Elite de la Grande Armée de la République, les commandos sont envoyés pour les missions d’infiltration délicates, là où un groupe de clones standards ne peut intervenir. Les membres d’une unité, au nombre de quatre, sont formés aux différentes techniques de sabotage, d’assassinat et à la maîtrise d’un grand panel d’armes et d’explosifs.
Ces clones sont sélectionnés dès leur création pour un apprentissage spécial et sont hautement indépendants, n’ayant pratiquement pas besoin de recevoir d’ordres de la hiérarchie Jedi.

Très vite, lors de la création de la Grande Armée par les Kaminiens, il est apparu que les soldats ne seraient que de la chair à canon sans volonté ni initiative propre.
C’est à partir de ce constat que Jango Fett exigea la création d’unités d’élite entraînées par des guerriers Mandaloriens, et non par de simples ordinateurs et simulateurs. Après avoir recruté un grand nombre de guerriers et de mercenaires qualifiés, Fett et ses nouveaux officiers – les Cuy’Val Dar – travaillèrent sur un prototype de guerrier : le commando clone.

Ces clones furent répartis en escouades et l’entraînement intensif put débuter sous la houlette des instructeurs, dont le plus célèbre et le plus respecté restera Kal Skirata. Rapidement, des groupes d’intervention devinrent totalement opérationnels pour des missions avec des profils variés dans toutes les conditions extrêmes possibles.
Majoritairement respectés des clones de l’infanterie, les commandos ne sont surpassés que par les clones ARC, encore plus indépendants et plus redoutables.
Leur baptême du feu eu lieu sur Geonosis, point de départ de la Guerre des Clones, où furent déployées plusieurs escouades. Cependant, le travail d’infanterie ne se prêtant pas vraiment à leur domaine de compétence, un certain nombre d’entre elles furent décimées entièrement ou en partie, comme par exemple les escouades Thêta, Gamma, et Bravo. L’opération la plus réussie fut sans conteste celle de l’escouade Delta qui parvint à neutraliser le leader géonosien Sun Fac et à détruire une sphère de contrôle droïde. Chaque unité est aidée sur le terrain par un conseiller qui lui relaye les informations capitales.

Au dixième mois du conflit, les pertes de commandos clones étaient estimées à 50%. En -21, le nombre de commandos clones était descendu à moins de 5000 hommes. Pour compenser ces pertes, certains soldats clones de la GAR reçurent un entrainement commando, comme Corr.

Contrairement aux troupes standards, les commandos clones sont entraînés par les Cuy’Val Dar avec de nombreuses séries d’exercices à balles réelles. Mortel pour les sujets les plus faibles, cet entraînement recrée les conditions de combat que l’escouade rencontrera sur le terrain.

En complément de l’entraînement « de base », chaque commando est appelé à se spécialiser dans une technique d’élite particulière : assassinat, maniement des explosifs, tir de précision, infirmier, chef d’escouade, piratage informatique…

Qui dit unité spéciale dit équipement spécial. Chaque commando est équipé du matériel à la pointe de la technologie permettant de mener à bien sa mission.
Ainsi, le paquetage comprend une armure avancée de classe Katarn, un blaster DC-17m convertible en fusil d’assaut, en fusil de précision et en fusil anti-blindage mais également un pistolet de poing DC-15s, une lame de poignet rétractable, cinq détonateurs thermiques Merr-Sonn V-1, cinq grenades ECD, cinq grenades à concussion et cinq grenades aveuglantes.
Cet équipement peut néanmoins être complété par des armes non conventionnelles trouvées sur le terrain.

          Armure:

• Armure commando Katarn
  
  Armement:
• Blaster DC-17m
• Blaster DC-15s

Le nombre d’escouades de commandos n’a pas été officiellement reconnu par la République. On dénombre cependant vingt unités entraînées par Kal Skirata dont seize se sont illustrées lors de divers faits d’armes.

• Escouade Aiwha
  
• Escouade Aiwha-3
  
• Escouade Aquila
  
• Escouade Blanche
  
• Escouade Bleu
  
• Escouade Bravo
  
• Escouade Delta
  
• Escouade Gamma
  
• Escouade H.O.P.E.
  
• Escouade Ion
  
• Escouade Kilo
  
• Escouade Lambda
  
• Escouade Naast
  
  
• Escouade Manka
  
• Escouade Omega
  
• Escouade Orar
  
• Escouade Prudii
  
• Escouade Teroch
  
• Escouade Triton
  
• Escouade Théta
  
• Escouade Veshok
  
• Escouade Vevut
  
• Escouade Yayax