Lorsque débuta la Guerre des Clones, Onderon chercha à rester neutre. Mais le roi du moment, Ramsis Dendup, fut démis par un opposant, Sanjay Rash, qui prit le parti des séparatistes. Ceci entraina une scission  au sein de la population et certains, comme Saw et Steela Gerrera, se levèrent contre Rash. Ainsi commença à s’organiser le mouvement des Rebelles d’Onderon qui furent soutenu par la République et les Jedi pour lutter contre les séparatistes. Obi-Wan, Anakin et Ahsoka furent envoyés pour entrainer les insurgés. Après plusieurs batailles, ils réussirent à entrer dans la capitale, Iziz, mais malgré leurs actions, la propagande locale les faisait passer pour des terroristes. Mais après plusieurs actions malvenues de la part des séparatistes comme la tentative d’exécution de l’ancien roi Dendup, la population finit par les considérer comme des envahisseurs. Finalement, les rebelles réussirent à repousser l’armée de la CSI au prix de la vie de nombreux individus dont Steela Gerrera. Après quoi, la planète rejoignit la République.

Pour autant, la paix ne dura qu’un temps car lorsque vint l’avènement de l’Empire, Saw Gerrera se leva une nouvelle fois contre la tyrannie en transformant les rebelles d’Onderon en « Partisans ».