Grâce aux informations des archives, ils découvrirent l'existence de la communauté des Sages Baran-Do de Dorin et s'y rendirent avec l'Ombre de Jade. Une fois au Temple des Sages, Ben dut affronter l'étudiante qui les accueillit, afin de prouver leur valeur, et il réussit à remporter le combat. Le jeune homme promit ensuite à son père de le tuer s'il succombait au côté obscur en apprenant les mêmes techniques que Jacen. Au cours de son séjour, le jeune Jedi s'aperçut qu'il y avait quelque chose d'anormal avec les Sages et il découvrit rapidement une communauté secrète de Sages qui se faisaient passer pour morts afin de préserver les connaissances des Baran-Do. Il y rencontra notamment l'ancien mentor de Jacen, désormais appelé Le Dissimulé, qui dirigeait cette communauté. Mais Ben s'indigna de cette situation qui ne respectait plus la Force et faisait perdre tout sens à son existence, et après avoir vaincu le maître combattant Charsae Saal, il détruisit le tunnel d'accès pour forcer la main du Dissimulé. Ils purent finalement quitter les cavernes et laissèrent derrière eux les Baran-Do et leurs secrets pour se diriger vers la Faille de Kathol, car Ben savait que Jacen y était passé et avait appris des techniques que parvenaient à reproduire les Jedi atteints de folie. Ils découvrirent alors la communauté Aing-Tii qui accepta de leur donner des informations sur Jacen et de leur enseigner de nouvelles techniques, en échange de l'aide des Jedi pour apaiser les tensions sur la planète. Ben apprit alors à arpenter le flux du temps, mais sa seule expérience fut si désagréable qu'il se promit de ne plus recommencer. Ils quittèrent finalement les Aing-Tii pour se diriger vers La Gueule, où son père avait ressenti une présence obscure d'une grande puissance, apparemment déjà sentie par Jacen auparavant.
Une fois arrivés au cœur des amas de trous noirs, ils se mirent à la recherche des Buveurs d'Âmes mentionnés par les Aing-Tii. Ben ressentit alors une présence sombre identique à ce qu'il avait ressenti enfant, lorsqu’il se cachait dans l'Abri. Ils arrivèrent enfin jusqu'à la Station Sinkhole, apparemment créée dans la lignée de Centerpoint et abandonnée depuis longtemps. Mais en l'explorant, guidés par la Force, Luke et Ben arrivèrent dans une salle remplie de corps plongés en état méditatif avancé, qui se révélèrent être des Arpenteurs d'Esprits ayant déjà rencontré Jacen. Lorsque son père suivit les Arpenteurs au-delà des ombres, Ben resta en arrière pour réparer l'Ombre, endommagé lors de la traversée, et assurer le départ si les choses tournaient mal. Il s'occupa également de conserver le corps de son père en état et combattre sa déshydratation, mais au bout de plusieurs jours il décida de le rejoindre et le retrouva au Lac des Apparitions. Il y croisa Anakin Solo et sa mère sous forme de fantômes de Force, avant de rencontrer enfin le fantôme de Jacen Solo dans les Brumes de l'Oubli. Le jeune Jedi parvint à le pardonner avant de retourner à la réalité. Suite à leur retour dans le monde physique, ils durent combattre les effets dégradants que la marche au-delà des ombres avait causée à leurs corps. Tandis qu'ils étudiaient ce qu'ils venaient de vivre, ils se rendirent compte qu'il y avait peut-être une présence plus puissante derrière tout ça, et qui pourrait être la cause de la folie des jeunes Chevalier Jedi. Cette présence aurait pu s'écouler hors de La Gueule suite à la destruction de Centerpoint. Ils furent interrompus par l'assaut brutal d'une horde de Sith, qui s'en prirent aux Skywalker. Ces derniers offrirent une résistance exemplaire malgré le nombre d’assaillants et éliminèrent une grande partie de leurs adversaires avant de rejoindre l'Ombre de Jade, où Ben s'occupa des blessures de son père.
Ils suivirent ensuite l’une des jeunes Sith ayant survécu à l’affrontement jusqu'au système de Dathomir, où ils tombèrent dans une embuscade tendue par des Sorcières du clan des Feuilles Pleureuses. Mais l'arrivée inattendue de Han et Leia, avec l'ancien aspirant Jedi Dyon Stadd, leur permit de s'en sortir sans trop de mal. Après s'être présentés, ils furent conviés à une fusion des clans avec celui des Colonnes Brisées. Ils apprirent dans le même temps que la Sith Vestara avait rejoint le clan et était ainsi intouchable. Tandis que son père participait aux festivités, Ben confronta la jeune femme mais se laissa facilement dérouter. Ben s'illustra ensuite dans le domaine diplomatique en permettant la fusion des clans en celui du Soleil Radieux, mais aussi lors des combats contre les Sœurs de la Nuit qui désapprouvaient cette union. Ben suivit finalement son père qui se lança sur les traces de la Sith, dont les intentions étaient devenues de plus en plus obscures. Il finit par rattraper la jeune femme au moment où débarquait une force d'intervention Sith qu'elle avait appelée pour tenter de recruter les Sœurs de la Nuit, et les Jedi affrontèrent rapidement cette menace, qui battit en retraite lorsque son père élimina leur leader. Les Skywalker quittèrent finalement la planète après avoir capturé Vestara, mais ils s'aperçurent rapidement qu'ils étaient suivis par les vaisseaux Sith.En infériorité numérique, les Jedi durent momentanément se plier à leurs exigences. A la grande surprise de Ben, Luke conclut une alliance dangereuse avec les Sith dans le but de vaincre Abeloth, l'entité obscure responsable de l'état des jeunes Chevaliers Jedi, à la condition qu'ils gardent Vestara à bord, ce qui n'était pas pour déplaire au Ben, qui n'était pas resté indifférent à la jeune Sith. Ils reprirent ensuite le chemin de La Gueule et s'arrêtèrent momentanément à Klatooine pour attendre Lando, que son père avait appelé, et Ben descendit prendre quelques fournitures avec Dyon Stadd et Vestara Khai. Tandis qu'ils découvraient la planète, Stadd fut soudainement pris de la psychose des Chevaliers fous, et Ben se vit contraint de le maîtriser. Mais l'incident avait attiré les autorités et les adolescents se retrouvèrent en prison, où ils ne manquèrent pas de devenir très complices. Suite à leur libération, son père le mit en garde contre Vestara, mais le jeune Jedi ne pouvait s'empêcher d'être attiré par elle. Ils sécurisèrent Dyon puis décidèrent de partir directement pour La Gueule, laissant deux frégates Sith pour attendre Lando.
Suite à l'arrivée de ce dernier avec Jaina, Ben fut surpris d'apprendre les derniers évènements de Klatooine et de Coruscant, mais n'eut pas le temps d'y penser car la flottille entra dans La Gueule en direction de la Station Sinkhole pour pouvoir enfin s'occuper d'Abeloth. Mais Ben ne ressentait plus la présence du tentacule d'Abeloth, ce qui signifiait que l'entité se cachait d'eux, et dut ainsi laisser sa place à Vestara pour les guider vers la Station Sinkhole. Mais une fois sur place, ils se rendirent compte qu'elle avait été détruite, libérant du même coup Abeloth de sa prison de trous noirs. Tous trois sachant à quoi elle ressemblait grâce au passage des Jedi au-delà des ombres, ils décidèrent de rallier les forces Sith sur la planète. Lorsque Luke conduisit les Sith au-delà des ombres, Ben resta en arrière pour veiller sur lui, mais il fut négligeant et Vestara laissa Dyon Stadd s'échapper pour servir d'appât. Suite au réveil de son père, ils rejoignirent l'aspirant Jedi à temps pour le sauver, et poursuivirent Abeloth dans son repaire où un difficile combat s'engagea. Mais après avoir soustrait Vestara à la puissance de l'entité, Ben comprit que les Sith étaient en train de les trahir et se porta au secours de son père, lui permettant ainsi de poursuivre Abeloth et de l'éliminer. Malgré tout, ils décidèrent de renouer l'alliance afin d'enquêter sur la nature d'Abeloth et Ben sécurisa Dyon Stadd avant d'informer Jaina et Lando qu'ils devaient rentrer sur Coruscant.
Il rejoignit ensuite Luke et les Sith aux ruines où un combat s'engagea pour la possession du corps d'Abeloth, mais Vestara leur fit alors tous réaliser qu'il s'agissait du corps de Dyon Stadd, et que l'entité avait donc dû survivre. Ils repartirent alors à la recherche d'Abeloth, mais ce contretemps mit à mal la confiance fragile entre les Sith et les Jedi. Vaisseau, la sphère de méditation Sith, apparut alors au groupe pour les guider vers Bassin de la Connaissance, mais ils se rendirent rapidement compte qu'Abeloth avait fait diversion pour tenter d'aller dérober leurs vaisseaux. Des images d'Allana sur le Trône de l'Equilibre apparurent soudain dans le Bassin et déclenchèrent un nouveau combat entre Sith et Jedi. Les Skywalker réussirent à fuir en laissant les Sith piégés dans la caverne, malgré les inquiétudes de Ben pour Vestara qui se faisait attaquer par Sarasu Taalon. Ils s'aperçurent alors qu'Abeloth s'était emparée de l'Ombre de Jade, et décidèrent de la poursuivre avec l'Emiax des Sith, embarquant au passage Vestara, à qui Ben souhaitait donner une seconde chance.
Ils poursuivirent l'entité jusqu'au système d'Almania, et sur l'intuition de Luke, ils rallièrent la lune de Pydyr. En dépit de l'interdiction de son père, Ben descendit sur la planète avec Vestara et suivit le Maitre Jedi jusqu'à l'Ombre de Jade, où il retrouva une ancienne compagne de voyage, Akanah. Mais cette dernière se révéla être Abeloth et leur échappa de nouveau, tandis que les Sith de Taalon arrivaient après avoir réussi à les suivre. Ils s'allièrent une nouvelle fois pour mettre un terme à la menace que représentait Abeloth, et la traquèrent jusqu'à une caverne ressemblant beaucoup à celle de La Gueule. Mais une fois sur place, les Sith changèrent d'allégeance et un combat s'engagea entre les deux Skywalker les Sith, soutenus par Abeloth. La situation devint rapidement critique et Ben plaça toute sa confiance en Vestara, qui élimina Taalon pour le sauver, permettant aux Skywalker de fuir. Ils retournèrent sur l'Ombre de Jade en emmenant Vestara avec eux, et furent sauvés de l'armada Sith en orbite par l'arrivée de la flotte de StealthX Jedi et de l'Aventurier Errant, qui avaient réussi à quitter Coruscant. Ils apprirent sur le moment les terribles nouvelles de la capitale, et notamment la mort de Kenth Hamner. Ils se remirent ensuite en quête d'Abeloth en poursuivant Vaisseau, avec la ferme intention de mettre un terme à cette menace qui leur avait de nouveau échappé.
Ils firent une halte à la station Meliflar où son père réussit à retrouver la piste de l'entité, et ils se rendirent sur Nam Chorios. Ben se contenta dès lors de suivre son père à travers la capitale Hweg Shul, jusqu'à ce qu'il les mène au foyer de Sel, membre des Ecouteurs Theran, et également la Jedi la plus ancienne de la galaxie. Après avoir découvert plus avant les coutumes des Ecouteurs Theran, une terrible tempête de Force se déclencha, provoquée par l'arrivée d'Abeloth, et ils se portèrent au secours des habitants. Ils se rendirent ensuite auprès du Maître des Ecouteurs Theran pour en apprendre plus sur le passage d'Abeloth, mais finirent par comprendre qu'Abeloth en avait déjà pris le contrôle. Ils apprirent au passage dans la capitale les nouvelles du coup d'état des Jedi contre Daala. Ils se rendirent finalement dans la Vallée de Cristal où se cachait Abeloth, et y trouvèrent les Ecouteurs Theran en proie aux tourments causés par l'entité, ainsi que Valin Horn, arrivé avec la journaliste Kandra Nilitz. Suivant son père, Ben finit par arriver jusqu'à Callista, qui semblait toujours présente malgré la force d'Abeloth. Ben dut alors se défendre contre Valin Horn, qui dans sa folie, prenait toujours Ben pour son ennemi. Heureusement pour le jeune Jedi, Vestara lui apportait son soutien. Après un difficile combat entre son père et Abeloth, l'entité s'échappa de nouveau à cause de l'arrivée des Sith. Ils parvinrent à résister à leur assaut et Ben rejoignit la flotte Jedi en orbite après le combat contre les Sith.
Une fois remis du combat, Ben repartit avec Luke, Vestara et Jaina à bord de l'Ombre de Jade, et ils se mirent sur la trace des Sith qu'ils soupçonnaient de pouvoir voyager avec Abeloth dans leur quête de pouvoir et de connaissances. Ils demandèrent alors à Natua Wan de référencer les endroits où aurait pu les mener Vaisseau, qui servait Abeloth mais aussi les Sith, et l'Ombre fila vers Korriban, berceau des Sith. Ben était également de plus en plus attiré par la jeune Sith, et il se persuadait qu'elle pouvait passer du côté lumineux. Après avoir atterri et admiré le paysage désolé de la planète, ils se dirigèrent vers la Vallée des Seigneurs Noirs, où l'on trouvait la plus forte concentration d'énergie du Côté Obscur. Après avoir fouillé plusieurs monuments sans succès, ils furent surpris par une meute de Tuk'ata mais Vestara les stoppa en leur parlant en langue Sith, et apprit également qu'il n'y avait aucun autre Sith sur Korriban. Cette démonstration encouragea encore plus Ben à croire que la belle jeune femme pouvait se racheter. Malgré cet échec et les nouvelles décevantes des autres groupes Jedi, ils décidèrent de continuer leurs recherches de la Tribu Perdue sur Dromund Kaas.
Ils se rendirent ensuite à Dromund Kaas, ancienne capitale de l'Empire Sith. Après un historique rapide de son père au sujet de la planète, il le suivit jusqu'au Temple Obscur, où ils tombèrent sur les Sith qu'ils recherchaient, guidés par Gavar Khai. Un difficile combat s'engagea et ils réussirent à vaincre leurs ennemis, notamment Gavar Khai, qui fut tué par Vestara. Cette dernière leur apprit que la Tribu s'était alliée à Abeloth, car elle l'avait senti chez son père en le combattant. Ils comprirent que poursuivre les Sith serait désormais vain et Ben fut très soulagé lorsque son père décida de rentrer sur Coruscant. Pendant le trajet, Ben devint de plus en plus proche de Vestara, et eut même le droit de lire les lettres qu'elle destinait à son père. Poussé par les sentiments qu'il éprouvait pour elle, il souhaita alors encore plus ardemment la ramener du côté lumineux. Il eut donc l'immense plaisir juste avant leur arrivée de voir Vestara dire à Luke qu'elle souhaitait devenir une Jedi, puis rentrèrent finalement sur Coruscant après ce trop long exil. Tandis que son père retrouvait le reste du Conseil Jedi, Ben fit découvrir le Temple à Vestara, l'emmenant notamment à la bibliothèque, où Natua Wan leur apprit qu'elle avait retrouvé la trace de Vaisseau sur une planète nommée Upekzar, un bastion Sith méconnu. Suite à la décision de son père de faire quitter Coruscant aux Jedi, Ben retourna à bord de l'Ombre de Jade pour suivre la piste de Natua. Cependant, avant de partir, ils apprirent que Leia avait été arrêtée. Lorsque Vestara reconnut le Sénateur Suldar, responsable de cette arrestation, comme étant le Sith Workan, Ben comprit que Luke avait consciemment offert Coruscant à la Tribu Perdue afin de les piéger. Mais ils confièrent la libération de Leia à Han et se rendirent sur Upekzar pour retrouver Vaisseau, dans l'espoir de dénicher Abeloth et de l'éliminer. L'Ordre Jedi au complet rallia Upekzar pour leur prêter main-forte. Au cours de l'exploration de la planète, Ben se retrouva avec Vestara et Natua dans les tunnels et dut faire face aux fameux Rhak-Skuri, les créatures mutantes qui peuplaient la planète et se nourrissaient du côté obscur. Le combat fut difficile et Natua trouva la mort, puis Vestara réussit à ramener Ben à la sortie des tunnels où les attendait Corran Horn, venu les sauver après le déclenchement du piège d'Abeloth qui avait provoqué une catastrophe géologique sans précédent. Ils retournèrent alors sur l'Ombre de Jade et quittèrent Upekzar pour rentrer à Coruscant afin de mener leur ultime combat.
Une fois rentrés sur Coruscant, Ben participa avec Vestara au plan d'élimination des Sith organisé par son père, qui consistait à traquer les Sith dans les différents organismes du gouvernement et ainsi libérer la capitale. Il s'occupa notamment de l'exécution du Seigneur Workan. Toujours accompagné de Vestara, il prit finalement part à l'assaut massif organisé par son père sur le Temple Jedi où s'étaient retranchés les Sith et Abeloth. Les Jedi se montrèrent impitoyables et le chaos se répandit rapidement au cœur du Temple Jedi. Malgré la difficulté des combats et les nombreuses pertes dans les deux camps, les Jedi réussirent à progresser petit à petit grâce à l'efficacité du plan de Luke, et Ben et les autres finirent par tomber sur Abeloth au cœur du Temple, où elle se débarrassait de tous ceux qui tentaient de s'en prendre à elle. Mais l'entité se révéla trop puissante et elle captura Ben et Vestara avant de déclencher un séisme dévastateur sur Coruscant. Le jeune Jedi se retrouva finalement prisonnier de Vaisseau qui l'emmena jusqu'au sanctuaire d'Abeloth dans La Gueule, où Abeloth les informa qu'elle désirer recréer la Famille avec eux, offrant à Ben de devenir le Prince Eternel de la Lumière. Mais les adolescents refusèrent de prendre part à ce projet démesuré et Abeloth les emmena à la Fontaine du Pouvoir où ils dépérirent lentement. Ben accepta finalement d'allier ses forces à celles de Vestara pour combattre Abeloth et regagner leur liberté, et engagea alors un combat des plus intenses pour sa vie. Leurs efforts firent échos aux combats de Luke et de Saba Sebatyne, et Abeloth fut enfin détruite. Malheureusement, Vestara avait trahi les Jedi une dernière fois et brisa le cœur du jeune Jedi, qui rallia finalement Coruscant en veillant sur son père, proche de la mort après son combat au-delà des ombres. Il assista enfin au mariage de sa cousine Jaina avec Jagged Fel, le début d'une nouvelle ère de paix pour la galaxie.