En raison de la Grande Purge Jedi, qui eut lieu en 22 av.BY, Yoda choisit de partir en exil sur Dagobah dans le but de se cacher en attendant des jours moins sombres. Il se construisit une hutte près de la grotte du mal, l’aura maléfique cachant ainsi son aura bénéfique, et il s’adonna à la méditation.
Des années plus tard, l’Archiviste de l’organisation criminelle Aube Écarlate Madelin Sun se retrouva devant la grotte alors qu'elle était à la recherche de Yoda sur Dagobah. Elle n’hésita pas à entrer à l'intérieur mais elle en ressortit apeurée et transformée physiquement. Elle se précipita dans son vaisseau afin de quitter la planète au plus vite et rapporta à Qi'ra, la dirigeante de l’Aube Écarlate, que Yoda était mort sur Dagobah.
En 3 ap. BY, pendant la Guerre Civile, Luke Skywalker eut une vision de son ancien Maître, Obi-wan Kenobi, lui indiquant de se rendre sur Dagobah et d’y trouver Yoda pour achever sa formation. Luke quitta alors Hoth et parti pour la planète marécageuse.
Sur place, il rencontra le Maître avec qui il commença son entrainement. Quelques temps plus tard, Luke eut une vision de ses amis, Yan Solo, Leia Organa et Chewbacca en danger sur Bespin. Il stoppa son entrainement pensant le reprendre après avoir aidé ses amis. Il revint effectivement en l’an 4 mais pour voir mourir Yoda.
Trente ans plus tard, le Suprême Leader Snoke amena son apprenti Kylo Ren sur Dagobah, et le fit pénétrer dans la grotte. Là, le jeune homme fit face à différentes visions : d'abord celle de Luke, qu'il tua, puis celles de ses parents. Il les épargna mais détruisit la grotte, montrant ainsi à Snoke l'étendue de son pouvoir.
Episode V - L'Empire contre-attaque
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