Au début de la Seconde Guerre Civile Galactique, quatre ans plus tard, Jaina et
Zekk étaient toujours ensemble, à tel point qu’Han et
Leia envisagèrent qu’il y ait bien plus entre eux qu’une relation d’amitié. Les deux Jedi participèrent à une mission d’envergure sur
Corellia pour capturer le Premier Ministre
Aidel Saxan, puis ont combattu lors de la bataille de
Tralus. La guerre semblant inévitable, Zekk et Jaina intégrèrent le célèbre
Escadron Rogue, dont Jaina fut la chef. Mais peu de temps, car Jacen, plein d’ambitions, était devenu le commandant de la
Garde de l'Alliance Galactique ainsi que colonel dans l’armée, et s’appropria l’escadron de sa sœur lors du blocus de Corellia. Quand Jaina refusa de suivre son ordre de tirer sur un transport d’innocents, Jacen la releva de ses fonctions. Zekk décida de quitter l’armée pour rester avec elle, et tous deux se remirent à accomplir des missions pour l’Ordre Jedi.
Plus tard, Zekk et Jaina furent chargés d’enquêter sur la Ducha AlGray sur demande de
Tenel Ka. Mais il est vite apparu que la Ducha était la première instigatrice d’un complot pour faire assassiner la reine et sa jeune fille. Jaina et Zekk furent sauvés de la planète par Ben, alors en mission pour Jacen, puis tous furent récupérés par le
Faucon Millenium en pleine insurrection de
Hapes. Ben, qui était sous l’emprise de Jacen, tenta de capturer Han et Leia, qui avaient été mis hors la loi par leur propre fils. Zekk tenta de l’arrêter, mais fut gravement blessé dans la lutte.
Quand il fut guéri, lui et Jaina durent faire équipe avec Jag
Fel pour retrouver
Alema Rar, qui elle aussi avait survécu à la bataille de
Tenupe. Durant le temps qu’ils passèrent ensemble, la relation entre Zekk et Jag s’entacha d’une inimitié profonde et d’une grande rivalité concernant Jaina. Leur traque d’Alema les reconduisit sur
Ossus, où ils découvrirent avec stupéfaction que l’Académie avait été prise en otage par les hommes de main de Jacen, qui, étant devenu Chef d’Etat, souhaitait s’assurer de l’allégeance des Jedi. Quand Luke décida de déserter l’Alliance de son neveu, ce dernier donna l’ordre à ses hommes d’éliminer tout le monde à l’Académie. Grâce à Zekk et à Jaina, qui étaient restés pour protéger les jeunes élèves, personne ne fut tué.
Ils se remirent ensuite à traquer Alema jusqu’à l’ancienne demeure de
Lumiya, dans un champ d’astéroïdes. Pendant le combat, Zekk fut empoisonné par les effluves du Côté Obscur du lieu, combinés à ceux de la Sphère de Méditation Sith d’Alema. Ce fut Jag qui se chargea finalement de tuer la Jedi Noire, au péril de sa vie. Zekk demeura ensuite à la base Jedi de
Shedu Maad, où il s’entraîna avec Jaina en prévision du combat de cette dernière contre son frère, devenu le Seigneur Sith
Dark Caedus. Lors de l’ultime bataille contre l’
Anakin Solo, le vaisseau de Caedus, Zekk fut porté disparu. Jaina ne sentit pas sa mort dans la Force, mais ne le retrouva pas pour autant.