Six mois ont passé depuis la bataille de Geonosis, où débuta la fratricide Guerre des Clones. Le Maître Jedi Mace Windu est désormais général dans la Grande Armée de la République, mais c’est aussi et surtout en tant qu’ancien professeur de la Jedi Depa Billaba qu’il part sur son monda natal, Haruun Kal, pour retrouver la trace de son ancienne Padawan. Un message provenant de la planète occupée par les Séparatistes, où Depa est partie former des guérilleros, est parvenu jusqu’à lui : un enregistrement faisant état d’un massacre perpétré, semble-t-il, par Depa. Le Conseil Jedi a peur qu’elle ait succombé à la folie, ou pire : au Côté Obscur. Mace fut son mentor. Lui seul peut la retrouver, savoir ce qui lui est arrivé et la sauver des ténèbres.

Les Séparatistes sont sur le point d’acquérir une nouvelle génération de droïdes de combat, ce que ne peut accepter la République. Obi-Wan Kenobi est envoyé sur la planète Ord Cestus, où sont fabriquées les machines de guerre. Sa mission est placée sous le signe de la diplomatie, mais si son rôle d’ambassadeur n’aboutit à rien, il est autorisé à le troquer contre celui de général. Et tous savent que cela va arriver. Dans l’ombre, quelqu’un tire les ficelles d’une sinistre machination ; quelqu’un qui a ses propres ambitions. Tandis que Kenobi et le Maitre Jedi Kit Fisto découvrent le complot petit à petit, ils comprennent jusqu'à quel point ils peuvent avoir confiance en la machine à tuer qu’est un soldat clone et combien la guerre peut être répréhensible.

Sur la planète industrielle Ord Cestus, le peuple x’Ting est à la recherche de l’unique Œuf survivant de la famille royale, symbole de solidarité et d’indépendance. Le faire éclore est vital pour leur futur mais si peu d’entre eux connaissent l’endroit où il est caché... et encore moins sont ceux qui ont les facultés nécessaires pour passer l’épreuve du gantelet mortel. Seuls les braves capables de la réussir ont le pouvoir d’ouvrir la chambre forte protégeant l’Œuf sacré. Cette mission, le Chevalier Jedi Obi-Wan Kenobi l’accepte, sachant très bien que l’échec lui ouvrirait non pas la porte de la chambre, mais celles de la mort.

La Guerre des Clones, synonyme d'années sombres pour la République, n’épargne personne, que ce soit des Jedi, des soldats clones ou bien des droïdes. Entre deux sanglantes batailles pour le contrôle des usines de Drongar, la planète jungle, une petite unité médicale essaye tant bien que mal de soigner les blessés. Parmi eux, un chirurgien cherchant à masquer son désespoir à grand renfort d’humour sardonique, un autre qui essaye d’oublier la misère et la mort grâce à la musique, une admirable infirmière mettant du coeur à l’ouvrage et dont les yeux sont dirigés vers un docteur, une jeune apprentie Jedi se retrouvant pour la première fois seule sans son mentor. Tous doivent affronter quotidiennement le désespoir.

Sur la planète Drongar, Jos Vondar et son équipe de chirurgiens sont débordés par les clones blessés qui affluent de toutes parts. Et lorsqu’un ennemi de la République arrive, gravement touché, et que Jos apprend un terrible secret le concernant, il doit faire un choix : tuera-t-il cet ennemi, ou obéira-t-il à la République ?

En dépit de leurs armures blindées et de leur code génétique amélioré, les soldats de la grande Armée de la République restent des êtres de chair et de sang. Au fin fond des jungles tempérées de Jasserak, sur Drongar, les médecins et les infirmières d’une petite unité médicale se consacrent sans relâche à la guérison des troupes de clones. Les chirurgiens sont débordés, à tel point que même les dons curatifs de la Padawan Barriss Offee commencent à trouver leurs limites. Alors, une option s’ouvre a eux. Bien qu’impensable aux premiers abords, elle se transforme inévitablement en unique solution à ce terrible problème.

Les mois se sont transformés en années et le lent cancer que représente la Guerre des Clones continue à déchirer la Galaxie. De retour de l’un des trop nombreux fronts, un Jedi blessé apporte au Conseil un message des plus surprenants : les Séparatistes offrent à l'Ordre et à la République rien de moins que la paix. Convaincus que la vérité est toute autre et que cette proposition d’armistice n’est qu’un leurre et qu’il ne s’agit que d’un nouveau sinistre projet du Compte Dooku, les Jedi envoient leur plus grand ambassadeur, qui est aussi leur meilleur guerrier, Yoda en personne. Déterminé est le Maître Jedi : si sa prochaine rencontre avec son ancien Padawan se termine par un nouvel affrontement, prêt il est d’ores et déjà.

Les Séparatistes se sont emparé de Praesitlyn, un monde où réside un centre de communication des plus cruciaux pour la République. Pour le reprendre à l’ennemi, l’Ordre Jedi envoie sur place le Chevalier Nejaa Halcyon ainsi que le jeune Anakin Skywalker pour le seconder dans cette tâche. Le bataillon de soldats clones sous leur commandement aura pour mission de prêter main forte aux Fils de la Liberté, une armée de mercenaires indépendants qui ont pris fait et cause pour les Jedi. Au cœur des champs de bataille, Anakin se voit perpétuellement cerné de toutes parts par la violation des lois. Pour lui, remporter cette victoire en vrai Chevalier et sans avoir la tentation de contourner ou d’enfreindre le très strict Code Jedi tient de l’épreuve.