La Confédération est née du sentiment indépendantiste des Corelliens aux débuts de l'an +40. Corellia et ses quatre autres mondes voulaient faire sécession et quitter l'Alliance Galactique, tout en conservant les avantages des planètes fédérées. Ne pouvant pas accepter cela, l'Alliance Galactique entreprit plusieurs opérations contre Corellia, dont le désarmement de leur station Centerpoint, puis l'invasion de Tralus.

Thrackan Sal-Solo, alors Ministre de la Guerre, se servit de cette situation pour ses intérêts personnels. Il fut aidé par la Dame Noire des Sith, Lumiya, qui, pour la corruption de Jacen Solo, avait besoin de cette guerre. Quand Aidel Saxan, le Premier Ministre des Cinq Mondes, périt, Sal-Solo prit les rennes du système corellien, et le mena dans une guerre maintenant ouverte contre l'Alliance Galactique. Face à lui, il y avait l'amirale Cha Niathal, la commandante suprême des forces armées de l'AG, et le colonel Jacen Solo, commandant de la Garde de l'Alliance Galactique. Le chef de l'Etat Cal Omas avait perdu tout semblant de pouvoir, avant qu'il ne soit renversé par Solo et Niathal.

Thrackan, quant à lui, fut tué par l'alliance de Boba Fett et Han Solo, mais son oeuvre perdura. Le système correlien tomba entre les mains de Dur Gejjen, un opposant politique à Sal-Solo, mais tout aussi disposé que lui à user de méthodes draconiennes pour vaincre l'Alliance Galactique, comme faire assasiner la reine mère Tenel Ka de Hapes et sa fille Allana. Dès lors, Han et Leia Solo cessèrent de soutenir le régime corellien, alors que ce dernier se trouvait de précieux alliés : les planètes Commenor et Bothawui.

Alors, celle qu'on appellait la Confédération Corellienne devint la Confédération tout court, et son premier acte fut de faire tomber le blocus de l'Alliance Galactique visant la planète Corellia. Par la suite, ils furent rejoints par Fondor, Adumar et Bespin, puis par bien d'autres systèmes, ce qui fit de la Confédération un Etat fédéral officiel.

Dur Gejjen fut assasiné par Ben Skywalker, sous les ordres de Jacen Solo, ce qui plongea la Confédération dans le chaos politique. Tous les premiers ministres des Cinq Mondes ayant été assasinés jusque-là, il n'y eut plus trop de candidats pour le poste. De ce fait, la Confédération fut dirigée un moment par un trimvirat des principaux partis politiques, jusqu'à l'élection de Sadras Koyan comme Premier Ministre des Cinq Mondes et Chef de l'Etat de la Confédération. Mais, étant d'une rare incompétence et mégalomanie, il fut écarté du pouvoir par Denjax Teppler, un membre de son gouvernement, et par Turr Phennir, le commandant suprême des forces de la Confédération.

Mais au fur et à mesure que le conflit durait, les défaites de la Confédération s'enchaînèrent face au fanatisme du dirigeant de l'AG : le Seigneur Sith Dark Caedus. Finalement, quand il fut clair que le Sith était la pire menace pour la Galaxie, la Confédération s'allia avec l'Alliance en exil de Niathal, la Coalition Jedi de Luke Skywalker et les forces impériales alliées de l'amirale Daala pour mettre fin au rêgne de terreur de Caedus. Quand le Sith périt des mains de Jaina Solo lors de la bataille de Shedu Maad, la Confédération, épuisée matériellement, accepta de négocier pour mettre fin à la guerre, mais au final, elle garda son autonomie et resta hors de l'Alliance Galactique.

En +43, le général Turr Phennir, en représentant de la Confédération, se rendit sur Coruscant pour le Sommet de l'Unification.

La Confédération est un Etat confédéré, au même titre que la vieille CSI, Confédération des Systèmes Indépendants. Chaque planète la composant a le droit de vote et participe à l'élection du Commandant Suprême des armées. Le dernier fut le général Turr Phennir, un ancien pilote impérial de la 181ème sous les ordres du Baron Soontir Fel.

Le Chef de l'Etat, en revanche, est le Premier Ministre des Cinq Mondes du système Corellien, et n'est élu que par ses pairs, confirmant la prédominance de Corellia dans la gouvernance de la Confédération. Le Premier Ministre n'était pas un Chef d'Etat à proprement parler, mais seulement un représentant de la Confédération, qui elle était plutôt dirigée par les représentants politiques et les commandants militaires des planètes qui la composaient. Par conséquent, sa politique générale sortie de la guerre était très inconsistante.

La Confédération n'a pas de capitale attitrée, bien que Corellia semble jouer ce rôle. Le commandant suprême Turr Phennir, avec sous ses ordres les commandants suprêmes des planètes confédérées, dirige la totalité des forces armées, qui se composent en grande partie de vaisseaux corelliens et bothans. Les confédérés ont été aussi grandement intéressés par les nouveaux vaisseaux mandaloriens et ont été prêts à négocier pour leurs achats.