowbacca, Jaina et Tesar eurent vent du plan Jedi visant à neutraliser les deux sources de l’avancée Killik : Raynar Thul et Lomi Plo. Ils ne restèrent pas de marbre devant la menace pesant sur leur ami et partirent en aviser Aryn Dro Thul, la mère de leur ancien compagnon. Cette dernière ne put garder le secret et en fit part à Luke Skywalker et Mara Jade durant un dîner. Le Grand Maître de l’Ordre envoya Tesar et Lowbacca méditer leurs fautes sur Dagobah, jusqu’à la fin de la crise du Nid Obscur.
En 40 ABY, le système Corellien entra en conflit avec l’Alliance Galactique après avoir été accusé de s’approvisionner grandement en armes de destructions massives, ce qui entraîna un blocus autour de Corellia. La plupart des chevaliers Jedi travaillèrent en binômes pour le compte de l’amiral Nek Bwua’tu, à l’instar de Lowbacca qui forma avec Tesar Sebatyne un duo de grande amitié. Ils servirent l’Alliance Galactique aussi bien sur le terrain que pour différents renseignements, comme le prouva leur mission d’espionnage des chantiers navals corelliens depuis les asteroïdes de Kiris.
Quelques semaines plus tard, Jacen Solo fut perverti par la cause Sith proposée par Lumiya et devint Dark Caedus. La majorité des Jedi se liguèrent contre Caedus et l’Alliance Galactique tombée sous l’égide du Seigneur Sith. Lowbacca participa à la bataille orbitale de Kashyyyk où il affronta la principale force de frappe de son ancien ami : le Anakin Solo. A son tour, Caedus tenta de corrompre Lowbacca par télépathie en lui quémandant de lui donner les emplacements des autres Jedi, en vain. Le Wookiee riposta en envoyant à son adversaire une bombe oméga qui ravagea le pont supérieur du vaisseau de Caedus, sauvé par son cousin Ben Skywalker.
Durant plus d’un an, Lowbacca fut le leader du mouvement Wookiee qui s’éleva contre la tyrannie de l’Alliance Galactique et de Dark Caedus. Il fut l’un des Jedi les plus actifs dans les combats contre les forces du Sith durant la seconde guerre civile galactique.
Trois ans après la mort de Dark Caedus, une tribu de Sith vivant sur Kesh depuis plus de 5000 ans fit son apparition en attaquant de front le vaisseau de Luke Skywalker, exilé de force par Daala, nouveau dirigeant de l’Alliance Galactique. Lowbacca participa avec Jaina Solo et Lando Calrissian à la refonte des anciens droïdes MSE qui servirent à la traque des Yuuzhan Vong près de vingt ans plus tôt.
Il fut également volontaire pour porter son aide à Luke Skywalker dans sa lutte face à la tribu perdue des Sith sur Pydyr dans le secteur Mortex où il fut l’un des grands artisans de la défaite ennemie.