Ancien membre de la Marine Impériale, Jan Dodonna rejoignit le mouvement de lutte contre l’Empire. Aux commandes d’un groupe de Rebelles, le groupe Massassi, il participa, avec l’escadron Phoenix, aux préparatifs d’une mission capitale pour la Rébellion : il s’agissait de mener un assaut contre l’usine d’armement sur Lothal.

Hélas, le Grand Amiral Thrawn choisit ce moment pour lancer une attaque d’envergure contre les Rebelles : il avait attendu que le groupe Massassi et l’escadron Phoenix soit réunis pour annihiler les deux cellules rebelles d’un coup. En orbite d’Atollon, les résistants étaient véritablement pris au piège : les Impériaux avaient déployé, en plus des destroyers stellaires, plusieurs Interdictor, empêchant de passer en hyperespace. Ainsi, Dodonna fut contraint de se replier au sol, sous le bouclier déflecteur de la base. De là, il pouvait diriger la bataille spatiale. Malgré la tentative de Zeb et Rex pour stopper l'avancée des troupes impériales au sol, Thrawn et de nombreux soldats gagnèrent la base rebelle. Jan Dodonna et les membres de l'équipage du Ghost tentèrent d'évacuer le QG mais furent encerclés par les soldats de l'Empire. Ce n'est que grâce à l'intervention de Bendu, une étrange créature utilisant la Force, que les Rebelles purent fuir. Ainsi, Dodonna et les autres survivants partirent pour Yavin IV.

Quelques mois plus tard, Jan Dodonna assista à une réunion des Rebelles lors de laquelle Mon Mothma demanda au groupe de Hera Syndulla de récupérer des informations sur un relais de communication impérial situé sur la planète Jalindi. La mission fut un succès, même si l'intervention de Saw Gerrera, qui ne partageait pas les mêmes convictions que les Rebelles de Yavin IV, aboutit à la destruction du relais.

Peu après, alors que les Rebelles avaient appris le développement d'un nouveau prototype de TIE Defender, Hera Syndulla réussit à ramener l'enregistreur de vol de l'un de ces nouveaux vaisseaux. Jan et les autres apprirent qu'en combat singulier, les Rebelles n'auraient aucune chance. Hera proposa alors d'attaquer directement l'usine d'armement de Lothal, un plan que Dodonna et les autres Rebelles finirent par approuver.

En l'an 0, Jan Dodonna se trouvait sur Yavin IV avec le reste du commandement de l'Alliance Rebelle. Il assista ainsi au débriefing du Capitaine Cassian Andor au retour de sa mission sur Jedha puis Eadu, lors de laquelle il avait découvert que l'Empire disposait d'une arme redoutable : l'Etoile de la Mort. Jan écouta également le témoignage de Jyn Erso, qui avait reçu un message de son père l'informant d'une faille dans le réacteur de l'arme, et de la présence des plans sur Scarif. Le commandement de l'Alliance refusa de lancer une opération pour se rendre sur la planète, jugeant cela trop dangereux.

Peu après, cependant, en apprenant qu'un groupe de Rebelles mené par Cassian et Jyn se trouvaient sur Scarif, et que l'Amiral Raddus était en chemin pour leur prêter assistance, le commandement de l'Alliance envoya la flotte sur place.

Malgré de nombreuses pertes, les plans furent finalement récupérés par la Princesse Leia, qui parvint à les remettre à l'Alliance. Dodonna mit ensuite au point le plan d'attaque et l'exposa aux pilotes. Puis il supervisa la bataille depuis le sol, aux côtés de la Princesse.

L'Etoile Noire fut finalement détruite. Cependant, comme le fit constater Jan Dodonna, l'Empire connaissait désormais la position de la base rebelle. Aussi, il supervisa l'évacuation de la base en assignant à chaque rebelle un rôle précis.

Leia, bouleversée par la perte de son monde, Alderaan, anéanti par l'Etoile Noire, vint demander au Général Dodonna l'autorisation pour mener une mission de sauvetage d'éventuels survivants dans la galaxie. Jan refusa catégoriquement, expliquant que la Princesse risquait d'être capturée. La nuit suivante, il fut réveillé par R2-D2, qui lui délivra un message holographique de Leia lui expliquant qu'elle partait quand même mener sa mission à bien. Le Général ne put rien faire pour l'en empêcher et ne pouvait plus qu'espérer retrouver la Princesse saine et sauve, ce qui fut le cas lorsqu'elle rentra quelques jours plus tard.

Après la destruction par les Rebelles de l'usine d'armement de Cymoon 1, la Princesse Leia souhaitait poursuivre l'offensive contre l'Empire. Jan Dodonna, Mon Mothma et l'Amiral Ackbar étaient contre cette idée, arguant qu'il serait difficile pour les Rebelles de maintenir la pression tant qu'ils n'auraient pas établi de base pour l'Alliance. 

Quelques semaines plus tard, à bord de Home One, Jan Dodonna, Ackbar et Mon Mothma discutèrent d'un message provenant de l'unité R2 de Luke Skywalker. Ce dernier avait été capturé sur Nar Shaddaa et fait prisonnier par un seigneur du crime local. Les Rebelles savaient qu'il était impossible pour leur flotte d'agir contre les Hutts, et se demandèrent qui serait assez courageux pour accepter une telle mission de sauvetage. A ce moment-là, Chewbacca se porta volontaire pour sauver son ami, amenant C-3PO avec lui. 

Bien après les événements survenus sur Nar Shaddaa, Acbkar, Mon Mothma et Jan Dodonna décidèrent de venir en aide aux habitants de Tureen VII. En effet, ils avaient énormément aidé la Rébellion après la bataille de Yavin, et l'Empire, ayant apprit cette trahison, avait décida d'instaurer un blocus autour de la planète. Après avoir tenté de forcer le blocus impérial trois fois, en vain, Luke Skywalker et Leia Organa proposèrent de voler un destroyer impérial et de l'utiliser pour forcer le blocus. Dodonna fut très sceptique, mais Ackbar et Mothma donnèrent le feu vert aux Rebelles pour lancer la mission. Celle-ci fut un succès, et les habitants de Tureen VII reçurent l'aide tant attendue.

Quelques mois plus tard, en l’an +1, il se trouvait à bord de la station spatiale de Mako-Ta, dans laquelle la Rébellion avait établi son quartier général provisoire. Là, il assista à une réunion dirigée par Mon Mothma, au cours de laquelle Leia Organa présenta son plan pour secourir le Roi Lee-Char de Mon Calamari, prisonnier de l’Empire, et ainsi obtenir le soutien des Mon Cal.

Grâce à Leia, la Rébellion gagna le soutien de Mon Calamari, et de nouveaux croiseurs pour sa flotte. Au cours d’une cérémonie célébrant cette victoire, la reine Trios de Shu-torun trahit l’Alliance Rebelle et fournit la localisation de la base Mako-Ta à Dark Vador. Pire, elle implanta un virus dans le système informatique, empêchant l’ensemble des croiseurs de communiquer entre eux, de riposter et de passer en hyperespace. Les Rebelles étaient pris au piège !

Une à une, les forces de l’Alliance furent anéanties. A ce moment, Jan Dodonna était à bord du Republic, un croiseur Mon Calamari. Lorsque Leia Organa émit l’hypothèse que les portes du hangar, bien évidemment bloquées, disposaient d’une sécurité primaire qui les forcerait à s’ouvrir si un vaisseau fonçait dans leur direction, Jan Dodonna ordonna à Luke Skywalker de ne pas tenter une telle manœuvre. Le jeune Jedi désobéit et, de cette manière, fut en mesure d’ouvrir la baie, et l’Escadron Rogue put rejoindre le champ de bataille.

Peu après, un commando rebelle parvint à infiltrer l’Executor de Dark Vador et y déroba les codes neutralisant le virus de Trios. Les forces de Dodonna luttèrent contre les forces impériales pour laisser le temps de distribuer les codes à tous les croiseurs de la flotte. Hélas, le Republic subit de lourds dégâts et finit par exploser. La déflagration emporta avec elle Jan Dodonna et de nombreux Rebelles.

Un grand homme, voilà comment l’on pouvait décrire Jan Dodonna. Il débuta sa carrière sous l’Ancienne République. Ce fut comme membre des forces judiciaires que Jan intégra les forces républicaines avant les événements de Naboo. Durant son service, il développa un sens de la stratégie inégalé, et ce fut avec son ami Adar Tallon qu’il révolutionna les tactiques de combats spatiaux. Dodonna écrivit d’ailleurs avec Tallon un livre de tactique stratégique, de logistique, et également sur la façon de mener un siège. Quand la Guerre des Clones frappa finalement la galaxie, Jan devint l’un des premiers capitaines de destroyer stellaire. Ainsi il fut l’un des rares à avoir servi sous la Guerre de Stark et sous la Guerre des Clones. C’est avec Terrinald Screed qu’il commanda la toute première flotte de croiseurs républicains durant le siège de Forefost, pour décider qui contrôlerait les mondes du noyau. Par la suite, il fut amené à effectuer une négociation concernant les cuirassés de Rendili. Malgré les capacités diplomatiques du Jedi Plo Koon, il se vit emprisonné avec le capitaine Jace Dallin. Finalement, la crise prit fin quand les Jedi Obi-Wan Kenobi et Quinlan Vos vinrent les délivrer. Promu au rang de commandant, ce fut également à lui que l’on devait le retour de Sagoro Autem dans la marine spatiale.

Un nouvel ordre était né, la République n’était plus, et Dodonna découvrit la cruauté du nouvel Empire Galactique quand son ami Jace Dallin fut exécuté devant tous les autres officiers. Il décida alors qu’il ne servirait pas l’Empereur. Mis sur la liste noire de l’Empire à cause de son idéalisme, il se vit contraint de fuir. Alors que son ami Tallon s’efforçait de simuler sa mort, Jan entra au sein de l’Alliance et grimpa tous les échelons militaires jusqu'à devenir général d’une des plus importantes bases rebelles : Yavin IV.

Ce fut donc le général Dodonna qui supervisa l’attaque de la première Etoile Noire. Grâce aux plans ramenés par la princesse Leia et le droïde R2-D2, il échafauda une stratégie qui se termina en glorieuse victoire pour l’Alliance. Il tira les conclusions de cette bataille et, se basant sur le facteur vitesse, il modifia un chasseur R-22 Spearhead avec l’aide de Walex Blissex, pour en fin de compte créer le fameux chasseur stellaire A-Wing.

Plus tard, les forces de renseignements du général lui indiquèrent que le seigneur Dark Vador venait de rejoindre la flotte impériale. Ce retournement de situation sonna le glas de Jan Dodonna, qui tint tête malgré tout contre les forces impériales sur les terres de Yavin IV. Durant la bataille, son fils Vrad fut abattu par les tirs du super destroyer stellaire Executor. Effondré, Dodonna décida de rester sur Yavin pour terminer l’évacuation. Son corps fut retrouvé inanimé par les Impériaux. Désormais, il était prisonnier politique de l’Empire.

Il passe alors plusieurs années de sa vie emprisonné sur le super destroyer stellaire Lusankya sous le contrôle d’Ysanne Isard. Durant sept années, il fut le captif de l’Empire, ce qui ne l’empêcha pas de réfléchir à des plans d’évasion. C’est là qu’il rencontra Corran Horn, qu’il aida à fuir, devenant ainsi le premier être à s’échapper du Lusankya. Il fut enfin libéré peu après la défaite du grand amiral Trawn. Il fut alors nommé membre du conseil de la Nouvelle République. C’est avec quelques-uns de ses vieux camarades militaires, Adar Tallon, Pashna Starkiller et Vanden Willard, qu’il aida à contrecarrer la nouvelle offensive de l’Empereur et de ses clones. Après avoir bien servi le nouveau régime, il se retira du haut commandement de la République pour aller vivre sur New Alderaan, où il décéda peu avant l’invasion des Yuuzhan Vongs.