Dark Sidious ayant invité tous ses alliés sur Géonosis pour leur présenter leur nouvelle arme, Yoda et Obi-Wan se sont infiltrés parmi la foule pour espionner et ils ne sont pas déçus : Jek-14, le clone Sith, est réellement surpuissant et peut effectuer de très dangereuses prouesses grâce à la Force... Dooku et Grievous ont d'ailleurs créé un nouveau dispositif pour créer une terrible armée de clones à partir de Jek, et bien que ce dispositif ne fonctionne pas tout à fait (il n'a créé qu'un exemplaire miniature de Jek, tout en le privant de toutes ses forces), les Jedi décident d'attaquer !
De son côté, Anakin est désormais en charge des Padawans avec R2-D2 et les emmène sur Hoth pour un voyage scolaire qui n'enthousiasme personne...
Yoda et Obi-Wan se débarrassent facilement de Dark Maul, Asajj Ventress, Dooku, Grievous et du mini-clone de Jek, mais Sidious leur échappe à bord de la navette personnelle du Chancelier Palpatine. Après s'être remis de son passage dans le dispositif de clonage, Jek-14 refait pencher la balance dans le camp des Sith ! Mais lorsque Dooku lui ordonne encore une fois d'exécuter les Jedi désarmés, le clone doute... Yoda essaye de le ramener du bon côté, mais Jek n'apprécie aucun des deux camps et part en espérant que tout le monde le laissera tranquille.
Sur Hoth, Anakin ne s'en sort pas avec les Padawans et demande conseil à C-3PO, resté sur Coruscant. Celui-ci lui apprend les derniers évènements de Géonosis, et Anakin prend mal le fait d'être tenu à l'écart de la recherche du clone... Avant de découvrir que celui-ci est justement venu s'installer sur Hoth ! Il explique d'ailleurs aux Padawans qu'il n'a pas envie de se battre, mais seulement de créer des choses grâce à la Force, sans être pris à parti... Anakin appelle cependant Yoda pour le prévenir qu'il a trouvé le clone, mais des droïdes-sondes séparatistes ont eux aussi donné l'alerte : Grievous le capture en premier.
A bord du vaisseau séparatiste, Dooku réussit à cloner correctement Jek-14, et lance une attaque de Coruscant avec un bataillon de clones Sith. Le vaisseau des Padawans ayant été touché, chacun se construit un petit vaisseau à l'aide de quelques pièces : comme Jek, ils sont capables de créer. Anakin trouve le point faible du vaisseau séparatiste et le fait exploser avant de rejoindre le Temple Jedi.
Sidious amortit la chute du poste de commande du vaisseau séparatiste, ce qui permet à Dooku, Grievous et leur bataillon de clones de menacer les héros... Mais Jek-14 s'interpose, détruit les clones et renvoie les méchants dans l'espace. Alors que Yoda essaye de nouveau de l'enrôler, il rappelle qu'il veut rester seul et repart à bord d'un vaisseau, vers une destination inconnue...