Au cours de la guerre des clones, Gilamar exerça en tant que consultant auprès de la GAR tout comme ses collègues Kal Skirata et Walon Vau. Durant cette période, il récupéra notamment différents équipements médicaux et scientifiques qui furent installés à Kyrimorut, la demeure du clan Skirata. Vers la fin de la guerre, il assista Skirata dans sa quête pour stopper le vieillissement accéléré des soldats clones. Au cours de ses recherche, il rencontra le docteur Reye Nenilin qui le compara à Démagol, un ancien scientifique Mandalorien fou de grand talent ce qui déplut beaucoup à Gilamar. Il aida également Fi Skirata à reprendre ses aises dans la société, tout comme l'ex-Jedi Bardan Jusik. A la proclamation de l'ordre 66, il déserta l'Empire naissant en compagnie du clan Skirata pour rejoindre Mandalore.
Il passa beaucoup de temps avec le docteur Uthan sur les recherches pour le vieillissement accéléré et finit par avoir des sentiments amoureux à l'égard de l'ancienne séparatiste. Lorsque la réfugiée Jedi 'Scout' arriva sur Mandalore, il finit par avoir une affection presque paternelle avec la jeune fille, car elle passait beaucoup de temps dans le laboratoire avec Uthan.
Après l'attaque de Palpatine sur la planète natale de Uthan par son propre virus, Mij resta aux côtés du docteur pour supporter cette épreuve puis l'aida à préparer la contre-mesure au nano-virus pour protéger la population de Mandalore. Après ce travail commun, le Mandalorien avoua ses sentiments à la scientifique.
Lorsque vint le moment où Scout devait quitter Mandalore, elle demanda à rester avec Uthan et Gilamar, ce qui fut accepté après que le Mandalorien eut intercédé en sa faveur auprès de Kal Skirata.
Mij aida également par la suite les membres du clan Skirata à propager l'antivirus rapidement à la population de Mandalore. A cette occasion, il aperçut alors les anciens Cuy'val dar Dred Priest et Isabet Reau qu'il méprisait depuis Kamino et qui travaillaient avec la force d'occupation impériale, et sa haine pour eux fut décuplée en remarquant le symbole de la Death Watch sur l'armure des deux Mandaloriens. Il attira Priest dans une ruelle et apprit que la Death Watch était toujours en service et qu'ils n'avaient pas l'intention de rester tranquille. Ne pouvant laisser une telle folie avoir lieu, il élimina Priest en lui coupant l'artère fémorale, avant de le balancer dans la rivière avec l'aide de Ordo Skirata afin de retarder le moment où Isabet Reau retrouverait son équipier.