Bien évidemment, l’Empereur ne pouvait laisser passer une telle trahison. Il envoya Dark Vador traquer Cylo et ses quelques sujets améliorés encore en vie. Le Sith retrouva rapidement la trace du scientifique, caché dans la nébuleuse Crushank. Cylo n’eut pas d’autres choix que de lancer sa flotte à l’assaut de l’Executor, le destroyer impérial mené par Vador. Le Sith aborda à lui tout seul le vaisseau amiral de Cylo. Tulon Voidgazer fut dépêchée par le docteur pour stopper Vador mais celui-ci en vint rapidement à bout. Déjà, il se dirigeait vers la passerelle de commandement où se trouvait Cylo. Dernier rempart entre le Sith et le scientifique, Morit Astarte retarda le redoutable Seigneur Noir. Mais après un brève duel au sabre laser, il fut lui aussi tué par Vador.
Enfin, Dark Vador et Cylo se retrouvaient face à face. Le scientifique révéla alors qu’il avait participé à la reconstruction du corps cybernétique du Sith, il y avait de cela des années. Il avait alors rajouté un système dans les prothèses mécaniques de Vador, lui permettant de le commander manuellement si jamais le besoin s’en faisait sentir. Ainsi, celui qui fut jadis Anakin Skywalker n’était désormais plus qu’une simple création de plus du docteur Cylo. Celui-ci détestait débrancher les cyborgs qu’il créait. Mais cette fois-ci il n’eut pas le choix et d’une simple commande, neutralisa les membres robotiques de Vador, l'empêchant ainsi d'agir. Mais la Force était une alliée puissante et Vador réussit rapidement à briser l'emprise que Cylo avait sur lui. Le scientifique n’eut pas le temps de comprendre ce qui venait de se passer qu’il se retrouvait déjà empalé sur la lame rouge du Sith.
Cylo se réveilla dans un autre corps, celui de Cylo-VI. Il tenta de reprendre le contrôle de sa flotte et activa tous ses autres clones pour stopper Vador une bonne fois pour toutes. Le Sith détruisit une à une les répliques du docteur. Puis il utilisa la Force pour envoyer le vaisseau à bord duquel se trouvait Cylo-VI dans le soleil le plus proche. Eliminant ainsi le dernier avatar du scientifique traître, Dark Vador mit fin une bonne fois pour toutes à la menace et prouva qu’il était digne de la confiance de l’Empereur.