La Guerre des Clone finit par éclater, 22 ans avant la bataille de Yavin. La République fut le témoin lors de la bataille de Géonosis de l’implication de la Fédération aux cotés des Séparatistes. Néanmoins, Dod persista au Sénat à défendre l’organisation, avançant que ses ressources avaient été détournées sans la permission de Nute Gunray. Ceci bien sûr, était un subterfuge, non seulement Dod savait que la Fédération avait prit parti pour les Séparatistes, mais en plus, il en était un acteur majeur.

Ainsi, peu après la campagne de la République pour libérer Ryloth, le sénateur Dod se prépara à accueillir le sénateur Rush Clovis, représentant de Scipio et aussi un délégué du Clan Bancaire Intergalactique. Ensemble ils faisaient parti d’un complot visant à la construction de la plus grande usine de droïdes jamais construite qui aurait permit à la Fédération d’augmenter grandement son armée. Aussi, lorsque Clovis finit par arriver sur Cato Neimoidia accompagné de la sénatrice Padmé Amidala, fervente opposante à la Fédération du Commerce, Lott Dod fut sans doute surpris. Mais si c’était le cas, il n’en montra rien, bien au contraire, il accueillit chaleureusement la sénatrice, multipliant les phrases encourageantes en vue, visiblement, d’une rencontre à venir. 

Cela dit, une fois seul avec Clovis, Dod ne manqua pas de lui reprocher la venue d’Amidala mais la discussion se tourna finalement vers leur projet commun. Poggle le Bref se joignit alors à eux pour les négociations autour de la construction de cette usine. Si le financement en revenait au Clan Bancaire, représenté par Clovis, l’installation sur Géonosis était supervisée par la Fédération du Commerce et les géonosiens, ce qui fit penser à Dod et Poggle le Bref qu’une plus grande part des profits leur revenaient, vu les risques encourus. Mais Clovis s’emporta en retour, refusant de remettre en cause l’accords déjà signé, allant même jusqu’à menacer Dod avant que la sénatrice Amidala ne les interrompent. Les choses en restèrent donc là mais le sénateur de Scipio se montra bien trop protecteur avec Padmé ce dont remarqua Dod. Il monta ainsi un plan machiavélique, typique des neimoidiens, désireux d’utiliser la « faiblesse » de Clovis pour parvenir à ses fins. Dod projeta ainsi d’empoisonner la sénatrice Amidala pour faire pression sur Clovis, le forçant à accepter un nouvel accord plus avantageux pour la Fédération.

Son plan fonctionna, peu après le dîner, Clovis vint vers lui pris de panique devant le malaise de la sénatrice. Dod lui ordonna alors de se ressaisir, que la sénatrice était une espionne. Visiblement, Clovis était touché et Dod continua a abattre son jeu en interceptant plus tard le sénateur avec Amidala et Anakin Skywalker déguisé en capitaine de vaisseau. Le neimoidien se prépara à reprendre les négociations, jouant avec la vie de la sénatrice mais il fut vite pris de court par le jeune sénateur. Paniqué par la situation, Clovis laissa ses sentiments pour Padmé prendre le dessus et menaça d’une arme Dod en échange de l’antidote. Ce dernier, décontenancé par la réaction de Clovis, tellement contraire aux mœurs des Neimoidiens, dut lui remettre l’antidote et voir le groupe s’échapper. 

Néanmoins, il put retrouver Clovis sur la piste de décollage du vaisseau d’Amidala, abandonné par Skywalker. Son rôle dans la suite de la Guerre des Clones reste encore obscur à ce jour.

Quelques temps plus tard, Lott Dod put rejouer à son jeu favori : celui de la victime injustement accusée. Cette fois ci, la cible de la Fédération du Commerce était Pantora. Selon cette dernière, la planète n’avait pas payé ses dettes à la Fédération qui en retour avait instauré un blocus. Les accusations de liens avec les Séparatistes ne se firent pas attendre et Dod prit son air colérique habituel, agitant sous les yeux du Sénat Galactique le traité commercial 1647 qui garantit la neutralité de la Fédération du Commerce. Bien évidemment, il s’agissait une nouvelle fois d’une opération Séparatiste car dans un même temps, ces derniers offraient de l’aide à Pantora en échange d’une alliance avec la CSI.

Hélas pour lui, il perdit aussi cette bataille. La sénatrice de Pantora, Riyo Chuchi aidée de la padawan Jedi Ahsoka Tano découvrirent que la Fédération avait kidnappé les filles du Polémarque Papanoida de Pantora pour faire pression sur lui. Chuchi imposa alors un arrangement à la Fédération, en échange de la libération des filles du Polémarque et de la levée du blocus, elle laissait ces derniers gérer ce problème. La Fédération se retrancha publiquement à nouveau derrière Nute Gunray et ses sympathisants séparatistes et sacrifia un administrateur pour tenter de se laver de cette affaire sordide. Ce fut ce que Lott Dod déclara devant le Sénat alors que beaucoup savait que la vérité était tout autre.

Dod persista à nier cette alliance tout en conservant une attitude ambiguë. Le sénateur devint rapidement très bon à ce jeu là, sachant mettre des bâtons dans les roues de la République mais sans jamais avouer ouvertement leur lien avec les Séparatistes. Peu après le début du conflit, ces derniers envahirent Ryloth et soumirent la planète à un puissant blocus. Et alors que le sénateur Bail Organa et le représentant Jar Jar Binks étaient en pourparlers avec le roi Katuunko de Toydaria autour de l’envoi d’aides pour les habitants de Ryloth, Lott Dod fit une entrée théâtrale dans ces négociations.  Une fois de plus, il détourna les accusations d’Organa sur la Fédération du Commerce en prétextant que Gunray était un extrémiste et qu’en aucun cas il ne fallait prendre sa prise de position comme étant celle de la Fédération. Néanmoins, il prévient le roi Katuunko qu’une action, même humanitaire, vers Ryloth alors en guerre, serait vue par les Séparatistes comme l’annulation de la neutralité de Toydaria. Ceci pourrait mettre en péril l’immense accord commercial entre les toydariens et la Fédération qui ne veut pas être la cible d’attaques séparatistes. Encore une fois, l’argumentation de Dod fut délicieusement perverse, ce que semblait beaucoup apprécier le neimodien.  L’affaire sembla gagner par Dod, le roi Katuunko refusant que la République utilise Toydaria comme base humanitaire vers Ryloth. Peu après, le sénateur et son aide furent invités par le Roi à un banquet spécial au Palais royal de Toydaria. Ce genre de distraction ennuyaient particulièrement Lott Dod qui préféraient sans doute les âpres négociations aux agréables conversation autour d’un repas. Ce dernier fut même pire que prévu car Dod dut supporter le spectacle ridicule du représentant Binks qui fit énormément d’effort pour distraire les convives. Ceci mit la puce à l’oreille de Dod et un étrange sentiment le prit, comme si quelque chose se passait sans qu’il ne s’en aperçoive.

Ce qui était le cas, le repas était un subterfuge du roi Katuunko et de Bail Organa. Pendant que Dod était occupé, des vaisseaux de la République se ravitaillaient sur Toydaria puis partaient vers Ryloth. La mission humanitaire fut un succès et Lott Dod se rua alors vers Katuunko au moment où Organa quittait la planète. Prit à son propre piège, Dod ne put clairement affirmer qu’il avait été trompé, Organa l’avait battu à son propre jeu ce qui rendit fou de colère le neimodien, particulièrement mauvais joueur. Il ne put que menacer Organa avant de lui tourner le dos.

Lott Dod était le sénateur de la puissante Fédération du Commerce du temps de la fin de l’Ancienne République. Il occupait déjà ce poste 32 ans avant la bataille de Yavin, au moment où la taxation des routes commerciales fut votée au Sénat Galactique.

Dod était particulièrement efficace dans son rôle de sénateur. Représentant la Fédération du Commerce, il sut avec une grande habileté manipuler et utiliser les conflits internes au Sénat pour prendre de plus en plus de poids, tout en protégeant les intérêts de la Fédération. Peu avant que n’éclate la Guerre des Clones, cette dernière était ainsi devenue un acteur très puissant au sein du Sénat. Le bureau de Dod y reprenait l’écosystème de sa planète natale, Neimoidia et comme beaucoup de dignitaires de son rang, il était équipé d’une mechno chaise et d’un hologramme du Monarque. Il avait également pour l’assister dans son travail plusieurs aides touchant tous les domaines, ainsi que deux équipes administratives. Comme beaucoup de neimoidiens, Dod n’était pas particulièrement courageux. Il se retranchait souvent derrière son statut et ses privilèges et se sentait régulièrement agressé, en temps que sénateur et neimoidien, et bien souvent à tort. Ces laïus au Sénat défendant la Fédération et son peuple contre un peu tout et n’importe quoi furent même le sujet de blagues parmi certains sénateurs. Néanmoins, personne ne se permit d’oublier son talent d’orateur et son poids dans les discussions.

Le travail de Lott Dod devint particulièrement important au moment de la taxation des routes commerciales. La Fédération subissait alors dans la zone de libre échange les assauts répétés des pirates du Front Nébulaire. Cette zone n’était pas contrôlée par le Sénat et les mondes s’y trouvant étaient représentés par la Fédération. Cette dernière, ne pouvant se défendre efficacement, avait demandé l’assistance de la République. Le Chancelier Suprême Valorum proposa une autre solution, intégrer les mondes de cette zone, représentés jusque là par la Fédération, au Sénat ce qui aurait comme conséquence de les faire pleinement entrer dans la République et donc la taxation des routes hyperspatiales les reliant.

Cette manœuvre avait clairement pour but de ne pas donner plus de puissance à la Fédération du Commerce, et à son annonce au Sénat, Lott Dod fut le premier a réagir. Il le fit de manière violente et agressive, avançant que le Sénat n’avait aucun droit et que cette décision n’avait pour but que d’affaiblir la Fédération. D’autres sénateurs, sans doute alliés, ajoutèrent leurs protestations et suivant le conseil du sénateur Palpatine de Naboo, les négociations furent reportées à un sommet sur Eriadu.

Sur place, Dod fut accompagné par le Viceroi de la Fédération, Nute Gunray, ainsi que l’intégralité du Directoire. Il présenta alors le sénateur Palpatine comme un allié potentiel mais resta en retrait au cours des préparatifs du sommet. Néanmoins, son œil vif remarqua un droïde supplémentaire dans la garde rapprochée du Viceroi, sans pourtant pousser l’investigation plus loin. A peine le sommet commencé qu’une affaire de fuite de plasma demanda la présence de Gunray et ce dernier somma Dod de le suivre. Le sénateur ne se doutait pas de ce qui se tramait en réalité. Un attentat eut lieu au sommet pendant leur absence et ce fameux droïde supplémentaire extermina les membres du Directoire non neimoidiens, laissant tout pouvoir à ces derniers. Il s’agissait d’un plan de Darth Sidious, le Seigneur Sith allié de Gunray. De part son immunité, Dod ne fut pas inquiété lors de l’enquête qui suivit.

La galaxie sombra ainsi peu à peu dans le chaos et Lott Dod en fut le témoin et aussi un acteur important. Si il ne participa pas directement à l’invasion de Naboo en represaille de la taxation des routes commerciales, il fut le centre de plusieurs incidents.

Ainsi la découverte de formes de vie sur le planétoïde PDC3141-02, servant jusque là de décharges de déchets toxiques issus des industries de la Fédération, créa un autre incident au Sénat. Dod affronta les scientifiques responsables de la découverte des formes de vie qui posèrent une injonction pour stopper le dépôt de produits toxiques. Hélas, l’affaire prit une toute autre ampleur lorsqu’un équipage de la Fédération fut mis en danger par leurs propres déchets qu’ils ne pouvaient plus décharger sur PDC3141-02. Dod s’en prit violemment aux scientifiques, se moquant ouvertement de leur découverte, mettant en avant les intérêts de la Fédération devant tout le reste. Néanmoins, il était évident que ces « intérêts » n’incluaient pas la vie de cet équipage mais plutôt le fait de perdre un monde dépotoir. D’autant plus que d’après des sources journalistiques, c’est avant tout à cause d’un équipement miteux et non aux normes que l’équipage s’etait trouvé en danger.

Peu après, Dod fut la victime d’un accident de la circulation sur Coruscant. Un transport public de Skyways Flyers prit la ligne T-534D a contresens, forçant 5 véhicules à des manœuvres d’esquives risquées. Celui de Dod finit dans un silo à eau et le sénateur dut être hospitalisé au Medcenter du district de Fobosi. Il reçut de lourds soins au bacta ainsi que de la chirurgie de reconstruction. Ceci n’empêcha pas le truculent sénateur Twi’lek Orn Free Taa de se permettre une petite phrase assassine à l’émission matinale Amberdawn, se moquant de la paranoïa du neimoidien qui le pousserait sans doute à voir dans la petite entreprise Skyways Flyers un ennemi mortel de la toute puissante Fédération ! Il s’en excusa peu après.

Malgré l’accident, Lott Dod continua son travail de sénateur. Il appuya la demande de Trandosha d’être enfin représentée au Sénat, ce qui mit fin violemment aux négociations de paix entre Trandoshan et Wookies, ces derniers voyant l’appui de la Fédération du Commerce comme une influence extérieure néfaste. Il fut encore au centre de l’incident en espace Andoan où un vaisseau courrier de la République fut pris pour cible par des chasseurs droïdes. Ando était pourtant censée être démilitarisée depuis longtemps. Dod fut ainsi attaqué par le sénateur Rasit Brun de Rintonne, voisin d’Ando. Pour ce dernier, il s’agissait ni plus ni moins d’un « véritable acte de guerre ». Le neimodien répondit de son lit d’hôpital et, comme à son habitude, fut outragé et trouva scandaleux d’accuser ainsi la Fédération sans preuves tangibles.

Le sénateur eut l’occasion une nouvelle fois de se sentir outragé lorsque peu après le service de Santé de Coruscant mis en quarantaine les neimoidiens arrivant sur la planète suite à la découverte de nombreux cas de parasites cérébraux de type A. Les neimoidiens étaient connus pour être une des espèces porteuses de ces parasites. Lott Dod vit une nouvelle attaque contre son espèce et se plaignit au Sénat.