La Confrérie des Ténèbres était une association de Chevaliers Jedi possédés dirigée par le Seigneur Noir des Sith Exar Kun au temps de la Grande Guerre des Sith. Composée d’au moins six Jedi déchus, et d’une quinzaine d’autres utilisateurs de la Force partisans du côté obscur, la Confrérie des Sith prolongea la Grande Guerre des Sith initiée trois ans plus tôt par les disciples du défunt Seigneur Noir Freedon Nadd.

En 3 997 av B.Y., un jeune apprenti Jedi téméraire du nom d’Exar Kun ouvrit l’holocron de son maître, le Jedi Vodo-Siosk Baas. Grâce à cet holocron, Kun découvrit l’histoire d’un jeune Jedi du nom de Freedon Nadd qui succomba au côté obscur pour devenir un Seigneur Noir des Sith. Cette découverte changea la vie d’Exar Kun, qui décida de partir à la conquête du côté obscur de la Force pour prouver sa valeur. Trop sûr de lui et ignorant les dangers qui le guettaient, Kun pensait pouvoir dompter le côté obscur tout en restant un véritable Jedi. Cependant, son entreprise se transforma vite en une descente aux enfers qui le conduisit sur les traces des anciens Seigneurs Sith. S’enfonçant de plus en plus dans le côté obscur de la Force, Exar Kun fit la rencontre de l’esprit de Freedon Nadd, qui le poussa à succomber entièrement au côté obscur en le précipitant aux frontières de la mort. Désormais aveuglé par le côté obscur de la Force, Kun visita Yavin IV à la recherche des traces du règne de Naga Sadow, et conquit la loyauté du peuple Massassi. Maintenant à la tête d’un peuple Sith, Exar Kun entreprit la reconstruction de l’empire Sith.

En 3 996 av B.Y., tandis que son peuple travaillait à la reconstruction de l’Empire Sith, et que son apprenti Ulic Qel-Droma utilisait l’armée du Krath pour affaiblir la République Galactique, le nouveau Seigneur Noir des Sith Exar Kun se rendit sur Ossus afin de rallier d’autres Jedi à sa cause. Pour cela, il s’arrêta aux jardins de Talla pour tenir un discours mensonger. Prétendant être un Jedi, Kun rassembla plusieurs Jedi dans les jardins et déclara qu’il avait découvert de nombreux secrets et pouvoirs Jedi datant de temps immémoriaux, des secrets et des pouvoirs qu’il était prêt à partager avec quiconque le désirait. Tout à fait conscient du manque de foi que nourrissaient les jeunes Jedi à l’égard des enseignements de l’Ordre Jedi, en particulier depuis la mort du Maître Arca Jeth, Exar Kun révéla à son assemblée qu’il avait personnellement mis un terme à la menace de Freedon Nadd, l’esprit responsable de l’attaque Naddiste sur Ondéron. L’un des Jedi présents dans la foule, l’apprenti Cay Qel-Droma, demanda alors à Kun de prouver ses dires. En réponse, Kun brandit une amulette Jedi qui projeta des images de son combat contre Nadd. Impressionnés et envoûtés par la promesse d’un avenir meilleur, beaucoup de Jedi furent séduits par le discours de Kun et décidèrent de se joindre à lui.

Après le discours des jardins de Talla, Exar Kun pénétra par effraction dans la Grande Bibliothèque d’Ossus, où se trouvait le vieux Maître Jedi Odan-Urr. Profitant de la solitude du vieux maître, Exar Kun s’approcha de Odan-Urr, mais le Maître Jedi le chassa d’une poussée de Force. Furieux, Kun se releva et se servit de la Force pour étouffer le vieux maître. Le célèbre Odan-Urr ne fit plus qu’un avec la Force après environ mille ans d’existence. Enjambant la cape vide d’Odan-Urr, Exar Kun s’empara de l’Holocron Sith qu’Odan-Urr avait tenté de protéger. À ce moment, plusieurs apprentis Jedi firent irruption dans la bibliothèque afin d’annoncer à Kun qu’il disposait désormais d’un groupe d’élèves déterminés à le suivre. Satisfait, Kun prétendit qu’avant de mourir, Odan-Urr l’avait fait Maître Jedi et lui avait fait cadeau de l’Holocron Sith.

Disposant de vingt Jedi qu’il pouvait forger à son image, Exar Kun retourna sur Yavin IV. En arrivant à la surface de la planète, Kun conduisit ses nouveaux disciples jusqu’à son temple, où le peuple Massassi attendait son maître. Les vingt élèves dissidents suivirent Kun jusqu’au temple malgré le fait qu’ils ressentaient une puissance maléfique croître aux alentours. Lorsque le Jedi Oss Willum en eut assez, il décida de rentrer au vaisseau, mais il fut très vite encerclé par une horde de guerriers Massassi. Voyant leur camarade en danger, les dix-neuf autres Jedi vinrent lui prêter main forte. Mais Kun arrêta le combat, et prétendit qu’il s’était installé sur Yavin IV pour la purifier du côté obscur qui l’imprégnait et pour y restaurer le côté lumineux de la Force. Ce discours suffit à convainre les vingt Jedi de revenir au temple. Là-bas, Exar Kun brandit l’Holocron Sith qu’il avait dérobé à Odan-Urr et demanda aux dix-neuf Jedi rassemblés devant lui – Crado étant à l’écart - de lever les mains pour parer la puissance maléfique de l’ancien artefact. Malheureusement, c’était là le dernier piège d’Exar Kun. Lorsque le Seigneur Noir brisa l’holocron, une horde d’esprits maléfiques en jaillit et prit possession des corps des dix-neuf Jedi. L’apprenti Jedi Crado assista à la déchéance de ses compagnons Jedi. La Confrérie des Sith était née.

Peu après la création de la Confrérie des Sith, le Seigneur Noir Exar Kun donna à ses nouveaux disciples leur première mission : tuer leurs Maîtres Jedi. Corrompus par les esprits des anciens Sith qui les habitaient, les jeunes élèves de Kun obéirent sans hésiter. Ainsi, chacun des disciples partit à la recherche de son maître pour le tuer. Tandis que plusieurs Maîtres Jedi disparaissaient aux quatre coins de la galaxie, Exar Kun se rendit personnellement à la Chambre du Sénat Galactique sur Coruscant pour s’occuper de son propre maître : Vodo-Siosk Baas. Après avoir libéré son apprenti Ulic Qel-Droma, qui avait été fait prisonnier lors de la Bataille de Coruscant, Kun affronta son ancien maître dans le hall du Sénat. Sous les yeux de ses anciens camarades, Exar Kun massacra Vodo-Siosk Baas dans un combat bref mais violent, révélant par la même occasion sa nouvelle arme : un sabre-laser à double lame. Désormais débarrassé de son ancien maître, Exar Kun quitta le Sénat Galactique et repartit avec Qel-Droma et son escorte Massassi.

Après le pogrom Jedi, la Confrérie des Sith passa à l’étape suivante de son plan. En effet, Exar Kun était impatient d’utiliser l’arme que le Seigneur Noir Naga Sadow avait lui-même installée sur son vaisseau mère lors de la Grande Guerre de l’Hyperespace. Pour cela, il disposait de la cible idéale : Ossus, à la fois le berceau d’une Académie Jedi et de la Grande Bibliothèque Jedi. Mais l’occasion n’était pas seulement rêvée pour détruire l’Ordre Jedi, elle lui permettrait également de se débarrasser d’une traîtresse : Aleema Keto. Lorsque tous les préparatifs furent terminés, la Confrérie des Sith passa à l’action. Kun confia le vaisseau mère de Naga Sadow à Aleema Keto et Crado, et les envoya au cœur de l’Amas de Cron en vue de détruire une des étoiles de l’amas. Comme prévu, la République et les Jedi envoyèrent une force d’intervention sur place, comprenant un croiseur de la République et un escadron de chasseurs stellaires composé de trois Jedi : Qrrl Toq, Dace Diath, et Shoaned Culu. Lorsque le piège se referma, Aleema Keto activa l’arme et fit sauter l’une des dix étoiles avoisinantes. Cependant, l’effet escompté fut plus dévastateur que Keto et Crado l’avaient naïvement imaginé. La supernova créa une puissante onde de choc qui balaya tous les vaisseaux alentours, y compris celui où se trouvaient les complices de Kun. Mais ce n’était là que le début : Ossus était la prochaine cible.

Plus tard, tandis que ses alliés Mandaloriens assiégeaient la cité d’Iziz sur Ondéron, la Confrérie des Sith se dépêcha sur Ossus afin de dépouiller la Grande Bibliothèque Jedi de ses secrets avant qu’il ne soit trop tard. Profitant du chaos général, Exar Kun et Ulic Qel-Droma débarquèrent dans la bibliothèque en compagnie des meilleurs guerriers Massassi et Kun affronta le Maître Ood Bnar. Bien que Kun sembla vaincre le vieux Maître Jedi, Bnar choisit de muter en arbre afin de bloquer l’accès à une cache de sabre-lasers. Malgré ce contretemps, la plupart des guerriers Massassi avaient déjà chargé le Starstorm de tous les livres et manuscrits qu’ils avaient pu trouver. En chemin pour son vaisseau, Exar Kun fut interpellé par la Jedi Sylvar, mais il laissa ses guerriers Massassi s’occuper de la Jedi et remonta à bord du Starstorm, déclarant qu’Ulic Qel-Droma se débrouillerait tout seul. Peu après le départ de Kun, Ulic Qel-Droma tua son frère Cay Qel-Droma, et provoqua la colère de Nomi Sunrider qui se servit du côté lumineux pour le couper de la Force. Peu après, Ossus fut balayée par l’onde de choc de la supernova, balayant toute trace des Jedi à sa surface. Quant à la Bataille d’Iziz, ce fut un échec pour Mandalore l’Indomptable, qui périt lui-même dans la jungle de Dxun, la lune d’Ondéron. La Confrérie des Sith était sur le point de livrer son dernier combat, et les choses ne s’arrangèrent pas lorsque Exar Kun découvrit que la plupart de ses disciples étaient soit morts, soit revenus vers le côté lumineux de la Force.

Après le retour du Seigneur Noir Exar Kun sur Yavin IV, Ulic Qel-Droma, désormais coupé de sa connexion à la Force, révéla aux Jedi où se cachait son ancien maître. Sans perdre de temps, les Jedi rassemblèrent une flotte et mirent le cap sur Yavin IV. Rassemblant toute la population Massassi de la lune, Exar Kun parcourut quelques manuscrits Sith datant d’une époque reculée et trouva une solution à son problème. Afin d’éviter le courroux des Jedi, il se servirait du côté obscur de la Force pour libérer son esprit de son enveloppe charnelle. Pour cela, il fut contraint de rassembler tous ses fidèles dans l’un de ses temples sacrificiels et de drainer leur énergie vitale. En même temps, les Jedi créèrent un Mur de Force, un pouvoir rare, qui balaya toute trace du côté obscur sur la lune de Yavin IV. Malgré cela, la forêt entourant les temples Sith d’Exar Kun prit feu, entraînant des destructions sérieuses sur la flore de la lune. Tandis que les Jedi repartaient en pensant qu’ils avaient définitivement mis fin à la menace d’Exar Kun, ce dernier réalisa qu’il avait échoué dans ses plans. Au lieu de libérer son esprit de son enveloppe charnelle, le côté obscur avait détruit son corps et piégé son esprit dans les ruines de son temple où il serait condamné à attendre une éternité qu’on le réveille.