Lorsque la situation face à l’Empire commença à stagner, le commandement militaire de la
Nouvelle République décida qu'il était nécessaire de prendre
Coruscant, et à cette fin on demanda à Antilles de reconstituer l’Escadron Rogue en sélectionnant ses membres parmi 1200 volontaires. L'Escadron connut donc un renouvellement intégral. Tout d'abord,
Aril Nunb, dont le frère Nien avait participé à la Bataille d'Endor à bord du
Faucon Millenium fut nommée commandante en second du groupe. Puis le Haut Commandement décida de muter la plupart des pilotes, dont notamment
Wes Janson et Hobbie Klivian, dans des escadrons d'entraînement en tant qu'instructeurs de vol. Il fallut alors leur trouver des remplaçants, et on recruta de nouveaux pilotes en leur faisant passer une épreuve dans le simulateur sur le scénario
Rédemption, réputé inextricable. Il y'eut plusieurs centaines de candidats, mais seuls onze furent sélectionnés.
Wedge Antilles, resté pour sa part commandant des Rogues, demanda alors à l'amiral Ackbar de mettre Aril Nunb à l'écart de l'Escadron, considérant que sa manière de piloter ne convenait pas pour instruire de nouveaux pilotes, et de prendre
Tycho Celchu comme second à sa place. Ce dernier, ancien pilote de chasseur Tie Alderaanien qui avait rejoint la Rébellion après la destruction de sa planète, avait récemment été envoyé en mission sur Coruscant pour rapporter des informations. La mission fut une réussite, mais Tycho fut capturé et envoyé à
Lusankya, centre de conditionnement impérial dirigé par la terrible
Ysanne Isard, et destiné à effectuer des lavages de cerveau sur des prisonniers pour en faire des agents dormants impériaux. Tycho réussit à s'évader lors d'un transfert sur Akrit'tar et à rejoindre la Nouvelle République, prétendant avoir résisté aux procédés de conditionnement impériaux, mais était fortement suspecté et était constamment sous surveillance. Après un épique combat verbal contre le général Salm, Wedge réussit néanmoins à obtenir d'Ackbar que Celchu devienne son second, à condition qu'il n'ait le droit de piloter qu'une navette désarmée. Une fois cette affaire réglée, les Rogues reçurent une formation sur
Fondor et partirent vers leur nouvelle base de
Talasea.
Alors qu'ils faisaient route vers la planète, ils furent brusquement tirés hors de l'hyperespace par un interdicteur impérial, l'
Aspic Noir. Il s'avéra que le croiseur était en réalité à la poursuite d'un yacht de classe Baudo transportant des produits de contrebande, le
Pulsar, piloté par Mirax Terrik, fille du redouté
Booster Terrik et amie de Wedge. L'Escadron décida alors de venir en aide au cargo et s'attaqua aux Tie impériaux. Au cours de l'affrontement
Corran Horn fut mis en difficulté, son ordinateur de visée ayant été endommagé, mais Tycho Celchu lui vint en aide à bord de la navette qui lui avait été affectée, le
Banni, en lui transmettant les informations de ses propres senseurs. Les Rogues atteignirent finalement Talasea et s'installèrent dans leur nouvelle base, avant d'accomplir une mission de routine sur Hensara. Malheureusement, peu de temps après, une escouade de stormtroopers s'infiltra de nuit dans la base Rebelle, tombant sur les pilotes dans leur sommeil. Les pertes furent relativement limitées grâce à l'intervention d'Ooryl Qrygg et de Corran
Horn, mais ce dernier fut blessé ainsi que
Gavin Darklighter, et
Lujayne Forge fut tuée.
Les Rogues n'eurent que peu de temps pour pleurer leur camarade. Alors que Corran et Gavin venaient de se rétablir, l'Escadron fut affecté à la flotte du général
Bothan Laryn Kre'fey pour attaquer la planète impériale
Borleias, avec comme nom de code Lunenoire. Mais le général impérial
Evir Derricote, qui commandait la base, avait fait construire en secret et à l'insu d'Isard elle-même un complexe de recherche destiné à développer des bactéries mortelles, et avait pris des mesures en conséquence. Les forces de la Nouvelle République durent donc faire face à deux fois plus de chasseurs Tie que prévu, et l'irresponsabilité de Kre'fey durant l'affrontement lui coûta la vie, ainsi que celle de nombreux pilotes. Les Rogues ne furent pas en reste et Andoorni Hui resta à jamais dans le système à l'état de microparticules, de même que Peshk Vri’syk. Plusieurs autres pilotes furent éjectés de leur X-wing et ne durent leur salut qu'à Tycho Celchu qui les récupéra. Une fois leurs blessures pansées, Corran Horn et le lieutenant d'infanterie Judder Page mirent au point un plan pour s'emparer de Borleias. Il consistait à opérer une diversion dans le système de Jagga-deux pour éloigner le destroyer
Eviscérateur et ses chasseurs Tie de la planète, tandis que les Rogues pénétreraient dans le système de Borleias, neutraliseraient le générateur de bouclier du complexe – situé au bout d'une tranchée, ce qui rappela à Wedge Antilles quelques souvenirs. Les commandos de Page, eux, détruiraient le spatioport, et la flotte Rebelle arriverait quelques heures plus tard pour prendre possession de la planète. Corran frôla la mort au cours de la mission, mais l'Escadron réussit et Borleias fut prise.
Après la bataille,
Bror Jace quitta momentanément l'Escadron pour rendre visite à sa famille sur Thyferra mais fut intercepté et abattu en chemin par l'
Aspic Noir dans une tentative de l'Empire de le capturer. Pour le remplacer, ainsi que les autres pertes de l'Escadron, deux nouveaux pilotes intégrèrent les rangs des Rogues. L'un d'eux était Aril Nunb, dont les méthodes d'instruction étaient désormais sans importance dans un escadron ayant amplement fait son baptême du feu. L'autre était
Pash Cracken, fils du général
Airen Cracken qui dirigeait les renseignements de la Nouvelle République. Après avoir commandé son propre escadron, il avait décidé de rejoindre les Rogues pour voler aux côtés de pilotes de son niveau et atténuer la confiance aveugle que ses hommes portaient en lui, et qui pouvait se révéler dangereuse. L'Escadron ainsi remanié, on lui confia une nouvelle mission : infiltrer Coruscant et envoyer un rapport au Haut Commandement, puis désactiver le bouclier planétaire pour permettre l'invasion de la planète. En raison des soupçons portés sur lui, Tycho Celchu fut écarté de la mission et resta sur Novquizor. Quelques jours plus tard, la base fut bombardée par les forces du Seigneur de la Guerre
Zsinj et Tycho fut porté disparu.
Pendant ce temps, le reste de l'Escadron fut envoyé sur
Kessel où Wedge Antilles, sur ordre du Haut Commandement, négocia la libération de criminels prisonniers sur l'astéroïde, ex-membres du
Soleil Noir, qui furent lâchés sur Coruscant pour semer la zizanie. Parmi eux se trouvait Zekka Thyne, ex 'client' de Corran Horn à l'époque où celui-ci était policier à la CorSec, qui avait manipulé
Inyri Forge, la sœur de Lujayne, qui le suivait partout. Wedge essaya de la ramener à la raison et de lui faire abandonner Thyne, en vain. Puis les Rogues se divisèrent en trois groupes pour pénétrer sur Coruscant et étudier la situation. Wedge et Pash Cracken se firent passer pour des officiers impériaux et rejoignirent sur place Mirax Terrik et l'agente des renseignements Iella Wessiri, ex-coéquipière de Corran Horn à la CorSec. Ce dernier fit équipe avec
Erisi Dlarit, avec qui il faillit entamer une relation amoureuse, et eut quelques démêlés sur place avec Thyne et ses sbires. Gavin
Darklighter,
Ooryl Qrygg,
Riv Shiel,
Nawara Ven, Rysati Inr et Aril Nunb furent quant à eux envoyés dans les bas-fonds de Coruscant, l'Invisec, ou l'Empire pratiquait régulièrement des rafles de non-humains. Ils furent pris à parti par un groupe de non-humains dirigés par
Asyr Sei'lar, une Bothan, ayant pris le malheureux Gavin pour un xénophobe à cause d'un malentendu. Le hasard fit que la moto-jet de Corran Horn, poursuivi par des stormtroopers en tentant d'échapper à Thyne, vint s'écraser à ce moment-là dans le bâtiment où ils se trouvaient, son pilote ayant sauté de l'engin quelques mètres auparavant. Grâce à l'aide d'Asyr qui comprit de quel côté se ranger, les Rogues réussirent à échapper aux impériaux et à rejoindre leurs autres compagnons à l'endroit convenu, mais Aril fut capturée. L'Empire réussit néanmoins à les débusquer de nouveau, mais alors que les Rebelles semblaient condamnés sans moyen de s'enfuir, un speeder vint les secourir, piloté par Tycho Celchu. Celui-ci avait en fait été envoyé en secret par Wedge sur Coruscant pour leur servir de répulseur d'appoint en cas de problème.
Corran et Mirax furent de nouveau repérés par les impériaux, mais Inyri Forge leur permit de s'échapper avant qu'ils ne tombent dans les griffes de Thyne, qui avait permis à l'Empire de les repérer. Mais alors que le criminel allait tuer les deux Rebelles, il fut abattu par Inyri qui avait décidé de se libérer définitivement de son influence et se joignit aux Rogues. Ceux-ci, à partir d'une idée de Gavin Darklighter, mirent au point un plan pour désactiver les boucliers planétaires. Il s'agissait de prendre le contrôle du poste de contrôle d'un des satellites en orbite qui contrôlaient le climat en renvoyant les rayons solaires, puis de créer une tempête de grande ampleur. La perturbation ainsi créée devait suffire à perturber les boucliers et à les neutraliser. Pour assurer la sécurité de l'opération, une partie de l'Escadron devait se charger de la couverture aérienne à partir de Z-95 récupérés par Tycho. Peu avant le décollage, Corran annonça à ce dernier qu'il l'avait vu dans une cantina de la planète discuter avec un homme encapuchonné qu'il avait idéntifié comme étant l'agent impérial Kirtan Loor. Tycho assura alors que son interlocuteur était un
Duros nommé Laï Nootka, avec qui il négociait un lot d'armes. Corran décolla suspicieux avec ses collègues, tandis que les autres Rogues se chargèrent de l'assaut du poste de contrôle. L'opération faillit échouer, mais grâce à Ooryl Qrygg l'Escadron finit par atteindre son objectif, et la Nouvelle République prit Coruscant sans trop de difficultés. Aril Nunb fut retrouvée saine et sauve dans l'Invisec, et tout semblait aller pour le mieux, mais durant l'opération Corran perdit le contrôle de son Z-95 et alla s'écraser contre un building.
Tycho fut alors accusé de l'avoir tué en trafiquant les commandes de son vaisseau et fut écroué. Son procès commença rapidement et défendu par Nawara Ven, ancien avocat, Celchu devint une sorte d'exemple pour montrer la sévérité et l'intégrité de la justice de la Nouvelle République. Pour Coruscant, les choses se gâtèrent également très vite ; le Krytos, un virus très virulent développé par Derricote, avait été lâché sur la planète par Isard avant qu'elle ne s'enfuie et décimait la population non-humaine, affectant même plusieurs membres de l'Escadron Rogue qui purent heureusement être soignés. Le bacta, seul remède connu contre la maladie, manqua très vite malgré les efforts d'Erisi Dlarit auprès de sa planète, Thyferra, pour en obtenir. Les Rogues furent alors réquisitionnés durant le plus clair de leur temps pour escorter des convois de bacta, ce qui n'était pas sans poser de problèmes pour Nawara qui devait en parallèle assurer la défense de Tycho. C'est dans ce climat d'agitation qu'un scientifique
Vratix originaire de Thyferra, Qlaern Hirf, contacta la Nouvelle République par le biais de Wedge Antilles et annonça qu'il avait peut-être trouvé un moyen d'économiser le bacta. Selon lui, une variété particulière de
Ryll fabriquée sur
Ryloth, le Kor, pourrait lutter contre le Krytos une fois mélangé au bacta. Les Rogues furent alors envoyés sur Ryloth pour vérifier cette théorie, et après quelques démêlés avec les différents clans Twi'lek de la planète ramenèrent un chargement de Ryll Kor qui se révéla efficace.
Peu après son retour de Ryloth, Nawara Ven fut abordé par un individu qui lui dit être Lai Nootka, ce qui jouerait probablement en la faveur de Tycho si cela s'avérait être vrai et que Nootka pouvait témoigner que c'était bien lui avec qui Tycho s'était entretenu dans la cantina. L'homme était en fait Kirtan Loor, qui accepta de témoigner qu'il n'avait pas rencontré Tycho en échange d'un million de crédit et d'une nouvelle identité. Il expliqua que son travail pour Isard sur la planète devenait dangereux et qu'il voulait se détacher d'elle sans encourir ses foudres ou celles de la Nouvelle République. Nawara accepta et revint le chercher quelques heures plus tard en compagnie de Iella Wessiri, mais Loor fut tué par un homme que Iella fut forcée d'abattre et qui s'avéra être son propre mari, Diric, conditionné à Lusankya. Quelques heures plus tard, les Rogues durent reprendre l'air pour intercepter un
TR-TT piégé du Front de Libération
Palpatine, un groupe terroriste impérial, qui menaçait de faire exploser un entrepôt de bacta sur Coruscant. Mais alors que Wedge Antilles venait de faire exploser le walker, un événement aussi dévastateur qu'imprévisible se produit : un superdestroyer stellaire surgit de sous la surface de la planète, dévastant des kilomètres carrés de zone urbaine. Le vaisseau perça le bouclier planétaire et s'enfuit dans l'hyperespace, capturant Erisi Dlarit, sans que les Rogues puissent faire quoi que ce soit. Il s'avéra par la suite que ce superdestroyer nommé
Lusankya abritait la prison éponyme, qu'il avait été enfoui sous la surface de Coruscant par Palpatine des années plus tôt, et qu'Erisi Dlarit était la véritable traîtresse dans l'Escadron. Tout cela fut confirmé par Corran Horn, en réalité prisonnier à bord du Lusankya, qui avait réussi à s'échapper et apportait des preuves de l'innocence de Tycho.
Mais alors que la situation semblait s'améliorer et que le Krytos commençait à perdre du terrain, Isard organisa un coup d'état pour prendre le pouvoir sur Thyferra avec l'aide du cartel Xucphra, dont était issue la famille d'Erisi, et coupa totalement l'accès en bacta à la Nouvelle République. Cette dernière annonça qu'il lui était impossible d'intervenir contre le gouvernement Thyferrien, et devant l'ampleur du danger les Rogues démissionnèrent tous pour avoir les mains libres dans la lutte contre l'Empire, excepté Pash Cracken qui avait quitté l'unité pour reprendre le commandement de son propre escadron. Ils récupérèrent du matériel militaire, établirent une base sur la planète Yag'dhul et se mirent à mener des raids contre les convois de bacta impériaux, obtenant l'appui de Booster Terrik et de l'Escadron twi'lek de Tal'dira qui leur avait offert le Ryll sur Ryloth. Isard, lorsqu'elle reçut les rapports d'attaque, entra dans une rage noire et répliqua : elle envoya ses forces attaquer la colonie d'Halanit, à qui les Rogues avaient donné du bacta, et la rasa entièrement avec tous ses habitants. Puis, ayant obtenu des informations sur un convoi qui allait être la cible des Rogues, elle envoya le commandant Convarion et le
Corrupteur, ceux-là même qui avaient donné du fil à retordre aux Rogues des années auparavant, pour se débarrasser de l'Escadron. Les Rogues réussirent à s'en tirer et à détruire le
Corrupteur mais perdirent Riv Shiel et plusieurs chasseurs twi'lek, ainsi qu'une partie du convoi. Ils décidèrent alors de passer plus directement à l'action et entreprirent de s'infiltrer sur Thyferra. Lors de son arrivée à l'astroport de la planète Corran Horn fut repéré, mais il fut sauvé par Bror Jace, pourtant censé être mort depuis six mois. Celui-ci lui expliqua que les Ashern, un groupe de rebelles Vratix, l'avaient contacté pour qu'il les aide à se libérer de l'emprise du cartel Xucphra, et avaient mis en scène sa mort pour faciliter les choses. C'est Bror qui avait envoyé Qlaern Hirf à Wedge Antilles, et qui allait désormais être le contact privilégié des Rogues sur Thyferra.
Après plusieurs actions des Ashern appuyés par les Rogues et des représailles sanglantes de la part d'Isard, Wedge décida d'en finir une fois pour toutes. Il obtint la désertion et l'appui de l'officier impérial Sair Yonka et de l'équipage de son destroyer et organisa une diversion qui attira les défenseurs de Thyferra, le
Lusankyaet le destroyer
Virulent jusqu'à Yag'dhul, ou Booster Terrik les retint à l'aide de rayons tracteurs et d'une batterie impressionnante d'armes lourdes. Le
Lusankya réussit néanmoins à s'enfuir et à regagner Thyferra, où il trouva l'Escadron Rogue et le destroyer de Yonka, le
Liberté. Un rude combat s'engagea, qui semblait s'éterniser car aucune des deux factions en présence ne réussissait à prendre véritablement l'avantage malgré de lourds dégâts infligés au
Lusankya. C'est alors que le
Virulent surgit de l'hyperespace, lâchant un escadron de chasseurs qui se jetèrent dans la mêlée. Mais alors que tout semblait perdu pour les Rogues, leurs instruments de bord leur indiquèrent qu'il s'agissait en fait de l'escadron de A-wings de Pash Cracken qui était venu prêter main forte à Booster et lui avait permis de prendre le contrôle du
Virulent. Le commandant du
Lusankya, Joak Drysso, devenu hystérique, ordonna à son équipage de continuer le combat jusqu'à la mort, mais celui-ci se mutina et se rendit. Pendant ce temps, Ysanne Isard, voyant que la situation tournait mal, décolla de Thyferra à bord d'une navette de classe Lambda pour quitter les lieux, escortée par l'escadron d'intercepteur Tie d'Erisi Dlarit. Celle-ci fut abattue après une joute spatiale par Corran Horn, qui engagea alors la poursuite d'Isard. Il réussit à faire faiblir les boucliers de la navette mais tomba à cours de munitions alors que Cœur de Glace allait passer en hyperespace. Alors qu'il se préparait à éperonner le vaisseau dans une manœuvre désespérée, Tycho Celchu arriva à la rescousse et décocha une torpille à protons qui réduisit la navette en poussière stellaire et mit fin à la domination d'Isard sur l'Empire.
Les Rogues restèrent quelques mois sur Thyferra pour maintenir l'ordre puis repartirent, laissant Bror Jace qui était désormais responsable de la sécurité aérienne de la planète. Ils retournèrent sur Coruscant et reprirent leur place dans l'armée du fait d'une 'erreur informatique' qui avait effacé toute trace de leur démission. Wedge Antilles annonça alors à l'amiral Ackbar son projet de former un escadron de chasseurs plus polyvalent et formé pour assurer des missions commandos comme les Rogues avaient été obligés de le faire. Avec l'accord de l'amiral, il confia donc momentanément son commandement à Tycho Celchu pour aller former l'Escadron Spectre. Pendant ce temps les Rogues, dont les effectifs furent une nouvelle fois remaniés pour accueillir notamment
Derek Klivian et Tal'dira, n'effectua que des missions mineures contre le Seigneur de la guerre Zsinj. Cependant, quelques mois plus tard ils rejoignirent la flotte de
Han Solo avec les Spectres et deux autres escadrons, les Matraques et les Nova, et se mirent à mener des opérations de plus grande envergure avec de nouveau Wedge comme commandant. Ils couvrirent avec succès la fuite des Spectres durant une mission, mais un coup dur leur fut porté lorsque Tal'dira, qui avait été victime d'un lavage de cerveau par des agents de Zsinj, tenta d'assassiner Wedge Antilles et dut être abattu par Corran Horn. Finalement, la flotte de la Nouvelle République put enfin affronter directement celle du Seigneur de la guerre et à détruire son vaisseau amiral, le
Poing d'Acier, ce qui entraîna la chute de Zsinj.