Grâce à l’alliance qui vit les Vestiges Impériaux signer un pacte avec l’Alliance Galactique pour contrer la menace Yuuzhan  Vong, les armées de Soontir Fel et Gillad Pellaeon profitèrent de nouvelles avancées dans leur armement léger comme lourd. Pellaeon attendit la fin du conflit en 29 ABY pour commander un nouveau Destroyer Stellaire des plus performants. La construction prit fin en 36 ABY, tandis que la menace du Nid Obscur dirigé par Lomi Plo continuait de s’étendre sur les Régions Inconnues. Il s’illustra particulièrement à la fin du conflit en prenant part aux batailles de Sarm et Tenupe qui virent la mort de Lomi Plo et par conséquent, la fin de cette guerre. Le Megador fut d’une importance cruciale pour l’Alliance Galactique et l’Ordre Jedi qui furent couvert lors de leur approche de la Nébuleuse d’Utegetu abritant le Nid Obscur. Il permit ensuite de désactiver les boucliers de l’Amiral Ackbar tombé aux mains ennemies quelques temps auparavant, grâce à la puissance de feu du vaisseau et surtout au génie de son commandant, Gilad Pellaeon. A la fin de la guerre, le vaisseau fut choisi par Cal Omas pour abriter un sommet représenté par Luke Skywalker, Mitt’swe’kleoni, Nek Bwua’tu, Gilad Pellaeon et bien sur, Cal Omas lui-même. Cette réunion extraordinaire consistait à garantir le soutien de l’Alliance Galactique envers Csilla en cas de retour du peuple Killik.
Un nouveau conflit fit trembler la galaxie quatre ans plus tard avec la trahison de Jacen Solo et une seconde guerre civile galactique qui déboucha sur une véritable scission des mondes importants de la galaxie. Le Megador participa aux principales opérations comme celles de la Station Uroro ainsi que la bataille de Shedu Maad durant laquelle il épaula l’Anakin Solo.