Un an a passé depuis la création officielle de l'Alliance rebelle. Juno Eclipse l'a rejoint et est devenue Commandant de la frégate Salvation. En orbite au-dessus de Cato Neimoidia, elle en suit la prudente politique de collecte de renseignements, mais une insurrection locale éclate et elle décide d'en profiter pour tester les défenses des installations d'esclavage impériales. Le général Rahm Kota a, quant à lui, une vision plus agressive du conflit : une petit force de combat peut perturber de nombreux systèmes stellaires si elle s'attaque à une cible bien pensée. C'est pourquoi le Maître Jedi envoie le Rogue Shadow et sa milice sur la planète pour détruire ses installations esclavagistes, et ainsi ralentir les activités de l'Empire qui dépendent du travail des esclaves. Mais les défenses de la planète sont plus importantes que prévu et une explosion emporte le Rogue Shadow, avec Kota à son bord.

Sur Kamino, Starkiller est revenu à la vie : le cadavre de Galen Marek a fait l'objet d'un clonage accéléré et des flashes de sa mémoire ont été utilisés pour entraîner son clone. Mais celui-ci est ainsi hanté par les souvenirs de Marek. Des visions et des voix qui lui sont inconnues l'assaillent. Mais Dark Vador continue de l'entraîner durement. Le nouveau Starkiller est donc physiquement plus fort et a appris, entre autres, à manier deux sabres laser en même temps. Après treize jours restés seul sans lumière ni eau ni nourriture, il reçoit la visite de son maître et apprend que Kota a été capturé et qu'il lui reviendra de l'exécuter. Mais avant, il doit affronter plusieurs droides Proxy. Le dernier prend la forme holographique de Juno et Starkiller ne peut se résoudre à la tuer, l'amour que Marek avait ressenti pour elle lui ayant été transmis; de même que son rejet du coté obscur de la Force. Constatant l’échec de son apprenti, Vador s'apprête à le tuer. Mais après un bref combat, il parvient à s'échapper puis à quitter la planète à bord du propre vaisseau du Seigneur Noir.

Au sein de la hiérarchie militaire de l'alliance Rebelle, Juno fait partie d'un groupe d'attaque placé sous l'autorité du Commodore Yat-De Viedas, un Rodien. Son vaisseau de commandement est un croiseur Mon Calamarien, le Solidarité. Juno lui fait son rapport de la bataille de Cato Neimoidia ainsi qu'aux dirigeants de la Rébellion : Mon Mothma, Garm Bel Iblis et Leia Organa qui représente son père Bail. En dépit de leurs réticences vis-à-vis du général Kota, le Capitaine Eclipse admet ouvertement avoir soutenu ses actions. Refusant que sa disparition entrave leur combat, elle propose une offensive sur Dac, avec le soutien du Capitaine Ackbar, récemment libéré, pour obtenir le soutien de cette planète et notamment ses soldats, son ingénierie militaire et ses chantiers navals. Mothma refuse, Iblis est pour. La prudence et la résolution s’affrontent, c'est ainsi que la jeune Alliance peine à avancer. Pour ménager Mothma, Juno est relevée officiellement de son commandement pour quelques temps et officieusement chargée par Leia d'aller sur Dac, d'unir les Mon Calamarien et les Quarren pour les rallier à l'Alliance. Au passage, R2 D2 répare une grande partie de Proxy mais le droide a perdu sa programmation primaire. Il en est assez affecté, pour une machine. Juno est rejoint sur Dac par un Bail Organa en fuite, déguisé en contrebandier. Il se rendent sous l'Océan de la planète et rencontre le Capitaine Ackbar et une délégation quarren. Après quelques pourparlers, ils s'allient et décident d'une attaque contre la base aérienne de l'Empire sur la ville flottante de Heurkea.

Starkiller arrive sur Cato Neimoidia. Il localise Kota grâce à la Force et se taille une route de sang jusqu'à lui. Même au milieu du combat, il se rend compte que lui et son original n'ont connu que la violence, la mort et le coté obscur. Il retrouve le jedi dans une arène et livre un combat titanesque contre un gorog. L'arène de combat a été construite, comme le reste de la ville, au dessus d'un gouffre sans fond. Mis en rage, le gigantesque monstre détruit le stade. Kota part tuer le Baron Tarko, potentat et administrateur corrompu et cruel de la planète qui le détenait et le livrait à l'arène depuis une semaine entière. Se débattant, le gorog s'accroche à la tribune. Après avoir mangé le potentat, il attrape Kota et tombe dans le gouffre abyssal. Starkiller saute, le rejoint et le tue par une véritable boule de foudre et s'attend à mourir dans cette chute sans fin. Kota lui prend son comlink et tous deux sont sauvés par l’arrivée du Rogue Shadow.

Juno, Proxy, Bail Organa, Ackbar et six quarren forment un commando et s'infiltrent dans la ville. Cinq quarren vont poser des charges explosives tandis que Proxy prend la forme du commandant du 181e escadron de l'Empire, Evir Derricote, pour ordonner aux pilotes d'effectuer un exercice de vol de démonstration. Le véritable Derricote est fait prisonnier. Le groupe se rejoint et se fait piéger par le Grand Moff Tarkin et deux dizaines de stormtroopers. A ce moment, les charges explosent, laissant penser que c'est l'escadron qui tire sur la ville. Une fusillade s'en suit et Tarkin prend la fuite. Proxy prend son apparence pour ordonner aux stormtroppers de le suivre pour soi-disant arrêter les pilotes. Derricote, qui était resté recroquevillé pendant les échanges de tirs, est laissé libre par le commando pour qu'il puisse témoigner de ce qu'il en coûte de s'attaquer à Dac et à sa Résistance. Celle-ci rejoint l'Alliance, Mon Calamarien et Quarren désormais alliés.

Kota veut que Starkiller reprenne du service contre l'Empire alors que l'Alliance Rebelle stagne. Mais retrouver Juno est le plus important pour Starkiller. Celui-ci a besoin d'un endroit calme pour méditer. Kota le sermonne et lui dit, à dessein ou non, « Très bien, alors. Va dans les forêts de Kashyyyk ou les grottes de Dagobah, là où tu crois que tu trouveras ce que tu cherches et laisse mourir la galaxie. ».

Juno rejoint Malastare et va voir un dénommé Berkelium Shyre dit le réparateur pour savoir où se trouve la flotte rebelle. Il l'a renseigne et lui fait des avances. Elle le rejette car elle n'a toujours pas fait le deuil de Starkiller.

Celui-ci arrive sur Dagobah. Grâce à la Force, il trouve la grotte empreinte du coté obscur. Yoda est là. Le clone ne lui demande pas qui il est et le Grand Maitre Jedi ne se présente pas. Il l'enjoint à entrer dans la grotte. A l'intérieur, il subit plusieurs visions. Il voit d'abord des dizaines de lui-même, peut-être d'autres clones de Galen Marek, qui tentent de l'agripper pour l'emprisonner avec eux. Il semble réussir cette épreuve en refusant de se servir de ses sabres et d'une violence excessive. Plus loin, il se retrouve dans le corps de Dark Vador recrutant Boba Fett pour le traquer. Il lui fournit des stormtroopers et un droide lourd spécial. Dans la vision suivante, il est à la place de Juno commandant son vaisseau et son équipage. Ils sont attaqués, le pont est envahi et elle est blessée à l'épaule. Enfin, il se voit lui-même tenant le corps sans vie de sa bien-aimée. Il sort ensuite de la grotte et, après un dernier échange avec Yoda, part pour empêcher tout ou partie de ses visions de se réaliser. Si c'est encore possible.

Juno est réintégrée dans ses fonctions et apprend que quelqu'un a fini le travail sur Cato Neimoida en tuant le baron. Elle est ensuite débriefée des évènements sur Dac. Bien qu'il n'avait pas été mis au courant, Garm Bel Iblis ne les désapprouve pas. Mais, malgré son absence à cette réunion, Leia reçoit de vives critiques de la part de Mon Mothma pour avoir orchestré cette opération non autorisée. Bail Organa la contraint d'accepter les faits en révélant qu'il y a lui-même participé. Les trois dirigeants prennent en compte la proposition de la résistance Dac de se joindre à l'Alliance et de fournir des croiseurs stellaires si elle participe à la libération des chantiers navals. Mais Ackbar est trop occupé par sa planète pour remplacer Kota pour les rebelles. Le principe d'une nouvelle opération symbolique de plus grande envergure est accepté pour que la Rébellion continue d'aller de l'avant.

Starkiller retrouve Kota sur Malastare chez le réparateur. Il lui parle de ses visions et tous deux décident de retrouver Juno pour empêcher l'attaque sur sa frégate. Le général choisit d'emmener avec eux sa nouvelle escouade rapidement recrutée et oblige le jeune homme à venir discuter avec le médecin : il apprend que le clonage d'un être sensible à la Force n'est pas viable, un tel clone sera atteint de folie, de psychose et de tendances suicidaires. Vador lui aurait-il donc menti ? Serait-il le Starkiller original ? Ou serait-il, d'un certain point de vue, déjà fou ? Ou Vador aurait-il trouvé la solution à ce problème ?

Starkiller, Kota et sa milice s'envolent vers la Nébuleuse de Terdra et y retrouvent la flotte. Le Rogue Shadow obtient l'autorisation de se poser sur le Salvation. A ce moment là, Boba Fett et les stormtroopers équipés de systèmes de camouflage individuel abordent le vaisseau et l'endommagent sévèrement. Tous les membres d'équipage de la passerelle sont tués. Seul Juno est capturée vivante.

Kota et Starkiller participent à la bataille mais Juno a déjà disparue lorsqu'ils arrivent sur la passerelle. Starkiller comprend qu'il a lui-même déclenché la réalisation de sa vision : les impériaux devaient sûrement l'attendre lui, et Juno était l'appât pour l'atteindre. Il rattrape Fett dans la cale du vaisseau. Le chasseur de primes doit s'employer à lui résister et il parvient à s'enfuir avec Juno toujours prisonnière, en le forçant à combattre le droide géant surarmé de sa vision. Malgré sa taille, la machine est rapide et Starkiller doit trouer le sol pour la faire chuter. Mais le droide contient des dizaines de petites répliques de lui-même. Il les envoie contre Starkiller pendant qu'il avance vers le réacteur secondaire. Ce serait un désastre s'il l'endommageait, le vaisseau étant entré dans l'hyperespace. Car pendant ce temps, Kota a suivi le conseil de Starkiller et a proposé une attaque contre une des bases de clonage secrète de l'Empire : sur Kamino. L'alliance a accepté cette attaque et c'est justement là-bas que Starkiller a deviné que Fett emmenait Juno. Car c'est pour lui qu'elle a été enlevée et c'est là-bas que tout a commencé. Elle y est livrée à Vador, qui la fait attacher sur le toit d'une des tours de clonage.

Starkiller en finit enfin avec le droide géant en l'éjectant dans l'hyperespace alors que le vaisseau arrive en orbite de Kamino. La bataille y fait déjà rage : une dizaine de vaisseaux rebelles contre cinq destroyers impériaux. L'Empire prend l'avantage et Starkiller décide de crasher le Salvation endommagé sur le générateur de bouclier planétaire. Kota et les quinze derniers survivants du vaisseau et de sa milice évacuent sur le Rogue Shadow. Starkiller ne pouvant plus diriger le vaisseau depuis de la passerelle, il sort s'accrocher à la coque et le mène jusqu'à l'impact grâce à la Force. Le Salvation se scinde en deux et la partie arrière, avec les moteurs, détruit le générateur de bouclier. Starkiller voit Juno sur le toit de la tour pendant la chute. Il détruit donc en plein vol la partie avant du vaisseau pour la préserver. Mais il sauve aussi Vador et les usines de clonage.

Il s'écrase dans l'une d'elles. Après avoir pris la mesure de la bataille qui se déroule au sol comme dans les airs, il part vers Juno mais se retrouve au milieu des combats. Il recroise Kota et son escouade et leur prête main forte en éliminant des snipers et en ouvrant à mains nues un hangar permettant l'accès des chasseurs rebelles. Il s'accroche alors à une aile-Y, piloté par Wedge Antilles, qui l'emmène après quelques exploits aériens aux tours de clonage. Là, il se taille un chemin à coup de sabre jusqu'à Juno et Vador. Un combat contre son ancien maître et des droides Proxy s'engage. Après leur destruction, il doit affronter les clones ratés du premier Starkiller. Il finit par tous les tuer et arrivent sur le toit de l'usine où se trouve Juno gardée par Vador et quatre stormtroopers.

Vador ordonne aux soldats de la tuer. Starkiller les en empêche. Le Seigneur sith commence alors à l'étrangler avec la Force et, se faisant, la soulève au dessus du sol. La tenant ainsi en otage, il contraint Starkiller à se soumettre à lui. Il accepte, pour la sauver. Elle retombe à terre. Vador informe son nouvel apprenti des grandes lignes de sa mission : dans l'immédiat il doit tuer Kota, puis venir succomber au coté obscur et, à terme, éliminer les dirigeants Rebelles. Le tout est conditionné à la vie de Juno. L'échec ou le refus leur sera fatal à tous les deux. Juno s'empare discrètement d'un des sabres que Starkiller avait jeté et tente de frapper Vador dans le dos. Celui-ci l'évite au dernier moment au prix du panneau de contrôle de sa poitrine. Il réplique en la projetant au loin, juste au bord du toit.

Le combat entre Vador et Starkiller reprend. Le seigneur sith prend l'avantage et accule son adversaire. Starkiller laisse alors délibérément ses sabres être détruits. Vador lui ordonne une dernière fois de se soumettre mais il reçoit des éclairs de Force directement dans l'entaille qu'avait fait Juno dans son armure. Vainqueur, Starkiller s'apprête à l'achever mais Kota l'en empêche pour le faire prisonnier, lui faire révéler les secrets de l'Empire, le juger et seulement à ce moment là, l'exécuter. Starkiller accepte, retourne vers Juno pour voir qu'elle est morte. Il la prend dans ses bras et elle revient alors à la vie.

Starkiller pense que c'est le pouvoir de l'amour qui a réalisé ce miracle. Elle pense que c'est lui qui l'a ramenée. La bataille s'est soldée par une victoire de l'Alliance grâce, notamment, à un croiseur Mon Calamarien qu'a envoyé Ackbar. Juno informe Leia de la victoire de l'Alliance et de la capture de Dark Vador. Celui-ci refuse de répondre aux premières questions. Starkiller ne sait donc toujours pas s'il est un clone ou Galen Marek lui-même. Ils l'emmènent sur Dantooine tandis que les trois épaves de destroyers impériaux sont envoyées dans l'Océan pour que le tsunami ainsi créé détruise les usines de clonage.

Sirius