En 4 ABY, le Chimaera fut affecté à la protection du chantier de l'Etoile de la Mort. Lors de la célèbre bataille d’Endor qui vit la destruction de la station de combat et la première mort de l'Empereur, le vaisseau perdit tragiquement son commandant. Le capitaine Gilad Pellaeon, un officier ayant servi au cours de la Guerre des Clones, et accessoirement second du navire, prit la tête du croiseur.
La destruction de l'Executor et la perte ou la fuite des Grands Amiraux présents sur place fit du Chimaera le vaisseau amiral de la Flotte Impériale. Voyant qu'il était incapable de retourner la situation, Pellaeon battit en retraite vers le système d'Annaj. Il resta fidèle à Isard, qui avait repris les rênes de l'Empire, jusqu'à la chute du Centre Impérial, qui reprit par la suite son ancien nom, Coruscant.
Le retour du Grand Amiral Thrawn de son expédition aux confins des Régions Inconnues apporta un souffle nouveau aux Impériaux. Le Chiss fit du Chimaera son vaisseau de commandement et de Pellaeon son second. Son nouveau rôle le conduisit au-dessus de Tatooine, lors de l'affaire du Crépuscule des Kiliks, puis plus tard près d'Obroa-Skai, ainsi que sur Myrkr et Wayland, pendant les préparatifs de ce qu'on appellerait plus tard la Campagne de Thrawn.
Le vaisseau participa au cours de celle-ci à la plupart des batailles majeures, comme Sluis Van ou Ukio, ainsi qu'au Raid sur Coruscant, un immense coup de bluff destiné à retarder les préparatifs de la Nouvelle République. Peu de temps après, le Chimaera participa au piège de Bilbringi, qui se conclut de façon tragique pour les Impériaux, Thrawn ayant été assassiné par son garde du corps noghri, Rukh. Le capitaine Pellaeon sonna une nouvelle fois la retraite, la mort dans l'âme.
Pellaeon se rallia peu de temps après à l'Empereur Réssussité, et participa à l'Opération Main de l'Ombre. Malheureusement pour lui, le Chimaera fut grandement endommagé à la bataille de Duro, et il décréta l'évacuation. Le vaisseau fut récupéré par les néo-républicains, qui s'empressèrent de le placer en cale sèche. Il fut très vite réparé et remis en service. Pellaeon le récupéra peu de temps plus tard, avant de se placer sous les ordres du Seigneur de Guerre Teradoc, un incompétent notoire. La mort de celui-ci au Sommet de la Balise de Tsoss fit que Pellaeon se rallia à l'amirale Daala, qui le promut au rang de Vice-Amiral et en fit son second.
Suite à la défaite de celle-ci, Pellaeon devint amiral et prit la tête des Vestiges de l'Empire. Il équipa le Chimaera de modifications telles que l'ordinateur de visée Predictor ou le manteau-bouclier occulteur. Les échecs de ces avancées précipitèrent la défaite impériale. En 19 ABY, les accords de Bastion, qui furent signés à bord du Chimaera par Ponc Gavrisom et Gilad Pellaeon, mirent un terme à la Guerre Civile Galactique.
Pellaeon fut promu Grand Amiral par le Conseil des Moffs et garda les rênes des Vestiges de l'Empire. Lors de l'invasion des Yuuzhan Vongs, le Grand Amiral Leia Organa Solo à bord de son vaisseau-amiral. La fin de la réunion conclut à une coalition des Vestiges de l’Empire et de la Nouvelle République pour combattre ensemble l’envahisseur.
Le Chimaera fut donc en première ligne dans le conflit, notamment lors de la défense du système de Garqi et du monde d’Ithor, qui fut malgré tout anéanti. Au vu de cette défaite, le conseil des Moffs prit la décision de faire revenir la flotte et son Amiral pour une supposée protection. Une décision qui révolta la Nouvelle République mais fut salutaire pour les Vestiges.
Les Yuuzhan Vongs attaquèrent en effet Bastion, la capitale des Vestiges. Le Chimaera et sa flotte tentèrent tant bien que mal de défendre le secteur du Braxant, mais l'ennemi était trop nombreux. Alors que Pellaeon organisait l'évacuation de la planète, un kamikaze vong écrasa son chasseur sur la passerelle de commandement. Le Grand Amiral tomba dans le coma et fut transporté en urgence vers Yaga Minor par un groupe de chevaliers Jedi. Le Chimaera était quant à lui à l'agonie et fut dirigé vers les chantiers de réparation du système. Les réparations s'avérèrent extrêmement conséquentes, et le vaisseau ne fut pas réhabilité avant la fin de la guerre, Pellaeon le remplaçant par un autre destroyer, le Right to Rule.
Il fut récupéré par Natasi Daala et intégra la Flotte Irrégulière de la Gueule, au sein de laquelle il servit un nouvelle comme vaisseau amiral. Sa dernière apparition attestée eut lieu en +40, lors de l'assaut de Daala sur Fondor suite à l'assassinat de Gilad Pellaeon par Tahiri Veila. Au cours de la bataille, il affronta l'Anakin Solo et le mit en déroute grâce à son armement rénové composé notamment d'armes MCPS (métal-cristal à phase syncopée).