Yoda médite lorsqu'il en entend la voix de Qui-Gon, qui dit faire désormais partie de la Force Vivante, ce qu'il montre en faisant léviter les objets de la pièce et Yoda lui-même. Perturbé apr ses pensées, celui-ci n'est pas du tout concentré alors que le Conseil discute encore de la question des clones (voir épisode précédent). Après la réunion, Mace et Obi en discute et pensent qu'avec la guerre et tous les problème qu'il y a, c'est normal que même Yoda puisse avoir de la fatigue et des absences, mais Mace craint que ce ne soit quelque chose de plus grave.
Dans les jardins du Temple, Yoda pose la question à Anakin au sujet de sa vision de Qui-Gon sur Mortis (vision qu'Obi avait aussi eue), mais il est persuadé que ce n'était qu'un illusion. Yoda explique son problème au Conseil et se demandent si ses collègues peuvent aussi l'entendre. Ils méditent tous ensemble pendant de longue heures mais ni Yoda ni aucun autre ne perçoit quoi que ce soit. Il semblerait que l'esprit de Yoda soit embrumé par l'obscurité grandissante des Sith.
L'examen médicale auquel il se soumet de révèle rien de particulier, mis à part une région de son cerveau plus active que la normal, mais vu son âge et son expérience ce n'est peut-être pas significatif. Kid-Adi Mundi pense que Dooku pourrait être dans le coup. Il était le padawand e Yoda avant de se tourner vers l'obscurité, leur lien pourrait servir à infiltrer et à affaiblir l'Ordre.
Pour eesayer d'y voir plus clair, Yoda se fait immerger dans une cuve de kolto et plongé dans un genre de coma pour l'isoler de oute influence. Cependant il entre en transe et en contact avec Qui-Gon qui lui dit d'aller sur Dagobah mais de ne pas en parler, d'avoir confiance en personne. Ses fonctions vitales diminuant, le processus est interrompu. Yoda semble déboussolé il dit qu'il a parlé avec des morts qu'il a connu.
Quelques Jedi discutent (Mace, Obi, Kid et la doctoresse) du cas. Kid est formel, les morts rejoignent la Force cosmique et sont ainsi dépossédé de leur individualité, ils ne comprennent pas comment il y a pu avoir une telle connexion entre une esprit mort et un vivant. Pour le protéger (et l'empêcher de sortir au cas où il serait manipulé), on place deux gardes devant sa chambre de soins. Anakin lui rend visite et Yoda, tout à fait sain d'esprit, lui demande de l'aider à filer. Anakin se porte garant pour lui et les gardes le laisse passer. Arrivés au hangar, Ani charge R2 d'accompagner Yoda à bord d'un mini-chasseur. Les membres du Conseil arrivent juste trop tard et réprimandent quelque peu Anakin qui réplique ce n'est pas son idée.
Arrivé sur Dagobah, Yoda dit à R2 de rester au vaisseau et s'éloigne. Qui-Gon le rassure sur le fait qu'il n'est pas fou et le guide au moyen d'une lumière. En marchant, Yoda constate que la Force est très puissante sur cette planète, selon Qui-Gon c'est un lieu très particulier dans la galaxie. Qui est une manifestation de la Force. Tous les êtres vivants forment la Force Vivante qui est à l'origine de toute l'énergie cosmique. La Force de tous ceux qui ont vécu coule dans le cosmos et, grâce aux midichloriens, est à disposition, ce qui lui permet de communiquer. Néanmoins il ne peut pas se montrer "physiquement". Il peut voir l'avenir, mais l'avenir n'est qu'un ensemble de possibilités.
Lorsque Yoda lui demande s'il sait qui est le sith, il le guide en un lieu ou il pourra trouver des réponses : la fameuse grotte du Côté Obscur d'
ESB. A l'intérieur, Yoda voit des Jedi affrontant des clones (dont Obi, Mace et Luminara), la mort de Saesse Tin, Agen Kolar et Kit Fisto (lors de arrestation du Chancellir dans
ROTS), celle de Shaak Ti (tué par Grievous dans une scène coupée de
ROTS) et enfin Mace foudroyé par Sidious. Sidious qui lui apparaît ensuite, lui disant de le rejoindre (ça ressemble vachement à la scène Ani/Palpy de
ROTS), mais il refuse et ressort de la grotte avant de s'évanouir.
Réveillé par l'appel de Qui-Gon il s'inquiète de cette vision pleines de colère, Qui lui dit que ce n'est qu'un aperçu de ce que les ténèbres peuvent apporter, mais il y a toujours un espoir, la clé est de voir les possibilités de l'avenir et de les utiliser au mieux (j'ai pas trop compris ce passage mais ça doit être un quelque chose comme ça).
Mais le périple de Yoda n'est pas fini, comme Qui-Gon, il a été choisi pour apprendre à conserver son être après sa mort et ainsi pouvoir communiquer avec les vivants. Il devra voyager jusqu'à l'origine de toute la vie de la galaxie, guidé pour cela par la Force.
Aperçu de l'épisode suivant : Yoda arrive vers un genre de grosse étoile filamenteuse et très brillante, une planète étrange qui ressemble un peu à Felucia avec des espèces de gros champignons-plates-formes. Il y rencontra Dark-Yoda, incarnation de son propre côté obscur.