Les Vagaari quittèrent leur planète environ 37 années avant la bataille de Yavin pour fonder une force de combat nomade, asservissant tous les peuples qu'ils croisaient sur leur route. Sous l'égide du Miskara, cet empire commença à se déplacer au travers des Régions Inconnues pour imposer leur supériorité aux autres planètes, et se firent rapidement remarquer de la puissante Ascendance Chiss. En raison de la menace importante que l'Empire Vagaari était amené à représenter et sa proximité des frontières Chiss, le commandant Thrawn orchestra une campagne d'élimination non autorisée des vaisseaux Vagaari, dans le but de libérer les nombreux esclaves. Malgré l'utilisation de prisonniers comme boucliers, le génie des Chiss surpassa les défenses Vagaari à de nombreuses reprises, notamment au cours de la bataille du Vol vers l'Infini, où leur présence fut délibérément provoquée par Jorj Car'das, et qui fut catastrophique pour l'Empire Vagaari, le forçant à se retirer dans les profondeurs des Régions Inconnues pour récupérer.

De nombreuses années plus tard, les Vagaari refirent surface pour combattre les Chiss en se faisant passer pour des Geroon, mais ils furent dupés par Chaf'orm'bintrano qui les attira dans un piège, et au terme d'une terrible bataille ayant pour enjeu l'épave du Vol vers l'Infini, ils furent de nouveau vaincus, conduisant au passage à un état de guerre permanent entre les deux gouvernements.