La Marine Républicaine, aussi connue sous le nom de Flotte de la République a été fondée plusieurs centaines d’années avant la bataille de Yavin mais ne correspondait en rien à ce qu’elle devient lors de la Guerre des Clones contre les séparatistes. C’est pourquoi il n’est pas non plus faux de dater sa création à la 22ème année avant la bataille de Yavin dans la mesure où sa présence avant cette date était quasi inexistante. La guerre contre les séparatistes permis une amélioration considérable dans l’avancée technologique des vaisseaux républicains et une multiplication des effectifs.

La Marine Républicaine existait en effet déjà à la fondation de la République mais n’avait que peu d’impact sur le territoire républicain dans la mesure où ses effectifs étaient très réduits. Elle assurait la sécurité de Coruscant, intervenait çà et là au gré des difficultés et conflits mais ne pouvait assurer la sécurité totale du territoire. C’est pour cela que les mondes affiliés à la République disposaient chacun de leurs forces défensives.

Lorsqu’advint la Guerre des Clones, tout changea. La marine devint une force de frappe monumentale destinée à faire la guerre et protéger les intérêts de la République.

En effet, face à la nécessité de la Guerre et grâce à la suspecte apparition d’une armée de clones à la disposition de la République, la Marine s’étoffa. Elle bénéficia également des talents des Chantiers Navals de Kuat qui fournirent en vaisseaux neufs et modernes la République, mais aussi des largesses de divers mondes qui n’hésitèrent pas à mettre à disposition leurs propres forces. La République emprunta aussi des vaisseaux à des particuliers en attendant la production des Chantiers Navals.

La Guerre débuta donc sur la planète Geonosis lorsque les Jedi partirent libérer Anakin Skywalker, Obi Wan Kenobi et Padmé Amidala des mains du comte Dooku qu’ils ne parvinrent pas à capturer. Après cela, la Marine républicaine combattit sur tous les fronts dans tous les coins connus de la galaxie pendant plusieurs années lors de batailles plus ou moins décisives. Ses missions étaient de protéger les mondes du noyau, de maintenir la sécurité sur les routes spatiales d’approvisionnement et d’assurer le transport des troupes terrestres.

La guerre s’acheva peu après la mort du comte Dooku lors de la bataille de Coruscant et celle du Général Grievous ainsi que des leaders séparatistes sur Mustafar. La République devenant l’Empire Galactique 19 ans avant la bataille de Yavin, la Marine républicaine se transforma elle aussi en Marine Impériale.

Lors de la Guerre des Clones, la Marine était dirigée par le Haut Commandement de la République en partenariat avec les Jedi qui étaient d’office considérés comme des généraux et organisaient les opérations avec les officiers supérieurs notamment les amiraux.

L’armée était ravitaillée en matériel et vaisseaux par le biais du département naval du bureau des achats de la Défense de la République. C’est eux qui étaient en relation avec les Chantiers Navals de Kuat mais aussi avec Sienar Fleet Systems, Rendili StarDrive, la Corporation d'Ingénierie Corellienne, Subpro Corporation, Incom Corporation et Cygnus Spaceworks. Toutes ces entreprises œuvrant pour l’effort de guerre.

Au début de la Guerre et dans l’attente des premières livraisons de vaisseaux par les Chantiers Navals de Kuat, les navires de la marine, parfois emprunté à des particuliers, transportèrent donc du matériel et des troupes pendant des mois sans soutien logistique. Les mondes républicains fortement défendus et les stations spatiales bien protégées, comme la station Regalia, servaient de dépôts de munitions et de ravitaillement. Lorsqu'il s'agissait de transport de fournitures et de marchandises, les vaisseaux s’organisaient en caravanes pour être moins vulnérables. Seuls les grands convois et les cargaisons de valeur bénéficiaient d’une escorte militaire.

Au plus fort de la Guerre, la Marine était divisée en vingt segments appelés « flottes ». Six d’entre elles étaient assignées à la protection des mondes du noyau. Une rotation était organisée pour permettre les réparations et pour laisser les soldats se reposer. A ces flottes venaient s’ajouter d’autres unités, comme les forces opérationnelles d’Obi Wan Kenobi, d’Anakin ou encore de Kit Fisto, qui étaient plus mobiles.

L’organisation militaire au sein de la Marine était tout ce qu’il y avait de plus classique. On distinguait les soldats des officiers, eux même disposant de grades que l’on s’attend à retrouver dans ce genre de hiérarchie et entrainé dans diverses académies militaires. Il y avait des grands amiraux, des amiraux, des capitaines et autres lieutenants. La particularité était l’adjonction de l’armée de clones qui représentait le gros des troupes dont les membres étaient divisés en unité. Ces derniers intervenants principalement au sol ou dans l’air comme pilotes de chasseurs.

En ce qui concerne les vaisseaux, la République eu besoin de s’équiper rapidement après le déclenchement de la Guerre et elle finit par disposer d’un arsenal varié en la matière. Elle disposait de vaisseaux capitaux tels les croiseurs de classe Acclamator ou les destroyers de classe Venator et même de stations spatiales, souvent médicale mais pas uniquement. La station Regalia servait par exemple à stocker le réapprovisionnement.

Le reste de la flotte était constituée de vaisseaux plus légers comme des transports de troupes, des cargos, diverses navettes et chasseurs à l’image des fameux V-Wing.