Des chasseurs droïdes et des transports de troupes émergent des entrailles d’un croiseur de la Fédération du Commerce alors que les escadrilles Jedi prennent leur envol. Fondant sur ses proies sans leur laisser une seule chance, Anakin est néanmoins pris en chasse. Maître Kossex le débarrasse de son ennemi avant d’être abattu.
C’est alors que l’avenir entrevu par Anakin rattrape le présent. Obi-Wan, se dirigeant vers un convoi hostile, est touché par un tir et s’écrase dans l’océan. Immédiatement, le Jedi jaillit de son cockpit et renvoi les tirs du chasseur à l’aide de son sabre laser. Anakin plonge pour sécuriser la zone mais son appareil est happé par un gigantesque monstre aquatique ; il n’a alors que le temps de s’éjecter et rejoint son Maître sur l’épave de son engin. Aussitôt, les deux Jedi sont attaqués par des poissons volants carnivores sans pour autant leur causer le moindre problème. Peu après un Kamioen émerge des flots, chevauchant une baleine volante, pour leur porter secours. Il leur apprend que la flotte républicaine est sortie de l’hyperespace et qu’elle a engagé l’ennemi. Anakin et Obi-Wan grimpe sur le dos de l’animal pour retourner au combat.



La situation à Tipoca City est devenue critique malgré les plans élaborés par les Jedi. Les droïdes refoulent les contingents de clones, la plate-forme C0-22 a été capturée, le secteur de sécurité six est submergé, l’armurerie centrale est envahie et le niveau 9 est perdu.
Ce sont les informations rapportées par Lama Su, désespéré, à Shaak Ti. Aussi, il décide presque à contrecoeur d’activer la dernière ligne de défense pour repousser l’ennemi : les soldats ARC ou Commando de Reconnaissance Avancé. Ces soldats entraînés par Jango Fett en personne sont maintenus en stase car trop imprévisibles et non conditionnés comme les clones de base.
Dans une des coursives de la ville, un groupe de soldat clone constitue le dernier rempart pour leurs jeunes frères face aux droïdes qui les entours. Alors que les soldats s’effondrent l’un après l’autre, trois ARC font leur apparition, décimant les troupes ennemies. Deux d’entre eux sont pourtant tués par un groupe de droïdekas. Le dernier ARC est secouru par Shaak Ti.
Lama Su les informe alors que le clone souche a été tué. Le soldat ARC ordonne alors au Premier Ministre d’évacuer la seconde génération tandis qu’il s’occupera de la troisième, encore en éprouvettes. Shaak Ti l’accompagne, utilisant la Force pour éjecter un groupe de droïdes d’une passerelle. L’ARC les achève avec une grenade à polarité inversée, entraînant une surcharge de leurs circuits. D’autres droïdes font leur apparition mais son taillés en pièces par deux visages connus : Anakin et Obi-Wan.
Tous les quatre se frayent un chemin jusqu’à l’accès unique au laboratoire de la troisième génération : un long tunnel sous-marin. Ils sont rapidement suivis par une unité ennemie et le soldat ARC enclenche les systèmes d’autodestruction. Selon les ordres laissés par Jango, aucun clone ne doit tomber entre les mains des Séparatistes.
Les trois Jedi se refusent à détruire le laboratoire et utilisent la Force pour faire effondrer le tunnel tout en retenant les flots et bloquer l’entrée avec les débris. Les droïdes, quant à eux, sont engloutis par les flots. L’ARC désactive alors les charges explosives.



Alors que la bataille fait toujours rage en orbite de la planète, le Commandant Merai fait diversion avec un groupe de chasseur tandis qu’il déploie un escadron de vaisseaux amphibies. Ce Mon Calamari s’est allié avec les Séparatistes par l’intermédiaire de Passel Argente et dirige actuellement la bataille.
La mission de son unité est cruciale : selon les renseignements anonymes d’Argente, les générateurs de boucliers se trouvent sous la ville et ils doivent être détruits pour permettre un bombardement orbital.
Au même instant, l’équipe du commandant l’informe que la bataille ne tourne pas à leur avantage et qu’il ferait mieux d’ordonner le repli. Merai se refuse à la retraite et prend directement la situation en mains : aux commandes de son chasseur amphibie personnel, il plonge dans les flots de Kamino. Selon lui, défendre une planète aquatique sans véhicules sous-marins est suicidaire mais une surprise de taille l’attend : à l’endroit indiqué ne se trouve aucun générateur !
Pris de rage et dans un acte héroïque, il émerge des flots avec l’idée de s’écraser directement sur les boucliers de la cité pour les faire surchauffer alors que deux croiseurs Acclamator ouvrent le feu sur lui. Son vaisseau est endommagé par les tirs croisés des chasseurs Jedi.



Merai finit par ordonner la retraite à ses troupes tandis qu’il active l’autodestruction de son engin en se dirigeant vers les anneaux hyperdrive en orbite. Pendant ce temps, les chasseurs droïdes sont rappelés et le croiseur se prépare à passer en hyperespace. Adi Gallia comprend les intentions de Merai en le voyant se diriger vers elle. Son escadron a juste le temps de pratiquer une manœuvre d’évitement quand le chasseur amphibie explose.

Quelque part dans la galaxie, Dark Sidious et le Comte Dooku déplorent la perte du Commandant Merai mais le Seigneur Noir atteste que d’autres sujets se tourneront facilement vers leur cause. Cependant, comme il a été prévu, l’équilibre entre les forces a été restauré et leur mensonge à jamais enfoui. Avec le centre de clonage toujours opérationnel, la Guerre des Clones n’est pas prête de se terminer…

Conclusion : L’attaque des Séparatistes contre Kamino échoue. Le Commandant Merai est tué.