Durant la Guerre Civile des Jedi, la République Galactique dû faire face à la puissante flotte Sith. Après la quasi-disparition de tous les Jedi, la flotte Républicaine assigna certains de ses vaisseaux aux patrouilles et aux surveillances, dont les croiseurs Hammerhead. Parmi ces croiseurs, un seul fut envoyé dans les Territoires de la Bordure Extérieure en 3 951 av B.Y., en mission spéciale.

Le Harbinger, un croiseur Hammerhead, possédait ainsi un aspect similaire aux autres croiseurs de même classe, tel que l’Endar Spire. Sa coque, principalement blanche, arborait des décorations de couleur rouge et jaune à sa proue et autour de ses moteurs.

En cas d’abordage de la part d’autres vaisseaux, le Harbinger transportait au moins 3 équipes d’intervention de soldats de la République. Au moment où les Sith attaquèrent, au moins 66 hommes d’équipages furent tués, y compris le capitaine du vaisseau. Le croiseur comportait également un certain nombre de tourelles au milieu de sa coque, au niveau du pont et à sa poupe. Dans le cas d’un abordage de sa part, le Harbinger possédait également une passerelle ombilicale.

Dans la courbure avant du vaisseau se trouvait la plate-forme de commande, qui abritait le pont du vaisseau et l’ordinateur de navigation. On y entrait par un sas de pressurisation, qui se trouvait derrière les canons latéraux. Au delà du pont se trouvait la salle de briefing, qui abritait une table de conférence et un réseau d’ordinateurs connectés au réseau principal. C’est au niveau de cette plate-forme de commande que se trouvaient les capsules de sauvetage.

Pour le confort des soldats, du personnel embarqué et des passagers, le vaisseau abritait un grand nombre de cabines. Chacune contenait une paire de lits, une paire de couches, deux bureaux dotés de consoles d’ordinateur et deux casiers pour ranger les effets personnels.

Pour prendre en charge les blessés, le Harbinger possédait une section médicale en son coeur. Celle-ci contenait 20 cuves à Kolto, un droïd médical et un laboratoire. C’est là que Dark Sion fut conservé avant de s’enfuir et d’éliminer tout l’équipage. Afin de suivre l'évolution de l’état des blessés, les cuves à Kolto étaient équipées de caméras de surveillance reliées à une console médicale. Derrière l’infirmerie se trouvait la salle de maintenance des droïds qui contenait des droïds utilitaires désactivés et des droïds protocolaires, prêts à être réactivés en cas de besoin.

Les énormes moteurs ioniques du vaisseau étaient placés à sa poupe et étaient accessibles via un turboascenceur placé au niveau des quartiers de l’équipage. À la différence des autres salles du vaisseau, la salle des machines était démunie de décoration, mais truffée de conduits et de tuyaux. Ces conduits étaient reliés à un panneau de contrôle qui permettait d’accéder aux conduites de carburant. Au cœur des moteurs se trouvait le collecteur de carburant principal, recouvert par des parois donnant sur l’extérieur de la coque.

C’est après la Guerre Civile des Jedi que le Harbinger fut assigné à la patrouille dans plusieurs régions de l’espace Républicain. En 3 951 av B.Y, le Harbinger fut envoyé en mission sur Ondéron afin de régler l’agitation présente sur la planète. Cependant, l’Amiral Carth Onasi modifia la trajectoire du vaisseau vers les Régions Inconnues. C’est alors que le Harbinger récupéra un passager : le Jedi Exilé. Avec la présence de ce passager à bord du vaisseau, le Harbinger changea de destination pour se rendre sur Télos.

Lors de son voyage de retour, le Harbinger réceptionna un signal de détresse provenant d’un cargo, indiquant qu’il subissait un assaut des forces Sith. Ne pouvant reconnaître la signature du vaisseau, l’équipage du Harbinger contacta la République afin de demander la permission d’enquêter. Le cargo en question s’avérait être l’Ebon Hawk et l’Amiral Carth Onasi autorisa le capitaine du Harbinger à interrompre son voyage pour aller à sa rencontre.

À son arrivée, le croiseur républicain trouva l’Ebon Hawk et un vaisseau de guerre Sith. Il sortit une passerelle ombilicale pour pouvoir aborder le vaisseau Sith et déploya trois équipes d’assaut afin de passer le vaisseau au peigne fin. Le balayage réalisé par le croiseur n’avait révélé aucune présence à bord. Malheureusement, le vaisseau Sith apparemment déserté abritait des assassins Sith possédant des générateurs de camouflage. Ces derniers purent ainsi pénétrer dans le Harbinger sans se faire détecter. Néanmoins, un second balayage révéla une présence inconnue à bord du vaisseau. Les équipes à bord du vaisseau Sith découvrirent alors le corps mutilé d’un humanoïde, arborant des cicatrices et des fractures normalement fatales pour tout être vivant. Et c’est pourquoi le personnel médical du Harbinger ne parvint à déterminer si cet homme vivait ou non. En attendant, ils le placèrent dans une cuve à Kolto.

Le Harbinger passa ensuite à l’abordage de l’Ebon Hawk. Un premier balayage ne révéla rien d’autre que la présence d’un droïd utilitaire de la série T-3 et plusieurs corps sans vie. Le Harbinger décida alors de tracter le cargo. Là encore, le Harbinger découvrit un passager inattendu : Kreia. Entre-temps, les Sith mirent leurs plans en action. Les équipes d’intervention devinrent injoignables les unes après les autres, et d’autres équipes signalèrent quelque chose d’anormal autour d’eux depuis l’abordage du vaisseau Sith. En ce qui concerne les corps récupérés sur les deux vaisseaux, l’officier médical du Harbinger prépara leurs autopsies.

Pendant ce temps-là, HK-50, ayant pour mission de capturer l’Exilé pour Goto, le seigneur du crime, parvint à saboter les systèmes de communication du vaisseau de la République, ainsi que les systèmes d’armement et de propulsion. Le Harbinger tomba subitement hors service, dérivant au hasard dans l’espace. Pendant ce temps, on avait administré au Jedi Exilé une dose excessive de sédatifs et HK-50 le cacha dans les compartiments du cargo. Kreia, quant à elle, avait réussi à pénétrer dans le Harbinger afin de rechercher l’Exilé. Elle le trouva dans la soute du cargo et l’emmena dans l’Ebon Hawk. C’est là que HK-50 décida de rejoindre le groupe.

Mais à l’infirmerie, le « corps » trouvé dans le cargo Sith, s’avéra être tout à fait en vie. C’était le terrible Seigneur Sith Dark Sion. Il fit exploser sa cuve à Kolto et partit à la recherche de l’Exilé. Une équipe de sécurité fut bien envoyée sur place mais fut vite massacrée. C’est à ce moment-là que les assassins Sith désactivèrent leurs dispositifs d’occultation et prêtèrent main forte à leur seigneur. Les Sith prirent rapidement le contrôle du vaisseau mais l’Ebon Hawk parvint à s’échapper en hyperespace malgré les tirs du croiseur endommagé.

Malgré ces désagréments, les techniciens du Harbinger furent capables de restaurer les systèmes du vaisseau et celui-ci reprit sa course vers Peragus II, dernière destination connue de l’Ebon Hawk. Il ne fallait pas se fier à l’apparent vide qui remplissait les couloirs du vaisseau. En effet, le croiseur était infesté d’Assassins Sith camouflés prêts à obéir aux ordres de Dark Sion, en pleine méditation sur le pont du vaisseau. Sous les yeux de l’Exilé, le Harbinger s’arrima lentement à la station minière désertée, via une passerelle pressurisée extensible.

Réalisant que les Sith étaient parvenus à les suivre, Kreia accompagna l’Exilé et Atton Rand dans leur fuite. Ils furent contraints de se frayer un chemin à travers le Harbinger afin de rejoindre l’Ebon Hawk, scellé dans le hangar de la station. Durant leur exploration du croiseur républicain, ils tombèrent nez à nez avec les assassins Sith et comprirent ce qui s’était passé à bord. Et pour couronner le tout, les capsules de sauvetages s'avéraient hors d’état de marche. Ils parvinrent cependant à se frayer un chemin jusqu’au hangar en passant par les moteurs du croiseur. Ils réussirent également à accéder au système de dérivation du naviordinateur, nécessaire à leur fuite du champ d’astéroïdes.

Alors que le groupe était sur le point d’atteindre la poupe du vaisseau, Dark Sion leur barra la route. C’est alors que Kreia engagea le combat, seule face au seigneur Sith, afin de permettre à l’Exilé et à Atton de s’échapper du Harbinger. Ils rejoignirent l’Ebon Hawk et durent faire face à une horde de soldats Sith qui tentaient d’infiltrer le cargo. Ils finirent par en venir à bout et quittèrent le hangar du complexe minier, le Harbinger à leurs trousses. Dans la course-poursuite, un tir frappa accidentellement un astéroïde, ce qui déclencha une réaction en chaîne d’éléments chimiques. Le champ d’astéroïdes de Peragus fut réduit en cendres et le Harbinger fut prit dans l’explosion.

Cependant, Dark Sion survécut à l’explosion. C’est le Sojourn qui fut envoyé sur place afin de rechercher le Harbinger, porté disparu, et d’enquêter sur la destruction du complexe minier de Peragus.