Avant d'entrer dans l’ascenseur les menant plus loin dans le vaisseau de Grievous, Anakin et Obi-Wan échangeaient des plaisanteries sur la compréhension des bips de R2-D2. Des dialogues ajoutant une interaction amicale entre les deux Jedi mais qui sonnent un peu faux en comparaison des répliques maintenues dans le film.
Scène présente dans les bonus Blu-Ray du coffret l'intégrale de la Saga.
Cette scène se déroule en deux parties. La première, aux effets finalisés par ILM, montre une première version de la rencontre entre Grievous et les Jedi. Anakin et Obi-Wan se retrouvent dans un couloir face au Général, qui exécute Shaak Ti (capturée avec Palpatine dans une version antérieure du script) sous leurs yeux. Les Jedi parviennent à s'enfuir en découpant un trou dans le sol avec leurs sabres. La deuxième partie de la scène est montrée sous forme d'animatiques. On y voit Anakin et Obi-Wan fuir des droïdes de combat en traversant une chambre qui se remplit dangereusement de carburant, jusqu'à l'explosion à laquelle les Jedi échappent de justesse.
Une scène qui rallonge inutilement l'arrivée des Jedi jusqu'à Dooku.
Scène présente dans les bonus du DVD de l'épisode.
La fuite des deux Jedi en companie du Chancelier Palpatine devait être bien différente de celle que l'on connait. Nos héros se retrouvaient en effet dans le hangar où se trouvent leurs vaisseaux détruits et cherchent un autre moyen de s'échapper.
On se retrouve ici avec des péripéties qui rallongent inutilement le cheminement des Jedi vers la sortie.
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Première scène de l'intrigue Rébellion, on y voit Padmé, Mon Mothma, Bail Organa et trois autres sénateurs dans le bureau de Bail. Tous discutent des derniers agissements de Palpatine qui sape petit à petit la constitution. Bail annonce alors sa décision, avec Mon Mothma, de créer une organisation pour s'opposer au Chancelier et sauvegarder la démocratie.
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Cette scène se situe dans les appartements de Padmé. Les sénateurs "rebelles" y discutent de l'utilité d'informer les Jedi de leur mouvement. Ils décident finalement de présenter leur pétition au Chancelier avant de prendre d'autres mesures.
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Un échange entre Anakin et Palpatine qui montre les ambitions du Chancelier concernant le Conseil Jedi qu'il souhaite contrôler. Le chancelier tente une fois de plus de faire comprendre au jeune chevalier que le Conseil ne fait pas confiance à ses talents, et qu'il ne sera jamais élu membre du Conseil.
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Troisième et dernière scène de l'intrigue Rébellion, on y voit Padmé venue avec quelques sénateurs présenter la pétition des 2000 au Chancelier. Palpatine, en bon politicien, répond à côté des questions et les congédie avec de fausses promesses. Alors que les sénateurs sortent de son bureau, il s'emploie à convaincre Anakin que la Sénatrice Amidala cache quelque chose.
L'ensemble des scènes autour de la Rébellion furent donc supprimé au montage. George Lucas préférera au final focaliser le film sur la chute d'Anakin Skywalker, elles restent cependant très intéressante à visionner.
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Petite réunion dans les quartiers de Yoda entre celui-ci, Mace, et Obi-Wan. Les Jedi y discutent des manipulations de Palpatine pour contrôle le Conseil Jedi, du trouble grandissant de la Force, et de la nécessité de prendre des mesures contre le Chancelier si celui-ci refuse de mettre fin à l'état de guerre une fois que le Général Grievous sera éliminé.
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Cette séquence entièrement en animatique a été réalisée par Steven Spielberg qui souhaitait se familiariser avec la technique. Elle est plus longue que la séquence finale du film (environ 8 minutes) et montrait l'ampleur de la bataille d'Utapau avec un nombre impressionnant de combattants. Le véhicule de Grievous tente également de tirer sur Obi-Wan et sa monture, alors qu'un train vient perturber la poursuite. Au final, nombre de situations rocambolesques furent supprimer au montage, allégeant la poursuite qui semble interminable.
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Autre grande animatique du film, l'ordre 66 ainsi que la bataille de Kashyyyk étaient alors bien différent de ce que l'on connaît. Le fameux clin d'oeil à THX 1138 était présent via le « Commandant 1138 » contacté par l'Empereur, alors que l'ordre 66 étaient annoncé avant le début de la bataille sur Kashyyyk. Les wookies étaient plus présents et réussissaient à prendre contrôle de vaisseaux du CSI, à l'instar de Chewbacca dans le Retour du Jedi.
L'ordre 66 était plus complet avec d'autres Jedi attaqués, comme Quinlan Vos, Barriss Offee et des morts plus violentes (écrasement, visages en gros plans).
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Décidément, le destin du Maître Jedi Shaak Ti est bien problématique. D'abord assassinée par Grievous au tout début du film, elle sera plus tard tuée par Anakin lui-même lors de l'assaut sur le Temple Jedi. Au terme du montage, elle sera finalement épargnée, pour être traquée dans le jeu vidéo, The Force Unleashed.
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Le duel entre Yoda et l'Empereur a tout d'abord été réalisé en animatique comme la plupart des séquences d'action du film. Les deux combattants devaient être filmés par les caméras du sénat et projetés sur les écrans montrant le duel sur plusieurs angles en simultanés. Le maître Jedi devait d'ailleurs gagner le duel, poussant Palpatine à la fuite.
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Encore une animatique, réalisée bien avant le tournage, cette fois assez fidèle au montage final. Anakin utilisait un peu plus le décor pour tenter de toucher Obi-Wan, comme il le fera plus tard avec Luke sur Bespin.
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Toujours en animatique, la séquence de la rivière de lave durant le duel devait être un peu plus longue. Les échanges entre les deux Jedi sur les plate-formes mobiles étaient un peu plus mouvementés que dans le film, alors que Anakin tente de projeter de la lave sur son ancien Maître.
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Scène encore présente dans la novélisation de la Revanche des Sith, Yoda devait avoir une conversation avec le Maître disparu Qui-Gon Jinn, avant l'arrivée d'Obi-Wan sur Polis Massa. Qui-Gon exposait sa découverte à propos de la Force. Le dialogue ne fut jamais enregistré par Liam Neeson, et seul la toute fin de la séquence quand Yoda réouvre les yeux est présente dans le film.
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