L’escouade Omega était au moins aussi célèbre que l’escouade Delta. Elle avait la particularité de ne regrouper que des commandos survivants d’autres unités sur Geonosis alors que les autres groupes avaient été entraînés ensemble.
Composée de RC-1136 « Darman » de l’Escouade Théta , de RC-1309 « Niner » de l’Escouade Lambda , de RC-3222 « Atin » de l’Escouade Prudii et de RC-8015 « Fi » de l’Escouade Teroch , l’unité Omega participa à différentes missions capitales qui la conduisirent de Quiilura à Coruscant en passant par Fest et le Secteur Corellien.
Les commandos se perfectionnèrent dans l’art du sabotage grâce à l’enseignement reçu par le clone ARC-Null N-5 « Prudii ».

Trois mois après l’éclatement de la Guerre des Clones lors de la Bataille de Géonosis, la République découvrit l’existence d’un laboratoire de recherches qui développait un nanovirus anti-clones sur Qiilura, une planète de la Bordure Médiane. L’escouade Omega se vit alors confier sa première mission. L’ordre de mission consistait à saboter le complexe de recherches séparatiste et à arrêter le scientifique responsable du projet, le Dr. Ovolot Qail Uthan. Auparavant, l’Ordre Jedi avait déjà envoyé deux de ses membres sur place : le Maître Jedi Kast Fulier, et son apprenti Etain Tur-Mukan. Ainsi, l’escouade Omega fut envoyée sur Qiilura. À leur arrivée sur la planète, l’escouade se retrouva séparée d’un de ses membres. Darman n’avait pas atterri au même endroit que le reste de ses frères d’armes, et était blessé. Au sol, il fit la connaissance de la Padawan Etain Tur-Mukan, qui ignorait alors l’existence d’une armée de clones combattant au nom de la République. Tur-Mukan vivait cachée, à la suite de la capture de son maître, et Darman avait toujours des objectifs de mission à remplir. Ils s’accordèrent alors pour travailler ensemble, puis firent la rencontre de Jinart, un Gurlanin. Celui-ci s’avéra être d’une aide précieuse, puisqu’il collecta des informations et fit office d’intermédiaire entre Darman et le reste de l’escouade Omega, jusqu’à pouvoir les rassembler. Une fois réunie, l’escouade Omega put remettre sa mission en route.

Avant de passer à l’attaque, Niner fut chargé d’infiltrer un droïde minier truffé d’explosifs à l’intérieur du centre de communications de Teklet, car les Neimoidiens avaient entravé toute communication sur la planète, ne laissant à l’escouade Omega qu’une portée de comlink de dix mètres. La station de communications fut détruite, et les communications furent restaurées. Cependant, il restait un obstacle de taille à éliminer. Le Dr. Uthan avait préalablement demandé le renfort d’une centaine de droïdes de combat, craignant l’arrivée de soldats de la République. C’est donc Jinart qui se chargea de placer des charges explosives dans le sous-sol du manoir de Lik Ankkit, détruisant ainsi le manoir et la garnison de droïdes qu’il abritait. L’attaque pouvait commencer. L’escouade se rassembla et investit les lieux. Niner, Fi, et Etain établissaient une couverture, pendant que Jinart, Darman, et Atin infiltraient les lieux. Les officiers Séparatistes présents dans le complexe furent neutralisés, Darman et Atin détruisirent le virus et capturèrent le Dr. Uthan. Une fois à l’extérieur, l’escouade Omega et son prisonnier se dirigea vers le point d’extraction où une canonnière TIO/BA les attendait. Cependant, le capitaine Hurati, qui s’était libéré du complexe, les poursuivit et s’attaqua à l’escouade. Atin et Uthar furent blessés, mais Darman parvint à éliminer le capitaine Séparatiste. Mais un danger supplémentaire se révéla. Le Mandalorien Ghez Hokan les attaqua, et Etain arriva juste à temps pour l’empêcher de tuer Niner. L’escouade Omega pu enfin rallier la canonnière et s’enfuir. La mission était accomplie.

Des mois plus tard, alors que l’escouade Omega était stationnée aux baraquements de la Compagnie Arca sur Coruscant, un groupe terroriste assiégea un spatioport local, prenant des civils en otage. L’escouade Omega fut appelée à l’aide afin de régler la situation avec le moins d’effusion de sang possible. Avec l’aide de Kal Skirata, et du capitaine Ordo, l’escouade se rendit sur place. Souhaitant prendre d’assaut les terroristes, l’escouade Omega due d’abord laisser le maître Jedi Kaim tenter l‘approche diplomatique. Cependant, les négociations furent un échec et les preneurs d’otage leur livrèrent le corps du Jedi. Apercevant que ce dernier était piégé, Fi se jeta s’en hésiter sur l’explosif afin de protéger le personnel alentour. Son armure absorba le choc et l’escouade décida de passer à l’action. Avec Kal Skirata et Ordo, ils menèrent une intervention éclair permettant l’élimination des terroristes et le sauvetage des otages.

C’est n’est que bien plus tard, au dixième mois de la guerre, que l’escouade Omega reçut une nouvelle mission. La planète gelée Fest, dans la Bordure Extérieure, avait été choisie par la CSI pour établir un centre de recherches qui développait un alliage de phrik, un composé métallique rare, aussi appelé « supermétal ». Leur mission était simple : détruire le centre de recherches. La mission fut un succès.

Mais l’escouade Omega fut à nouveau appelée à remplir son devoir, cette fois-ci sur la voie Perlemienne, à l’intersection corellienne de la voie hyperspatiale. La guerre était déjà commencée depuis environ cinq mois, et l’escouade Omega fut chargée de retrouver la trace de plusieurs terroristes Séparatistes. L’objectif principal des Omega était un cargo Gizer L-6, un transport civil, qui avait quitté Cularin pour se rendre sur Denon, n’ayant d’autre choix que de traverser l’hyperespace Permelien Corellien, près du système Kelarea. Les commandos furent embarqués à bord d’un VIT Z590/1, un vaisseau d’interdiction du trafic utilisé par la Grande Armée, en attente de la cible. Lorsque la cible émergea de l’hyperespace, l’assaut fut lancé, et l’escouade Omega aborda le cargo. Cependant, il s’agissait d’un leurre. Aussi un deuxième cargo Gizer L-6 émergea-t-il de l’hyperespace et le VIT tenta de l’arrêter. Après des échanges de tirs, le VIT appréhenda le cargo et l’escouade Omega s’infiltra à bord.

Une fois à bord, le commando se chargea de sécuriser la cabine, faisant deux prisonniers. Cependant, il survint un imprévu. Leur VIT fut pris pour cible par un cargo civil républicain du nom de Cristal Nova. En réalité, la mission des Omega était secrète, et l’assaut du cargo avait été considéré comme une attaque par le Cristal Nova, qui fit feu sur le VIT et le détruisit, tuant le pilote à bord, le clone trooper CT-1127/549 « Sicko », ainsi que les deux prisonniers. De plus, la coque du VIT avait subi de lourds dommages qui avaient provoqué la décompression du sas. La situation était délicate, car les armures Katarn Mark III des commandos Omega ne leur permettaient pas de survivre longtemps dans le vide spatial. Peu importait les obstacles, l’escouade Omega maintint la mission et sécurisa l’habitacle de commande du cargo, capturant les derniers terroristes à bord : deux Nikto, un M’truli, un Gysk, et un Humain. La cible avait été appréhendée, et il fallait maintenant à l’escouade Omega se sortir de là avant que la brèche dans la coque ne cède davantage. L’escouade envoya un signal Red Zero, une demande d’extraction immédiate. L’appel fut entendu, et ce sont le Star Destroyer classe-Acclamator Audacieux et l’Escouade Delta qui vinrent au secours des hommes de l’escouade Omega. Les premiers arrivés furent les hommes de l’Escouade Delta, qui évacuèrent l’escouade Omega du vaisseau endommagé, pendant que l’Audacieux combattait un vaisseau de combat Neimoidien qui avait intercepté le signal émis. L’escouade Omega avait accompli une nouvelle mission.

Note: l'image ne représente pas nécessairement l'escouade Oméga, c'est un concept art mis ici dans un but uniquement illustratif.

De retour sur Coruscant, les deux escouades furent recrutées par Kal Skirata pour une mission secrète. En effet, la République avait découvert qu’une cellule terroriste séparatiste opérait sur Coruscant et menaçait les troupes de la GAR.  L’objectif de mission consistait tout simplement à détruire le réseau terroriste, mais pour cela, l’escouade Omega devrait opérer en dehors de la chaîne de commandement habituelle, loin des regards indiscrets. Le sergent Kal Skirata fit jouer ses relations pour obtenir une base d’opérations dans une cantina de Coruscant tenue par un Hutt qui lui devait une faveur. Une fois le matériel de surveillance installé, les hommes furent divisés en plusieurs groupes. Lorsque l’identité du fournisseur en armes des terroristes séparatistes fut découverte, l’escouade Omega se chargea de le neutraliser, tandis que le sergent Skirata créait une affaire factice de trafic d’armes destinée à attirer les terroristes. Le piège fut efficace et les terroristes mordirent à l’hameçon. Une rencontre fut arrangée, durant laquelle les escouades Delta et Omega positionnèrent des transmetteurs sur le leader des terroristes, Perrive, et sur ses six hommes, dans le but d’épier leurs moindres faits et gestes. La reconnaissance était lancée.

Durant leur reconnaissance, Fi (commando de l’escouade Omega), et 07 (commando de l’escouade Delta), appréhendèrent une employée logistique de la GAR du nom de Vinna Jiss, qui travaillait secrètement avec un terroriste Séparatiste Falleen. Celle-ci fut soumise à un interrogatoire, puis jetée d’un balcon des buildings coruscantis. Disposant de nouvelles informations, le capitaine Ordo décida de surveiller le quartier général sous l’identité du trooper clone Corr. Après réflexion, son attention se porta sur une employée du nom de Besany Wennen. Et son instinct ne l’avait pas trompé, puisqu’il découvrit que Besany était en contact avec Vinna Jiss, qui contre toute attente, était toujours en vie. Face à cette découverte, Ordo demanda l’aide du Chevalier Jedi Etain pour capturer Jiss et Wennen. Ensemble, ils parvinrent à maîtriser les suspects, et ils découvrirent que l’actuelle Vinna Jiss était en fait Jinart qui, grâce à son caractère polymorphique naturel, avait prit la forme de Jiss, qui était bel et bien morte. L’équipe interrogea donc leur ancien allié Gurlanin, et parvint à obtenir la localisation de la planque des terroristes. À ce moment, Skirata décida qu’il était temps de frapper. Il arrangea une date de livraison avec Perrive, pendant laquelle les escouades Delta et Omega neutraliseraient les activités terroristes.

Après que le rendez-vous eut été arrangé, un imprévu survint. L’un des hommes de Perrive avait été arrêté par les FSC, et les terroristes commencèrent à paniquer. Perrive décida d’avancer la date de livraison, et prévint Skirata qu’il serait absent lors de la transaction. Skirata révisa son plan et ordonna à Etain et Walon Vau d’assassiner Perrive pendant que les deux escouades s’occuperaient de autres terroristes. Perrive fut éliminé, et les commandos abattirent quinze terroristes sur vingt-six. Le reste des Séparatistes battit en retraite dans un entrepôt, où ils préparèrent un dernier subterfuge afin de piéger les escouades. Après un échange considérable de tirs, les terroristes furent tous éliminés, et Darman s’en sortit avec une simple blessure. Le reste de l’opération anti-terroriste fut confiée aux FSC, et les escouades Delta et Omega rentrèrent à leur base d’opérations, où ils fêtèrent leur victoire. Une nouvelle mission était accomplie.

RC-3222 « Atin » accompagna le soldat ARC N-5 « Prudii » sur Olanet pour une nouvelle mission de sabotage. Ils devaient saboter une usine de production de droïdes de combat séparatistes. Ensemble, ils furent déposés sur Olanet, et infiltrèrent l’usine séparatiste. Une fois à l’intérieur, Atin et Prudii piratèrent les commandes de la console principale du complexe, et programmèrent le système pour qu’il introduise dans les droïdes de combat un alliage de carvanium, un métal qui affaiblirait grandement leur carrosserie. La manœuvre passa inaperçu aux scans des contrôleurs. Ils collectèrent ensuite des informations des banques de données de l’usine et quittèrent la planète. À son retour au quartier général, Atin conta aux hommes de l’escouade Omega son aventure et ce qu’il avait acquis de son expérience avec Prudii.

L’escouade Omega reçut un nouvel ordre de mission. Celui-ci concernait une planète de la Bordure Extérieure du nom de Gaftikar. Cette planète était partagée entre l’espèce humaine et l’espèce Marit. Les humains traitaient les Marits comme des citoyens de seconde zone, et cette fracture profita à l’invasion des Séparatistes, qui se rangèrent aux côtés des humains, alors que la République soutenaient les Marits. L’objectif de l’escouade Omega était de former un groupe de rebelles locaux qui luttaient contre le nouveau gouvernement séparatiste. Une fois sur place, l’escouade Omega fit la rencontre du soldat ARC A-30 « Sull » pendant une mission de reconnaissance. Celui-ci avait été porté disparu quelques semaines auparavant, et s’était installé en ville. Sull avait dû rester caché pour ne pas éveiller les soupçons, et ainsi lorsque les Omega l’emmenèrent à leur base, ils durent envoyer Darman effacer toute trace de son existence. Il se rendit donc à son appartement, où il tomba sur deux assassins clones qui le prirent immédiatement pour cible. Il parvint à les maîtriser, malgré le choc de cette découverte. Des clones avaient tenté d’éliminer leurs frères, et Darman avait du mal à le croire. S’ensuivit une bataille à la surface de la planète, dans laquelle les soldats clones sous le commandement du Général Jedi Mas Missur affrontèrent les forces Séparatistes pendant que les Marits reprenaient du terrain. Dans la bataille, le commando Fi fut sévèrement blessé, et il finit dans le coma. Dévasté par cette nouvelle, Kal Skirata et Besany Wennen confièrent Fi aux soins du Chevalier Jedi Bardan Jusik. L’escouade Omega comptait une première perte, et intégra ainsi CT-5108/8843 « Corr » en remplacement.

Proche de la fin de la guerre, la République souffrit de nouvelles attaques. Sur la planète Haurgab, les rebelles Maujasi s’attaquaient aux convois de ravitaillement de la République à destination de Hadde. Afin de mettre un terme à ces attaques, la République détacha l’escouade Omega afin d’éliminer le leader des rebelles, Jolluc, leader des clans Mauja. Une fois sur place, l’escouade Omega étudia un raid des rebelles sur un convoi afin de connaître l’ennemi. Une fois prête à l’action, l’escouade passa à l’attaque, et le commando Corr parvint à abattre le leader rebelle d’un tir dans la tête. Cependant, il y eut un imprévu. L’Intelligence les avait renseignés sur les effectifs rebelles, mais s’était de toute évidence trompée puisque une force d’assaut rebelle bien plus importante attaqua l’escouade Omega. Face à cet assaut, l’escouade Omega fut contrainte de battre en retraite au sommet d’une falaise, où il y eut de violents échanges de tirs. Heureusement, le capitaine Maze avait entre-temps ordonné l’envoi d’une canonnière TIO/BA afin de récupérer ses hommes. L’escouade Omega avait rempli une nouvelle mission.

À peine sortie de l’enfer d’Haurgab, l’escouade Omega, de retour de mission, fut prit au cœur de la Bataille de Coruscant. Malgré l’abondance des vaisseaux Séparatistes, et les intenses combats, leur vaisseau parvint à rejoindre l’atmosphère de la planète. Cependant, un chasseur droïde les avait pris en chasse en orbite et ils furent abattus durant leur descente. Leur vaisseau atterrit en catastrophe. Une fois au sol, l’escouade Omega rallia l’escouade Yayax et aida à la défense du siège HoloNet News and Entertainment. Quelques temps après, l’ordre 66 était donné, auquel l’escouade Omega ne répondit pas. La Guerre des Clones était finie, et la République laissait place à l’Empire Galactique et à son règne de terreur…