Le Rogue Shadow était le vaisseau personnel de Galen Marek, l’apprenti secret de Dark Vador, au temps de la Guerre Civile Galactique. Conçu dans le même secret qui entourait Starkiller, tous les ingénieurs qui travaillèrent sur les plans et les composants du vaisseau périrent dans d’étranges circonstances. Combinant certains éléments des chasseurs de la série TIE, de plusieurs vaisseaux impériaux, et même de l’Intercepteur Eta-2, le Rogue Shadow intégrait des systèmes et des installations à la pointe de la technologie : senseurs à longue portée d’une très grande précision, un générateur hyperdrive avancé, un dispositif de camouflage, une infirmerie complète et pleinement fonctionnelle, des quartiers d’équipage, un atelier, et même une chambre de méditation.

Peu avant 3 av B.Y., le Rogue Shadow fut conçu tout spécialement pour l’apprenti secret de Dark Vador, un jeune homme nommé Galen Marek, nom de code Starkiller. Conçu pour accommoder les demandes de Starkiller, le Rogue Shadow fut conçu par les meilleurs ingénieurs de Sienar Fleet Systems, et tous périrent une fois le projet fini. Lorsque Dark Vador décida qu’il était temps de laisser son apprenti faire ses preuves sur le terrain, il lui confia le Rogue Shadow, ainsi qu’un pilote attitré, et Starkiller se familiarisa avec son nouveau jouet.

Plus tard, Starkiller reçut une mission de son maître : éliminer le groupe d’hommes armés qui s’était emparé de l’Usine de Construction de Chasseurs TIE qui flottait au-dessus de Nar Shaddaa. Les hommes armés venaient tous de la Milice de Kota, une milice d’élite dirigée par le Maître Jedi Rahm Kota. Avant de partir, le Rogue Shadow se vit assigné un nouveau pilote : Juno Eclipse. Il s’agissait là du huitième pilote du Rogue Shadow, les sept autres ayant été massacrés par Dark Vador lui-même. Juno Eclipse conduisit le Rogue Shadow sur de nombreux mondes pour Starkiller : Nar Shaddaa, Raxus Prime, Felucia. Starkiller défit d’abord Rahm Kota sur Nar Shaddaa, bien que le Maître Jedi ne périt pas, et l’apprenti Sith défit et tua le Maître Jedi Shaak Ti sur Felucia. Cependant, après la mission sur Felucia, le Rogue Shadow fut suivi par les espions de l’Empereur jusqu’à l’Executor, son port d’attache, et cette erreur poussa Dark Vador à tuer Starkiller. Avec la mort présumée de Starkiller, le Rogue Shadow fut envoyé sur l’Empirique, une station spatiale de recherche, et son pilote, Juno Eclipse, fut emprisonnée. Mais Starkiller, que l’on croyait mort, finit par refaire surface et par sauver Eclipse.

Désormais en fuite, Starkiller, Eclipse, et le Rogue Shadow partirent sur les traces du général Rahm Kota. Lorsqu’ils retrouvèrent Kota, Starkiller et Eclipse changèrent de camp et travaillèrent de concert avec les forces rebelles. Starkiller, qui reprit son nom de Galen Marek, rejoignit Bail Organa sur Felucia et le protégea de Maris Brood, un Jedi déchu. Suite à cela, Eclipse conduisit le Rogue Shadow sur Raxus Prime, où Marek détruisit un Destroyer Stellaire tout juste sorti des chantiers navals. Plus tard, le vaisseau Sith se rendit sur Corellia, où Galen Marek participa à la création officielle de l’Alliance pour Restaurer la République.