En – 3637, l'Empire Eternel déferla sur la galaxie et anéantit les grandes puissances qui s'y battaient depuis des dizaines d'années, soumettant toutes les planètes à sa domination. Suite à la mort de Valkorion des mains d'un mystérieux Etranger, le prince Arcann monta sur le Trône Eternel et asservit la galaxie dans la terreur, enfermant l'assassin de son père dans ses geôles. Cependant, cinq années plus tard, le dit Etranger fut libéré par Lana Beniko et ses alliés, dont le renégat de Zakel Koth Vortena, réveillant les consciences et redonnant espoir à la galaxie. Diverses actions audacieuses menées par ce légendaire vétéran de la guerre galactique commencèrent à effriter le pouvoir de l'Empire Eternel, menant à la chute d'Asile, dernier port libre de la galaxie. Suite à cela, tous ceux qui étaient assez courageux pour se dresser contre Arcann se révoltèrent et se laissèrent guider par les rumeurs d'une nouvelle Alliance qui se formait autour de l'Etranger pour combattre l'Empire Eternel. De toute la galaxie affluèrent ainsi de grands combattants, stratèges, criminels, Jedi et Sith, qui s'unifièrent sous une seule bannière pour libérer la galaxie du joug d'Arcann.

Ainsi, en – 3632, Lana Beniko et Theron Shan se retrouvèrent et, après avoir découvert l'étonnante planète Odessen, équilibrée dans la Force et parfaite pour le symbolisme, décidèrent d'y fonder la base d'une Alliance qui rallierait tous ceux désireux de combattre l'Empire Eternel, utilisant leurs relations pour trouver des alliés puissants des quatre coins de la galaxie. D'un commun accord, ils placèrent alors l'Etranger aux commandes de cette Alliance et tous se mirent à oeuvrer pour construire une base opérationnelle digne de ce nom, capable de coordonner leurs efforts contre l'Empire Eternel. Les piliers de ce mouvement se révélèrent être le stratège Bothan Bey'wan Aygo, responsable militaire, l'héroine Hylo Visz, connaisseuse du monde criminel, le scientifique Hutt Oggurobb, responsable développement et technologie, et enfin Sana-Rae, une Voss responsable de l'Enclave de Force qui réunissait les Jedi et les Sith en un objectif commun qui dépassait les anciennes querelles. Ensemble, ils dénichèrent des alliés et des ressources pour étendre la portée de l'Alliance et rapidement, nombre de criminels, soldats républicains et soldats impériaux débarquèrent sur Odessen.

Dès lors, la véritable lutte commença pour l'Etranger, qui traversa la galaxie pour recruter ses alliés et prendre part aux missions les plus périlleuses, recrutant la Dame du Chagrin, la Trublionne ou encore l'Escouade du Chaos. De nombreuses opérations furent menées à la fois dans la galaxie et sur Zakel, de la destruction des puissantes Forteresses Stellaires aux tentatives de sabotage du système central de la capitale de l'Empire Eternel. Avec le Cénotaphe en tête de la flotte de l'Alliance, même la redoutable Flotte Eternelle d'Arcann était mise en difficulté, et les pertes furent terribles dans les deux camps. Avec le temps, l'Empire Sith, la République Galactique et même des Zakeliens résistant au régime d'Arcann s'intéressèrent de plus en plus à l'Alliance, tandis que l'influence de l'Empire Eternel diminuait. Le tournant de la guerre fut lancé en – 3631 par SCORPION, alliée de l'Etranger, qui mena l'Alliance sur la piste de GEMINI Prime, unité de contrôle principale des droides de commande des croiseurs de la Flotte Eternelle. Devant la possibilité de stopper la machine de guerre adverse, l'Alliance se lança dans l'opération Darvannis en ralliant les forces de Mandalore la Vengeresse, récupérant GEMINI Prime et attaquant des croiseurs de la Flotte Eternelle pour pirater les données. Cependant, SCORPION trahit et s'appropria le contrôle des vaisseaux pour son propre compte, divisant la Flotte d'Arcann et faisant perdre un allié de poids à l'Alliance. Elle poussa le vice jusqu'à envoyer Arcann directement sur Odessen, conduisant à la première grande bataille entre les forces de l'Alliance et celles de l'Empire Eternel. La bataille s'acheva par la chute d'Arcann, vaincu par l'Etranger, et le Trône Eternel fut repris par Vaylin, dernier enfant de Valkorion.

La montée de Vaylin sur le Trône et son alliance avec SCORPION plongea la galaxie dans une nouvelle phase de la guerre, bien plus cruelle et sanglante tandis que la Flotte Eternelle massacrait sans remords ni considération ceux qui se dressaient contre l'Empire Eternel, Vaylin étant bien plus instable et puissante que son frère. L'Alliance, renforcée après sa première victoire, déploya ses forces dans toute la galaxie pour lutter contre cette folie, rendant le combat bien plus étendu et bien plus difficile, alors que les pertes se faisaient de plus en plus nombreuses. En – 3630, Vaylin envahit la planète Voss ou s'étaient réfugiés sa mère Senya Tirall et son frère Arcann, forçant l'Alliance à défendre ce monde avec ardeur, attirant l'attention de Dark Acina qui envoya la flotte Sith prêter main forte à celle de l'Alliance, poussant la Flotte Eternelle à se replier. Une alliance fut ensuite créée entre les deux factions, notamment après avoir déjoué la tentative de coup d'état de l'ancien Chancelier de la République Leontyne Saresh sur Odessen. Après une petite altercation sur Iokath, l'Alliance resserra l'étau sur Vaylin en menant une opération d'infiltration et de sabotage sur le coeur de l'Empire Eternel, Zakel. Attirée par des rebelles Zakeliens, l'Alliance ruina en direct sur l'holonet une grande fête organisée en l'honneur de l'Impératrice, créant un véritable chaos sur Zakel et attirant même Arcann, venu pour stopper sa soeur après avoir appris de ses erreurs passées. Cette attaque fut le déclencheur de l'ultime assaut de Vaylin sur Odessen pour tenter d'annihiler une fois pour toute l'Alliance et l'Etranger. La base de l'Alliance fut alors mise à feu et à sang alors que tous les alliés de l'Etranger affrontaient les forces de l'Empire Eternel. Les pertes furent terribles et certains des plus proches conseillers de l'Etranger perdirent la vie, mais Vaylin fut finalement vaincue. La Flotte Eternelle, privée de leader, commença alors à détruire tout ce qui se trouvait à sa portée, bombardant des planètes dans toute la galaxie, forçant l'Etranger à se rendre sur Zakel pour s'emparer du Trône et apaiser la Flotte.

Suite à la montée de l'Etranger sur le Trône, le mouvement se reforma en intégrant à ses forces la Flotte Eternelle et les restes de l'Empire de Zakel, devenant l'Alliance Eternelle. Le Trône fut déplacé sur Odessen qui devint la nouvelle capitale galactique alors que l'Etranger devenait l'individu le plus puissant de la galaxie, unissant tous les mondes sous sa bannière. L'Alliance Eternelle devint alors la force militaire la plus puissante de la galaxie, effrayant la République Galactique et l'Empire Sith qui se préparèrent à la reprise de la guerre inévitable après la chute des tyrans de Zakel. Naturellement, être l'organisation la plus puissante de la galaxie attisa la jalousie et l'Alliance Eternelle eut alors à compter avec de nombreux soulèvements dans toute la galaxie, tandis que les grandes puissances se reformaient dans l'espoir de résister à l'Etranger. Mais le véritable danger pour l'Alliance Eternelle vint de l'intérieur, lorsqu'un traître attira les trois grandes puissances sur Iokath, la planète artificielle d'où provenait la Flotte Eternelle, sur la rumeur de la présence d'autres super armes capables d'anéantir l'Alliance Eternelle. Les tensions s'intensifièrent alors que tous montraient leur intérêt pour l'arme et l'Etranger dut choisir entre s'allier à Dark Acina ou s'allier à Jace Malcolm, des forces armées républicaines. Son choix conduisit à la guerre de Iokath, reprise des hostilités pour la galaxie...

Alors que de nombreux soulèvements se produisaient dans toute la galaxie contre l'oppression de l'Alliane Eternelle, volontaire ou non, l'identité du traître fut finalement révélée sur Umbara lorsque Theron Shan avoua sa trahison en tentant de tuer l'Etranger et Lana Beniko, sans succès, poussant ces derniers à unifier l'Alliance Eternelle contre lui et ses alliés, qui promettaient d'être des adversaires redoutables. Suite à cela, le combat se poursuivit sur Copero et enfin Nathema, où les secrets de l'Ordre de Zildrog furent dévoilés alors que la situation devenait critique. Au terme du conflit, l'Alliance perdit le Trône Eternel, la Flotte Eternelle et le Cénotaphe, diminuant grandement sa puissance, tandis que la galaxie s'embrasait et devenait rapidement proie à de multiples crises, prélude à une nouvelle guerre galactique. Incapable de faire front à la fois à la République et aux Sith, l'Alliance fut contrainte de devenir l'alliée d'une des deux grandes puissances pour mener la guerre à venir à ses côtés, et le premier combat se déroula sur Ossus...

Suite aux événements d’Ossus, la situation galactique continua de se déteriorer et la criminalité augmenta radicalement. Devant la menace représentée par les divers groupes pirates, l’Alliance renforça ses défenses avec l’aide inestimable de Paxton Rall qui patrouillait, et une force de défense conséquence fut placée à Odessen. Entre temps, les criminels continuaient d’agiter la galaxie et si certains attaquaient Zakel, d’autres comme les Lames Nova s’étaient rendues sur la planète Dantooine, permettant une nouvelle escarmouche entre la République Galactique et l’Empire Sith. L’Alliance Eternelle fut alors de nouveau contrainte d’intervenir pour soutenir l’un des deux camps, au risque de perdre plusieurs de ses membres opposés à cette politique.

Peu après le conflit sur Dantooine, l’Alliance entra dans sa phase la plus cruciale. La République et l’Empire s’apprêtaient à entrer en conflit massif sur Corellia, avec pour enjeu le Complexe Méridien, chantier naval républicain de nouvelle génération. L’Alliance fut alors contrainte de soutenir directement et officiellement l’un des deux camps, devenant soit l’alliée directe soit intégrant l’un des gouvernements de manière définitive. Ses forces furent déployées sur Onderon, Mek-Sha et Corellia, jouant un rôle déterminant dans le conflit. Il semble assez probable d’envisager que son destin se soit alors lié à celui de la République Galactique.