Ouvertement engagé contre le Général Grievous, le Padawan Flynn Kybo alla jusqu'à sacrifier sa place dans l'Ordre et sa propre vie pour stopper ce fléau mécanique, même si ce fut en vain.

La rancœur qu'entretenait Flynn à l'égard du Kaleesh atteint son point critique un an avant la Bataille de Coruscant, lorsque ce dernier tua sur Vandos son Maître T'chooka D'oon, lors d'une mission de sauvetage qui tourna au guet-apens. En revenant sur Coruscant, en plus de relater au Conseil la fin héroïque de son mentor, Kybo proposa donc à ses membres une mission d'infiltration visant à éliminer celui qui faisait tant de mal à leur Ordre, une mission toutefois refusée car correspondant plus à un assassinat qu'à autre chose. Dépité par cette rebuffade et congédié par ses aînés, le jeune homme ne put alors que suivre Z'meer Bothu, son nouveau Maître, mais ne se résolut pourtant pas à abandonner ses espoirs. Et ce fut avec raison, car au cours d'une des séances de méditation qu'appréciait tant Z'meer, Flynn reçut la visite du Maître B'dard Tone et de son Padawan Codi Ty, qui lui confièrent qu'on les avait mis au courant de ses projets et qu'eux aussi avaient déjà envisagé de neutraliser Grievous. Si rendez-vous fut discrètement pris entre les trois Jedi pour qu'ils en discutent davantage, cela n'échappa cependant pas au Maître Bothu, qui, bien que ne voulant pas dénoncer son nouvel apprenti, lui avoua quand même qu'il serait exclu de l'Ordre s'il allait au bout de ses idées, un sacrifice que Kybo était prêt à faire. Et c'est ainsi que, quelques jours plus tard, alors qu'il était censé protéger un convoi à destination d'Alderaan avec son Maître et d'autres Jedi, le jeune homme déserta son poste, pour se rendre sur la planète Bryndar aux commandes de son chasseur stellaire.

Rejoint par la suite par B'dard Tone et Codi Ty, Flynn se mit d'emblée en quête d'autres compagnons pour les accompagner dans leur nouvelle mission prioritaire, et c'est en méditant dans une des plaines de Bryndar qu'il trouva le soutien dont ils avaient besoin: un dénommé Stellskard, un mineur ivre de vengeance à l'encontre de Grievous et des Séparatistes. Etant donné qu'il n'était pas le seul à éprouver ce sentiment de revanche, les trois Jedi suivirent leur nouvel ami jusqu'à la station Banvhar pour y faire la connaissance de ses camarades, eux aussi prêts à en découdre avec le bras droit de Dooku. S'il pensa à un moment être trahi par ses nouveaux 'amis' lorsqu'il parvint à capter, grâce à son droïde CB-3D, une conversation entre le Comte et le Général faisant mention de Padawans, au fil des jours, Flynn développa néanmoins une relative confiance envers les mineurs, et se laissa même convaincre d'employer des droïdes-sondes volés à la Fédération du Commerce pour atteindre leur ennemi commun, une opération qui échoua mais qui leur donna malgré tout la localisation de Grievous. Déterminé à éliminer le Kaleesh, Kybo, Tone, Ty et les mineurs ne tardèrent donc pas à se rendre dans le système Anoat avec ces renseignements, jusqu'à ce qu'une information ne change le caractère de leur assaut. En captant une nouvelle conversation du Général, les Jedi apprirent en effet que les Padawans qui avaient été auparavant mentionnés étaient en fait un groupe de jeunes élèves du Temple fait prisonnier quelques jours plus tôt, des enfants qu'ils ne pouvaient laisser tomber. Dès qu'ils posèrent le pied sur l'astre qui abritait Grievous, Flynn et ses deux confrères traversèrent alors les lignes ennemies pour retrouver les Jedi en herbe, et, ce faisant, ils firent face à leur ennemi juré, sur lequel Kybo et Tone se jetèrent sans hésitation aucune.

Tandis que Codi Ty tentait de mettre les élèves en sûreté, les deux autres membres de l'Ordre multiplièrent ainsi parades et coups directs afin de mettre hors d'état de nuire l'abomination qu'était le Général Grievous, mais quand celui-ci révèla les deux autres bras que comptait son organisme mécanique, ils sentirent bien vite que le duel tournait en leur défaveur, et le Maître B'dard Tone le paya finalement de sa vie. Furieux d'avoir vu son compagnon se faire tuer, le jeune homme le fut pourtant encore plus lorsque sa némésis lui avoua qu'il ne souvenait pas du nom de T'chooka D'oon vu le nombre de Jedi qu'il avait éliminé, et que, comme les autres, il ne resterait de lui qu'un sabre de plus dans sa collection. Bien décidé à ce qu'une telle chose n'arrive jamais, et conscient que sa vie ne comptait pas, le Padawan, en attirant à lui l'arme toujours allumée du défunt Tone, prit alors la décision de se sacrifier afin d'emporter avec lui le Général, et ce en déclenchant une explosion dans la centrale thermique où se déroulait leur combat.
Un tel geste héroïque ne servit malheureusement pas les desseins du jeune humain, car si c'est de cette façon que Flynn Kybo rejoignit la Force, Grievous, lui, s'en sortit sans trop de dommages et continua à perpétrer ses actes des plus sinistres pendant plus d'un an, jusqu'à ce que le Maître Obi-Wan Kenobi ne mette fin à son existence.