Durant la Guerre des Clones, en partie à cause du conflit lui-même mais pas seulement, les deux amis ne s’entendaient plus vraiment. Ils ne se rencontrèrent presque plus et le contact devint très rare, tandis que le sénateur Navi n’avait plus tout à fait le sens de la démocratie au Sénat. Plus surprenant encore, Alaric décida de rejoindre la Confédération des Systèmes Indépendants (CSI). Ce fut même lui qui contacta le Comte Dooku, et non l’inverse comme il était d’usage lors de la Guerre des Clones. Le roi Sephi demanda également aux planètes voisines de quitter la République et fit bien comprendre que lorsque la corruption aurait quitté le Sénat Galactique, peut-être qu'il changerait de position. Le Sénat décida donc d’envoyer les clones rétablir la situation pour récupérer la planète et ce fut un échec cuisant pour eux, puisque Dekluun, le commandant de l’armée Sephi, déjoua tous les plans républicains.
C’est alors que Yoda, accompagné de Cal, un jeune padawan, décida de venir en personne voir son ancien ami. Cela prouvait bien leur grande amitié puisque le Jedi se déplaçait très rarement sur le terrain. De plus, il voulait comprendre pourquoi il avait décidé de rejoindre la CSI, connaissant la sagesse qu’il avait et le grand stratège qu’il était.
Yoda retrouva le roi dans la salle du trône, et discuta longuement avec lui pour comprendre pourquoi il avait décidé de rejoindre la CSI. Bien sûr, ce dernier fit prisonnier les deux Jedi comme le protocole l’exigeait. Il expliqua qu’après que la République eut tenté d’obtenir
Alaric invita alors Yoda dans les jardins du palais afin de se retrouver calmement seul-à-seul. Le roi expliqua qu’il ne changerait pas de position, qu’il avait gardé précieusement son monde à l’abri des guerres durant des décennies, telle une fleur unique de son jardin. Ainsi, il compara la corruption de son neveu à l’empoisonnement dont certaines fleurs étaient victimes. Peu après, une fois rentré dans ses appartements, les clones de la République déboulèrent dans la capitale, puis dans le jardin afin d’attaquer le palais. Yoda, y ayant rejoint le roi, le supplia de mettre fin à toute cette folie.
Conscient que sa mort galvaniserait son peuple et les mondes voisins, du fait de sa popularité et de son pacifisme, Alaric dégaina son blaster et tira sur Yoda, qui renvoya le tir sur lui. Il savait très bien que son tir n’atteindrait pas le Jedi et qu’il serait tué en retour. Ses dernières paroles, destinées au maître Jedi, furent de lui demander de se souvenir de leur amitié comme elle avait toujours été, et non de se souvenir de ces dernières heures. Comme il le souhaita en faisant ce geste de désespoir et en mourant en martyr, les mondes voisins décidèrent de rejoindre la CSI.