Lorsque la Guerre des clones éclata, la générale Jedi Luminara Unduli, accompagnée de sa Padawan Barriss Offee, prit le commandement de la 41ème légion d'élite. Le commandant Gree était le clone le plus gradé de la légion.

Lors de la première année de la guerre, la Compagnie Green rattachée à la 41ème légion intervint sur Rodia pour capturer Nute Gunray et le transférer dans une prison républicaine. Mais durant le trajet le croiseur fut attaqué par les séparatistes qui cherchaient à libérer ce prisonnier hautement sensible et les hommes de la 41ème légion durent se défendre contre Asajj Ventress. Malheureusement, la trahison du capitaine des Commandos du Sénat, Argyus, fut déterminante dans la fuite de Gunray.

La 41ème légion d'élite fut ensuite engagée dans la deuxième Bataille de Geonosis où elle subit beaucoup de perte lors de l’attaque de la nouvelle Fonderie de droïdes de Geonosis. Le clone Buzz partit ensuite avec Luminara Unduli à la poursuite de Poggle le bref qui s’était réfugié dans les Catacombes de Geonosis sous le Temple Progate. Le soldat fut alors tué par des autochtones infectés par un Ver Géonosien et la Jedi Unduli fut capturée par la reine Karina la Grande.

Après l’attaque du général Grievous sur Coruscant et la tentative ratée de capturer le chancelier Palpatine, les hommes de la 41ème légion d'élite furent déployés sous le commandement du maître Jedi Yoda sur Kashyyyk afin de défendre le peuple Wookiee contre l’invasion séparatiste. C’est sur cette planète que le commandant Gree reçu l’Ordre 66 d’abattre tous les Jedi, nouvellement identifiés comme traîtres à la République, et il s’apprêta à exécuter Yoda. Ce dernier sentit néanmoins le danger et il décapita le clone avant de s’enfuir. Les soldats de la légion tentèrent de le retrouver pour le tuer mais Yoda parvint finalement à quitter Kashyyyk grâce à ses amis Tarfful et Chewbacca.

Au même moment, d’autres membres de la 41ème légion d'élite se trouvaient sur Utapau et assistaient le commandant Cody dans la recherche du corps de Obi-Wan Kenobi qu’ils pensaient avoir abattu. Sur Kaller, la Jedi Depa Billaba dirigeait également un bataillon de la 41ème légion d'élite aux côtés du commandant Grey lorsque l'Ordre 66 fut déclenhé.

La 41ème Légion faisait partie, comme son nom l’indique, de l’élite au même titre que les Marines Galactiques. Composée d’une multitude de clones différents, on retrouvait notamment des conducteurs d’AT-RT ainsi que des clones Scout Troopers. La couleur de référence restait le gris puisqu’elle restait rattachée au 9éme Corps d’Armée d’Assaut. Connaissant le Commandant Gree pour sa spécialité linguistique et son aptitude à communiquer avec des races quasi inconnues, le 41ème se retrouva souvent sur des mondes exotiques. Cette légion fut vraiment à part dans tout le 9ème Corps d’Armée d’Assaut, mené par le grand Général Jedi Luminara Unduli. Spécialisées dans les milieux difficiles, les armures Phase II prirent alors des couleurs vertes et des allures de camouflage. Gree et sa 41ème Légion réussirent notamment à établir plusieurs alliances avec des races aliens du simple fait que le commandant connaissait les langues indigènes.

En -21, les membres des bataillons Sarlacc de la 41^e légion d’élite furent piégés sur Dinlo par les séparatistes. Ils furent sauvés par la compagnie Improcco et le Sans-peur qui les évacua sous la direction d’Etain Tur-Mukan. A la suite de cette bataille, la 41^e fut la première a bénéficier d’une permission de quelques jours sur Coruscant.

Cette légion fut fortement présente durant la fin de la Guerre des Clones. On la retrouva sur la planète Kashyyyk où elle utilisa des AT-RT et des Juggernauts pour combattre les Séparatistes. L’exécution de l’Ordre 66 prit tout son sens avec cette légion qui dut alors exterminer trois éminents maîtres Jedi : Yoda, Luminara Unduli et Quinlan Vos.

La 41 ème légion d'élite regroupe les:

• Clones conducteurs d'AT-RT
• Soldats clones scout
• Compagnie Improcco
• Bataillons Sarlacc