L’Empire des Ténèbres prit une nouvelle envergure quelques années après sa sortie, qui fit de ses événements une période charnière de la continuité. La première extension débarqua en 1993 avec l’un des guides les plus appréciés des fans : le Dark Empire Sourcebook. Bien qu’il s’agisse d’un manuel de jeu de rôle, il apporta de nombreux points supplémentaires à cette histoire sans pour autant interférer avec la trilogie de comics. L’Empire des Ténèbres rencontra à cette époque un nouvel essor qui ne fut pas éphémère et connut par la suite une autre impulsion.

Quatre ans plus tard, Mike Richardson et Randy Stradley furent les auteurs de nouveaux comics mettant en scène des gardes impériaux : l’Empire Ecarlate. Bien qu’étant indirectement impactée par le retour de l’Empereur, cette série fit apparaître certaines anecdotes sur le pouvoir des dirigeants impériaux de l’époque ainsi que leur réaction face à ce revirement de situation.

L’apogée des extensions de l’Empire des Ténèbres arriva à partir de l’année 2000 avec l’apparition d’une série de guides sobrement intitulée « Essential’s ». Tout commença par The Essential Chronology écrit par Kevin J. Anderson et Daniel Wallace. Relativement complet sur la période « Bantam », ce guide connut une profonde mise à jour en 2005 avec l’arrivée de son frère cadet, The New Essential Chronology. Sa sortie fut ponctuée d’une pléiade de nouvelles informations essentiellement présentes pour combler des trous involontairement laissés par les différents auteurs. Plusieurs guides de la même série suivirent cette voie avec pour chacun, de nouvelles anecdotes et précisions sur l’Empire des Ténèbres. L’Atlas paru en 2009 approfondit par exemple les informations sur Byss et Balmorra, tandis que l’Essential Guide to Warfare apporta quant à lui les dernières pièces d’un long puzzle débuté en 1991. Au-delà de simples informations sans but particulier, tous ces guides regroupèrent finalement un amas de situations parallèles considéré comme canon avant 2014. Ce fameux regroupement permit de finaliser le récit entier de l’Empire des Ténèbres, où une mission prit une part prépondérante, l’Opération Main de l’Ombre.

Quelques semaines avant le retour officiel de Palpatine sur Byss, plusieurs signes avant-coureurs permirent tout de même à la Nouvelle République d’anticiper ce fiasco, mais il n’en fut rien. Les premiers responsables furent tout d’abord les Forces de Défense de la Nouvelle République pourtant dirigées par le génie militaire Gial Ackbar. Ces dernières s’étaient positionnées depuis plusieurs mois sur un dossier des plus importants : la traque d’un dangereux Seigneur de Guerre impérial nommé Inos Fonada, impliqué à cette époque dans tous les conflits du secteur Vatha. Au début de l’an 10, Fonada stoppa subitement son offensive contre les planètes pacifiques et la Nouvelle République, sans que quiconque ne fut alerté par cet acte mystérieux. Il en fut de même pour le Général Alix Balan qui ordonna le retrait des troupes hors du périmètre d’Anaxes. Selon certaines rumeurs provenant des services de renseignements républicains, les différents Seigneurs de Guerre s’étaient tous rassemblés dans le Noyau Profond sans agir pour autant. Ces faits furent suivis par la disparition du vaisseau Eclipse pourtant protégé dans le cœur des chantiers navals de Kuat. Une fois de plus, les hauts généraux républicains ne furent pas alertés par l’étrangeté de la situation.

De nombreuses escarmouches commencèrent à éclater sur divers mondes de la galaxie, entre les différentes organisations impériales. Tout porta à croire qu’Alix Balan avait réussi à enfin unifier une partie des Seigneurs de Guerre impériaux, mais le rideau tomba enfin quelques jours plus tard sur Byss avec la résurrection de Palpatine. L’ancien Empereur avait quelques années auparavant, enfermé son esprit dans l’enveloppe corporelle d’un Jedi Noir nommé Jeng Droga, avant que l’ancien Vizir et prétendu mort Sate Pestage ne s’occupe de transférer l’esprit de son maître à l’intérieur d’un de ses clones. La première prérogative de Palpatine fut de se servir de l’Eglise du Coté Obscur créée par le défunt Cronal, pour convoquer et tester la fidélité des membres de cette secte. Les plus éminents représentants de cet ordre qu’étaient  Foga Brill et Ennix Devian ne tergiversèrent pas et courbèrent l’échine devant leur ancien maître, ce qui fut également le cas du Grand Moff Ardus Kaine, l’une des figures impériales les plus importantes de l’époque dont la puissance composée d’un grand nombre de secteurs et planètes nommée « Alignement de Pentastar », était un point non négligeable pour Palpatine. Vint également le tour de certains membres des vestiges impériaux comme Sander Delvardus, Blitzer Harrsk et Treuden Teradoc qui prétextèrent ne pas être au courant de l’existence d’une Eglise du Coté Obscur, ce qui ne fut jamais prouvé.

Lors de son retour et après que tous les dirigeants impériaux aient été alertés par sa résurrection, Palpatine leur ordonna de traquer sans relâche le noyau de traîtres s’étant tourné vers la Nouvelle République. Les premiers à subir le courroux de Palpatine furent Arden Lyn et son amant Durrei. L’ancienne maîtresse de Xendor finit par périr des mains de l’Inquisiteur Antinnis Tremayne, mettant ainsi fin à une légende contant l’immortalité de cette femme âgée de près de 25 000 ans. La seconde proie ne fut autre que Mara Jade, ancienne Main de Palpatine reconvertie dans la cause contrebandière. Tandis qu’elle se rendait au cœur du système Senex pour représenter ses confrères contrebandiers, son vaisseau fut intercepté par un contingent impérial dirigé par l’un des plus dangereux adeptes du coté obscur : l’agent Blackhole plus connu sous le nom de Cronal. Ce dernier laissé pour mort sur Mindor cinq ans plus tôt, finit par réapparaitre lors de la résurrection de l’Empereur pour lui jurer de nouveau allégeance. Luke Skywalker fut rapidement mis au courant de la capture de Jade, sans toutefois pouvoir intervenir pour la sauver à cause des nombreuses guerres civiles initiées par les diverses factions impériales. Il quémanda l’aide de Jan Ors qui travaillait depuis peu au sein de la NRI, ainsi que celle de Kyle Katarn qui prit le commandement des opérations. Les détails de cette mission restèrent cependant flous et son déroulement demeura inconnu. N’en reste pas moins que Mara Jade finit par être libérée de Cronal et se hâta de rejoindre les contrebandiers sans prendre part au combat. Selon le rapport rédigé par Ors et Katarn, les deux agents républicains quittèrent les lieux de l’évasion en découvrant un antique temple Sith inhabité depuis plusieurs siècles.

Lorsque les principaux gêneurs et traitres furent éradiqués de la main des hommes de Palpatine, ce dernier avança ses premiers pions en manipulant une guerre civile entre diverses factions impériales sur Coruscant, afin de s’en servir comme un stratagème pour déboussoler l’ennemi et le rassembler en un point. Le retour de l’Empereur fut officialisé au sein de la Nouvelle République que quelques heures plus tard, après que Luke Skywalker comprit le danger présent sur Byss et s’y engouffra volontairement. Le Jedi fut contre toute attente, perverti par le coté obscur et la proposition de Palpatine qui lui offrit le poste de commandeur suprême. Cette approche de Luke bien qu’osée et particulièrement dangereuse avait pour unique but de combattre le mal de l’intérieur en empruntant un chemin semé d’embuches, à l’instar de son père qui y avait succombé bien des années auparavant.

La première offensive décrétée par Palpatine se porta fort logiquement sur Dac, éternel bastion de la rébellion et planète natale de Gial Ackbar. Les Dévastateurs de Mondes furent envoyés sur les lieux, mais rencontrèrent une farouche résistance grâce à l’aide de l’Escadron Rogue mené par Wedge Antilles. Les semaines passèrent et la situation sur Dac finit par se décanter grâce à l’aide de l’Amiral Ackbar et de Luke Skywalker, revenu à la raison quelques temps auparavant. Cependant, la défaite impériale sur Dac s’avéra être volontaire afin de camoufler d’autres offensives orchestrées par Palpatine sur Chazwa, Thyferra, Denon et Yag’Dhul. Sachant que Palpatine avait durant cet instant les yeux rivés sur ses futures conquêtes, l’ancien espion Ennix Devian en profita pour fomenter un immense coup d’état en assassinant le Grand Moff Ardus Kaine à l’aide d’une flotte de vaisseaux E-Wings afin de placer cet acte sur le compte de la Nouvelle République. Dans le même temps, Leia organisa une opération de sauvetage sur Byss dans l’espoir de ramener son frère à la raison, sans savoir que le geste de Luke était volontaire. Ce dernier lui confia d’ailleurs son plan qui était de se rapprocher de son ancien ennemi et sombrer dans le coté obscur volontairement pour mieux le faire imploser au cœur de Byss. L’Empereur finit toutefois par comprendre le stratagème de son nouvel apprenti et engagea le duel, profitant d’un corps plus puissant que jamais. L’explosion de Force provoquée par les deux êtres finit toutefois par être fatale à la flotte, provoquant un déluge de feu à l’intérieur de l’Eclipse qui mit temporairement fin à la menace Palpatine. Quant à Luke, il réussit à quitter les lieux sans périr aux cotés de son adversaire.

Comme convenu de longue date en cas de débâcle sur Byss, ce fut le Jedi Noir Sedriss personnellement formé par Palpatine qui dut assurer un lourd intérim en attendant des jours plus propices. Il quitta sa campagne d’alors sur Trellen où il obtint une large victoire, et rallia Balmorra en engageant le combat contre les forces du gouverneur Hinch Beltane. Malgré le soutien de la Nouvelle République et une tentative audacieuse visant à renverser le nouvel ordre impérial, Sedriss finit par avoir le dernier mot et força son adversaire à négocier une trêve qui lui permit de continuer son avancée vers Onderon et Cyrillia, en passant par Gyndine et Zeltros. Son ascension fut toutefois brutalement stoppée lorsqu’il eut part de la trahison de deux autres Jedi Noirs, Nefta et Sa-Di qui tentèrent de profiter du chaos ambiant pour prendre les rênes de la galaxie. Il se hâta de retourner sur Byss et terrassa les deux traîtres avant de faire face à un nouveau clone de Palpatine qui épiait le combat dans l’ombre. Contre toute attente, le souverain impérial ne le félicita pas pour sa loyauté, mais le châtia pour la perte de Zasm Katth et Baddon Fass, deux Jedi Noirs des plus essentiels à l’Opération Main de l’Ombre. Sa punition fut de traquer Luke Skywalker sur Ossus plutôt que de seconder son maître dans sa conquête galactique. De son côté, Luke était parti tenter une alliance avec un peuple sensible à la Force nommé Ysanna, avec l’aide de son compagnon Kam Solusar. Les deux Jedi firent la rencontre de Sedriss et Vill Goir, un autre guerrier au service du coté obscur. Ces derniers furent défaits au bout d’un long combat face à l’enfant de l’Élu qui était devenu plus puissant que jamais. Lorsqu’il apprit la défaite de son plus fidèle guerrier, Palpatine ressentit quelques remords et le remplaça rapidement en nommant à sa place un nouvel Exécuteur, Xecr Nist. La première prérogative de ce dernier fut de lancer un assaut sur Nouvelle Alderaan où se trouvaient les enfants Solo. Ils furent cependant accueillis sur place par Kam Solusar et un ancien Jedi nommé Empatojayos Brand qui mirent de nouveau en péril leurs adversaires du coté obscur, laissant uniquement la vie sauve à Nist qui rallia la Forteresse de Byss.

Palpatine se retrouva acculé suite à cette avalanche de défaites surtout causées par la vanité et le surplus de confiance des utilisateurs du coté obscur qui accumulèrent les débâcles face à la Nouvelle République et Luke Skywalker. Les hauts dirigeants républicains appuyèrent toujours plus sur le Talon d’Achille de l’adversaire en envoyant au cœur de Byss un commando dirigé par Wedge Antilles et Lando Calrissian visant à tester les défenses de la forteresse impériale. Palpatine fut mis au courant de cette opération et tenta le tout pour le tout en activant sa nouvelle superarme, le Canon Galactique. Il fit détruire la planète Da Soocha principalement habitée par le peuple Mon Calamari, ainsi que la station Nespis VIII où certains leaders républicains s’étaient donné rendez-vous pour orchestrer le coup de grâce impérial. Cet acte effroyable ne fut pas digéré par le reste des dirigeants de la Nouvelle République qui envoyèrent de nombreuses troupes en approche de Byss, mais durent de nouveau essuyer la colère de l’ennemi qui détruisit deux nouvelles planètes : Krinemonen et Hirsi, deux bastions abritant des chantiers navals républicains. Malgré une apparente domination, l’état de Palpatine était des plus critiques après que le traitre Carnor Jax sabota les dernières cuves de clonages en compagnie de certains scientifiques. Palpatine dut dès lors opérer dans l’urgence en tentant de se trouver un nouveau corps jeune et puissant, afin de pouvoir lutter contre des ennemis l’assaillant de toutes parts. Le choix se porta rapidement sur le jeune Anakin Solo, fils de Han et Leia qui possédait une sensibilité à la Force somme toute incroyable. Tandis que l’Eclipse II mit le cap sur la planète Onderon sur laquelle se trouvaient le couple Solo et leurs enfants, le commando de Wedge Antilles et Lando Calrissian infiltra le vaisseau et modifia sa course pour le programmer sur le Canon Galactique, afin de détruire les deux systèmes au même instant. Le résultat de l’opération fut finalement bien supérieur aux objectifs avec à la clé, la destruction de la planète Byss qui fut percutée de plein fouet par le Canon Galactique qui sombra en son cœur. La totalité des troupes impériales furent balayées en un instant, laissant place à un simple amas d’astéroïdes. Palpatine tenta alors le tout pour le tout en se rendant au chevet d’Anakin Solo, devant toutefois faire face à une dernière épreuve en livrant combat à de nombreux soldats. Il déchaina plusieurs éclairs de Force qui mirent en péril les rangs républicains et se hâta de préparer son esprit au transfert. Dans un ultime geste héroïque, l'ancien Jedi Empatojayos Brand s’interposa entre les deux êtres, et fit annuler l’opération.

Ce geste mit définitivement fin aux ambitions de l’Empereur qui ne compta désormais plus aucun clone. Son esprit et sa dernière enveloppe charnelle se volatilisèrent, mettant ainsi un point final à la vie de celui qui régna par deux fois sur la galaxie. La menace du Culte du Coté Obscur ne fut toutefois pas totalement éradiquée avec la survie de Xecr Nist, le dernier des survivants aux services de Palpatine. Il fut traqué sur Vjun par Luke Skywalker qui la captura au cœur du Château de Bast, et fut rejoint bien assez tôt par le chef scientifique de Palpatine qui révéla avoir été soudoyé par Carnor Jax qui était à l’époque l’apprenti de la mystérieuse Lumiya. Il confia également aux services républicains la trahison de Jax qui avait quelques temps auparavant, massacré l’ensemble de la Garde Royale pour assouvir son ambition et créer le fameux Empire Ecarlate qu’il dirigea plus tard en compagnie de Sarcev Quest, autre Jedi Noir autrefois membre du Corps Agricole Jedi. Face à cette cruelle désillusion, le reste des Seigneurs de Guerre et des Jedi Noirs connurent une nouvelle diaspora et retournèrent dans leurs quartiers respectifs, sans toutefois abandonner une once de terrain à la Nouvelle République, plus que jamais sur le qui-vive.

Suite aux événements qui précipitèrent la troisième et dernière chute de Palpatine, l'Empire ne rendit toutefois pas les armes. Les hauts dignitaires ayant survécu à l'Opération de la Main de l'Ombre continuèrent leur combat face à la Nouvelle République, mais aussi face aux nombreux ennemis intérieurs qui furent les points névralgiques dans l'échec final impérial, bien des années plus tard.

Quant à l'épisode de la résurrection de l'Empereur, il fut classé et relativement peu évoqué lors des guerres du futur. Pas tellement par manque d'importance de cette événement au sein de la continuité Legends, mais plutôt du fait de la volonté des auteurs de l’Univers Étendu, dont l'immense majorité a boudé Dark Empire pour diverses raisons.