Lorsque la bataille de Geonosis marqua le début de la Guerre des Clones, Kal Skirata vit ses ARC Nulls et ses commandos déployés sur place. La victoire acquise pour la République, les clones furent rapatriés sur Coruscant en attente d’affectation. Vivant très mal cette période de latence, les Nulls prirent contrôle des baraquements en signe de protestation. Kal Skirata, redevenu simple citoyen, fut contacté par Iri Camas et dépêché sur place afin de calmer ses hommes. Il accepta à deux conditions : être réintégré dans la Grande Armée de la République en tant que sergent, et ne donner aucune sanction aux Nulls. Le maître Jedi accepta.
Au cours de la première année du conflit, une prise d’otage eue lieu au spatioport de Coruscant, dont l’une des personnes séquestrées se trouva être un sénateur. Skirata fut missionné sur place en qualité de conseiller en sécurité en compagnie d’Ordo et du maître Jedi Kaim. Au spacioport, il retrouva les membres de l’escouade Omega. Au cours des négociations, le maître Jedi fut tué par les preneurs d’otage, laissant à Skirata et ses clones le soin de gérer la situation. Lorsque les terroristes demandèrent des vivres, Kal se proposa pour les livrer et fut lui aussi pris en otage. Il voulait ainsi transmettre par oreillette le maximum d’informations possible à son équipe. Peu de temps après, les commandos firent irruption dans la pièce et éliminèrent l’ensemble des preneurs d’otage. Satisfait, Skirata s’éclipsa et disparut dans la foule.
Près d’un an après le début du conflit, plusieurs attaques terroristes ciblant spécifiquement des membres de la GAR se produisirent sur Coruscant. Déployé sur place pour constater les dégâts, Kal Skirata souhaita mener une opération personnelle plutôt que de laisser les Forces de Sécurité de Coruscant gérer les incidents. Il persuada Arligan Zey de mener une action officieuse et rapide afin d’éliminer la cellule terroriste et recruta les différents membres de son équipe : Walon Vau, les escouades commando Delta et Omega, les Nulls Ordo et Mereel, ainsi que les Jedi Etain Tur-Mukan et Bardan Jusik qu’il ne considérait pas mauvais car ils se souciaient réellement des soldats clones.
L’examen du dernier site d’explosion permit de remonter la piste d’un trafiquant d’explosifs en direction de Coruscant. Kal envoya l’escouade Omega l’intercepter et le soumettre à Vau pour interrogatoire. Pendant ce temps, il joua de ses anciens contacts afin de persuader Qibbu, un hutt lui devant de l’argent, d’utiliser son établissement comme base d’opération. Avec l’aide de Mar Rugeyan, il permit à de nombreux clones d’avoir une permission de repos sur Coruscant, favorisant l’anonymat des membres de son équipe.
Ordo ayant réuni une grande quantité d’explosif militaire, Skirata annonça via Qibbu qu’il cherchait à vendre cette marchandise. Rapidement, il fut contacté par la cellule terroriste séparatiste qui organisa un premier rendez-vous public pour attester de la marchandise. Les membres de la cellule furent ainsi identifiés et pistés dans Coruscant. Un large réseau terroriste se révéla alors aux yeux de l’équipe, dont des taupes au sein même du Centre logistique de la GAR. Skirata fut contacté quelques jours plus tard par Perrive, le leader de la cellule terroriste. Un lieu de rendez-vous fut convenu pour la livraison. En accord avec Jaller Obrim, Skirata et son équipe éliminèrent les terroristes sur place tandis que les Forces de Sécurité de Coruscant se chargeraient du reste du réseau. Cette attaque à grande échelle permit l’élimination ou la capture d’une centaine de terroristes.
A la fin de la mission, Kal apprit d’Etain qu’elle était enceinte de Darman. Cette nouvelle le mit dans une colère noire, car la Jedi avait privé le clone de cette décision. Il accepta néanmoins de l’aider à condition de pouvoir élever l’enfant comme un mandalorien, ce qu’elle accepta. Il apprit juste après d’Ordo que Mereel avait retrouvé la trace de Ko Sai, la scientifique kaminoenne qui avait souhaité éliminer les Nulls qu’elle jugeait défectueux. Kal décida de se lancer à sa poursuite avec ses soldats.
Quelques mois après cette mission, Kal, Ordo et Mereel retournèrent sur Kamino et partirent à la recherche de la scientifique Kaminoenne Ko Sai, afin de trouver un moyen pour arrêter le vieillissement accéléré des clones. Ils récupérèrent également une conversation troublante entre Lama Su et Palpatine, parlant d’une production de clones sur Centax-2 et de l’arrêt de la production kaminoenne.
Peu de temps après avoir fait l'acquisition d'un vaisseau submersible, Kal fut contacté par l'escouade Delta qui lui demanda d'aller au secours de Walon Vau, tombé dans une crevasse de glace après un cambriolage de banque sur Mygeeto. Grâce à leur nouveau vaisseau, lui et Ordo purent approcher du Mandalorien naufragé par la mer avant de se frayer un chemin dans la glace, ce qui leur permit de sauver Vau. En remerciement, ce dernier leur confia la quasi-totalité de son butin afin d'assurer les recherches de Kal pour préserver les clones du vieillissement accéléré. Suite à cela, Kal adopta officiellement Ordo comme son fils.
Rapidement, ils retrouvèrent la trace de Ko Sai dans une base sous-marine sur une planète touristique, et Kal prit d'assaut la cachette de la Kaminoenne avec Mereel, se trouvant forcé d'éliminer les gardes mandaloriens de cette dernière. Il parvint ainsi à capturer la scientifique qu'il ramena sur Mandalore afin de travailler sur le vieillissement des clones. Kal apprit ensuite que Fi allait être euthanasié et demanda à son ami Jaller Obrim d'exflitrer le clone, que Besany Wennen avait réussi à protéger des droides médicaux en se barricadant dans la chambre de Fi.
Suite à la naissance de Venku Skirata, le fils d'Etain et de Darman, il loua un appartement à Laseema sur Coruscant pour qu'elle s'occupe de l'enfant, car Etain ne désirait pas renoncer à son poste de général. Peu après, Kal adopta officiellement les Nulls et l'escouade Omega.
Il confia ensuite le soin à Jaing et Mereel de leur trouver davantage de fonds pour leurs recherches sur le vieillissement accéléré des clones. Ceux-ci utilisèrent les informations données par Besany au sujet du Trésor de la République pour piller les multiples comptes du gouvernement galactique. Mais les diverses manipulations des clones se mêlèrent aux intrigues des Gurlanins et firent accuser une collègue de Besany, Jilka Zan Zentis.
Par la suite, Kal se mit à échafauder divers plans pour assurer la survie de son clan, notamment pour faire déserter un maximum de ses clones de l'armée et les faire vivre sur Mandalore, où il essaierait de stopper leur vieillissement avec les fonds volés et les divers scientifiques récupérés. Il finit également par apprendre à Darman l'existence de Venku, ce qui eut pour effet de provoquer la colère du commando envers Skirata, mais ils réussirent malgré tout à régler ce différend.
Peu avant la fin de la guerre, les Séparatistes menèrent un assaut d'envergure sur la capitale de la République, et Kal comprit alors que le moment de leur désertion approchait à grands pas. Il décida d'organiser la libération de la scientifique Ovolot Qail Uthan, que l'escouade Omega avait contribué à emprisonner, afin d'obtenir une scientifique capable de travailler sur les recherches de Ko Sai. Au cours du raid sur le Centre Valorum, le commando récupéra au passage Arla Fett, la soeur perdue du célèbre Jango Fett. Skirata fit également évader Jilka Zan Zentis pour Besany, et Ruusan, sa fille biologique, des prisons républicaines.
Quelques temps après la bataille de Coruscant, Skirata et ses clones furent engloutis dans la terreur de l'Ordre 66, au cours de laquelle les clones reçurent l'ordre d'éliminer les généraux Jedi. Kal s'impliqua lui-même en allant chercher Etain afin qu'elle puisse rejoindre une zone sûre pour quitter la capitale, mais elle fut prise dans une escarmouche entre des clones et de jeunes Jedi fuyards sur le Pont Shinarcan. En voyant Etain se faire tuer par un autre Jedi en sauvant la vie d'un clone, Kal laissa sa rage éclater et se précipita dans la bataille avec pour but d'éliminer tous les Jedi qu'il aurait dans sa ligne de mire. Au cours de cette même escarmouche, Kal assista impuissant à la chute de Niner et à la décision de Darman de demeurer à ses côtés. Skirata fut alors contraint par Obrim et Ordo de fuir Coruscant avec ce qui restait du clan et les récentes évadées de prison, et il organisa ensuite une cérémonie Jedi en l'honneur d'Etain, l'adoptant comme sa fille malgré la situation. Il décida ensuite d'élever lui-même Venku du mieux qu'il pourrait.
Suite à l'ordre 66, Kal s'installa à Kyrimorut sur Mandalore, en compagnie de ceux qui avaient réussi à déserter. Mais un jour, Nyreen Vollen lui ammena deux réfugiées très singulières, puisqu'il s'agissait de deux Jedi. La première était la jeune Scout, et la seconde était Kina Ha, une Kaminoenne dotée d'une vie exceptionnellement longue. Malgré sa haine des Jedi et des Kaminoens, la ressemblance de Scout avec Etain et la valeur scientifique de Kina Ha suffirent à convaincre le clan de les garder sur Mandalore. Suite à de nombreuses discussions concernant l'utilisation de l'argent récupéré par Jaing, les études scientifiques d'Uthan et les dernières informations sur l'Empire, Kal et les siens mirent au point un plan pour exfiltrer Niner et Darman de l'armée Impériale. Dans le même temps, Mandalore fut dans le colimateur de Palpatine en raison des ressources en Beskar de la planète et de la menace potentielle que représentait les nombreux guerriers Mandaloriens. Sachant cela, le Mandalore Fenn Shysa tenta de recruter Kal pour l'aider dans sa lutte inévitable contre l'Empire, mais Kal préféra s'occuper de mettre en sûreté son clan. Cette période très 'familiale' du clan Skirata ne manqua pas de rapprocher Kal et Nyreen Vollen qui n'étaient pas indifférents l'un à l'autre. Le Mandalorien dirigeait son important réseau depuis Mandalore, coordonnant les nombreuses missions des clones visant à assurer l'avenir de ces derniers.
Lorsque l'Empereur libéra le virus FG36 créé par le docteur Uthan sur Gibad, la planète natale de cette dernière, Kal décida de créer un antigène et de le diffuser sur Mandalore afin d'éviter un nouveau génocide sur sa propre planète. Il aida également Mij Gilamar à convaincre la scientifique de créer l'antigène plutôt que de diffuser le même virus sur Coruscant par vengeance. Malgré de nombreux préparatifs, Ordo revint sur Mandalore sans Niner et Darman, mais Kal ne lui en tint pas rigueur en affirmant qu'Ordo ne pourrait jamais le décevoir. Lorsque Jaing termina l'analyse de la puce récupérée par Niner et Darman et confiée par Jaller Obrim à Ordo, il apparut que Nyreen était considérée comme une sympathisante Jedi et recherchée au même titre que les déserteurs clones et les Jedi, ce qui ne laissa pas Kal indifférent, qui commença à envisager l'option du mariage, surtout avec l'insistance d'Ordo. Cependant, lorsque Ny demanda à Kal s'il devait choisir entre des clones et des Jedi comme ceux qu'il lui arrivait de sauver, il répondit fermement qu'il ne choisirait que le clone. Kal se mit malgré tout en quête du Maitre Djinn Altis afin de se débarrasser civilement des Jedi qui avaient trouvé refuge sur Mandalore via le réseau de désertion des clones. Cependant, le fait d'avoir accepté des Jedi à Kyrimorut malgré sa haine de ces derniers montrait un net changement dans la personnalité de Kal, et cet aspect ne manqua pas de faire partie des raisons qui valurent à Darman de perdre sa confiance en Skirata. Le Mandalorien parvint finalement à trouver la trace d'Altis et put enfin se débarasser des Jedi, excepté Scout, qui secondait Uthan et qui s'était attachée à Mij Gilamar, et Jusik, que Kal avait adopté.
Bien des années plus tard, Taun We apprit à Boba Fett que Skirata avait retrouvé Sai et qu'elle s'était pendue, il aurait ensuite utilisé les données de la scientifique pour arrêter le processus de vieillissement pour au moins un des clones.
En effet, Jaing était présent au cours de la seconde guerre civile pour aider Boba à surmonter la dégénérescence de son corps de clone, ainsi que Venku, fils de Darman et Etain. Bien évidemment, Kal Skirata lui-même était mort depuis de nombreuses années.