La Prison de Stygeon était, sous l'Empire, une prison - la seule du système Stygeon - réputée imprenable. Elle disposait d'une muraille anti-blaster, de champs de force, d'armes anti-aériennes, de détecteurs courte et longue portées, de plusieurs chasseurs TIE, et ses murailles étaient gardées par des gardes et des stormtroopers.

Peu avant la fin de la Guerre des Clones, Dark Maul fut capturé sur Sundari et envoyé dans la prison de Stygeon Prime. C'est grâce à l'aide de Rook Kast et Gar Saxon, deux super commandos Mandaloriens, alors alliés avec Maul, qu'il réussit à s'échapper au nez et à la barbe de Dooku. En réalité, le Comte laissa plus ou moins Maul s'échapper, afin qu'il puisse le mener jusqu'à Talzin.

Les restes du maître Jedi Luminara Unduli étaient conservés dans la cellule d'isolement 0169 du bloc CC-01 (dans les niveaux inférieurs) depuis son exécution ; des traces de sa signature spirituelle étaient encore sensibles à travers la Force, ce qui permettait à l'Empire d'attirer des Jedi ayant survécu à l'Ordre 66 et croyant pouvoir libérer maître Unduli. Kanan Jarrus tomba ainsi dans ce piège en l'an -5 : avec son apprenti Ezra Bridger et le reste de l'équipage du Ghost, ils tentèrent une mission de sauvetage après avoir entendu un message prétendument pirate, dans lequel Gall Trayvis annonçait que Luminara Unduli était retenue prisonnière dans le système Stygeon. L'Inquisiteur en personne les attendait sur place ; Jarrus et sa bande parvinrent cependant à s'échapper.