En 127 ap B.Y., tandis que la galaxie était en pleine Guerre Sith-Impériale, l’Alliance Galactique fit appel aux services des Mandaloriens pour empêcher Botajef de tomber entre les mains des Sith et des Impériaux. Le Mand’alor de l’époque, Chernan Ordo, accepta la proposition et rassembla son armée de guerrier Mandaloriens. Une fois sur Botajef, une terrible bataille éclata entre les Mandaloriens et les forces Sith-Impériales. Tandis que les Mandaloriens faisaient tout pour ne pas perdre de terrain, le guerrier Hondo Karr reçut l’ordre de vérifier l’état d’un poste de communication présumé neutralisé. Lorsque Karr arriva au poste de communications, il découvrit l’un de ses frères d’armes, Yaga Auchs, tenant le corps d’un Mandalorien qu’il venait tout juste d’assassiner. Choqué par une telle trahison, Karr ne parvint pas à esquiver le tir de Auchs. Tandis que Karr gisait à terre, le traître Auchs jeta un détonateur thermique à côté de lui, et Hondo Karr fut soufflé par l’explosion.

Encore sonné, Karr fut retrouvé par le guerrier Vevec, qui l’informa que le Mand’alor était mort, et que Yaga Auchs avait quitté la planète avec le reste de leurs forces. Coincé aux pieds d’une falaise, Karr décida d’abandonner sa Beskar’gam – son armure traditionnelle - et d’enfiler une combinaison de soldat impérial, déclarant vouloir faire payer Yaga Auchs pour sa trahison. Son compagnon Vevec, en revanche, refusa d’abandonner son armure Mandalorienne. Tandis que Karr finissait d’enfiler l’armure d’un soldat impérial mort, Vevec fit mine de mettre Karr en joug, afin que les Impériaux en approche croient que Karr était réellement un soldat impérial sur le point d’être abattu par l’ennemi. La manœuvre réussit, et Vevec fut abattu d’un tir à l’abdomen. Lorsque les soldats impériaux envahirent la zone, un commandant de l’escouade Joker vint à sa rencontre, et croyant se trouver face à un frère d’arme, il enrôla Hondo Karr dans l’escouade Joker, de la 407ème Division d’Infanterie Impériale.

En 130 ap B.Y., la fin de la Guerre Sith-Impériale marqua le début de la Seconde Guerre Civile Impériale. Hondo Karr, alors soldat de la 407ème, fut envoyé sur Borosk afin de prendre part à l’assaut lancé contre la 908ème Division d’Infanterie Impériale, une force armée restée loyale à l’empereur en exil Roan Fel. Une fois à la surface de Borosk, Karr apprit que leur division serait placée sous les ordres de Dark Maleval, l’un de sbires de l’empereur Dark Krayt. Obéissant à contrecœur, Hondo Karr prit part à l’assaut d’une plateforme d’artillerie, en tuant autant de soldats impériaux « traîtres » que possible. Au final, la 908ème fut contrainte de battre en retraite, et l’escouade de Hondo Karr eut la permission de prendre une nuit de repos. Karr s’autorisa une nuit de sommeil paisible, comme si son moral était à toute épreuve. Plusieurs heures plus tard, Dark Maleval vint à la rencontre du lieutenant Cassel, qui était alors avec l’escouade Joker. Le Seigneur Maleval vint les informer que l’escouade Joker mènerait l’assaut le lendemain, et Hondo Karr brandit un couteau en direction du Sith en signe de défi. Maleval se retourna pour signifier qu’il savait pertinemment ce à quoi Karr pensait, mais Karr lui répondit avec la même défiance. Cette provocation poussa Maleval à projeter Karr contre un mur grâce à la Force. Cette agression provoqua la colère de l’escouade, mais le sergent Ran Harkas leur ordonna de se calmer. Lorsqu’il se releva, Karr exprima son désaccord sur le fait d’être aux ordres des Sith. L’escouade entière s’accorda avec Karr, mais le sergent Harkas leur rappela que leur devoir était d’obéir aux ordres sans poser de questions. 

Le lendemain, l’assaut reprit et l’escouade Joker fut placée en tête. Les Joker parvinrent à infiltrer la forteresse de la 908ème et arrivèrent dans le mess principal. Là, l’escouade perdit Vax Potorr, et Jes Gistang. Une fois les combats éteints, Dark Maleval fit son apparition avec le capitaine Jared Cassel, le frère du lieutenant Gil Cassel, et un partisan de l’empereur Roan Fel. Maleval ordonna à Cassel de tuer son frère pour prouver sa loyauté, mais Gil Cassel refusa. Contrarié, Dark Maleval tua le lieutenant Cassel de sang-froid, ce qui provoqua la colère de Hondo Karr. Courant vers son ennemi, vibrolame à la main, Karr poignarda le Sith en l’insultant. Mais c’était bien trop peu pour tuer un Seigneur Sith, et Maleval riposta en frappant Karr au visage avant d’enrouler son électrofouet autour de son cou. Karr reçut une puissante décharge électrique, mais sa souffrance fut de courte durée car le soldat Anson Trask, un bleu, abattit le Seigneur Sith de son blaster. Désormais libéré de l’emprise mortelle du Seigneur Sith, Karr retira le fouet qui s’était enroulé autour de son cou, et remercia Anson Trask en le félicitant pour son tir. Sur ce, Hondo Karr s’en alla, profitant du fait que le rapport de la 407ème affirmait qu’il était mort au combat.

Présumé mort, Hondo Karr quitta le champ de bataille de l’Empire Krayt pour rejoindre les rangs des Vestiges de l’Alliance Galactique. Une fois intégré au service de l’AG, Karr fut le sujet d’un bizutage. Le pilote Andurgo, membre de l’Escadron Rogue, provoqua Karr, et ce dernier l’engagea dans un combat à la vibrolame. Cependant, leur combat fut interrompu par le commandant Jhoram Bey, leader de l’Escadron Rogue. Karr assuma l’entière responsabilité de la bagarre, mais Bey affirma que c’était à lui de décider qui était responsable. Sur ce, Bey s’en alla, et Andurgo souhaita la bienvenue à Hondo Karr.

Peu après, l’amiral Gar Stazi, leader des Vestiges de l’AG, lança la Bataille de Mon Calamari. Tandis que l’Escadron Rogue affrontait les chasseurs stellaires de l’Empire Krayt, Hondo Karr mena une escouade de soldats de la République déguisés en soldats impériaux à l’assaut du Destroyer Stellaire Avancé classe-Impérieux. L’objectif était de capturer l’Impérieux pour en faire un vaisseau de guerre de l’AG. La mission fut un succès pour l’AG, un succès qui coûta de nombreuses vies, mais Hondo Karr survécut une fois de plus.  

Plus tard, Hondo Karr fut envoyé dans le secteur Arkanis, dans la Bordure Extérieure, avec ses frères d’armes de l’AG. Là-bas, Hondo Karr reçut une mission de premier ordre. Lui et Anj Dahl, une pilote de l’Escadron Rogue, devait utiliser un vaisseau civil pour entrer en contact avec Azzim Anjiliac Atirue sur Napdu. L’objectif principal était de sauver des réfugiés Mon Cal, récemment victimes d’un génocide perpétré par les forces de Dark Krayt. Une fois la mission lancée, Karr eut une discussion avec sa coéquipière Anj Dahl. Celle-ci lui demanda si les rumeurs sur son passé de Mandalorien étaient vraies, mais Karr répondit que ce qui importait était le présent. Une fois arrivés sur Napdu, Karr et Dahl se firent passer pour de simples marchands.