En -32, lorsque la Fédération du Commerce lança une vaste opération d’invasion, le leader des Gungans, Boss Nass, considéra d’abord ce conflit comme étranger à leur monde. Il était alors clair pour lui que les armées droïdes ne parviendraient pas à découvrir la cité aquatique de Otoh Gunga. Ce fut une grave erreur et les droïdes d’invasion ne tardèrent pas à envahir la cité. Les Gungans battirent en retraite jusqu’au Sanctuaire Gungan, dissimulé dans la dense forêt de Naboo.
La reine Amidala vint alors demander de l’aide à Boss Nass pour lutter contrer les envahisseurs. Ce fut un jour mémorable qui vit la réconciliation des deux peuples Naboo et Gungan. Boss Nass assigna tous les soldats aptes au combat à la libération de Naboo. Ils furent environ 2 000 sur le champ de bataille, sachant que quelques troupes restèrent en arrière au cas où le plan prévu échouerait. L’Armée Gungan n’avait pas été mobilisée pour la guerre depuis presque cent ans. Elle entreprit alors de marcher résolument sur Theed.
La Grande Armée devait faire diversion pour occuper les droïdes de la Fédération du Commerce, pendant que les Naboo infiltraient Theed et tentaient de capturer le vice-roi Nute Gunray. Chacun savait que les Gungans allaient devoir rester à couvert pour tenir le plus longtemps possible face aux armées mécanisées de l’ennemi qui disposait d’une technologie de pointe et de renforts innombrables.
Le général gungan Ceel partit avec le gros des troupes sur la chaîne de montagnes de Shaak, située au sud de Theed, espérant que les catapultes pourraient tirer profit de leur position surélevée pour abattre les véhicules de la Fédération du Commerce. Malheureusement, en entrant dans la vallée des Grandes Plaines, les éclaireurs gungans remarquèrent plusieurs CAB sur les collines. Les droïdes avaient avancé plus vite que prévu… La bataille devait donc se dérouler dans les plaines. C’était dangereux pour les Gungans, puisque l’efficacité des catapultes allait être diminuée. Mais bloquer les Gungans dans la vallée, c’était exactement ce que voulait la Fédération du Commerce.
Les armées droïdes, OOM-9 à leur tête, arrivèrent à toute vitesse de Theed pour s’emparer des montagnes de Shaak avant les Gungans, les obligeant à rester dans la vallée. Les CAB et les TMT maintinrent leurs positions, tandis que d’autres troupes descendaient des collines. D’autres troupes encore arrivaient par l’ouest et par l’est, mais elles furent rapidement neutralisées.
Les boucliers activés, la Grande Armée Gungan parvint à occuper les armées droïdes suffisamment longtemps pour que la reine Amidala et les siens infiltrent le palais de Theed et lancent leurs chasseurs sur les vaisseaux ennemis. OOM-9 ordonna aux droïdes de combat de franchir les boucliers. Le général Ceel conduisit la contre-attaque dès que les droïdes eurent pénétré le champ d’énergie. Les catapultes tentèrent d’intercepter les véhicules ennemis tandis que les soldats s’affrontaient en combat rapproché. Les droïdes tombaient par dizaines, mais de nombreux Gungans étaient déjà à terre.
Les Gungans furent bientôt submergés. Le général Ceel comprit que la bataille était perdue et il ordonna la retraite, à contrecœur. La cavalerie gungan vint porter secours aux blessés et les soldats valides tentaient de ralentir l’ennemi. D’autres ennemis furent détruits, mais les droïdes étaient bien trop nombreux. Plus de la moitié de l’Armée Gungan réussit à se réfugier dans les marais. L’autre partie de l’armée - dont les généraux Ceel et Jar-Jar Binks, ainsi que le capitaine Tarpals - se retrouva encerclée par les troupes de la Fédération du Commerce. Heureusement l’escadron Bravo des Naboo réussit à détruire le Vaisseau de Contrôle droïde qui était resté en orbite. Les droïdes de combat furent immédiatement désactivés.
Si les Gungans ne considèrent pas cette bataille comme une grande victoire, ils furent tout de même fiers d’avoir combattu si honorablement. 543 Gungans perdirent la vie, mais ils ne reculèrent pas devant les ennemis, pourtant bien plus nombreux. Et c’est grâce à leurs efforts que le jeune Anakin Skywalker put s’envoler pour détruire le Vaisseau de Contrôle droïde.
Le jour suivant la libération de Naboo, la Grande Armée et la Grande Fanfare Municipale d’Augie se regroupèrent dans les rues de Theed pour former une parade Gungan en l’honneur de la victoire et de la réconciliation avec les Naboo.
Les généraux gungans aiment évoquer la bataille de Naboo pour rappeler qu’elle n’est pas représentative de leur stratégie et de leurs tactiques habituelles. Plutôt que d’attaquer de front, de nombreux chefs militaires, comme le général Ceel et le capitaine Tarpals, auraient préféré préparer une riposte à l’attaque menée par la Fédération du Commerce sur Otoh Gunga. Celle-ci aurait pu consister en une guérilla où les Gungans auraient multiplié les assauts contre les droïdes, par petits groupes, avant de se replier dans les marécages. Le projet fut abandonné, car l’alliance conclue entre Boss Nass et la reine Amidala nécessitait de mettre en place une diversion efficace, afin que les ennemis ne comprennent pas qu’il s’agissait d’un leurre.
Pendant la Guerre des Clones une bataille fit rage sur la planète aquatique Mon Cal entre les Mon Calamaris soutenus par la République Galactique et la Ligue isolationniste Quarren conseillée par la Confédération des Systèmes Indépendants. Le maître Jedi Yoda contacta alors les Gungans pour leur demander leur aide afin de gagner ce conflit se déroulant dans les profondeurs océaniques de Mon Calamari. Fidèle à la République, le nouveau souverain gungan Boss Lyonie envoya la Grande Armée Gungan prêter main forte aux Mon Calamari. Cette rare mission gungan en dehors de Naboo fut finalement un succès et Mon Cal resta sous le giron républicain.