Maître sévère et adepte de la méditation, Z'meer Bothu fut désignée par le Conseil Jedi pour reprendre la formation du jeune Flynn Kybo à la mort de T'chooka D'oon, deux ans après le début de la Guerre des Clones. Sachant que son nouvel apprenti désirait plus que tout l'élimination du Général Grievous après ce qu'il avait fait à son mentor, Z'meer lui conseilla dès le départ d'oublier cette idée, mais cela n'empêcha pas Kybo de fomenter un plan contre leur ennemi avec ses confrères B'dard Tone et Codi Ty au cours d'une séance de méditation. Bien qu'ayant tout entendu de leur discussion, Bothu ne prévint pourtant pas le Conseil, et avertit plutôt son Padawan qu'il serait banni de l'Ordre pour ce qu'il prévoyait de faire. Pensant qu'il devait faire ses propres choix, elle le laissa ainsi partir alors qu'ils avaient été assignés à la protection de convois à destination d'Alderaan, non sans avoir encore une fois mis en avant la gravité de sa décision.