L'escouade Bad Batch (de son vrai nom Unité expérimentale Escouade 99, un hommage au clone 99) était une escouade composée de quatre clones nés avec des mutations génétiques durant la guerre des clones. En raison de ces mutations génétiques, ils étaient supérieurs aux autres clones et étaient utilisés pour les missions suicides. L’escouade était indépendante de la chaîne de commandement classique et bénéficiait de son propre vaisseau, le Havoc Marauder, pour se déplacer au gré de ses missions.

Faisaient partie de l'escouade originelle: Hunter, un soldat aux capacités tactiques élevées ; Wrecker, à la force démesurée ; Tech, un clone très doué dans les domaines technologiques et scientifiques ; et Crosshair, redoutable tireur d'élite. Ils furent rejoints à la fin de la guerre des clones par Echo, un soldat clone 'régulier' auquel avaient été ajoutés de nombreuses améliorations cybernétiques.

En l'an -20, L'escouade fut appelée par le commandant Cody sur Anaxes pour aider l’armée régulière face aux Séparatistes. La mission qui lui fut confiée était l’infiltration du Centre Cybernétique d’Annaxes pour récupérer un algorithme séparatiste permettant à ces derniers d’anticiper tous les mouvements de la République et qui leur donnait donc un avantage majeur pour le contrôle de la planète. Il y eut quelques frictions avec les clones lambda Rex, Kix et Jesse qui les accompagnaient mais dans l’ensemble la mission fut un succès et Rex put confirmer ce qu’il pressentait : le fameux algorithme était en réalité le cerveau du clone Echo maintenu prisonnier par les séparatistes sur Skako Minor.

Une mission fut alors mise sur pied par Anakin Skywalker et Rex pour vérifier si Echo était réellement vivant où s’il s’agissait d’un piège séparatiste. Les membres de la Bad Batch penchaient plutôt pour la deuxième solution mais acceptèrent tout de même de partir pour Skako Minor.

Dès leur arrivée sur la planète, le général Skywalker fut fait prisonnier par le Chef Poletec et l’escouade dut le libérer sans blesser un seul Poletec pour ne pas provoquer les autochtones. Ces derniers acceptèrent finalement de les accompagner jusqu’à Purkoll, la ville contrôlée par le Techno Syndicat. Une fois infiltrée à l’intérieur du complexe ennemi, la Bad Batch ainsi que Rex et Anakin parvinrent à rejoindre Echo qu’ils retrouvèrent inconscient et branché au système informatique du Syndicat. Malheureusement, Wat Tambor avait tout prévu grâce au cerveau de son prisonnier et ils se retrouvèrent pris au piège, cernés par une armée de droïdes.

L’escouade parvint tout de même à échapper de peu aux effets dévastateurs d'un décimateur et ils purent tous s’enfuir du complexe du Techno Syndicat grâce à Echo qui, débranché, possédait toujours les plans du Techno Syndicat dans son cerveau. Ils regagnèrent alors le village poletec et défendirent les autochtones contre l’armée de Wat Tambor, bien conscients de leur avoir apporté la guerre jusqu’à chez eux, avant d’enfin repartir vers Anaxes.

Dans l’incapacité d’anticiper les mouvements républicains, l’amiral séparatiste Trench avait perdu tout avantage contre ses ennemis sur Anaxes. C’est pour cela que Mace Windu décida de lancer l’offensive finale et envoya la Bad Batch avec Anakin Skywalker et Rex infiltrer le vaisseau de Trench pour que Echo puisse se brancher au système séparatiste et prendre le contrôle de l’armée droïde. Les membres de la Bad Batch n’avaient toujours pas confiance en Echo et n’étaient pas rassurés à l’idée que tout le plan repose sur les épaules d’un possible traître. Mais si d’abord le clone donna des ordres très osés aux droïdes, sa tactique se révéla finalement victorieuse et la République put reprendre le contrôle totale d’Anaxes grâce aux capacités exceptionnelles de Echo.

Ce dernier démontra ainsi qu’il avait toutes les caractéristiques pour intégrer la Bad Batch et ses membres accueillirent avec joie Echo comme un nouveau membre de l’escouade.

Dans les semaines qui suivirent, l’escouade fut dépêchée sur la planète Kaller où la générale Jedi Depa Billaba était aux prises avec les forces séparatistes. Fidèles à eux-mêmes, redoutablement efficaces, les cinq clones furent d’un grand secours et firent la différence sur le champ de bataille. Hélas, ils n'eurent pas le temps de savourer cette victoire : c’est à cet instant que l’Ordre 66 fut ordonné par Sheev Palpatine (aka Dark Sidious). En un instant, Depa Billaba tomba sous le feu de ses propres troupes tandis que son Padawan, le jeune Caleb Dume, prit la fuite. Hunter, Wrecker, Tech et Echo refusèrent d'appliquer froidement un tel ordre sans en connaître les tenants et aboutissants... Seul Crosshair semblait être désormais convaincu que les Jedi étaient bels et bien des cibles à abattre.

La guerre des clones venait de s’achever. Selon ce qu’il se racontait, les Jedi avaient tenté un coup d’état et donc, par conséquent, été déclarés comme traîtres. Tout aussi étonnant, la République serait prochainement réorganisée en un nouvel Empire Galactique.

Comme tous les clones, la Bad Batch se retrouvait à présent au service de ce régime nouvellement proclamé. Ce fut l'Amiral Wilhuff Tarkin qui confia à l'escouade sa toute première mission pour l'Empire : éradiquer un groupe de rebelles menés par Saw Gerrera sur Onderon. Mais alors que les clones s’attendaient à affronter les vestiges de l’organisation séparatiste, il se retrouvèrent face à un groupe de femmes, d’enfants et de réfugiés dont le seul crime avait été de s’opposer au nouveau régime. Gerrera expliqua à Hunter que ce n’était qu’une question de temps avant que l’Empire ne piétine tout ce pour quoi il s’était battu durant la guerre des clones. Il laissa alors le choix aux soldats de choisir leur camp : rester fidèle à un régime totalitaire ou le rejoindre dans sa lutte. Hunter, préféra alors désobéir aux ordres de Tarkin et laissa à Saw Gerrera le temps d’évacuer les siens vers un refuge plus sûr. Pour Crosshair, ce fut l'acte d'insubordination de trop après qu'Hunter eut permit au Padawan Caleb Dume de fuir . Selon lui, un bon soldat se devait de suivre les ordres.

De retour sur Kamino, les cinq membres de la Bad Batch furent mis aux arrêts pour trahison. La mission sur Onderon avait été un test pour vérifier leur loyauté, test que seul Crosshair avait réussi en s’opposant à son chef. Crosshair fut donc séparé du reste de son groupe et Tarkin, comprenant que le soldat pouvait encore servir les intérêts du nouveau régime, demanda aux Kaminoans d’amplifier les effets de sa Puce Inhibitrice. Ce dispositif, officiellement implanté en chaque clone pour « réguler leur agressivité », avait été la raison de l'exécution de l'Ordre 66.

Hunter, Wrecker, Tech et Echo ne restèrent pas captifs bien longtemps puisqu'avec l'aide d'Omega, une jeune clone, génétiquement modifiée, tout comme eux, ils parvinrent à s'échapper de leur cellule. Après un bref affrontement contre Crosshair, leur ancien frère d'armes, reprogrammé par les Kaminoans, les quatre soldats prirent la fuite, emmenant avec eux Omega. La guerre était finie et dorénavant, ce nouvel Empire ne leur laisserait plus un moment de répit. La Bad Batch n’aurait de cesse d’être traquée. Conscient de ce fait, Hunter décida qu’il était temps d’entamer une nouvelle vie loin des conflits et d'apprendre à faire profil bas.