La Confrérie des Ténèbres, également appelée l’Armée des Ténèbres, était une organisation Sith dirigée par le Seigneur Kaan au temps des Nouvelles Guerres Sith (2 000 – 1 000 av B.Y.) Créée à la fin du conflit millénaire, elle fut à l’origine d’une vague de destructions extraordinaire.

• Conseil Sith : corps décisionnel de la Confrérie des Ténèbres, constitué de plusieurs Seigneurs Noirs des Sith et du Seigneur Kaan lui-même. 
• Seigneurs Sith : élite issue de l’Académie Sith de Korriban et chargée de mener au combat les armées de la Confrérie des Ténèbres. 
• Adeptes et Acolytes Sith : apprentis Sith dont la formation se déroulait soit à l’Académie de Dathomir, soit à l’Académie d’Iridonia, sous la supervision de Maîtres Sith. 
• Assassins et Espions Sith : Classe d’agents Sith chargés de tuer ou de capturer des Jedi dans le but de supprimer ou de convertir des éléments dangereux. Leur formation se déroulait aux Académies Sith de Umbara, Ryloth et Nar Shaddaa. 
• Guerriers et Maraudeurs Sith : Jedi Noirs spécialisés dans le combat et destinés à affronter directement les Jedi. Leur formation se déroulait aux Académies Sith de Gamorr, Gentes et Honoghr. 
• Infanterie Sith : Force armée constituée d’individus non réceptifs à la Force et constituant le fer de lance de l’armée de la Confrérie des Ténèbres.

Vers 1 010 av B.Y., après plus de neuf siècles de guerre, les Sith se trouvèrent un nouveau leader, le Seigneur Noir des Sith nommé Kaan. Anciennement Maître Jedi, celui qu’on appelait Kaan quitta l’Ordre Jedi pour suivre la voie des Sith dans un seul but : réunir les Sith sous une même bannière. Depuis plusieurs années, les clans Sith issus du Nouvel Empire Sith s’entretuaient dans une lutte féroce pour déterminer un nouveau leader, et Kaan avait compris pourquoi. Après avoir étudié les anciens enseignements Sith sur Korriban, Kaan partit à la rencontre des Seigneurs Sith les plus influents et décida de les réunir. Ensuite, il leur révéla que la seule raison pour laquelle ils échouaient constamment à vaincre les Jedi et la République était la convoitise du titre « Dark ». Ce titre provoquait des rivalités entre les meilleurs Seigneurs Sith et finissaient par déchirer les Sith en plusieurs clans, divisant sérieusement leur puissance. Conscient que l’aide des Seigneurs Sith lui était cruciale, Kaan accorda à chacun d’eux le titre de « Seigneur Noir des Sith ». Une fois les clans Sith réunis, Kaan instaura une politique d’égalité au sein de sa nouvelle organisation. Très vite, deux puissants Seigneurs Sith se démarquèrent de leurs confrères : le Twi’lek Kopecz, et l’Humain Qordis. Tous deux devinrent des proches du Seigneur Kaan et l’aidèrent à consolider leur nouvelle armée de vingt mille guerriers.

En 1 010 av B.Y., l’armée du Seigneur Kaan fit éclater une nouvelle série d’affrontements majeurs connue sous le nom de « Guerre de la Lumière et des Ténèbres ». Déléguant la supervision de son armée à ses deux meilleurs éléments, Kopecz et Qordis, le Seigneur Kaan commença par lancer un assaut sur Korriban, qui était resté sous contrôle de la République depuis plusieurs années. Ainsi, en 1 006 av B.Y., les forces armées de la nouvelle Confrérie des Ténèbres se lancèrent à l’assaut de l’ancien monde des Sith et affrontèrent une armée comptant des milliers de soldats de la République et au moins une centaine de Jedi. À l’issue d’une bataille féroce, les Sith parvinrent à écraser leurs ennemis et à reprendre Korriban.

Cette victoire n’était pas seulement symbolique, mais également pratique, car elle permit de rouvrir les portes de l’Académie Sith de Korriban. La prise de Korriban fut bientôt suivie par l’invasion de la région appelée la Cape des Sith. Chaque victoire renforçait la détermination des Sith de la Confrérie, et attirait de plus en plus d’alliés dans ses rangs, y compris des Jedi.

Cependant, en 1 002 av B.Y., un Jedi du nom de Hoth rassembla une force armée de Jedi et de soldats de la République afin de contre-attaquer. Très vite, l’Armée de la Lumière dirigée par les Seigneurs Hoth et Valenthyne Farfalla se lança à l’assaut de la Cape des Sith et repoussa les Sith hors de leurs frontières. Des planètes comme Dromund Kaas et Malrev IV furent débarrassées de la présence Sith. Cependant, la Confrérie des Ténèbres n’avait pas perdu ces mondes en vain. Les victoires de l’Armée de la Lumière avaient provoqué de nombreuses pertes dans les rangs des Jedi et de la République, et leur armée était désormais en infériorité numérique. Malgré la perte de la Cape des Sith, la Confrérie des Ténèbres ne perdit pas sa détermination et continua son entreprise de destruction sur d’autres mondes tels que Trandosha et Phaseera.

Peu après, Kaan décida d’attirer l’Armée de la Lumière sur un champ de bataille de son propre choix, afin de se débarrasser des gêneurs une bonne fois pour toutes. Le Seigneur Sith décida de déplacer son armée sur Ruusan, une planète dont la République s’était servie pour frapper les bases d’opérations Sith de Kashyyyk. Très vite, la République décida de répondre et envoya une flotte sur place pour reprendre la planète.
 
La Première Bataille de Ruusan fut une victoire écrasante pour les Sith. Supervisant sa flotte depuis son vaisseau-mère, le Crépuscule, Kaan se servit de la Méditation de Combat pour entraver les efforts de la République et des Jedi. Au début, la manœuvre fonctionna, mais bientôt, un Maître Jedi Céréen prit part aux combats en utilisant sa propre Méditation de Combat. Heureusement, le Seigneur Sith Kopecz s’infiltra dans le vaisseau-mère de la République et tua le Maître Jedi, ce qui permit aux forces Sith d’annihiler le reste de la flotte républicaine. Peu après se tint la Deuxième Bataille de Ruusan, au cours de laquelle la flotte de la République tenta vainement de reprendre Ruusan aux mains de la flotte Sith. Vinrent ensuite les batailles de Corulag et de Chandrila, qui se conclurent par des victoires supplémentaires pour les Sith. Mais bientôt éclata la Troisième Bataille de Ruusan, au cours de laquelle l’Armée de la Lumière du Général Hoth se posa à la surface de Ruusan. Les forces Sith étant déjà engagées dans le secteur Bormea, la garnison Sith qui affronta l’Armée de la Lumière fut anéantie. Le Seigneur Sith Kopecz informa le Seigneur Kaan de leur récente défaite, et Kaan retourna sur Ruusan pour préparer sa vengeance. Ce fut l’éclatement de la Quatrième Bataille de Ruusan, au cours de laquelle les forces armées du Seigneur Gale et du Général Kiel Charny détruisirent les défenses anti-aériennes des Sith. Ensuite éclata la Cinquième Bataille, que les Jedi remportèrent en infligeant des milliers de pertes aux Sith. La situation devenait grave pour la Confrérie des Sith, mais tout n’était pas encore joué. La Sixième Bataille de Ruusan fut une victoire stratégique pour les Sith qui, grâce à l’intervention de Dark Bane, anéantirent plusieurs campements Jedi en créant une Tempête de Force. Cette victoire fut suivie de la Septième et dernière Bataille de Ruusan. Lors de ce dernier affrontement, le plus gros des forces de la Confrérie des Sith fut écrasé par les renforts Jedi du Général Farfalla, et le Seigneur Kaan, qui avait perdu la raison depuis quelques temps, décida d’utiliser son arme ultime : la Bombe Psychique. Lorsque le Général Hoth se présenta au Seigneur Kaan en compagnie de quatre-vingt dix-neuf Jedi, Kaan fit sauter sa Bombe de Pensée, et la détonation emporta les âmes de tous les Sith et les Jedi à des kilomètres à la ronde, y compris celles du Seigneur Kaan et du Général Hoth. Ce fut la fin de la Campagne de Ruusan. Une grande partie des renforts du Seigneur Farfalla survécut à la détonation, mais les Sith furent balayés, et ceux qui survécurent s’enfuirent aux quatre coins de la galaxie. Les Nouvelles Guerres Sith prirent fin après mille ans d’affrontements.