Felucia est une planète stratégique pour les séparatistes, tenue et dirigée par la Guilde du Commerce et choisie par la présidente de la Guilde Shu Mai pour y installer sa résidence.

Elle est à ce titre l'une des trois planètes considérées comme « la Triade du Mal » par le Chancelier Palpatine, avec les planètes Mygeeto et Saleucami.

Shu Mai en a fait son pied à terre après la reprise de Castell (dont elle est originaire) par les républicains. Afin de contrer toute velléité d'exploitation de Felucia par les forces républicaines, elle développe une contre-attaque chimique qui piègera l'air et l'eau de Felucia si jamais la planète venait à retomber dans le giron de la République. De fait, en tant que leader des séparatistes, elle devient une cible de premier choix pour la République, qui dépêche deux Jedi, le maître Barriss Offee et son padawan Zonder, pour la capturer. Or ceux-ci sont vite découverts et emprisonnés à la prison de Nigkoe.

Après l'échec de plusieurs missions de sauvetage, le Star Destroyer L'Intrépide est dépêché afin de les secourir, avec à son bord le Général Jedi Twi'lek Aayla Secura (survivante de la bataille de Geonosis et ancienne padawan de Quinlan Vos) et le 327ème Corps des Étoiles, dirigé par le commandant Bly, subordonné de confiance de la Jedi.

Les deux Jedi emprisonnés sont découverts grâce à l'intervention d'Ekria, la padawan de Secura. Ils sont vite délivrés tandis que la 327ème affronte les séparatistes, en complément de la mission de sauvetage. Les Jedi rejoignent le palais présidentiel de Kway Tewo, résidence de la présidente de la Guilde.
Souhaitant capturer Shu Mai et finir ainsi la mission initiale, ils tentent de pénétrer la bâtiment mais les droïdes séparatistes les contrent. Les clones ainsi qu'un appui de chasseurs RCO-170 les aident à progresser et ils arrivent ainsi à pénétrer les défenses séparatistes pour rejoindre un cours d'eau qui les emmène droit au cœur du Palais par le biais d'une cascade. Là, Ekria apprend que Shu Mai a fui la planète et que des dispositifs d'attaque chimiques ont été mis en place afin d'être libérés dans l'eau, et que le système d'auto-destruction de la console centrale a été activé. Les Jedi fuient donc le palais.
Provisoirement en sécurité, Aayla Secura décide de prévenir au plus vite le Conseil Jedi de la contamination de Felucia par les toxines et de l'éradication imminente de toute vie sur la planète. Alerté, les renforts ne tardent pas à arriver et une nouvelle offensive est lancée rapidement :
Tout d'abord les padawans accompagnés par le lieutenant Inc sont chargés de provoquer une diversion afin de détourner les défenseurs Gossams de la station d'épuration, centre névralgique de la diffusion du poison.
Une fois fait, le commandant clone Inc et Barriss Offee commencèrent à attaquer les droïdes de la CSI. La bataille faisait rage au moment où Inc se fit tuer par un droïde araignée. Face au décès du commandant, le Jedi Offee sonne la retraite tandis que les padawans Drake Lo'gaan et Ekria feintent les soldats Gossams en se repliant pour que ceux-ci les suivent dans le complexe d'où la toxine s'échappait. La fuite du poison est vite circonscrite au bâtiment, et Ekria tente alors de joindre les maîtres Secura et Offee pour réunir les forces.
Les padawans assistent alors en direct au massacre de leurs maîtres par l'holocam : sur Coruscant, l'Ordre 66 venait d'être donné.

Les soldats clones de la 327ème se retournèrent instantanément contre les Jedi : Le lieutenant Galle et ses hommes, sensés arriver à la rescousse de la Jedi assassinèrent froidement Offee, juste avant que Bly ne se retourne aussi contre Aayla Secura.Les jeunes padawans, voyant que les escouades clones commençaient à se diriger vers eux, s'enfuirent de Felucia et se dirigèrent vers le Temple de l'Ordre sur Coruscant, suivant ainsi les directives du code 913 de l'Ordre Jedi en cas d'urgence.

Conclusion : La bataille de Felucia marque au même titre que celle de Cato Neimoidia ou Kashyyyk les débuts de la grande purge par sa violence et le nombre de Jedi qui y furent tués.
Seuls les padawans réchappèrent de cette déroute et si les forces républicaines prirent le dessus sur la CSI la planète fut vite abandonnée à son sort, laissant des forces corrompues s'exprimer. Cette planète devint par la suite le refuge de la Jedi Shaak Ti, l'une des survivantes de l'ordre 66, avant que Vador n'y envoie son apprenti Starkiller afin de l'éliminer.