C’est à Anakin Skywalker, Général de la Grande Armée de la République, et à sa padawan Ahsoka Tano que l’on doit l’apparition du Y-Wing BTL-B au sein de la flotte de l’Ancienne République. Le binôme Jedi prit en effet possession de ce nouveau type de chasseur depuis les chantiers d’essais de Koensayr Manufacturing situés en orbite de la planète Bormus sans l’entier accord du Conseil Jedi.
Possédant dès lors une puissance de feu supérieure à ce que pouvaient offrir les Intercepteurs Delta-7 ou les V-19 républicains, Anakin Skywalker forma l’Escadron Shadow composé des meilleurs pilotes clones de la Marine Républicaine. Leur mission première fut de traquer le Malveillant, vaisseau capital de la Confédération des Systèmes Indépendants et, surtout, nouvel arme de destruction massive pointée contre le régime républicain.
Consciente du potentiel du Y-Wing BTL-B, l’Ancienne République passa commande de deux séries supplémentaires qu’elle confia à l’Escadron Hunter. Ces bombardiers participèrent notamment à la Bataille de Gwori menée par les Généraux Jedi Plo Koon et Saesee Tiin ou encore à la défense de la Station médicale Kaliida Shoals.
C’est d’ailleurs lors de ce dernier évènement que les Y-Wing BTL-B ont acquis leurs premiers véritables galons en affrontant directement le Malveillant. Lors de cet affrontement, l’Escadron Shadow exploita les possibilités de ses chasseurs, encaissant un nombre incroyable de tirs venus des Chasseurs Vautours DCACV Mark I comme du Malveillant lui-même. Enfin, les clones, à l’image de leur général Anakin Skywalker, utilisèrent les torpilles à protons pour endommager les systèmes d’armement des rayons ioniques du vaisseau séparatiste ce qui causa une surcharge électrique provoquant la fuite du Malveillant, désormais dépourvu de son générateur d’hyperpropulsion et considérablement affaibli.
C'est sous le commandement d'Ahsoka que les Y-Wing participèrent à une mission audacieuse pour forcer le blocus du Ryloth. Ahsoka fit mettre le vaisseau mère de la flotte, le Destroyer Stellaire Venator Résolu, sur le ventre afin qu'il puisse résister aux tirs nourris des Frégates Munificent de la CSI. Ahsoka mena alors son escadron de BTL-B pour détruire les frégates alors qu'Anakin envoya un Destroyer Stellaire Venator endommagé lors de la précédente attaque, se crasher sur le LH-3210 modifié qui commandait le Blocus. La mission fut un succès et ce n'est que grâce à la puissance de feu des BTL-B que le Blocus put être forcé.
Les Y-Wing BTL-B participèrent également à la Bataille de Malastare où la Grande Armée de la République défendait le Palais impérial de Malastare contre l'offensive de la Confédération des Systèmes indépendants. Lorsque le chancelier Palpatine se résolut à employer un Bombe à Electroprotons pour désactiver tous les droïdes, c'est une escoude de Y-Wings qui fut chargée de larguer la bombe.
Dans les années qui suivirent, Koensayr Manufacturing développa de nouveau appareil de type Y-Wing dont les Y-Wing BTL, Y-Wing BTL-S3 ou encore les Y-Wing BTL-A4 également appelés « Long nez » dédiés aux missions de reconnaissance.