Le Capitaine Rex a besoin de la Bad Batch ! Son ami Gregor a lancé un signal de détresse sur Daro et il est urgent d’aller récupérer le clone, même si aucune information supplémentaire n’est disponible sur les circonstances ayant amené à sa mise en danger.

Sur place, Hunter trouve la trace de ce fameux clone qui les mène jusqu’à un complexe militaire caché dans une montage. Avec Echo et Tech, il monte au sommet de ce relief pour constater que la base impériale abrite des Clones commandos et des soldats de l’armée régulière possédant un toute nouvelle armure. L’opération d’exfiltration paraît donc extrêmement compliquée mais Echo rappelle a ses compagnons qu’ils n’ont pas hésité à venir le libérer sur Skako Minor alors que la situation était tout aussi périlleuse.

Une fois à l’intérieur, Echo découvre dans la base de données du complexe que les nouveaux soldats qui occupent cette base secrète ont comme code d'identification TK, une matricule jusqu'ici inconnue par Tech. Ils parviennent malgré tout à sortir Gregor de sa cellule mais l'alarme se déclenche lorsque Tech entre un code dans un terminal pour pouvoir quitter les lieux sans être repérés. Gregor leur explique alors que les codes appartenant aux clones ne sont pas utilisés sur cette base et, suite à un premier affrontement contre ces nouveaux soldats, les membres de la Bad Batch comprennent enfin qu’ils n’ont pas affaire à des clones mais à des recrues ayant fait allégeance à l’Empire. Des troupes que les Clones Commandos, dont Gregor avant qu’il ne déserte, ont la charge de former pour remplacer la Grande Armée de la République.

Si ces nouveaux soldats ne sont pas des mieux entraînés, leur grand nombre complique considérablement la tâche de la Bad Batch et l’exfiltration de Gregor semble très compliquée. Heureusement, Wrecker et Omega restés en arrière parviennent à approcher le Havoc Marauder assez prêt du complexe militaire pour faire embarquer le prisonnier libéré ainsi que Tech. Mais leur vaisseau est touché par des chasseurs V-Wings et Omega doit connecter le droïde Gonky pour stabiliser l’alimentation du Marauder. Lors d’un deuxième passage près de la base, Echo peut cette fois-ci embarquer à bord du vaisseau mais il est malheureusement trop tard pour Hunter qui tombe de la falaise.

Il ordonne alors à ses camarades de quitter immédiatement la planète sans se préoccuper de son sort et, malgré les protestations d’Omega, il se rend aux troupes impériales qui l’ont rapidement retrouvé. Lorsque Crosshair est informé qu’un de ces anciens camarades a été fait prisonnier il se dirige immédiatement sur Daro pour lui rendre visite dans sa cellule.

Au même moment, Kamino est évacué par l’Empire. Pas un seul clone ne doit rester dans le Complexe Militaire de Tipoca City puisque les impériaux ont annulé tous les contrats avec les Kaminoens. Le Premier Ministre Lama Su craint cependant que les impériaux ne se contenteront pas de quitter les lieux mais qu’ils ont en tête de détruire les installations de clonage pour que d’autres clients ne puissent en profiter.

Nala Se est alors chargée de rassembler tous les employés essentiels à la production de clones et de les faire quitter la planète discrètement. Mais la scientifique est rapidement repérée par les forces impériales...